|
|
|
GUUGGCUACUAUGCCAGCUGGUGGAUUGCUCGGCUCAGGCGCUGAUGAAGGACGUGCCAAGCUGCGAUAAGCCAUGGGGAGCCGCACGGAGGCGAAGAACCAUGGAUUUCCGAAUGAGAAUCUCUCUAACAAUUGCUUCGCGCAAUGAGGAACCCCGAGAACUGAAACAUCUCAGUAUCGGGAGGAACAGAAAACGCAAUGUGAUGUCGUUAGUAACCGCGAGUGAACGCGAUACAGCCCAAACCGAAGCCCUCACGGGCAAUGUGGUGUCAGGGCUACCUCUCAUCAGCCGACCGUCUCGACGAAGUCUCUUGGAACAGAGCGUGAUACAGGGUGACAACCCCGUACUCGAGACCAGUACGACGUGCGGUAGUGCCAGAGUAGCGGGGGUUGGAUAUCCCUCGCGAAUAACGCAGGCAUCGACUGCGAAGGCUAAACACAACCUGAGACCGAUAGUGAACAAGUAGUGUGAACGAACGCUGCAAAGUACCCUCAGAAGGGAGGCGAAAUAGAGCAUGAAAUCAGUUGGCGAUCGAGCGACAGGGCAUACAAGGUCCCUUGACGAAUGACCGACGCGCGAGCGUCCAGUAAGACUCACGGGAAGCCGAUGUUCUGUCGUACGUUUUGAAAAACGAGCCAGGGAGUGUGUCUGCAUGGCAAGUCUAACCGGAGUAUCCGGGGAGGCACAGGGAAACCGACAUGGCCGCAGGGCUUUGCCCGAGGGCCGCCGUCUUCAAGGGCGGGGAGCCAUGUGGACACGACCCGAAUCCGGACGAUCUACGCAUGGACAAGAUGAAGCGUGCCGAAAGGCACGUGGAAGUCUGUUAGAGUUGGUGUCCUACAAUACCCUCUCGUGAUCUAUGUGUAGGGGUGAAAGGCCCAUCGAGUCCGGCAACAGCUGGUUCCAAUCGAAACAUGUCGAAGCAUGACCUCCGCCGAGGUAGUCUGUGAGGUAGAGCGACCGAUUGGUGUGUCCGCCUCCGAGAGGAGUCGGCACACCUGUCAAACUCCAAACUUACAGACGCCGUUUGACGCGGGGAUUCCGGUGCGCGGGGUAAGCCUGUGUACCAGGAGGGGAACAACCCAGAGAUAGGUUAAGGUCCCCAAGUGUGGAUUAAGUGUAAUCCUCUGAAGGUGGUCUCGAGCCCUAGACAGCCGGGAGGUGAGCUUAGAAGCAGCUACCCUCUAAGAAAAGCGUAACAGCUUACCGGCCGAGGUUUGAGGCGCCCAAAAUGAUCGGGACUCAAAUCCACCACCGAGACCUGUCCGUACCACUCAUACUGGUAAUCGAGUAGAUUGGCGCUCUAAUUGGAUGGAAGUAGGGGUGAAAACUCCUAUGGACCGAUUAGUGACGAAAAUCCUGGCCAUAGUAGCAGCGAUAGUCGGGUGAGAACCCCGACGGCCUAAUGGAUAAGGGUUCCUCAGCACUGCUGAUCAGCUGAGGGUUAGCCGGUCCUAAGUCAUACCGCAACUCGACUAUGACGAAAUGGGAAACGGGUUAAUAUUCCCGUGCCACUAUGCAGUGAAAGUUGACGCCCUGGGGUCGAUCACGCUGGGCAUUCGCCCAGUCGAACCGUCCAACUCCGUGGAAGCCGUAAUGGCAGGAAGCGGACGAACGGCGGCAUAGGGAAACGUGAUUCAACCUGGGGCCCAUGAAAAGACGAGCAUAGUGUCCGUACCGAGAACCGACACAGGUGUCCAUGGCGGCGAAAGCCAAGGCCUGUCGGGAGCAACCAACGUUAGGGAAUUCGGCAAGUUAGUCCCGUACCUUCGGAAGAAGGGAUGCCUGCUCCGGAACGGAGCAGGUCGCAGUGACUCGGAAGCUCGGACUGUCUAGUAACAACAUAGGUGACCGCAAAUCCGCAAGGACUCGUACGGUCACUGAAUCCUGCCCAGUGCAGGUAUCUGAACACCUCGUACAAGAGGACGAAGGACCUGUCAACGGCGGGGGUAACUAUGACCCUCUUAAGGUAGCGUAGUACCUUGCCGCAUCAGUAGCGGCUUGCAUGAAUGGAUUAACCAGAGCUUCACUGUCCCAACGUUGGGCCCGGUGAACUGUACAUUCCAGUGCGGAGUCUGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGACCCUAUGGAGCUUUACUGCAGGCUGUCGCUGAGACGUGGUCGCCGAUGUGCAGCAUAGGUAGGAGACACUACACAGGUACCCGCGCUAGCGGGCCACCGAGUCAACAGUGAAAUACUACCCGUCGGUGACUGCGACUCUCACUCCGGGAGGAGGACACCGAUAGCCGGGCAGUUUGACUGGGGCGGUACGCGCUCGAAAAGAUAUCGAGCGCGCCCUAUGGCUAUCUCAGCCGGGACAGAGACCCGGCGAAGAGUGCAAGAGCAAAAGAUAGCUUGACAGUGUUCUUCCCAACGAGGAACGCUGACGCGAAAGCGUGGUCUAGCGAACCAAUUAGCCUGCUUGAUGCGGGCAAUUGAUGACAGAAAAGCUACCCUAGGGAUAACAGAGUCGUCACUCGCAAGAGCACAUAUCGACCGAGUGGCUUGCUACCUCGAUGUCGGUUCCCUCCAUCCUGCCCGUGCAGAAGCGGGCAAGGGUGAGGUUGUUCGCCUAUUAAAGGAGGUCGUGAGCUGGGUUUAGACCGUCGUGAGACAGGUCGGCUGCUAUCUACUGGGUGUGUAAUGGUGUCUGACAAGAACGACCGUAUAGUACGAGAGGAACUACGGUUGGUGGCCACUGGUGUACCGGUUGUUCGAGAGAGCACGUGCCGGGUAGCCACGCCACACGGGGUAAGAGCUGAACGCAUCUAAGCUCGAAACCCACUUGGAAAAGAGACACCGCCGAGGUCCCGCGUACAAGACGCGGUCGAUAGACUCGGGGUGUGCGCGUCGAGGUAACGAGACGUUAAGCCCACGAGCACUAACAGACCAAAGCCAUCAUUCAUACG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(((((((..(((.............))).(((((.......)))))..................(((((.......))))))))))))....
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((((((((((....(((((((((((((.((((((((.((((((........))).....((((((...(((.......)))......))))))...)))....((.......)).....(((((.....)))))((((..((((((.....((....))......))))).)....................((((((.....((.....))....)))))).(((((....((..((((....))))....))......))))).)))))))))))).....(((((((....(.((((......)))))........(((.......)))....)))))))...................(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..))).........)))))).))............((((((........))))))......(((......)))..........)))))....)))))))))..(.((.(((((((((((.....((((...........))))(((((....)))))............(((....))).))))))))))).)).)...........(((((((...(((((((((((((..(((...(((((...)))))...)))...((....)).....((((...((((...))))...)))).(((((......)))))...)))))))))))))((((.(...((((((...(((((((((((...(((...(((((((....)))))))....))).....(((..((.............)).)))....)))))))))))(((.......))).....))))))......).))))((((((....(((((....))))).((.((((...(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))))).......)))))).....((((((((((.....)))))))))).((((((..((.(((((.(....((.......)).....).))).....))))..))))))...((((((((((((((.......(((((.((((..((((......................))))......)))).)))))...))))))))................(((......)))))))))............(((((.......)))))........))))))..(.((((((((......((((((((....))))))))...)))))))).).......)))))))))))))))))))....((((((.......))))))((((..((((((.......(((((((...........)))))))....((((((((...((((((............)))))).....))...(((((........)))))..(((((((((((....)))...((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..............))))))))................)).).)))))))))...(((....)))..)))).((((((.....((.......))...))))))......((......(((((....)))))((((((((((((.....))))))))....((((.(((((..((((((...((((............((((((((....(((....)))......))))))))...(((((((....(((((..(((.....((((......)))).....))))))))....)))))))...((((((..((......))...))))))..(..(((((.......)))))..).......))))...)).))))((((((..((((....))))...)))))).......((((((........))))))((((((((..(((.((.....(((((.(((((((.((((...(((((((......((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....))))))))))))))))))).......((((....)))).....)))))))....)))).......(((.....(((((((((.......))))))))).)))...((((((((.((((((.......))))))...)).(((....)))...))))))....((((((((((.......)))))))))).(((....)))((((.(...).))))....(((((.......)))))..............)))))..)))))))...........((((((((...((.......))...))))))))...............(((((((((((..((.((((((......))))))...))..((((.....))))......)))))..)..)))).).....(((((((....))).))))....))..))).)))))))).....(((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...(((....(((((..(((....))).....)))))....))).)))))..(((....(((((...........)))))....))).))))......))))))).)))))...(((((.......)))))........(((((((.....(((((..........)))))....))).)))))))).............))))......)). |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))........((..(((((..(((((...........))))).)))))))..((.((((((...(((.......)))......)))))).)).......................(((((.....)))))......((((((..(((((......))))).))))).).....................(((((..((...((((......))))..))(((((..((((.(((((....))))..).))))....)))))(((((....((((((((((((((((((..(((((........)(((((...((.((((....)))).))((((((.(((((((.((.(((((((.(((((.(.((.(((((((.(....).))))))).....)).).)))))..)))))....(..........).................(..(((((((......)))))))...)..((((....))))..((........))..(.(((((((((((...((.((((((((((((.(..((((((.(((....(.((.(((((....)))))..)).)...))).))))..))))))))))))))).))(((....)))...))))(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....(((((((((((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))).(.(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))))))..)))))).....))))))).)........(((((....)))))..((((((((.(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....))))))))))))...))..))))))..(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((.(((((........))))..).)))))....((((((((....))))))........(.((((((((((...(...(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).))))))..)))))))))))(((.........)))..........)).................))...)).)))))))..))))))......)))))((((((((......((((((((....))))))))...))))))))........(((((((((...((....))....((((((.......)))))))))).........)))))((((((((..((.....))))))))))........((((..((((((.((.....))..)))))).....)))).(((((........)))))(.((((((((.((......((..((((((((...(((((((((((((....))))))((...(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))....))....)))))))...)))))))).)).......))..)))))))).)........(((((((((((((...((.((((.......)))).))))))(((((..(..((((((((.((((............((((.(((.(((((....))))).))((((((((((...))))))))))....).))))..(((((((((...((((((......)...(((((((((.(.(((....))).).)..))))))))....((((((..((((((((.(((.....((((......))))....)))))))))..))))))))(((.(((((((((.(....))))..)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))))))))............(((((........))))).........((((.((((....(((((.(((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))).....(((((.....(((((((((.......)))))))))))))).(((((((((.((((((.......))))))...)..(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).((.......))(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))(((.((((((((((((......)))))).))))))))).......(............)...............))))))))..))))).)))))))))...................((((((((..((((..((((((((..((.(....)..))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..((((((.......)..)))))...)))).))))......))))))))..)))))(((((((.....))))))..).(((.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))..))))).)))................... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))........((((((........((((((((....(((((..............[[[[[[...[[[)))))..]]]......]]]]]]...........(((.[[[[)))....(((((.....)))))]]]]...(((((..(((((.[[[[[))))).)))))....................]]]]].....(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).....)))))))).(((.[[[[[[[....)))..................(((.((((....)))).))).]]]]]]]..((((....[[[....))))....]]](((((((........)))))))......(((((..[[[[.))))).(((..........))).....]]]]..(((....(((((((......)))))))......[[[)))...]]]..................(((((((((........((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....)))))))))))).(((((....))))).....(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....((((((((((((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))))))..))))))...)))))))))....((((..[[[[))))..]]]]..((((((...(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))))).......)))))).(((.((((((((((.....))))))))))....[[[)))...]]]...((((((((..(((..........((((((....))))))......(((((......(((.(((((.(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))....))))).))).(((.........)))........))))))))..))))))))..((((.....[[[[))))....]]]]..........((((((((..[[[.((((((((....))))))))...)))))))).........]]].........((((((.....((((((.......))))))[[[.....[[[[...[[[[[[[[[[[.))))))....]]]]]]]]...]]].]]]]...]]].....(((..[[[[[[.........(((...(((((........))))).)))...)))......]]]]]].((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........(((......[[[[[)))..........]]]]].((((((......(((....))).((((....((((.....((((((((.((((........((((((((((.....(((....))))))))((((((((((...)))))))))).....)))))..(((((((.....(((((((((.......((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))))))).....)))))......)))))))....)))))))))))).)))).....((((((......)))))).))))...)))))).((((.[[[[[.....)))).....]]]]](((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..)))))......(((((.[[[[((((((((.......))))))))))))).......(((..((((((.......))))))..)))]]]]..............(((...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))[[[..)))..]]].....((((((.....))))))...(((((((...............[[[[.......)))))))(((....))).....(((((((((((((....))).))))..))))))]]]]..((((((((((((......)))))).))))))(((..[[[[[)))..............]]]]].........((((((....)))..[[[[[.[[[[[[.[[[..)))..]]]]]]]]].]]]]].....((((((((.....[[[[......))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).]]]]........(((((.((((((((((((((.....))))))..)))...))))))))))..(((((..[[[.....)))))...]]]..))))))............................ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((((.((((..((((..(((((...........))))).))))))))....((((((...(((.......)))......)))))).((((.....))))...((((.....(((((.....))))))))).((((((((.(((((......)))))...((((((.......((((((......)).)))).(((..((((......)))).)))(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))..((((((((((((((.((((....((((((.((.((........(.((((....)))).).((((((.(((((((.((.((((((....((.((.((..(((.(((.(((((((((.((((...((((((.((.(((((.((....)).................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....))))))))))))..(((((((.....(((((((((.(((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))))))))).))))....((((((...(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..))))).)).))(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))..))))...))))))))).((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((((.(((((((((.(.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..)))))))))))))).....(((.......))).))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..)))))).((((..((..((((((((......((((((((....))))))))...))))))))...))..))))(((((.....((((.......(((((((....).)))))).((((.........)))).(((((((...........))))))))))))))))(((((.((((((.((.....))..))))))....))))).(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))))).)).)))))).((((((..((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......(((((((.(((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))(((((....)).)))(((((((....(((....)))......))))))).....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.((((((((.((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))((((.(((((.(((..(((((((((.......))))))))).))....((..(((..((((((.......))))))..)))..))..((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))).))))))))).(((((.((((((.....)))))))))))........)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......)))))).)))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))(((((..((.(((.......(((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))))).))...((((((.....))))))..))))).))))))))((((.(((...(((((((...))))..))).))).)))).............)))))......... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))((((....((((((((((((((((..ddddddd..))))).............((((((...(((.......)))......))))))...........................((((...{{))))........(((((..(((((......))))).))))).............}}....................((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).DDD.DDDDeeeeeeeeeeeeeeeee...eee..........eeeeee......((((....))))..eeeeeee.eeeeeee.............(((.......(((((((........)))))))......ccccc)))....CCCCC................)))).))............(((((((......)))))))......((((....))))..........)))))....))))((((.....((.((((((((((((....((((((.(((.........(((((....))))).........))).))))..)).)))))))))))).))...........bbbbbb(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....))....(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).)))....((((((((.(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).))..))))))...))))BBBBBB.........(((((....))))).(((ffff..)))..(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))..........FFFF....(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..(((([[[[[[[.))))....)))))......((((((....))))))...........................(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...((((((((...(((.........))).))))))))............................EEEEEEE..EEEEEEE.....EEEEEE(((((........((((((((....))))))))<<<<<))))).........(((((..(((..............((((((.......)))))).......)))...))))).(((((((...........))))))).......>>>>>...((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..............))))))))..........(((((((((..((((((...((((((....)))...))).((((((.....((((((((.((((.....................(((((....)))))...((((((((((...))))))))))..((((......(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))(((.((((((..((......))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).))))))))))))))))))))))).))))))...........(((((........)))))))))))...((((.((((....(((((.((((((((.((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..)).....(((((((((.....((((((((.......)))))))))))))..((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))))))........(((((.((((((.....))))))))))).....)).)))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))(((.((((((((((((......))))))).)))))))).....................................EEE.EEE..EEEEE.EEEEEEEEE..]]]].]]]..........(((((((..((((..((((((((..aaaaa........))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))).........(((AAAAA......)))........((((((((....(((((..........)))))...)))).)))).............................. |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((((.((((..((((..(((((...........))))).))))))))....((((((...(((.......)))......))))))....((....((((...)))).....(((((.....)))))..))...(((((..(((((......))))).))))).......................(((((((((...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).((((....((((((((((((((.((((....((((((...(((((((......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((....(.(((.((..(((.((.(((((.((((.((((.....(((((.......)))))...((.................((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((......((((.(((.........(((((....))))).........))).)))).....)))))))))))).(((((....))))).))..(((..((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...)))))))))))))).))).....((((((..((((((((((((.((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))..).)))))))))))((((.....)))).((((..(((((....)))))......))))..(((((....)))))(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))..)))))).))))))))..((((((((((((.....)))))))))).)).(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......((..(((((((((.((.....(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))..))))))))))).))...................))))))).)))..))))))))))))...)).)))))))..))))))).....)))))))......((((..((((((((....))))))))((((((..(..........(((((............)(.....(((((((....)).)))))..)...........)))).(((((((...........)))))))...)..))))))...((((((.((.....))..))))))..........(((((........)))))..((((((((.((..........((((((((...(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....(((.....))).....))))).....)))))..........)))))))...))))))))..........))..)))))))).)))).)))))).(((((..(((...((.((((.......)))).))))))))))((((((((......((((((.((((((.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))..............((((((((....(((....)))......))))))))....((((((....((((((.(((.....((((......))))....)))))))))....))))))(((.((((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......)))))........)))))))))).......((((((.((((....))))..)))))).((((((......))))))...((((......))))((((.((((....(((((.(((((((.(((((.((((((((..((((((((((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))))))..)))).((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.....((((((((.......))))))))))))))..((..(((..((((((.......))))))..)))..))...(((........)))...(((((((((((.....)))))))))))((((....))))...(........(((((.((((((.....)))))))))))......)..))))).)).)))))...........((((((((...((.......))...)))))))).)))).))))..)))))))))))).((((((((((((......))))))).))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).)))))))))..(((.....))).......(((((((..((((..((((((((..((.........))))))))))(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......)))))))...))))..((((((.....))))))........((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).)))).)))))).))).....)))))......... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......))))))((((((.(((..(((((..(((((.(........)))))).))))))))....((((((...(((.......)))......))))))..((((....((((...))))...(.(((((.....)))))).)))).(((((..(((((......))))).))))).......................(((((((((...((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....)))))(((((....((((((((((((((.((((....((((((...((((((((((...((((....))))..(((((((.(((((((....((((((....(.(((.((..(((.((.((((((((((.((((.....(((((...{{{.)))))......................((((....(((..(((((((......)))))))......((((....)))).......................)))....)))).((((((((((((......((((.(((....(.((.(((((....)))))..)))....))).)))).....)))))))))))).(((((....)))))..........((((((((((((((..((((..(((((...)))))..))))...............(((((...((((...))))...)))))((((((....))))))...)))))))))))))).................(((((((((((((((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..))).)).)))))))))))((((.....))))..(((..(((((....)))))......)))...(((((}}}.)))))(((((....))))).(((((((((.(.(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))...)))))))))).........)))))))))(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..((((........))))....)))))......((((((....))))))......(((.(((((((((.((.....((((((((((.((((.......))))).))))......((((......)))).)))))..))))))))))))))...................))))))).)))..))))))))))))......)))))))..))))))).))).)))))))......(((((.((((((((....))))))))((((((.((((........((((((.aaaa.....))).))).(((((((....)).)))))......AAAA........((((((((...........)))))))))))).))))))...((((((............))))))..........(((((........)))))..((((((((.............((((((((.(.(((((((((((((....)))))).....(((((....(((((....((((...)))).....))))).....)))))..........)))))))..)))))))))..............))))))))))))).)))))).(((((..(((......((((.......))))...))))))))((((((((.((((.[[[[[[.[[[[[[.((((((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).(((((...((((....)))))))))..(((....)).).((((((((....(((....)))......))))))))....((((((..((((((((.(((.....((((......))))....))))))))).).)))))))(((.(((((((.(((....))))..)))))))))..(((((.......)))))........))))))))))......[[[[[[[.[[[[))))]]]]..]]]]]]]((((((<<<...))))))>>>((((......))))((((.(((((...(((((.(((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))))))..)))))((((....)))).....))))))))..))))).....((((((.....((((((((.......))))))))))))))(.((..((((.((((((.......))))))).)))..))).((((........))))..(((((((((((.....)))))))))))((((....))))..(((.......(((((.((((((.....))))))))))).....))))))))).)).)))))...........((((((((.................))))))))))))).))))..]]]]]]]]]]]].((((((((((((......))))))).))))).)))))))).(((.....))).((((.(((((...))))))))).))))))))).))))))))).(((((...)))))bb.b.((((((((..((((..((((((((...............))))))))(((((...((((.((((((((((((....)))))...))))).)))))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).))))......))))))))..))))).((((((.....))))))........((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).)))).)))))).))).....)))))).BBB.... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((..(((((..((((..(((((...........))))).)))))))))..)))..((((..((.((..(..((((((.....(((....)))...(((.....))).........)))))).)..)).))..))))..(((.(((.(((((((((((..((((((.......((((((......)).))))......((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))..((((((((((((((.((((.((((...((..(((..((((((...(((((((((((...(((((((.(((((((.((.((((((....(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))...((((..((((....((((.((.(((..(((((((......)))))))......((((....))))..((........)).........))).)).)))).((((((((((((....((((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))..))).))))))))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))..(((.((((...(((((....))))).(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....)))))))))...))))))).))))...(((((((((((((.....)))))))))).)))(((((..((((........))))....)))))..))))((((((....)))))).........(((((((...........(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).))))).(.((((((((...(((.........))).))))))))).....)))))))...))))))...)).)))))))..)))))))......((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((.(....((((((((..((((((((((((..(((((...(((......(((.....))).)))...)))))...(((..(((((((...(((..(((..((((((.....................(((((.((.......)).)))))..((.((((.((((((....)))...)))..(((((.....((((((((.((((............(((((.((.(((((....)))))...((((((((((...)))))))))).)).).))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....)))))))))))).)))))....((((((......))))))....)))).)).))))))..))))))....)))))))..)))..(((((.((((((((..(((.((..((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))..)).)))...((((....)))).....))))))))..))))))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))............).))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).))))).))))))..........))))))..)))..)).))))..))))))))).))))))))).....))))))).))))..(((((((((.......((((((..(.(((((.(.(((.((.((((..(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).(((....))).......)))))).)))).)))))...)..))))))...(.((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))).....)))))....))))))))))..... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((..(((((..((((..(((((...........))))).)))))))))..)))..((((..((.(..................((....))....((((...))))....................).))..))))................((((...((((((................................((((......))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))))))..((((((((((((((..(((..............(((((.......((((....))))..(((((((.(((((((.((.((((((.............(((((((........)))))))......(((((.......)))))...................................(((((((......))))))).....................................................(((((((..(((......((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))).....)))..)))))))..(((((((.....((((((.((..((((((..((((((..((((..(((((...)))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....)))))).......))))))...)))))))........................(((.(((((((((...(((.....(((.((((((.(((.((((....)))).))))))))).)))...)))....))))))))))))...............(((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..........................((((........))))..........((((((((((.......(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...)))))))))).........................................))))))...)).)))))))..)))))))......))))).....(((((((.((((((((....))))))))(((((((...(((((((...(((((..((((((.(((......((((((.......))))))...................(((((((...........)))))))...............((((((............))))))...........((((........))))))).))))))))).))..(((....(((((((((......((((((((...(((((((((((...................((((...))))...............(((..(((((((...(((..(((..((((((............................(((((....(((((...............(((....))).......)))))......((((((((.((((.............(((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......)))...(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))(((.((((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))..((((((......))))))............))))))..))))))....)))))))..)))...((((.((((((((..(((.((..((((((((((.........(((((....((((.....(((.(((((....)))))..)))........)))).....)))))))))))))))..))...))).((((....)))).....))))))))..)))).)))))))).)))...(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............)))))))))..)))....)))))))........................(((....)))........)))))))..)))))))(((((((......)))))))...................................................))).))))).)))))))))......)))).........(((((((((.......(((((((...(((((.(.(((.(..((((..(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...))))..................))))..))))).))))).....))))))).....((((((((....(((((..(....)..)))))...)))).))))......)))))....))))........... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((......)))))).(((((((.((((((((((...(((((((((((.((((....((((((.....((((((...(((.......)))......))))))..((((....(((.....))).....(((((.....))))).......(((((..(((((......))))).))))).)))).....((((((......)).))))......))).)))...))))....(((((..((((..((((....))))....))))....))))).))).)))))))).((((..((..(((....((((......)))))))......(((((((((((...(((((((.(((((((.((.(((((((((.(((......(((((((........)))))))......(((((.......)))))..)))...........((((.(((((..((.....(((((((......)))))))....((((.(((((..(((((((......(((.((....))))).((..(((((((((((..(((......((((.(((......((.(((((....)))))..)).....))).)))).....)))..)))))))..(((((((.....(((((((((..((((((..((((((..((((..((((.....))))..))))...((....)).....((((...((((...))))...)))).((((((....))))))...))))))..))))))..))....((((((...(((((((((((..((((...(((((((....)))))))....))))....(((..(((((......)))))..)))....)))))))))))((((.....)))).....))))))......)))))))...)))))))...)))).)).)).))))).....(((.(((((((((...(((.....((..((((((.(((.((((....)))).)))))))))..))...)))....)))))))))))).....(((((((((((((((((((((((.....)))))))))).)))(((......)))..............))))))..))))((((((....))))))))))).))))((((((((((.......(((((((((..((((.......))))..))))......((((......)))).)))))...))))))))))...)).....)))))..))))................))).))))))...)).)))))))..)))))))......((((((....(((((((.((((((((....))))))))((((((((.((((((((...(((((..((((((.((.......((((((.......))))))..((((..((((...(((((((((((...........))))))))...))).))))...((((((.((.....))..))))))....))))..(((((........))))))).))))))))).))..((((...(((((((((......((((((((..((((((((((((((.((((...(((((....(((.....))).....))))).....(((..(((((((...(((..(((..((((((..........((((..(((((((((.(((((((....(((((...((...))..((((((....)))...))).)))))......((((((((.((((............((((.....(((((....)))))...((((((((((...))))))))))......))))..(((((((((...(((((...........((((((((....(((....)))......))))))))....((((((...(((((((.(((.....((((......))))....)))))))).))..))))))((((.(((((..(((....)))...)))))))))..(((((.......))))).........)))))...)).)))))))....))))))))))))...)))))...)).)))))...))))...))))(....).))))))..))))))....)))))))..)))........((((((((..((((((..((((((((((.........(((((....((((..((.(((.(((((....)))))..)))..))....)))).....)))))))))))))))..))..)))).((((....)))).....)))))))))))).)))))))).))))))..(((((((((.......)))))))))......((((((((..((((((.......))))))......(((....)))..))))))))...(((((((((((.....)))))))))))((((....)))).))))))))...(((((.((((((.....)))))))))))..............))))))))).))))....)))))))).(((((..(((...((....))))).))))).........))))))))..))))))).((((((......)))))).)))))).)))))).))))).....))..)))).))))))))))...(((((((....))).)))).......)))))))..(((((..((((((((((.......(((((((...(((((...(((.((.((((..(((((...((((...((((((((((....)))))...)))))...)))).)))))...((((..(((((...........)))))...)))).(((....))).......)))))).)))..))))).....))))))).(((.((((((((..(((..(((......)))..)))...)))).))))..))).)))))....)))))....))))). |