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UCUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUUGUACUGUAUAUAAUAUAUAGUGGCGCACGGGUGCAUAACACGUAAGAACCUACCCUUGGGAGGGGAACAACGUCUGGAAAUGGCCGAAAAUACCCCGUUAGCUGAGGAGCAAUAGGAGGAAUUCGCCCAAGGAGGGGCUCGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGCAAUAGCUUACCAAGGCGAUGAUCAGUAGCUGGUCUGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCUGACGGAGCAAUGCCGCGUGGAGGUAAAAGGCUUAUGGGUCAUGAACUUCUUUUCCCAGCGAAUAAAAAUGACGGUAUCUGGAGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUGAUUGGGCGUAAAGAGUCUGUAGGUGGCUUUUUAAGUCCGUCGUCAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGUAAUACGGUGGAAACUAUCAAGCUUGAGUACGUUAGGGGCAGAGGGAAUUUAUGGUGGAGCGGUUAUAUGUGUAGAGAUCAGAAAGAACACCAACGGCGAAAGCACUCUGCUGGGACGAUACUGACACUGAGAGACGAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGAUACCCCGGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAAGCGCUGUGUAUCGACCCGUGCAGUACUGUAGCUAACGCAUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUAUGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGGCGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAAAGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUGCCGCGAAUCCUAUCGAAAGAUAGGGGUGCCCUCGGGAACGUGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCCCCUAACGAGCGCAACCCUCAUGUUUAGUUGCCAUAUAGGAACUCUGAGCAGACUGCCGGUUAUAAGCCGGAGGAGGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCGACACACGUGCUACAAUGGUCGGGACAAAGGGCCGCAAUACCGCGAGGGCGAGCUAACCCCAAAAACCCUUCCUCAGUUCGGAUUGAAGGCUGCAACUCGCCUACAUGAAGUAGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGUGAAUUUGUUCCCGGGCCUUGUACACACUGCCCGUCACACUAUGGGAGCUGGGCAUACCCGAAAUUACCUUAACUACAAUUUUAAGUAGGGGGAUGACGAAGGUAGGACUAGUGACUAGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
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|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((..((((((((..(((.((((........(((((.((((((((.((((((......(((((((((...)))))))))..((((((((.......((((.....(((.((....)).))).....)))).......(((((((.......((((((((((.((((....((((((..((((((((......((((..(((((..(((((((((((.(((..((...((((....))))..)).))).))))))).))))..)))))...))))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..))))))))...((((.((((..((((.......))))....))))....))))....)))))))))))))).........))))))..((....)).......))))))).(((((((((.((....)))))...))))))((((((((((((..((((.......((((.(((((((((.......))))))))).))))...(((.(((((((..((((..((((......(((((....((....))....((((((((...(((((((........(((((..(((......))).......((.....)).)))))...((....)).)))))))..)))).))))..)))))..((.(....)))))))))))...))))))).)))...))))..((((....((....))..))))....)))))).)))))).)))))))).))).))).((....)).)))))))).))))).(((((((..((((....))))...))))...((...((((((.((((.((((..((((((((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).)))))....))))))....((((((....)))))).(((.((.((....)).)).))).....))))..)))).))))))((((((.((((..(((((((((((..((((((((...(((((.((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))...((((((.....)))))).(((((..........)))))......)))))....)))..)))))....)))).)))))))))).).)))))).....)).....))).)))).)))..))))))))..((...((((.(((((.....)))))..((((((((....(((.((((.((.......(((((....((((((((((..((....))..))))..........)))))).(((....)))....)))))....((((........))))..)).))))...)))...))))))))...))))..))...........((((((((((....))))))))))......))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(((((((((..(((..(((........(((((..(((((((.((((((......(((((((((...)))))))))..((((((((.....(((((.....(((((((((((((.((((......(((.......)))........))))....(((....)))....(((....))).)))))))..((((((((((((((((((((..(((((.((((....))))))))))))..((.(((...(((((((.........)))))))....((((((...(((((.((((((..((((....)))).....(((.......(((((((....((((...(((.....)))..))))..)))))))......)))..)))))).))....)))..))))))..........)))))...((((((......(((((......(((((((...((....)).....))))))))))))........)))))).)))))))))))...)))))))))))).((((.....(((((((((..(((((((..((((..((((......(((((....((....))....((((((((...(((((((........(((((......((((....)))).............)))))...((....)).)))))))..)))).))))..))))).............))))))))...)))))))........((((.......))))...)))))))))...))))..)))))....)))))))).))).))).((....)).)))))))..))))).(((((((..((((....))))...))))...((..(((((....((((......((((((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..)))))....(((.(((..((((((((((((.(((((((((....)))...(((.......)))..))))))...((((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.((((((...))))))))))))))...))))))....))))))...))))))...))))))).......)))))))....(((((.........)))))...))))))..))))..)))))..)).....))).)))..)))..))))))).((((...((((.(((((.....)))))..((((((((.(((((((..........)))))))...(((((((((..((((.((........(((((......))))).)).)))).(((..((((((...........))))))..)))..))))..)))))......))))))))...))))..))))...))..((((((((((((....)))))))))..)))..))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((...................(((((((((...)))))))))...............................(((((((.................................................................)))))))........................................................................................(((((............))))).............................(((((.................)))))..)))))))........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))....................................................((((((((.......(((((.....)))))....)))))))).........................(((((((.............................................................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((....(((((((........)))))))..................))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((...............(((((((....)))))))..............................................................................................(((((((................))))))).....((((((...)))))).......................................)))))))......))))))))............................((....)).......................................((((........)))).......................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................(((((........................................................)))))........................((((((((((....))))))))))............. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......(((..((....((...))....)))))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(((..(((..((.........))..))).)))......))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................((((..(((((.((((((.(.....(((............(....((...))....)...................((((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((....))...............))))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((.................)))))))))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.((((((((((....((((((((.....)))))))).))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(..........)...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))...............((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((.(.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........))))))...................((((.(((..((((((((((((....(((..(((..((.........))..))).)))......))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).....(((((.......))))).......(((((((.....)))))))....................(............................)........................(((((((...................(((((((............((..((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))..))(((((.........)))))......(((((.(.........)))))).((((....)))).........................))))))).)))))))...............((((.....((((....)))).....))))....................(((....((((((.(((..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....))).))))))..((.(((((.(((((((((.......))))))))).))))))))))....((((((((....................................((.((((((((((((((........(((((...............................)))))............))))))).((((....((((((((...........((((((((..................))))........)))).................................................................(((((((....((((.(((((....)))))..)))).........)))))))..((((....))))...........((((..((((........))))))))..........................(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).)))............((((....))))...........)))))))).....))))))))))).)).......((.(((((((...((.....))....)))))))...(.(((((.....))))).)))((((...((((((.....))))))..).)))....))))))))............(((((.(((.((.(((((.......................................................................(((((.....)))))...........(((((((..........)))))))...)))))..))..))))))))..............((((.(((..(((((...((((((..(((.(((...((((........))))))))))..))..))))...)))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((((((((...)))))))))))......(((......((((.((..((...(((((((.((((......(((.......)))........))))....(((....)))....(((....))).)))))))..)).)).))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(.(((....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....))))..(((((((...................)))).)))...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).))))))))))))).......(((.....(.((((.(.(((.((((..(.((((((((((.......(((((.....)))))....))))))))..)))..))))...((((((((...((((((((...(((.((((...(((......)))......)))).)))...).......((....)).)))))))..)))).))))...))))..))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..((.(((((............))))).))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((...((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((...............(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).))).((.((((..((((((.((...(((((.(((....)))...(((......)))....)))))...((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))........)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...((..(((.....(((..((....((....))....))...)))......)))..))......(....((.((((........)))).))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).)...(.(..((...((((.(((..(((((.(.((((........((....((((........)))).)).........)))).).)))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).)).((((((((.......)))))......(((((((((...))))))))).................((((.....(((.((....)).))).....)))).....................(((((((((..................((((((((...........((..((((((((((..((((((((.(....))))))))))))..)))))))..))(((((.........)))))......(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..)))))))))))))))))........)))..((((((....((((....))))....))))))..................(((((...((((((.(((..(((((......(((((((((.((....)))))...)))))))))))....))).))))))...(.(((((.(((((((((.......))))))))).)))))))))))...((((((((................(......)......()(((.((.((((((((((((((........(((((...............................)))))...((....)).))))))).((((....((((((((...........((((((((..................))))........))))...........(((((....()....))))).......((..((((...((....))....))))((((((((...((((.(((((....)))))..)))))........)))))))..((((....))))....))....(((((..((((........)))))))))(....).(((.......))).(...(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).)))..).(((((..(((((....))))).)))))....)))))))).....))))))))))).)).)))...((.(((((((...((.....))....)))))))...(.(((((.....))))).)))((((...((((((.....))))))..).)))....))))))))........(((.(((((.((((((((((((....................((((...............(..((.......))......).......))))(((((.....)))))...........(((((((..........)))))))...))))).)))).)))))))))))........(..((((.(((..(((((.(.((((((..(((.(((...((((........))))))))))..))..)))).).)))))..))).)))))...........((((((((((((....))))))))))........))... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.............((...)).........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....(((....)))...............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((........))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((......((.(((..(..(........)).)))...)).....))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((..(((((.)))))..)))))................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..((((((....)).))))..........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...))))..((.(((((..((....)).......))))).))....(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((......)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((.....)).)).))))).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).)).)))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((..((((....(.((((((..((..........)).)))..))).)...))))..))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))))(((((.(((((...)))))))))).......(((((..[[[[.)))))..]]]](((((((((...)))))))))((((....)))).((((..(((......)))[[[[[[[.((((......(((.......)))........))))))))(((....)))....(((....))).]]]]]]].....(((....((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..[[[[[[[.))).....]]]]]]]....(((((.......[[[..))))).((((....))))......]]](((((..(((((.....(((....)))..)))))..[[[[[[...((((((....((((....))))....)))))).)))))...............]]]]]]...............(((((..[[[[[[......))))).......]]]]]]((((((((((((..((((......(((((.(((((((((.......))))))))).)))))..(((.(((((((..((((..((((.......(((((...))))).(((((.((((((((...(((((((........(((((..(((......))).................)))))............)))))))..)))).))))...............)))))))))))))...))))))).)))...))))((((.....((((.....))))..)))))))))).))))))..((((((((....))))................[[[[[[[))))((((..((((....))))...)))).........]]]]]]]..((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]].....(((((........[[[[[..(((((((....)))))))..)))))......]]]]]...........(((((((((....)))).)))))(((...[[[..(((......)))...)))..]]].((((((.(((((((................))))))).....(((((.....)))))..))))))(((((((((.....)))))).[[[[[))).......]]]]].....(((......)))...(((......((((((.........[[[))).)))...)))......]]](((....[[[)))..]]](((((.......(((((.....)))))...........[[[[[[[..)))))...]]]]]]]....(((((((((((...(((........((((........))))......)))..)))....[[[[[[[..((((........))))))))))))..]]]]]]].......((((...[[[[)))).........((((((((((....))))))))))..]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...))))))))))((((((((((((.......))))).......((((((((...)))))))).((((....)))).....((((.((..(((..(((((((.((((.....((((.......)).))......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)).))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....)))))).(((((((...(((.....)))..)))).))).(((((....((((....))))....)))))...((((((((........((((((..((((((......((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))....))))))......((((.(((((((((.......))))))))).)))).))))))..((((...((((..((((((...)))).)).(((..(((....)))....)))..))))...))))......((((..((.(((....((((..............)))).))).)).....)))).))))))))((((.((((.((((((.((.........(((((((....(((........)))((((((((..((((.........((...((...((((.(((((((((((((((.(((((...((....))....)))))((((((....((((.(((((....)))))..)))).........)))))).(((.((....)))))...))))).))......)))))))).)))).))..)).......)))).))).)))))....(((((((....))))))).((((((((...((.((....)).))...(((((((((....)))).))))).....(((((((((((..((((((((...(((((.((((((.(((((((...((.....))....))))))).....((((((...))))))..))))))...((((((.....)))))).(((((..........)))))......)))))....)))..)))))....)))).))))))).)))))))).)))..)))).........))))))))))))))))...)))))......(((((.....)))))...))))))).(((((((..........)))))))...((((((..(((((..((....))..)))))...((((.(((..(((((...((((((..((..(((((.((.........)))))))..))..))..))))...)))))..))).)))).......)))))).((((((((((....))))))))))......))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...))))))))))....((((([[(({{{...............(((((((.....)))))))...{{{{{{{{......{{{............(((((((.............(((....))).........dddd.............................)))))))............((((((((((..(((((((.((....))))))))))))..)))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))........DDDD..............(((....)))......))...)))))............(((......)))....................................((((((......((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))....))))))......((((.(((((((((.......))))))))).)))).......(((((((..((((..((((...............................(((....(((((((........(((((...............................)))))...((....)).)))))))...)))......................bbb))))))))...)))))))..................BBB........................}}}.....}}}}}}}}.........((....))..}}}..]]((((((....((((.(((((....)))))..)))).........)))))).((.(((....(((((...((((((.......((((........))))........(((((((...............(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).)))..........((((((.((((((((((.(((....)))...................)))))...((((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....)))))))))))))...aa))))).)).))))AA...........))))))).......))))))ccccc.ccc....ccccc..........)))))....))).))..............................................(((((.....)))))...........(((((((..........)))))))...CCCCC......CCCCCCCC..............((((..((..(((((...((((((......((....((((........))))..))....))..))))...)))))<<))..))))...>>..........(((((((((....))))))))).............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((.((...)).)).))...................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((....)))....(((....)))))))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....))))..................(((...(.(((....)))).)))......(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(........)....)))))))))...))).))))....((((((((.((....)))))...))))).....................................((((.(.((((((((((((.((((((((((....(((((((.....))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((......)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((......(((((((..(((((((....))))))..).((....))...))))))).................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((...(((((((.(((((())).)))..)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))....................((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....))))))............(((((((........)))))))....................(((((((..........))))))).............(((..((....))..))).....((((.(((..(((((((((((((...((((..((((((....(((..))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...))).................................(((..((.(((.((.)).))).)))))................((((((..((...((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).((...........))............))))))))..)).))))))..(((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...)))))...((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))......(((.....))).(((...(.(((....)))).)))......(((((((.(((....((((((....))))))...)))..((((((((.(..((.)..)..).....))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).......................................(.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....))))))))))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)..(....).(((((..((...((((.........))))))..)))))..(((........((((((((((((((((((......)))))))))))....(....)....)))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....)))........((((.((......)).))))......((((...(...))))).........((((((.......(((((((..((((((....))))))....((....)).)))))).)...((.(..((((((.(((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((((..((((((((.(((..).))))..))))))...((.(((((.....))))).))))...)))))))))...).....)))))))))....))))))....................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..)))).....(((.(((..((((((((((((.(..((((..((.(((((.(.....))).)).)))))))..)))))))))))))..))).)))...............((((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((((.((((((...))))))))))((((((((((((.......))))).......((((((((...)))))))).((((....)))).....((((.((..(((..(((((((.((((.....(.((.......))..)......))))....(((....)))....(((....))).))))))))))..)).))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..(((((((.........)))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))(((((.((((((....))))))...(((((...(((.....)))..)))).)...(((((....((((....))))....)))))....(((((((........(((((...((((((..(...((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..)).)..))))))......((((.(((((((((.......))))))))).))))..)))))...(((((((.....))))(.....)((.((...)).))........................)))......(((((...............................)))))...((....))....))))))).((((.((((.((((((.((.........(((((((....(((........)))((((((((..((((.........((........((((.(((((((((((((((.(((((...((....))....)))))((((((....((((..((((....))))...)))).........))))))...((((....))))....))))).))......)))))))).)))).....)).......)))).))).)))))....(((((((....))))))).((((((((...((.((....)).))...(((((((((....)))).))))).....(((((((((((..((((((((...(((((.((((((.(((((((...((.....))....))))))).....((((((...))))))..))))))...((((((.....)))))).(((((..........)))))......)))))....)))..)))))....)))).))))))).)))))))).)))..)))).........))))))))))))))))...)))))......(((((.....)))))...))))))).(((((((..........)))))))...........(((((..((....))..)))))...((((.(((..(((((...((((((..((..((....((((........))))))..))..))..))))...)))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))......))))... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((...)).)).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))(...)((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....(((.((((..((.........))..)))))))......))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.((...)).)).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(...((((((....))))))....).)))).....((....)).....((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))...))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))..........(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((.....)).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....(((.((((..((.........))..)))))))......))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
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PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((....((...))....)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((.................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.((((......((((((.....))))))...)))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((......))..))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.....))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(((..(((.................))).)))......))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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|
RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((((((..(((.((((........(((((.((((((((.((((((......(((((((((...)))))))))..((((((((.......((((.....(((.((....)).))).....)))).......(((((((.......((((((((((.((((....((((((..((((((((......((((..(((((..(((((((((((.(((..((...((((....))))..)).))).))))))).))))..)))))...))))...(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..))))))))...((((.((((..((((.......))))....))))....))))....)))))))))))))).........))))))..((....)).......))))))).(((((((((.((....)))))...))))))((((((((((((..((((.......((((.(((((((((.......))))))))).))))...(((.(((((((..((((..(((((.....(((((....((....))....((((((((...(((((((........(((((..(((......))).......((.....)).)))))...((....)).)))))))..)))).))))..))))).....(....).)))))))))...))))))).)))...))))..((((....((....))..))))....)))))).)))))).)))))))).))).))).((....)).)))))))).))))).(((((((..((((....))))...))))...((...((((((.((((.((((..((((((((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).)))))....))))))....((((((....)))))).(((.((.((....)).)).))).....))))..)))).))))))((((((.((((..(((((((((((..((((((((...(((((.((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))...((((((.....))))))..((((..........)))).......)))))....)))..)))))....)))).)))))))))).).)))))).....)).....))).)))).)))..))))))))((((...((((.(((((.....)))))..((((((((....(((.((((.((.......(((((....((((((((((..((....))..))))..........)))))).(((....)))....)))))....((((........))))..)).))))...)))...))))))))...))))..)))).........((((((((((....))))))))))......))))... |
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RSpredict(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................((.(.(.(.((.(....(((.(....(......(....)..............).....(.(..((.....(.(.(....((...........))......................).).).((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....))))))))..)).)...).....)...)))..)....((((((.....((....)).).)))))..))..)....((((....(...((...)).)......)))).(((..(((......(...)........)))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))........)...............((.....((.....((((((((..(.(.(((.((((....(..(((((.....)))))..).)))).)))...))..))))...(((.((((...((.(((.((..(((.((((...(((......)))......)))).))).....))....((....))..))).))..))))..)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.((.(((((............))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.(.(....((.....(....).)).................)).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........((..(((......))).))))))))(...((.(..(((((((...((.....))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((..((......(((..((....((....))....))....))).....))...))...))((.(..((.((((........)))).)).....).)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...(((((...((((.(..(((..((...((.........))....)))))..)...))))...)))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
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RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................((..((.(.((.((.(....(((.(......................(......(..(....(..(((................)...........................))..)..)..)...((((((.(((...(((((.(.......).))))).)))...))))))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....))))))))..)............)...)))..)....((((((.....((....)).).)))))..)).).)...((((....(...((...)).)......)))).(((.((((......(...)........)))).)))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))....................).))((.....((.....((((((((..(.(.((((((((....(..(((((.....)))))..).))))))))...))..))))...(((.((((...((.(((.((..(((.((((...(((......)))......)))).))).....))....((....))..))).))..))))..)))..))))....).)....))(((((..((....(((.........))).))..)))))(((....((((((((((((.((.((((((........)..))))).))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......(((((((....(..((.(....).))).............))))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........((..(((......))).)))))))).....((((.(((((((...((.....))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((..((......(((..((....((....))....))....))).....))...))...))((.(..((.((((........)))).)).....).)).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...(((((...((((....((...(((.................)))..))......))))...)))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...(((((((..(((.((((........(((((.((((((((.............(((((((((...)))))))))..((((((((........((..........((....))..........)).........((((((.......(((((((((...................(((((((......................((....(((((...........)))))..))......................................(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....))))))..))))))).)))))))))......................................................................................))))))..(((((((((.((....)))))...))))))(((((((((((...((((.......((((.(((((((((.......))))))))).)))).....(.(((((((..((((..((((...........................((((((((...(((((((........(((((...............................)))))...((....)).)))))))..)))).))))............(....)..))))))))...))))))).).....)))).............................))))).)))))).)))))))).........((....)).)))))))).))))).(((((((..((((....))))...)))).......((((....(((.(((....((((((.(((((((((((....(((........))).........(((((((.......(((((...(((((((....)))))))(((.((.((....)).)).)))..)))))....(((...((((.(((((((((....)))..................))))))...((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))......))))....)))..............)))))))..))).)))))))).....((((.........))))....))))))....))).)))....))))...))).)))).)))..))))))).((((...((((.(((((.....)))))..((((((((...............................((((((((((..((....))..))))..........)))))).(((....))).............((((........))))..................))))))))...))))..)))).........((((((((((....))))))))))......))))... |
|
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((..((((((((..(((.((((........(((((.((((((((.((((((......(((((((((...)))))))))..((((((((..(((.((((.....(((((((((((((.((((.......((.((......)))).....))))....(((....)))...............)))))))..(((((((((((..(((((((..((((((((.......)))))))))))...........(((((...((((((((((((((((...(((((.(((.....)))))))).((((.(((...((((((.(((((......)))))....(((....)))......))..)))).)))))))......))))....))))))...))))))...))))).................((((((......((....((...(((((((((.((....)))))...))))))...))..))....)))))).))))..)))))...)))))))))))).((((.....(((((((((..(((((((..((((..(((((......(((((...))))).......((((((((...(((((((........(((((..(((......))).......((.....)).)))))...((....)).)))))))..)))).))))...................)))))))))...)))))))........((((.......))))...)))))))))...))))..)))))))..)))))))).))).))).((....)).)))))))).))))).(((((((..((((....))))...)))).......((((.((.(((.(((....((((((.(((((((((((...((((........))))........(((((((.......(((((....((((((....)))))).(((.((.((....)).)).)))..)))))(((((((((....)))).))))).((((((.((((((........))))))..((...((((((.(((((((...((.....))....))))))).....(((((.....)))))..))))))...((((((.....))))))..)).)))))))))))))..))).)))))))).....((((.........))))....))))))....))).)))..))))))...))).)))).)))..))))))))((((...((((.(((((.....)))))..((((((((....(((.((((.((.......(((((....((((((((((..((....))..))))..........)))))).(((....)))....)))))....((((........))))..)).))))...)))...))))))))...))))..)))).........((((((((((....))))))))))......))))... |
