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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00591



RNA: CRW_00591
Rfam family: SSU_rRNA_bacteria

CAAGCUUAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGAGUUUUUAACUCUAGUGGCGAACGGGUGAGUAAUACGUGAGAAUCUGCCCUUAGGAGAAGAAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAGUCUUCAUAUGCCGAGAGGUGAAAUAGUUUCAACUGCCUAAGGAUGAGCUCACGCCUGAUUAGCUUGUUGGUGAGGUAACGGCUUACCAAGGCCACGAUCAGUAGCUGGUUUGAGAGAACGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUCCGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAUGAAGGAUUUUGGUCUGUAAACCUCUUUUCUCAAGAAAGAAGUUCUGACGGUACUUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGCGCCUGUAGGUUGUUUAGUAAGUCUGUUGUUAAAGACCAGGGCUUAACCCUGGGAAAGCAAUGGAAACUACUAGACUUGAGUAUGGCAGGGGUAGAGGGAAUUUCUAGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUUAGAAAGAACACCGGCGGCGAAAGCGCUCUACUGGACCAUUACUGACACUCAGAGGCGAAAGCUAGGGGAGCAAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAGAUGUUGCGCAAUUUGUGCAGUAUCUUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUACUACAAAUCUUUUCGAAACGAAAGAGUGCCUUCGGGAAUGUAGAUACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCAUUUUUAGUUGCCAAUUUAUUGGGAUUUCUAGAGAGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCCACACACGUGCUACAAUGGCGAAGACAAAGAGUCGCAAACCUGCGAAGGCUAGCUAAUCUCGUAAACUUCGUCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGCUGGUCAUACCCAAUAUCGUUAGCCUAACCAUUCGGGAGGGCGGCGCUUAAGGUAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU
Reference structure (ext) [ sec struct ] ........(((......[[[..))).((((.((((((.((((((((.....(((.(((..(((..(((((((((...))))))))))))......(((......((((((((.((...(((((((.(((((...(((((((....)))))))....)))))....(((....))).....(((....))).)))))))..))))))))))(((..(.(((..((((((((.......))))))))))).....))))..((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...)))))).......(.(((...(((.(....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...(((((((((((.(((((((((((.....(((((((...)))))))...)))))))))..)))))))))...(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........((((((..((((((((((.....))))))))))...((....)).....)))))).))).(((......((((....))))....)))...]]]..(((((.(((((((....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((.....((((((((..(((((((....))))))).((((....))))))))).))).((.((((..(((((((((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((..(((.........)))...))))))).....(((((.....))))).......)))))....)))).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((........))))))))...........)))))))))).))....((.((.(.((((((((((((((((((((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))))))))))))))))))))..).))..))....((((((((((....)))))))))).............
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......((((((.((((((..((.((((((.((((.(((((((((((..(((.(((.....((...((((((...)))))).(((((.....(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).))))))(((.(((((....))))).))).....)))))))...)))))..))....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).................(((....)))....)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))..)...(((((((.....(((.(((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))).((..((((((((((.((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).))))))..))..(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....))))))).))))))))..)))))))...))))).)))))).(((((..(((((((((..(((....)))....((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..))))))))))..)))).).)))))))..))))))...))))))).......)))))))((((.(((...(((.....)))....(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))...........(((.(((....)))))).))))))).....)).)))))))..((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))))(((((.((....))....((((((((((....))))))))))..)))))))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((...)))))).(((((((((.((((.((((((.(((((((((((....((.((.((((.....((((((...)))))).(((((..((((((.(((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...((((....)))))))))))..)).))))))....))).))))))(((((((.......)))))))..)))))..(((((.(((((((.........)))))))...)))))))))........(((((..((((....))))((........(((....)))))..)))))....))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))...(((.((((((((....((((((..((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))........(((...((((..(((..((((((((((.(((......)))....))))))))))....((((((.((((..(((...((((...((....((((...))))(((((...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))....))))))))))))))..)))))))))))...((((..((.....((...(((((.(((((((....(((((...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((....((((((((.............))))))))))))).((.(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))))))...((.(((((.....))))).))...)))))).)))))...)))))))..)))))))).))))))).......))))))).((...((((..........))))..(((.((((..((((((...(((....((((((.(((......))).(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))..(((....)))..))...)))))..)))))))))).))..))....))..))))......))))))....)))..))))....))).))))...)....)))))))))))))))).))))))).))..(((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..)))))))....
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......................................(((((((.......................((((((...))))))......................((((((.......(((((((..........((((((....)))))).............((((....))))...............))))))).....)))))).............................................................................(((((............))))).............................(((((.................)))))..))))))).........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))..........................................((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((....((((((...))))))..............)))))............................................((((......))))..................(((((((...((((....)))).....))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..................((....))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((........................................))))))))))))........................((((((((((....)))))))))).............
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((...))))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))..............
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((........((((..(((((.((((((.(.....(((...........((...((((...))))...))...................(((((((.((...((((((((((((.....((((((....))))))......)))).....((....))................))))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).)))).)..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((..((((((((((...((((((((.....)))))))).)))))))))..).)))))))...((((((((...(((((((....((((((((((..(..........)...))))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((...((((((.((((.(((((.(((....)))...(((......)))....)))))..........(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).))...........)))).).)))))....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((....((((..((..((((....))))..))....))))....)))))))......(((..(((((((........))))))).....)))..))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).)))).........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.((((((...)))))).......(((((.(((((((((.............((.((((((...)))))).))......(((((........((((((..((...(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))..)))))....(((....)))((.......)).....)))))))..)).))))))........)))))((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))..........((......)).............(((.((((((.....(((...((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(......)....))))))))).......)))....))))))...))).....................................(((..(((((((...)))))))..))).((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......(((....(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))....................)))))))...)))......................(((((((..((...((((.........))))))..))))))).................((((((((((((...))))))))))))..........))))))))).))))).........(((((....))))))))))).........(((((((((((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(......(((((....((((((((.............))))))))))))).....((..((((.((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))......((.(((((.....))))).))))))))))).))))).).)))))))))...))..).))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..............)))............)))))).((((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))..))))..............((((((((((....)))))))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(....)..((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(.(((....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))).))))...(((.....(.((((...(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...(((((((....((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))...))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((...)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((((...((((((......))))))((.((....)).)))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((.(.(((....))).).))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((((.((((((...)))))))))).(.(((((.(((((((((.............((.((((((...)))))).))(((...(((((.(((....((((((..((.(.(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))..)))))....(((....)))(((.....))).....))))))).))).))))))....))).)))))((((((((.......)))))))).))).......((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))........(.(((....))).).....((....))((((((((.....(((...((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....))))))))).......)))....))))))..))((....))...................(((((((((..((((..(((((((...)))))))..))))((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).(((((((((....((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)...((.(....))))))))))...)))).))......))).........(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........)))).((((((((((((((...)))))))))))).))..)))))))))))))).))))).)....((.(((((....)))))..)))).)))....((((((((((((((....))))((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.((.....(((((....((((((((((......))...)))))))))))))....(((.(((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....(((((((((((((..((((....)))).)...)))......((.(((((.....))))).))))))))))).))))).).)))))))))..)))))).))))))).......))))))).))..(((((((.....(((..((.(.(((....))).).))....))).....)))))))...........(((((((........))))))).......(((...(......(((((((..........))))))).....)..)))...)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....))..)))))))).)...)))).)))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))))........))...
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(...)...........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(.(((...))))...............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.(.....))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....)))))))))).............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..........(...((...))...)......................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..(((((....))))...)...........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....))..))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((....((((.((((((...))))))))))...))).(((((.......)))))..((((....((((((...))))))..))))..(((.[[[[[[....)))..........(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...((((....)))))))))))....]]]]]]((((.(((((.[[[))))).))))...(((((....))))).]]](((...[[[[[[[)))......]]]]]]](((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).[[[[.)))..........(((.....)))...]]]].((((((..[[[[[[[.((((......((((....)))).....))))(((((....)))))..))))))..(((((..(((.....(((....)))..))).)))))......]]]]]]]......(((((((..((((((((((.((((..(((((((...)))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))).....((((((((((....((((..((((((((((.(((......)))....))))))))))...................(((((............((((...)))).(((....)))...)))))................))))....)))).)))))).....))))....((((((((((((...))))))))))))....)))))).....))))))).(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]...(((((((........(((((..((((((......)))))).............)))))....(((..((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..)))))))))).)))))...)))))))))...)))...))))))).........(((.(((((((((...(((.....)))....(((.((((..((((((...(((....((((((((((......))))(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))..)))).....(((.(((....))))))....))))))))....)))))))....((((..[[[[[[[.[[[[......[[[[.[[[[..))))......]]]]]]]].....]]]].]]]]]]]((((..[[[[[)))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..(((((((((.((.((((((.((((.(((((((((((....((.((...(((..((((((((...)))))).(((((.....(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))....((((....)))))))))))..)).))))))(((.(((((....))))).))).....)))))))...))))).....((.(((((((.(......)))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....)))).......((.(((....))).)).))..)))..))))...)))).)))))))..((((..((..((((....)))).))..)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).)).))).(((((((...)))))))......((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))....(((((((.((((((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).......((((((....((((((....((((.....((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))......((..(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((..((.((.((((...((((....((((........)))).......))))..)))).))...(((((....((((((((((......))...)))))))))))))......)).))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).....))))......))))))...((((((((((.(((.((((....))))))).(((....)))((.(((((.....))))))))))))))))).((((.....)))))).)))))))).)))))).(((.((....))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...((((.((((((((((........)))))))....))).)))).((((((....))))))..)))))))..(((.(((....)))))).(((((((((((..(((((.........(((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))))))))..)).)).)))))))(((((((((....))))))))))))))).)))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................((((.....))))....(((.aa(((((.((.[[[[................(((((.....))))).(((((...(((((........((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...............)))))))..)).))))))...<<...)))))((((((((.......)))))))).)))))..>>....((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))..........................(((....)))......))..)))))...((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))..............(((((((((.........)))...)))))).......)))........((((..(((((((...)))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..........((...(((((.....((((((((((.((........))....))))))))))...........((....))..))))).............................bbbbbb.........(((.........)))))....BBBBBB..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))]]]])))))))..AA....((((.(((((....)))))..))))..(((....((((((((ddd.............(((((((((((...((((........)))).)))....(((((((........(((((..((((.((.....))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((((((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))).........(((((.....)))))...))))))))).))))).)).)))))))..)))))...)))))))......)))))))).....(((((((.....((.......ee((....))eeeeee...ee))...cc)))))))...........(((((((........))))))).....CC.EE...EEEEEE..((((((EE........))))))........)))..DDD{{{{{..........)))))......(((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..)))..............}}}}}.(((((((((....))))))))).........)))..
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.(..((((((((...))........................................(.(((((.....))))).)....................((((((..((.(.((((((((((((..((.((((((....)))))).))...)))).....((....)).......((....)).)))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))..((((((((....))))...)))).....((((.(((.....)))))))...(((....))).................(((((...(.(((....)))).)))))..(((((((((.(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...((....)).......)))))))))...))).))))...(((((((((.((....)))))...)))))).........)).........................((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))).....((((((..((...((((.........))))))..))))))..((.......(((((((.(((((((((((...)))))))))))....(....).....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....))......((((....))))...........((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......(((((((.(((((((....)))))))..(((....))))))))).)..................(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((.(((((((..)))).)))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).......................)))))))...................(((((((....((((.(((..((((....))))..)))...))))....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))....((((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..(((...))).))))))))))..)))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))))))))...
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((...)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((....))))..............)))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...)))......((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(.(((....)))).)))).............(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...((...))........)))))))))....((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))...............................(((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....((......((((....))))...(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((..(((((.((...)))))))...((....))..)).))))...((.((((.((((((.(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((((.(.........)..))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).....)))))))..)))))....))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).......(.((((((((((........)))))))....))).)...........(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..((....))..))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))...
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((..((...(((((((.(((((((((.......((.(((((...(((.((.((((((...)))))).))..)))...(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....))).....(((....))).)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((...((((((((.(((.....)))..(((((((.((((..((..((((....)))).))..)))).(((((......)))))..(((..(((((....(((...(((....)))...))))))))..))).))))))).(((((((...((.(((.((..............(((((...))))).((((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))....((.((((.((((((.(((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).......((((((....((((((....((((.....((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))((....))..(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((..((.((.((((...((((....((((........))))..))).....)..)))).))...(((((....((((((((((......))...)))))))))))))......)).))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).....))))......))))))...(((((((((..(...((((....)))).....)...........(((((.....)))))...))))))))).((((.....)))))).)))))))..))))))..)))).))...(((((...)))))..(((.....)))....)))))).)).))).))...)))))))...))))))))....))))......))))).))))))).)))))..))....))))))))).(((((((..........)))))))...))))))).(((((...(....)...)))))...((((..((..(((((((.((((......(((..((((..((....))..)))).))).....)))).)))))))..))..))))..))...........(((((((((....))))))))))))))).)))....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(....).))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((...(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))))....)....(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((....(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((.(((.....((...(((((.....))))).(((((.....(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).))))))(((.(((((....))))).))).....)))))))...)))))..)).((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....)))......(((....)))....))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((..((((((.....))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..))))(((((((((.((.((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).)))))..((((((((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((.....((.((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..))))))))))..)))).)).))))))..))))))...))))))).......)))))))...)).)).........(((((((..(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..(((....))).)))).))).....)))))).((....))...)))))))((((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).)))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((.......(((((((.(((((((((...(.((((.(((((...(((....((((((...)))))).....)))..((((((((....((((((..((.(.(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))(((.[[[[))).]]]]))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((.((((((((((.(((.....)))..(((((((.((((......((((....)))).....)))).(((((......)))))..(((..(((((....(((.(.((({{{.))))..))))))))..))).))))))).(((((((}}}...(((................((((((...))))))(((((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......((((.((((((((((...((((((((((.(((.(.....))))..)))))))))).......((((((....((((((...(((((..(((((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((((...)).))).)))..)))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((........((((....(((((..((((........)))))))))........))))....(.(((((....((((((((.............))))))))))))))........))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).).)))))).)....))))))...((((((((((((((.((((....))))))...)))......((.(((((.....))))))).))))))))).((((.....)))))).)))))))).))))))..))))......(((((...)))))..(((.....)))...)))))))....)))......)))))))...))))))))..))))))......))))).)))))))))))))..))))).))))))))).(((((((..........)))))))...)))))).)(((((....<<<.....)))))...((((.(((..(((((((.((((......((((.((((............)))))))).....)))).)))))))..))).)))).....>>.>......(((((((((....))))))))))))))).)))....
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))...
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((.(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((.(((....))).))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...))))).....((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).)))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((.((.((((.((((((...)))))))))).))))).(((((.......)))))..((((....(((((.....)))))..)))).(((((((.(((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).))))))....))).)))))))(((((.((.(((((((..(((((((.......((.((((((((....))))...)))).))...((((.((((....(((((((..((((((((..((((((.....((.((((((((...(.(((....))).)))))).))).))..(((((((.((..(((((((((((((((..((((.(((((((((......((....))....)))))))))..(((....))).(((((.(((((..((((..(((....(((..((((....))))..)))..)))...(((((.....)))))...))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))).......)))))))))).))))...((((((((((.(((......)))....)))))))))).......((((.(....))))).))).))))))...(..(((((((((.((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((.(.(.((.((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).))))).))...(((((..((((((......))))))...((....))..))))).....).).))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))..)...)))))).((.....)).)).))))))).....))))))...(((((((.(((((....)))).).)))))))....))))))))..((((((.((((.....)))).......))))))...)))))))...(((.((((...(((((...(((.....)))....(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..)))))..)))))))..)))).)))).)))))))....((((.((.(((...(....)..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))))).))))))))))))).))....((((((((((....))))))))))..)))))......
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..................................................................................................................................(...........).........((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((.....((....)).).)))))..)))))))..((((.(((.....(...)...)))...)))).(((..((((...(.(....).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....(((....(((.(((((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...(((((((....(((.(..((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....))..)..)))...)))).)))...)))....)))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((((.)))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((..(.....(................)..............)...)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((........)).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......(..(...((.........)..).).)........))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...)))..
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((....((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((.(.................................................(.............)....).)).(..((.....((.(.....((((..(...((....))................)...))))......).))..((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).).).).......)))...))).))....((((((.....((....)).).)))))..)))))))..((((.(((.....(...)...)))...)))).((..(((((...(.(....).....).))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...(((((((....(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))...)))).)))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((...)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......((((..........))))...................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((...((........)).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...((...((.....))..))..))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).)).....
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((.((((((..((.(((((.(((((.((((((.((((..(((.(((..........((((((...))))))...(((................((((((.......(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................))))))).....))))))..............(((((((.......)))))))..))).......((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).((......))......(((....)))....))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(......)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))..)...(((((((.........(((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))(((..((((((((((.((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........((((...)))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).))))))..))).(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....))))))).))))).....)))))))...))))).)))))).(((((...((((((...........((.(...(((((((.......((((........))))........(((((((........(((((..(((..((.....)).)))...((....))..)))))..........(((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((((((.......((((....)))).................(((((.....)))))....)))))))).))))).).))))))))..........))))))).......)))))))....).))..................(((.((((..((((((...(((....((((((.(((......))).(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))............................................)))))).......((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..)).....................(((((((((....)))))))))........))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((..((((((..((((.((((((.((((.(((((((((((..(((......((((....((((((...))))))..))))......))).......(((.((....(((((...((((((......((((((....)))))).....(((((((..(((....))).............((((((..(((.(((.......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).))).)))...))))))..))))))).)))))).....)))))....)).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((...(((((.....)))))...))))((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))))))..))))((((((((..((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).))..))).)))))..((((((((((((.(((..(((((.....)))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((....((((((((.......(((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))))))...((.(((((.....)))))))....))))))..)))).).)))))))..))))))...))))))).)))).(((.((((...(((((...(((.....)))....(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..)))))..)))))))....))))..)))))).((....))...)))))))((((..((..(((((((.((((......((...((((..((....))..))))..)).....)))).)))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).)))....