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CAAGCUUAGAGUUUGAUCCUGGCUCAGGAUGAACGCUGGCGGUAUGCUUAACACAUGCAAGUCGAACGAGAGUUUUUAACUCUAGUGGCGAACGGGUGAGUAAUACGUGAGAAUCUGCCCUUAGGAGAAGAAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAGUCUUCAUAUGCCGAGAGGUGAAAUAGUUUCAACUGCCUAAGGAUGAGCUCACGCCUGAUUAGCUUGUUGGUGAGGUAACGGCUUACCAAGGCCACGAUCAGUAGCUGGUUUGAGAGAACGAUCAGCCACACUGGGACUGAGACACGGCCCAGACUCCUCCGGGAGGCAGCAGUGAGGAAUUUUCCGCAAUGGGCGAAAGCUGACGGAGCAAUACCGCGUGAGGGAUGAAGGAUUUUGGUCUGUAAACCUCUUUUCUCAAGAAAGAAGUUCUGACGGUACUUGAGGAAUAAGCAUCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGGGGAUGCAAGCGUUAUCCGGAAUCAUUGGGCGUAAAGCGCCUGUAGGUUGUUUAGUAAGUCUGUUGUUAAAGACCAGGGCUUAACCCUGGGAAAGCAAUGGAAACUACUAGACUUGAGUAUGGCAGGGGUAGAGGGAAUUUCUAGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAUAUUAGAAAGAACACCGGCGGCGAAAGCGCUCUACUGGACCAUUACUGACACUCAGAGGCGAAAGCUAGGGGAGCAAAAGGGAUUAGAUACCCCUGUAGUCCUAGCCGUAAACGAUGGAUACUAGAUGUUGCGCAAUUUGUGCAGUAUCUUAGCUAACGCGUUAAGUAUCCCGCCUGGGGAGUACGCUCGCAAGGGUGAAACUCAAAGGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCAGGGCUUGACAUACUACAAAUCUUUUCGAAACGAAAGAGUGCCUUCGGGAAUGUAGAUACAGGUGGUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUCGUGAGAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUCAUUUUUAGUUGCCAAUUUAUUGGGAUUUCUAGAGAGACUGCCGGUGACAAACCGGAGGAAGGUGAGGAUGACGUCAAGUCAGCAUGCCCCUUAUGCCCUGGGCCACACACGUGCUACAAUGGCGAAGACAAAGAGUCGCAAACCUGCGAAGGCUAGCUAAUCUCGUAAACUUCGUCUAAGUUCGGAUUGUAGGCUGCAACUCGCCUGCAUGAAGUUGGAAUCGCUAGUAAUCGCUGGUCAGCUAUACAGCGGUGAAUUCGUUCCCGGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGCUGGUCAUACCCAAUAUCGUUAGCCUAACCAUUCGGGAGGGCGGCGCUUAAGGUAGGGCUAGUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUACUGGAAGGUGCGGCUGGAUCACCUCCUUU |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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|
Afold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.......((((((.((((((..((.((((((.((((.(((((((((((..(((.(((.....((...((((((...)))))).(((((.....(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).))))))(((.(((((....))))).))).....)))))))...)))))..))....((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).................(((....)))....)))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))..)...(((((((.....(((.(((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))).((..((((((((((.((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).))))))..))..(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....))))))).))))))))..)))))))...))))).)))))).(((((..(((((((((..(((....)))....((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..))))))))))..)))).).)))))))..))))))...))))))).......)))))))((((.(((...(((.....)))....(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))...........(((.(((....)))))).))))))).....)).)))))))..((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))))(((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))))))) |
CRWrnafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((...)))))).(((((((((.((((.((((((.(((((((((((....((.((.((((.....((((((...)))))).(((((..((((((.(((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...((((....)))))))))))..)).))))))....))).))))))(((((((.......)))))))..)))))..(((((.(((((((.........)))))))...)))))))))........(((((..((((....))))((........(((....)))))..)))))....))))...))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((..................)))))))))...(((((......(((((((...((....)).....)))))))))))).))))))))))...(((.((((((((....((((((..((((((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))........(((...((((..(((..((((((((((.(((......)))....))))))))))....((((((.((((..(((...((((...((....((((...))))(((((...((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))....))))))))))))))..)))))))))))...((((..((.....((...(((((.(((((((....(((((...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((....((((((((.............))))))))))))).((.(((.(((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))))))...((.(((((.....))))).))...)))))).)))))...)))))))..)))))))).))))))).......))))))).((...((((..........))))..(((.((((..((((((...(((....((((((.(((......))).(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))..(((....)))..))...)))))..)))))))))).))..))....))..))))......))))))....)))..))))....))).))))...)....)))))))))))))))).))))))).))..(((((((.((....))....((((((((((....))))))))))..))))))).... |
Carnac(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................(((((((.......................((((((...))))))......................((((((.......(((((((..........((((((....)))))).............((((....))))...............))))))).....)))))).............................................................................(((((............))))).............................(((((.................)))))..))))))).........................................................................(((((......(((((((................))))))))))))..........................................((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..............(((((((....((((((((((.................))))))))))....................)))))))............................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..............))))))).............(((((....)))))...................((((((((............((((((((..............................(((((((........(((((....((((((...))))))..............)))))............................................((((......))))..................(((((((...((((....)))).....))))))).....(((((.....))))).......................................)))))))......)))))))).....(((((((..................((....))................)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))...........))))))))...........................((((((((((((........................................))))))))))))........................((((((((((....))))))))))............. |
CentroidAlifold(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((.........)))).((((..(((((.(((((((((....(((......((...((...((((...))))...)).))................(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))......)))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.(......))))...))))))))))).))))).)))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((....((((((((...(((........)))....))))))))...........((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........)))))...)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........(((((.((((((....((((((..((((((((......((((........))))........(((((((.......((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)...((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....)))))....)))))))......)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....))))))).....((((..(((((((........))))))).....)))).))))))....(((((((..........)))))))...........)))))).............))))).((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))).............. |
CentroidAlifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((((...)))))).......(((((.(((((((((.............((.((((((...)))))).))......(((((........((((((..((...(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))..)))))....(((....)))((.......)).....)))))))..)).))))))........)))))((((((((.......))))))))..............(((((((.........)))))))....(((((.((.......))))))).((((....))))..........((......)).............(((.((((((.....(((...((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(......)....))))))))).......)))....))))))...))).....................................(((..(((((((...)))))))..))).((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......(((....(((((((....((((((((((.(((........)))..))))))))))....................)))))))...)))......................(((((((..((...((((.........))))))..))))))).................((((((((((((...))))))))))))..........))))))))).))))).........(((((....))))))))))).........(((((((((((((....))))...((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.(......(((((....((((((((.............))))))))))))).....((..((((.((((((.(((((((((((.((....)).(..(((......))).).)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))......((.(((((.....))))).))))))))))).))))).).)))))))))...))..).))))))).......))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...........(((((((........)))))))....................(((((((..........)))))))..............)))............)))))).((((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))..))))..............((((((((((....))))))))))............. |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(....)..((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..(((..((.((((((...)))))).)))))......(((.......((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((............))))).((((....))))...)))))).).....(.(((...(.(((....)))).)))).)).))))))..((((......((((....)))).....)))).(..((((((...(.........)....))))))..)...(((((......(((((.....((....)).......)))))))))).)))))))))))).))))...(((.....(.((((...(((.(((((((.((((((((((......((((((.....))))))....))))))))..)))))))))...(((((((....((((((((...((((((((...(((......)))......))))))))...).......((....)).)))))))...))).))))...)))...))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........((((((..(((((((((((...)))))))))))...((....)).....)))))))))).(((......((((....))))....))).(((((..(((((.(((((((.((..((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((........((((...((((((......))))))((.((....)).)))))).....((.((((..((((((.((...(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))....)).).)))...))))))))....)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((.(.(((....))).).))....))).....)))))))......(....(((((((........)))))))....).....))))).....(((((((..........)))))))......))...)))))))))).))..(.(..((...((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((.....)).)))))))).)...)))).)))))))..))).))))....))...)..)..(((((((((....)))))))))........))))). |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((.((((((.((((((...)))))))))).(.(((((.(((((((((.............((.((((((...)))))).))(((...(((((.(((....((((((..((.(.(((((((.(((((.((.((((((....)))))).))..)))))....(((....)))(((.....))).....))))))).))).))))))....))).)))))((((((((.......)))))))).))).......((.(((((((.........))))))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))........(.(((....))).).....((....))((((((((.....(((...((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....))))))))).......)))....))))))..))((....))...................(((((((((..((((..(((((((...)))))))..))))((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).(((((((((....((((((((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).....)...((.(....))))))))))...)))).))......))).........(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........)))).((((((((((((((...)))))))))))).))..)))))))))))))).))))).)....((.(((((....)))))..)))).)))....((((((((((((((....))))((.((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((.((.....(((((....((((((((((......))...)))))))))))))....(((.(((((.((((((.(((((((((((.((....))(((.(((......)))))))))))).....(((((((((((((..((((....)))).)...)))......((.(((((.....))))).))))))))))).))))).).)))))))))..)))))).))))))).......))))))).))..(((((((.....(((..((.(.(((....))).).))....))).....)))))))...........(((((((........))))))).......(((...(......(((((((..........))))))).....)..)))...)))............)))))))((((.(((..(((((((.((((....(.((((.((((..((....))..)))))))).)...)))).)))))))..))).))))............((((((((((((....))))))))))........))... |
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((...............(...)...........................((((((..((...(((((((.(.((.....((((((....))))))......)).)...(.(((...))))...............)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....))))...))))....(((((.((.......))))))).((((....))))...))))))........((((...(.(((....)))).))))))).))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((.(((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((......)))....))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...)))).........((((((((((((..(.((((((..((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((.(.....))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)..(((((((..........)))))))...........))))))............)))))).((((.(((..((((((.(((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))).))))))..))).))))..............((((((((((....))))))))))............. |
DAFS(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((.......((((.((((((.(((((((((....(((.(((..........(...((...))...)......................((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......))))..(((((....))))...)...........)))))))..)).)))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))..((((((((....)))...)))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...))))))........((((...((.((....)))).)))))).)))))))..((((....(.((((....)))).)...)))).....(((((...(.........)....))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).......(((((((......((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((((.(((........)))..))))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....)))))))))))))).((((..((((....))))...))))........(((((((((((((....((((((..((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.((((...(((((.((((.(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((((...((((....)))).....)))))))..((.(((((.....))))).))....)))))..)))).).))))....)))))))...)))))))...)).)))))))).....(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....)))))))))))....(((((((..........)))))))...........))))))............)))))))((((.(((..((((((((((((....(.((((..(((..((....))..))).)))).)...))))))))))))..))).))))...............(((((((((....)))))))))))))))........ |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((....((((.((((((...))))))))))...))).(((((.......)))))..((((....((((((...))))))..))))..(((.[[[[[[....)))..........(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))...((((....))))...((((....)))))))))))....]]]]]]((((.(((((.[[[))))).))))...(((((....))))).]]](((...[[[[[[[)))......]]]]]]](((.(((((.(((.....)))))))).((((....)))).[[[[.)))..........(((.....)))...]]]].((((((..[[[[[[[.((((......((((....)))).....))))(((((....)))))..))))))..(((((..(((.....(((....)))..))).)))))......]]]]]]]......(((((((..((((((((((.((((..(((((((...)))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))).....((((((((((....((((..((((((((((.(((......)))....))))))))))...................(((((............((((...)))).(((....)))...)))))................))))....)))).)))))).....))))....((((((((((((...))))))))))))....)))))).....))))))).(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((...((((....))))....((((..[[[[[..[[[[))))....]]]]]]]]]...(((((((........(((((..((((((......)))))).............)))))....(((..((((.(((((..((((((((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..)))))))))).)))))...)))))))))...)))...))))))).........(((.(((((((((...(((.....)))....(((.((((..((((((...(((....((((((((((......))))(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))..)))).....(((.(((....))))))....))))))))....)))))))....((((..[[[[[[[.[[[[......[[[[.[[[[..))))......]]]]]]]].....]]]].]]]]]]]((((..[[[[[)))).........((((((((((....))))))))))..]]]]]...... |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.(..((((((((...)).......................................((.((((((...)))))).))...................((((((..((.(.((((((((((((.(((.((((((....)))))).)).).))))...((((....))))..............)))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(...).)))))))))))...))))))...(((((((....))))...)))......((((.(((.....)))))))..((((....)))).................((((...(.(((....)))).)))).............(((....((((((....))))))...)))..(((((((((...((...))........)))))))))....((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))...............................(((((.(.((((((((((((.((((((((((...((((((((.....)))))))).))))))))))..)))))))))..((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....)).....(....)..)))))))..))))).)))...))).).)))))...(((((((..((...((((.........))))))..)))))))...........((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....))))))...(((...((((.(((((....)))))..))))..))).....((......((((....))))...(((((((.((((..((((...(...)))))))))....(((((((.......((((((..(((((.((...)))))))...((....))..)).))))...((.((((.((((((.(((((..(((((.((....))...((((......))))..))))).....(((....((((((((.(.........)..))..))))))...((.(((((.....))))).)).....)))))))).....)))))))..)))))....))))))).......)))))))......((((((....((((((((..((((....))))..)))..)))))....)))))).......(.((((((((((........)))))))....))).)...........(((((((..........)))))))............((((..((....))..))))))...(((.(((..(((((((((((((...((((((.((((..((....))..))))))))))..)))))))))))))..))).)))................(((((((((....))))))))))))))))))))... |
MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((..((...(((((((.(((((((((.......((.(((((...(((.((.((((((...)))))).))..)))...(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....))).....(((....))).)))))))..)).)))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((...((((((((.(((.....)))..(((((((.((((..((..((((....)))).))..)))).(((((......)))))..(((..(((((....(((...(((....)))...))))))))..))).))))))).(((((((...((.(((.((..............(((((...))))).((((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))....((.((((.((((((.(((...((((((((((.(((........)))..)))))))))).......((((((....((((((....((((.....((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))((....))..(((((((((((((((((((...))))))))))))..((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((..((.((.((((...((((....((((........))))..))).....)..)))).))...(((((....((((((((((......))...)))))))))))))......)).))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).....))))......))))))...(((((((((..(...((((....)))).....)...........(((((.....)))))...))))))))).((((.....)))))).)))))))..))))))..)))).))...(((((...)))))..(((.....)))....)))))).)).))).))...)))))))...))))))))....))))......))))).))))))).)))))..))....))))))))).(((((((..........)))))))...))))))).(((((...(....)...)))))...((((..((..(((((((.((((......(((..((((..((....))..)))).))).....)))).)))))))..))..))))..))...........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..((((((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((..((((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))))(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......)..(((((.....((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((...(...((((....(...)))))...)))))))).....)....(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..((((((((((((((((.((((((..((((((((((....((((..(...).))))...(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((..(....).))....)))))))..((.(((((.....)))))))......))))..)))).).)).)..)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((....((((..((...(((....)))...))....))))....)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).))...((((((........))))))).(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PETfold_2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(.((((((...(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((....(...)))))))..))))))))....)....(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))).))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.((((((.((....))((.((((......))))))))))))....(((...(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....))))...))))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))..)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((..((...(((((((.((...(((((((.((((((.(.((((((....)))))).)..)))))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).(((.((.(((..((((((((.......)))))))))))...)).)))))((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((((....((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((.(((.........).)).))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(......).(((((......((((...(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))(...(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))......)...(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.((((((..((((((((((((..((((..(...).)))).))(....(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..((((((((.((((.((((((.((....))(((.(((......))))))))))))(...)((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))...)))))))))...))))))))..)).)))))))).(...(((((((...(((((..((...(((....)))...))....)))))...)))))))...)(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PETfold_pre2.0(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((((..(((.((((.((((((.(((((((((....(((.(((....(..((.((((((...)))))).)))((......(((.......(((((((.((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....))......((......)).)))))))..))))))))).((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........(((((...(.((....)))).))))))).))))))..((((....((((((....))))))...))))..((((((((...(.........)....))))))...)).(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))....(((((((....(.((((...(((((((((((.(((((((((((....(((((((.....)))))))..)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..))))...))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))).........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))))))((((..((((....))))...))))..))))..(((((((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((..(...).))))........(((((((..(...(((((((..(((((((....)))))))...((....))..))))).)))(((.((..(((((((((((((.(((((((((....)))((.(((......))))).))))))....(((...(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....)))))))))....)))))...)))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((..((((....))))..))....))).....)))))))....(((((..(((((((.(.....)))))))).....))))))))))).)).((((((((........))))))))(((....))).)))))).((....))...)))))))((((.(((..((((((.(((((....((((((.((((..((.....)).))))))))))...))))).))))))..))).))))...))).)))((((.(((((((((....)))))))))((....)).)))). |
PknotsRG
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((..((((.(((((.(((((.(((((((((((..(((.(((.....((...(((((.....))))).(((((.....(((((((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).))))))(((.(((((....))))).))).....)))))))...)))))..)).((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).(((....)))......(((....)))....))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((..((((((.....))))))..))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))..))))(((((((((.((.((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).)))))..((((((((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((.....((.((..((((((((((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((.....((((....))))..((((....))))...(((((.....)))))..))))))))))..)))).)).))))))..))))))...))))))).......)))))))...)).)).........(((((((..(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..(((....))).)))).))).....)))))).((....))...)))))))((((..((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.......(((((((.(((((((((...(.((((.(((((...(((....((((((...)))))).....)))..((((((((....((((((..((.(.(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))(((.[[[[))).]]]]))))))).))).)))))).((((((.(((..((((((((.(....))))))))))))...))))))..(((((((.(......))))))))....(((((.(((.....)))))))).((((....))))...(((((.........((((.((((((((((.(((.....)))..(((((((.((((......((((....)))).....)))).(((((......)))))..(((..(((((....(((.(.((({{{.))))..))))))))..))).))))))).(((((((}}}...(((................((((((...))))))(((((((((((((((.((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..))))))))).......((((.((((((((((...((((((((((.(((.(.....))))..)))))))))).......((((((....((((((...(((((..(((((((((((((((.((((..(((((((..(((...(((((...)).))).)))..)))))))..........(((((((((((((((((((...))))))))))))..............)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((........((((....(((((..((((........)))))))))........))))....(.(((((....((((((((.............))))))))))))))........))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))))).).)))))).)....))))))...((((((((((((((.((((....))))))...)))......((.(((((.....))))))).))))))))).((((.....)))))).)))))))).))))))..))))......(((((...)))))..(((.....)))...)))))))....)))......)))))))...))))))))..))))))......))))).)))))))))))))..))))).))))))))).(((((((..........)))))))...)))))).)(((((....<<<.....)))))...((((.(((..(((((((.((((......((((.((((............)))))))).....)))).)))))))..))).)))).....>>.>......(((((((((....))))))))))))))).))).... |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((((.......))))).((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((...((.....((((((....))))))......)).......((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....))))...))))))).(((((.(.........)))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))(((....(..((((......((((...(((.(((((((.(((((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))..)))))))))...((((((((...((((((((...((((((((.(.(((......)))....).))))))))...).......((....)).)))))))..))))).)))...)))...))))....(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))..)....(((((((....))))...........((...((((((((((((.((.(((((((.((((((((((......((........))..........(((((((......(((((((...((((((....))))))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........)))))).((....))...)))))).((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((............))).)))).)...))))..))))))..))).))))...)))))....((((((((((((....))))))))).....))))))... |
RNAalifold(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((.(((...((((.((((((.(((((((((....(((.(((.......((...((((...))))...)).((......(((.......((((((..((...(((((((.((((.....((((((....))))))......)))).....((....)).................)))))))..)).)))))).(((....(((..((((((((.......)))))))))))......)))..((((((((....)))...)))))))).(((((.(((.....)))))))).((((....)))))).))))))........((((...((.((....)))).))))))).))))))..((((......((((....)))).....)))).....(((((..................))))).......(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))((.....(..((((......((((.(.(((((((((((.(((((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))..)))))))))...((((((((...(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))..))))).)))..)))).).))))....(((((((..((...((((.........))))))..)))))))..........(((((((.((((((((((((.))))))))))))...((....))....)))))))))))..)...((((((((....))))....................((((((((.((.(((((((.((((((((((....((((........))))........(((((((......(((((((...((.(((....))).))....((....))..))))).)).(((.(((....(((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((.(((((((...((.........))....)))))))..((.(((((.....))))).)).....))))..)))).).)))).....))))))...)))))))...)).)))))))).)...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))....(((((..(((((((........))))))).....))))))))))).)).(((((((..........)))))))...........))))))))))))...))))).....((((.(((..((((((..((((....(.((((..(((..((.....)).))).)))).)...))))..))))))..))).))))...............(((((((((....))))))))))))))).))).... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((.((.((((.((((((...)))))))))).))))).(((((.......)))))..((((....(((((.....)))))..)))).(((((((.(((....((((((..((...(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................)))))))..)).))))))....))).)))))))(((((.((.(((((((..(((((((.......((.((((((((....))))...)))).))...((((.((((....(((((((..((((((((..((((((.....((.((((((((...(.(((....))).)))))).))).))..(((((((.((..(((((((((((((((..((((.(((((((((......((....))....)))))))))..(((....))).(((((.(((((..((((..(((....(((..((((....))))..)))..)))...(((((.....)))))...))))((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...)))))))).......)))))))))).))))...((((((((((.(((......)))....)))))))))).......((((.(....))))).))).))))))...(..(((((((((.((((..(((((((..(((...(((........))).)))..)))))))..........(((((((.((((((((((.....))))))))))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))..(((((((.((((.((((.(.(.((.((((.(.((((....(((..(((...)))..)))....)))).))))).))...(((((..((((((......))))))...((....))..))))).....).).))))..)))).))))))).)))).)).)))).)))..)...)))))).((.....)).)).))))))).....))))))...(((((((.(((((....)))).).)))))))....))))))))..((((((.((((.....)))).......))))))...)))))))...(((.((((...(((((...(((.....)))....(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..)))))..)))))))..)))).)))).)))))))....((((.((.(((...(....)..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))))).))))))))))))).))....((((((((((....))))))))))..)))))...... |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((.(..((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..................................................................................................................................(...........).........((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....))))...))))...)(((((.(((.....)))))))).............)))...))).))....((((((.....((....)).).)))))..)))))))..((((.(((.....(...)...)))...)))).(((..((((...(.(....).....).))))..)))...(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....(((....(((.(((((((.(.(((.(((((.....((((((.....))))))...))))).)))...))))))))...(((((((....(((.(..((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....))..)..)))...)))).)))...)))....)))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((.((((.)))).)))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((..(.....(................)..............)...)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.((((...)))).)))))))))(...((.(..(((((((...((........)).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))).)).)))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((......(..(...((.........)..).).)........))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....)))))))))))))))...))).. |
RSpredict(20)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((....((((((..((((.((((.((((((.(((((((.((...(((.(((..((.(.................................................(.............)....).)).(..((.....((.(.....((((..(...((....))................)...))))......).))..((.(((.(((...(((((((.......))))))).)))...))).))(.((((((((....)))...)))))...)(((((.(((.....)))))))).).).).......)))...))).))....((((((.....((....)).).)))))..)))))))..((((.(((.....(...)...)))...)))).((..(((((...(.(....).....).))))).....))(((((......((((((.((.((....))))....))))))))))).)))))))))).........))))((.....((((...(((.(((((((.(.(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))...(((((((....(((((((((..((((((((((.(((......)))....)))))))))).....))....((....)).)))))))...)))).)))...)))...))))....))((((.(......((((.........)))).)...))))(((....((((((((((((.(((((((((((...)))))))))))...............)))))))..(((...((((..((((....))))...))))..)))...(((((((((((((....((((((..(((((((((((...((((........)))).)))).(.(((((((......((.......((((..........))))...................)).(((.((((..(((((..((((.((((((.........(((.(((......)))))))))))).....((((.(((((((...((........)).....))))))).(((.(((((.....))))).....)))))))..))))...)))))...)))))))...)))))))...)...)))))))((...(((((((.....(((..((...(((....)))...))....))).....)))))))...))((((..(((((((........))))))).....)))).)))))).(..(((((((...(....).))))))).....).....))))))............)))))))((((..(...((((((..((((.(....(((...((...((.....))..))..))).)...))))..))))))..)...))))..))))).....)))(((((((((....))))))))))))))).))..... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((.((((((..((.(((((.(((((.((((((.((((..(((.(((..........((((((...))))))...(((................((((((.......(((((((.(((((....((((((....)))))).....)))))....(((....)))................))))))).....))))))..............(((((((.......)))))))..))).......((.((((((((....))))...)))).)).(((((.(((.....)))))))).((((....))))...)))))).((......))......(((....)))....))))..))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......(......)....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).)))))))))).))..)...(((((((.........(((((.((((((((..(((((((((.....((((((.....))))))...)))))))))...))))))))(((..((((((((((.((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........((((...)))).(((....)))))..))))....))..........)))).)).)))).))))))..))).(((((((.(((((((((((...)))))))))))...((....))....))))))).))))).....)))))))...))))).)))))).(((((...((((((...........((.(...(((((((.......((((........))))........(((((((........(((((..(((..((.....)).)))...((....))..)))))..........(((.((((((.((((((((((((((....)))((.(((......))))).)))))).....((((((((.......((((....)))).................(((((.....)))))....)))))))).))))).).))))))))..........))))))).......)))))))....).))..................(((.((((..((((((...(((....((((((.(((......))).(((((((........))))))).)))))))))...))))))..)))).)))............................................)))))).......((..(((((((.((((......((((.((((..((....))..)))))))).....)))).)))))))..)).....................(((((((((....)))))))))........))))). |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........(((..((((((..((((.((((((.((((.(((((((((((..(((......((((....((((((...))))))..))))......))).......(((.((....(((((...((((((......((((((....)))))).....(((((((..(((....))).............((((((..(((.(((.......((((((.(((..((((((((.......)))))))))))...))))))..((((((((....))))...))))....(((((.(((.....)))))))).))).)))...))))))..))))))).)))))).....)))))....)).))))))).)))))))..((((......((((....)))).....)))).(((((((((......((....))....)))))))))...(((((......(((((((((.((....)))))...))))))))))).))))))))))..((((...(((((.....)))))...))))((((((((..((..(((((.....((((((.....))))))...)))))..))...))))))))..))))((((((((..((.((((..((((((((((.(((........)))..)))))))))).....((....((....))((((..((.........(((.....))).(((....)))))..))))....))..........)))).))..))).)))))..((((((((((((.(((..(((((.....)))))..)))...((....))....)))))))..(((...((((.(((((....)))))..))))..)))...(((((((((((((....((((((((.......(((((..((((........)))))))))...(((((((........(((((..((((((......))))))...((....))..)))))....(((.(((((.((((((.((((.(((((((((....)))...(((......)))...)))))).....((((((((((((...((((....)))).....))))))...((.(((((.....)))))))....))))))..)))).).)))))))..))))))...))))))).)))).(((.((((...(((((...(((.....)))....(((.((((..((((((......((.......))(((((.((((...(((((((........))))))))))).)))))...))))))..)))).)))..)))))..)))))))....))))..)))))).((....))...)))))))((((..((..(((((((.((((......((...((((..((....))..))))..)).....)))).)))))))..))..))))..)))))........(((((((((....))))))))))))))).))).... |