|
|
|
UCUCAUGGAGAGUUCGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGUGGCAUGCUUAACACAUGCAAGUUGAACGUAAAAUGGUCUUUUAAGUGGCGAACGGGUGAGUAACGCGUAAGAAUCUGUCCUUGGGAGGGGAACAACAGUUGGAAACGUCUGCUAAUACCCCAUAGACUGAGGAGUAAAAGGAGGAAAUCCGCCCAAGUAGGAGCUUGCGUCUGAUUAGCUAGUUGGUGAGGAAAUAGCUUACCAAGGCAAUAAUCAGUAGCUGGUCCGAGAGGAUGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCUUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUUUUCCGCAAUGGGCUAAAGCUGACGGAGCAAUGCCACGUGAAGGUAAAAGGCCCCUGGGUCAUGAACUUCUUUUACCAGAGAAUAAAGCAAUGACGGUAUCUGGUGAAUAAGCAUCGGCUAACUCUGUGCCAGCAGCCGCGGAAAUACAGAGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUUAUUGGGCGUAAAGCGUCUGUAGAUGGCUUUUUAAGUCUGCCAUAAAAUCCCAGGGCUCAACCCUGUACAGGUGGUAGAAACUAUAAAGACUUGAGUUUGGUAGGGGCAGAGGGAAUUUUCGGUGGAGCGAUAAAAUGCAUAGAGAUCGGAAAGAACACCAAUGGCGAAGGCACUCUGCUGGGCCAAUACUGACAUUGAGAGACUAAAGCUAGGGGAGCAAAUGGGAUUAGGUACCCCAGUAGUCCUAGCCAUAAACGAUGGAUACCAAGUGCUGUGUGAAUCGAUCCAUGCAGUGCUCUAGCAAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGUUCGCAAGAAUGAAACUCAAAGGAAUUGACGUGGGCCCGCACAAGCGAUGGAGCAUGUCGUUUAAUUCGAUGCAAAGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGUUAUGCCGCGAAUACUCUUGAAAGAGAGGAGUGCCCUAGGGAACGCGGACACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGCCGUAAGGUGUUGGGUUAAGUCCCAUAACGAGCGCAACCCUCGUGUUUAGUUGCCAAUACUUAGUUUGGAACUCUAAACAUACUGCCGGUGUUAAGUCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCUACACACAUGCUACAAUGGACAGGACAAAGGAUUGUAAGUCCGCGAGGUUUAGAUAACUCCAAAAACCUGUCCUCAGUUCGGAUUGCAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGCCGGAAUCGCUAGUAAUCGCCGGUCAGCCAUACGGCGGUGAAUUAGUUCUCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACUAAAAGAGCUGGCUUUGUCCUAAGUCAUUUUUACCUUAACCACAAAGGAGGGGGAUGCCAAAGGCAGGGCUAGUGAUUGGAGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((...[[[.))))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..((((((((.....)))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...(((((((....)))))))....)))))....(((....)))....(((.....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((.(....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(..........)....))))))..)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....(((((((...)))))))...)))))))))..)))))))).)...(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....))))))))))))))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....)))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((..(((((.((...)))))))...))))))).....(((((.....))))).......)))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((........))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((((((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.....((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........((((((.(((((((...(((((..((((((((.((..(((.((((..(..((((.....(((.((....)).)))......)))).....)..))))......(((.....)))((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).....(((((((....))))..((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).))..(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..))).))))))))))....))).......)))))).......(((.(((..(((((.......((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((.........((((..(((......))).......((.....)).))))....((....)).))))))).))))).))).)))....)))..))...(((((.((......((((((((((....))..)))))))).((((.....))))...)).((..(((((((........)))))))..)))))))..))))))))..))))))))).........(((((....)))))..))).))))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).....(.((.(((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..))..)))).....))).)).)..(((((((((....))))))))))))))))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.....(((((.((((..((((.((((((.(((((((((((....((.((.........((.....((((((....(((((...((((..(((...(((((((..(((...((((((.((((.....(((.((....)).)))......)))).........(((..............))).))))))..))).)))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)))..)))).((......)).)))))...))))))...))..((((((..((((....))))......((((((....))))))..))))))...))))...))))).))))))....((((....((((....))))....))))..(((((((((...................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))(((.((((((((...((((((((....))).))))).......((((.((..((((((..((((..((((((...((((((....))).......((((((((((((...(((((((((..((((((((.....................)))))))).....))....((....)).)))))))..)))).....))).)))))..)))...)).))))))))...)))))))))))).))))))))))).))))....(((((((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....))))))....((((((((..((((....))))...))))...((...(((((.(((((((.((.((((((..(((((((.((((..((((........))))))))....(((((((........(((((..(((((((.......)))))))((....))..)))))....(((.(((..((((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((........))))....)))))))..((.((((.......)))).))....))))).)))))...))))))...))))))...))))))).......))))))).....(((((((.....((((((((((.((....)))))..)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..)).))))...((((..((..((((((((((((......((((((..((((.......))))...)))))).....))))))))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))..))))... |
|
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................(((((((...........................................................(((((((...............((((...........................))))..........................................)))))))(((((((.....((((((((.......)))))))).....)))))))..(((((((.........)))))))....(((((............))))).............................(((((.....(((....)))..)))))..)))))))..........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))...................................................................(((((.....)))))..................................................((((((((.....................)))))))).....................................................................((((.........)))).....................((((((..(((((((((((........)))))))))))................)))))).............(((((....)))))....................(((((((............(((((((...............................(((((((........(((((....(((((....)))))...............)))))............................................................................................................................................................................))))))).......))))))).....(((((((................((....))..................)))))))...........(((((((........))))))).......................................................)))))))............................((((((((((((...........................................))))))))))))............................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((.....(......)....)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((.....(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((((.........)))).((((.((((((.((((((.(.....(((...........((....((......))...))..................((((((((.((...((((((((((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....))................))))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((...................))))).)))...(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((..(((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))...))))))).)...((((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((........(((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).....((.(((...((((.(.((((((((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).))..........))))).)..))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))......((...(((((((........)))))))......))..))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((....((((..((.....)).)))))))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(.((((.((((((...)))))))))).).....(((((.......)))))...........................................................(((((((..((((.....(((.((....)).)))......)))).....)))))))...((((((((..((((................((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).(((((((((................(((((((.......(((((((..((((((((...((....((((((....)))))).....))...((((((((((((.(((((((............(..(((((((.(((...((((((((...((((..........((((....((((((......((((((.....(((((((...((....)).....)))))))...........................(((.....)))...................((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..................(((((...(((((((.....((((((((...............................)))......)))))...)))))))..))))).....................((((((........((((.........)))).....))))))............((....(((((((((((.(....).)))))))))))..................))..........((((.(((((....)))))..))))....................((....))((.........))........))))))...............))))))....))))...........))))...)))))))).))).)))))))..)..........))))..))).))).)))))))))....))))))))..))))))).)))))))....(((.......)))((((((((...((((........))))....)))))))).............((((.....((((....((((((.....)))))).....))))........))))................(((((((.....(((.(((....((....)).....)))..))).....)))))))......(((..(((((((........))))))).....))).....((((((.(((((((..........)))))))..)))))))))))))))................((((.((......((((((((((((.(..(.(((((((.((((.......))))..))))))).)..)))))))))))))....)).))))..............(((((((((....)))))))))))))..)))))))) |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.....))).....(((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.(((((.....))))).)))))......(((......(((((((..((....((((((.((((.....(((.((....)).)))......))))..................(((.....))).))))))...)).)))))))(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(((.......))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...................))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))))(((...(((((.....)))))...)))(((((...))))).............(((((.....)))))..((((((....................((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).))).................((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((........)))))))))))...((....)).....))))))))))))(((.....((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.(((((((.......((((........))))........(((((((......((((((.....(((((....)))))..((.((....)).)))))).))..((.((((..((((((.((...(((((.(((....)))..((((......))))...))))).....((((.(((((((...((((........))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))....)).).)))...))))))))....))))))).......))))))).)...(((((((.....(((.(......((....))........).))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((..((..((((((((((((....(.((((....((((..((.....)).)))))))).)...))))))))))))..))..))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((.((((.((((((...)))))))))).))....(((((.......)))))...........................................................(((((((..((((.....(((.((....)).)))......)))).....)))))))...((((((((..(((((((.(((......)))((..((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..)).(((((((((................(((((((.......(((((((.(((((((((..(((..(((((((((())))))))..)).)))..((((((((((((.((((((((((.........(..(((((((.(((...((((((((.(.((((.((...((.((((((((.((((((((....(((((((....(((((((((.((....))))...)))))))((((.......))))..........((((((...))))))........((......(((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..).....)).....((((((((...(((((((....(((((((((...(((...............))).......)))......))))))..)))))))..))))).))).................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))((.......))(((((..(((((((((((.((())).)))))))))))...((....)).....)))))((.....))((((.(((((....)))))..)))).........(((((((())(((....)))......)))))).......))))))).............)))))))))).))))))...))..)).)))).).)))))))).))).)))))))..).....)))..))))..))).))).)))))))))....)))))))).)))))))).)))))))....(((.......)))((((((((...((((........))))....)))))))).......((((..((((.(...(((((...((((((.....))))))..)..))))....)...))))..)))).....((...(((((((.....((((((((((.((....)))))..)))).))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....))))....((((((.(((((((..........)))))))..)))))))))))))))((((..........(.((((.((..((..((((((((((((.(..(.(((((((.((((.......))))..))))))).)..)))))))))))))..)))).)))).).....)))))))(((((((((....)))))))))))))..)))))))) |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.............((.....)).........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(..........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))).))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))..(.(......).)))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((...(.......)))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))....))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((.....(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((...(((.....)))...)))))...............(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)..............................)))))))..)).)))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...(((.(....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((......(.(.)).......))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))).))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..(((((((((.......((........))..........(((((((......(((((((..(((((((....))))))).(.((....))).))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((............))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).)).)))....)))))))...)))))))....).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))...))...))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((....(((...((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...))))(((((.(((((...)))))))))).......(((((.[[[[[.)))))..]]]]]...................(((((.........(((...(((((((..(((((((((((..((((.....(((..........)))......)))).....)))))))......(((.....))).......))))..)))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..))).((((....)))).....))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).((((.((((((....)))))).....[[[...))))....]]]..(((.....[[[[)))...((((....)))).....]]]].(((((((((..........[[[......)))))))))....]]](((((..[[[[[[[.....)))))......]]]]]]]((((....)))).............((((..[[[[[)))).......]]]]].....((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((....((((((((...(((......)))......)))))))).........[[[[.......)))))))..]]]]................(((...[[[[[[[.......[[[[....)))..]]]]....]]]]]]]..........((((((..(((((((((((........)))))))))))........[[[[[[[[))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..]]]]]]]].....(((.((((((((.....))))))))..[[[[.)))....]]]]..........(((((........[[[[[....(((((....)))))....)))))......]]]]].....((((((...((((....))))(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....[[[[((((((((...((((........))))....))))))))))))))............]]]]...(((((((((((.....))))))..[[[[))))).....]]]].................(((((((((((....))))..(((...[[[.....)))..]]]......)))))))(((.[[[[[..(((((((........))))))))))..]]]]]...(((....[[[[[[[...)))....]]]]]]]...(((((...(((((............)))))....)))))....((((((((((........(((((((.((((.......))))..)))))))[[[[...))))))))))..]]]].((((.........[[[[((((((((((....))))))))))..))))..]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((.(((((.((((((...))))))..((....)).(((((.......)))))..(((........))).(((........)))..(((.((.....)).)))..))).)).))).)))))((((.....(((.((....)).)))......))))....(((....))).((((((((..((((((((((...((((((((((((.((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).((((((....(((.....)))...))).)))((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))..(((....)))..(((((((((.((....))))...))))))))))))))))....))).......)))))).......(((.(((..(((((.......((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((((..((((((((...((........))......)))))))).....))....((....)).))))))).))))).))).)))..((((((.((((.(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........((...)).(((((((((((........)))))))))))(((((...((((((((........(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..))))))))....(((....))).((.(((((((.((...(((((..(((.(((((.(..(((....))).)))))).)))..))))).(((((....)))))..((((((.((((.((...(((((.(((((((((((((((....)))).)))))....(((.((((.(((..((......)).))).))))))).((((((((...((((........))))....)))))))))))))).)))))..))..((((..((((..((((((.....)))))).))))))))...)))))))).))))))))))).))..(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...)))))..(((((((..........)))))))...)))))))))).(((((((((((..((((((((...........((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....))))))))))))))).))).)))..)).)).)))))))(((((((((....)))))))))))))..)))))))) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((.((((((...)))))))))).......(((((.......)))))..................((..((..................((((((((.........(((((((..((((.....(((.((....)).)))......)))).....))))))).....(((((.............((((..[[[[[[[[((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....))...))))))....(((((.((.......))))))).[[[))))..]]]........((....((jjjjjj....jjjj...jjjjjjjjjj....jjj............))bbbb))..BBBB.....)))))(((((((((...................)))))))))........JJJ...JJJJJJ..JJJJJJJJJJJJJJ.........]]]]]]]].................((((.....))))...................((<<((......kk((((dd.....))))..kkkk))..))............KKKK....((((....DD((((KK..((((((>>.......................))))))...........((....)).)))).....))))......................((((((........((((.........)))).....))))))..................(((((((((((........))))))))))).......))))))))...............((((.(((((....)))))..))))..............(((((((....((((((..(((((((......((((....((.(((.((...(((..{{)))cc))))).))ffff)))).(((((....)))))....((...(((....FFFF(((....((((.....ii((.ggg))(((((.(((....)))..((((......))))...))))).........((((((((...((((........))))....))))))))))))eeee)))....EEEE(((..((((..((((GGG....II)))).)))))))...CC)))}})).....))))))).....(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))))..................hhhh))aa))(((((((((((.((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..AA..HHHH...............(((((((((....))))))))).............. |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.(..((((((((...)).......................................((.((...((...)).)).))...................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...))))....(((....)))....(((.....))))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...))).....(((((.(((.....)))))))).((((....)))).................((((...((.((....)))).)))).....(((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...(..........)....)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).....................................(((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))).))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))......((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.((((((((((((......))))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...))))))))).....((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).).................((((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((.(((.....).)).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))))......................))))))....................(((((((....((((..((.((.((....))))...))...))))....)))))))............((((((........)))))).....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((....((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
MXScarna(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(..(((..((((((.(...)..((((((((((.((((((((.......)))))........(.((((((...)))))).)....................((((((..(((..((((((((.(((.(((.((((((....)))))).)).).)))....((((....))).)..(((....).)))))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...)))..((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)).........((((...(.(((....)))).)))).......)))...(((....((((((....))))))...))).((((.(((((...(..........)....))))).))))...((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))..)))))).......................(((((((.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..))))))).)....(((((((...(((((((....((((((((((.(((......)))....))))))))))...........((....)).)))))))..))))).))...)))).)))))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))....((...((((.(((((....)))))..))))..))....((((((.((((.((....))..((.((((....((((..((((...(...)))))))))....((((.........(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))))))))).)).)))).)))))).(((((.((....))...((((......))))..)))))......((....((((((.(((((((.....))).))))..))))))...((.(((((.....))))).)).....))..(((((.....)))))......................................(((((((....(((((.((..((((....))))...))..)))))....)))))))....(((((.((((((((........)))))))....))))))..........(((((((..........))))))).....))))......((((((((((...........((((.(((..((((((((((((.(.(((((((....((((..((.....)).))))))))))).)))))))))))))..))).))))..)).)).))))))..((((((((....)))))))).)))))).))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((.(((((.((((((...))))))...........(((((.......))))).................(((........)))..(((.((.....)).)))..))).)).))).)))).((((.....(((.((....)).)))......))))....(((....))).((((((((..((((((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((((((....)))...))((((......)).))(.....)(((((((.((((....))))......((((((....))))))..(((((....(((.....)))...))).))....(.........).))))))).....((...(((((((((...................)))))))))..))....))))).(((((((((.((....))))...))))))))))))))))....))).......)))))))...((((((....).............((((((((.......(((((.....))))).....))))))))......................................(((((((...((........))......)))))))...........(((...(((.....)))..))).......................(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((..(..(((((((((((........))))))))))).((((......)))).)..)))..((....((((.(((((....)))))..))))...))...(((((((..(((((....)))..))..)))))))....(((((..(((.((((.((..(((....))).)))))).)))..))))).(((((....)))))..(((((..((((......(((((.(((((.(((((((((....)))).)))))....(((.((((.((...............)).))))))).((((((((...((((........))))....)))))))).))))).)))))......((((..((((..((((((.....)))))).))))))))...)))).))).))....))))).....(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))))))..)))))))) |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((.((((((....((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((.((......)))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((...(.((((((....)))))).)....)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)))(((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....))...(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....))))))).)))((...(((..((((....))))...))))).))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((........))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(((...).))))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((..((((....))))..))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...........)).)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((...(..........)....))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))(.((((......))))).))))))(...)((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).).)))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..((((((((.((((((.(((((((((.(..(((.(((....(..((.((.((......)))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((.(.(.((((((....)))))).)..).)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))..).....((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((..........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......))((((((.....((((...(((((((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((........)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((.(.((..((......)))).)..)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((...........)).)))((......(((......((((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..))))))))))((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((.(((((...................))))).)))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).........(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))).)...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).))))))(...)((((.(((((((..(((..((......))))..).)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))).))))).)).))...)))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((....((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PPfold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((..((((((((.((((((.((((((((.....(((.(((....(..((.((...........)).)))((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).....((.......)).)))))))..)).)))))).((((((.((...((((((((.......)))))))).))...))))))..(((((((......))...)))))))).(((((.(((...))..)))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...(..........)....))))).......(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).))))))))))..........((((......((((....((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))).)...((((((((....((((((....((((((((...((........))......))))))))...........((....)).))))))...))))).)))..)))....))))....((((((....(...((((....(...)))))...).))))))..........((((((..((((((((((((......))))))))))))...((....)).....))))))))))))))((((...(((....)))....))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((..(((......))).))))))))(...)((((.(((((((..(((..((......))))..).))))))).....(((((.....)))))........))))..)))).).)).)..)))))))))...)))))))...)).)))))))).(...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...)((((...(((((((........)))))))......))))))))))......(((((..........)))))))(((....))).))))))..(....)....)))))))((((.(((..((((((.(((((....(((((.....((((..((.....)).)))).)))))...))))).))))))..))).))))...)).....((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........((((((.(((((((...(((((..((((((((....(((((((.((.((..((((.......(((((((((..(((.....((((((...(((..........(((.....))).(((..(((((((.......((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).))))))))))...)))..))))))...(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..........)))..)))).)))))...(((((((.(((............(((((...........)))))..(((((((..((((..(((((..(((.((((.....((((...(((....)))..)))).(((((((.........((((..(((......))).......((.....)).))))....((....)).)))))))..))))...)))...((....)).......)))))))))...)))))))...)))))))))).))))..))...)).)))))))....((..(((((((........)))))))..)).......))))))))..))))))))).........(((((....)))))..))).))))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).......(((.((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((....(((((((.((((.......))))..)))))))....)))))))))))))..))..))))..)).))).......(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((.(((((.((((((...))))))...........(((((.{{{{{.)))))..}}}}}..........(((cccccc.c)))..(((...........)))..))).)).))).)))))((((.....(((..........)))......)))).((((((.[[[))).aaaaaaaa..aaa(((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))).((((((.(((....)))............(((((.(((.....)))))))).((((....))))......((((((....)))))).((((((....(((.....)))...))).)))...........................(((..(((((((((...................))))))))).)))...)))))).(((((((((.((....))))...))))))))))))))))....))).......))))))).(((bbb..bbbb......))).....((((((((.......(((((.....))))).....))))))))...........]]]....)))................((((((((...(((......)))......)))))))).........((((...(((<<<<.)))..))))........CCCCCCC.......(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..((((((((((((.....).))))))))))).((((......)))).))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))......((((....(((....)))......)))).......(((((.((((.((((.((..(((....))).)))))).))).)))))).(((((....)))))>>>>.....((((......(((((.(((((((((((((((....)))).)))))....(((.((((((......)))...........)))))).((((((((...((((........))))....)))))))))))))).)))))......((((..((((..((((((.....)))))).))))))))...))))....BBBB....BBB......(((((((.....((((((((((.((....)))))..)))).))).....)))))))...((((((..(((((((.(.....)))))))).....))))).).((((((.(((((((((.....)).)))))))..))))))...(((((............)))))...((((......((((((((((.(((..(.(((((((.((((.......))))..))))))))...)))))))))))))......))))..............((((((((((....))))))))))AAA..AAAAAAAA |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.................)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((((((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))).)...((((((((...((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........((((((..((((((((((((......))))))))))))...((....)).....))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((..((......))))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((.....(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
|
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((..((((((.((((..((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((.....(......)....)).((......(((......(((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).).....((....)).................)))))))..)).)))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((...................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(..((((......((((...((((.(((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))).....((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((......))))))))))))...((....))....)))))))))))..).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((........(((((..(((.(((....))).)))...((....))..)))))....(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((((((((((...((............))....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((..((((......((((.....(((..(......)..))).)))).....))))..))))))..))).)))).))))..........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........((((((.(((((((...(((((..((((((((.....((((((((((...((((.....(((.((....)).)))......)))).((((((.(((..(((((((........(((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).....(((((((....))))..((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).))..(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(....).......)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..))).))))))))))....))).......))))))).....((((....)))).)))))))..((((((((.......(((((.....))))).....))))))))...........))).)))))).))))))))))..........(.(((((((......(((((.(.((((((.....((((..(((((..(((....((((((((.((((......)))).....((((..(((.(....)...)))..))))....)))))))).))).)))))..((..(((...))).))...))))...)))))))))))).))))))).)..))))))))..))))))))).........(((((....)))))..))).))))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).....(.((.(((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((((((.(((..(.(((((((.((((.......))))..))))))).)..)))))))))))))..))..)))).....))).)).)..(((((((((....))))))))))))))))))))... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................((.(....(.(....(((((.....(.(...(.(....)...............)....(....(.(....(.(......((...........)).........................).).(((.(..(((...(((((((.......))))))).)))...)..)))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))))..).....).....)....)...)....((((((.....((....)).).)))))...........((((....(...((...)).)......)))).(((((((((......(....).......)))))))))...(((((......((((((.((.((....))))....)))))))))))...))))..............).)((.....((.....(((((.(((.(.(.((..((((.......(((((.....))))).....))))..))...)).)))..)...((((((((...((..((.((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....))..))..))..))))).)))..))))....).)....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..(((((((................)))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((.(((((((....((((((..(((((((.(((...((((........)))).)))..(.(((((((......((.(.((....(...............)..............))).)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......))))))))))))(...((.(..(((((((...((...(......).))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((...(..(.((....)).)..).....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(....).)))))))...........))))))............).)))))((((..(...((((((..((((......((((......((..((.....))...)))))).....))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))..........).)) |
|
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................................................................................(..(((.(...((......(((.(..((.....))......).........(.(..((....((.((........(....(.((..))...................)....)........)).))((((((.(((...(((((((.......))))))).)))...))))))(.(((((((.........)))))))...)(((((.(((.....)))))))).).).)...).........))).......((((((.....((....)).).)))))..).....)..((((....(...((...)).)......)))).(((((((((...................)))))))))...(((((.......(((((.((.((....))))....))))).)))))........).)...........))((.....((((...(((((.(((.((..((((((((.......(((((.....))))).....))))))))...)).)))..)...((((((((...(((((((((..((((((((...(((......)))......)))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....(((((((((((..(((((((((((........)))))))))))................))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((.(((((((....((((((..(((((((.(((...((((........)))).)))..(.(((((((......((.(.((.....((..........).)...............))).)).(((.((((..(((((..(((((((((((.........(((.(((......))))))))))))....((.(..(((((((...((...(.......)))....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...((.((((.....(((...(..(.((....)).)..).....))).....))))).)...))((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((...(....).)))))))...........))))))............).)))))((((..(...((((((((((((....(.(((.....(((....(......).)))..))).)...))))))))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))).........).... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...............................................................................................(((((((...............((((.....(((.((....)).)))......))))..........................................)))))))((((((((((..((((((((.......)))))))))))..)))))))........((....))...............(((.((.......))))).....................(((((......)))))..........................................((((....))))..........(((((((((......(....).......)))))))))......................................................................................................(((((((.......(((((.....))))).....)))))))....................((((...(((((((.........((((..((........))........(.....)..))))....((....)).)))))))..))))..................................................................................((..(((..((........))..)))..))........................(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....................((((...(((((((..............................................(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..........................(((((((((....)))...(((......)))...))))))..........(((((((...((((........))))....)))))))...............................((((((.....)))))).........................))))))).....(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))).)))).....(((((((..........)))))))..............................................((((((((((.((.....((((....((...........)).....)))).....)))))))))))).........................(((((((((....))))))))).......))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((.((..(((((.((((((((...(((((((((((((.(((.(((((.((((((((((((.........(((((.....((((...(((((..((((((((.((..(((.((((..(..((((.....(((..(....)..)))......)))).....)..))))................(((((((...(((((((((((((((((((((..((((((((.......)))))))))))..))))).....(((((((....))))..((..((((.(((((.(((.....)))))))).((((....))))......)))).))..(((((((....((((...((((((((((....(((....((((......((((....)))).....)))).(((((((((...................)))))))))........)))...))))))..)))))))))))))))..))).))))))))))....))).......)))))))......(((.(((..(((((.......((((((((.......(((((.....))))).....))))))))..((((..((((....)))).)))).(((((((.........((((..(((......))).......((.....)).))))....((....)).))))))).))))).))).)))....)))..))...(((((.((......((((((((((....))..)))))))).((((.....))))...)).((..(((..((........))..)))..)))))))..))))))))..)))))))))....((((.(((((....)))))..)))).)))))...((((((..(((((....)))..))..))))))))))))))...))))..(((....(((((((....((((((....(((((....(((((....))))).....((....))..)))))..))))))...(((((((((....)))).))))).)))))))..((((......)))).......))).......))))).)))))))........((((((....)))))).....)))))))))......((((..(((...((((((.....))))))..)))))))....)))))))).......(((.((...(((((((.....(((((((....((....)).....)))).))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))...((((((.(((((((..........)))))))..))))))...(((((..((....))..)))))...((((..((..((((((..((.(((....((((..(.((((.......))))..)..))))....)))))..))))))..))..))))..)).))).......(((((((((....))))))))))))))))))))... |
