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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00598



RNA: CRW_00598
Rfam family: SSU_rRNA_eukarya

CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAUACUUUUACAUAGUGAAACCGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUACAAUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGAAGCACGGCUCUGACCUCGCGGAAAGAGCGCGUUUAUUAGAUCAAAACCAGUCGGGUCCGCAAGGGCCCGUCGGAUUGGUGAGACUGGAUAACUUUGUGCUGAUCGCACGGCCUCGCGCCGGCGACGUAUCUUUCAAAUGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUACGUGAUAUGCCUACCAUGGUUGUAACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCAUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCUGGCACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACGGGACUCUUUCGAGGCCCCGUAAUUGGAAUGAGUACACUUUAAACCCUUUAACGAGGAUCUAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUCGGGUCCAGGCUGGCGGUCCGACGCCUGUCGGUUACUGCCUGCUCCUGACCUACCUCCCGGUUUUUUCGCCCUUGGUGCUCUUGACUGAGUGUCUCGGGUGGCCGGAACGUUUACUUUGAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCAAUAUCGCCUGAAUAAUGGUGCAUGGAAUAAUGGAAUAGGACCUCGGUUCUAUUUUGCUGGUUUUCGGAGCUCGAGGUAAUGAUUAAGAGGGACUGACGGGGGCAUUCGUAUUACGGUGUUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUCGCCGUAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGCAUGUUUUCAUUAGUCAAGAACGAAAGUCAGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCUGACCAUAAACGAUGCCAACUAGCGAUCCGCCGGAGUUGCUUCAAUGACUCGGCAGGCAGCCCCCGGGAAACCAAAGUUUUUGGGUUCCGGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACCCGGCCCGGACACUGUAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCGGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUAGCCUACUAAAUAGUUCGCUGAUCCCCAUUUGCGUCGGCGCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUUAGCCACACGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCGGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAAGGAAUCAGCGUGUCUUUGCCCUUGCCUGGAAAGGUCGGGUAACCCGUUGAACCUCCUUCGUGCUAGGGAUUGGGGCUUGUAAUUCUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGCGCGAGUCAUAAGCUCGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGGCGUUUUAGUGAGCGCCUCGGAUUGGACCCGGAAAUGGUUGGCAACAACCGUACCGGUGUGCCGAAAAGACGCGCAAACUUGAACGCCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ....(((((...[[[.))))).(((.(((((((.(((((.........(((.(((..((...(((....................)))))......(((......(((((((...((...(((((((..........(((((...(((((((.....)))))))....))))).......(((((((((....)))))))))....((((((.......((((..(((((((....)))))))......))))......))))))...........((((.((((.....)))))))).)))))))..)).)))))))(((..(.(((....((((((((.......))))))))))).....))))...((((((((....))))...))))))).((((((..........)))))).((((....))))...))))))......((.(((...(((((...))))).)))))....)))))....(((((((((.(((....)))..)))))).)))......((.................)).........((((((.......((((....................)))))))))).))))))))))..........(((.......((((...((((......((((.((((...((((((((((....)))))..))))).....)))))))).....((((.....(((((...(((((((......)))))))...)))))))))...............................................................................................................................(((((((((.((((((((((((((((((((...(((......)))......))))))))))))....(..((....)))))))))))))))).))))..))))...))))....(((((((...(...((((.........))))...))))))))..........(((((((.((..((((((.((((((......))))))))))))..))....((....))..))))....))).)))..........((((....))))..........]]]..(((((.(((((((.....((((((.(((((((((((....((((........))))........(((((((....(((((........((((((........))))))......)))))...((.((((..((((((((((..(((((((((....)))..((((......))))..)))))).....((((((((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))))).....(((((.....)))))......)))))..))))).)))...).))))))).....)))))))...)).)))))))))....(((((((.....(((......(((..((((....)))).))).....))).....)))))))......((((((((((((........)))))))))))).....))))))....((((((((.......))))))))...........)))))))))).))....((.((...(((((..(((((((((((((((((..((((((((((((((..((((..(((((((....))))))).))))....))))))))))))))..))))))))))))))))).)))))....))..))....((((((((((....))))))))))........
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.......(((((((((((.....((.(((((((.((((...((((.((((((..((((..((((....))))..)))).(((....)))..)))))).....)))).....(((((((((.(((......))).((((((.((((((((((((......(((...((((....(((((.(((((..((....))..)))))..(((..((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))))..)))...)))))..((((.((((.....)))))))).))))..)))..(((((((..(((((.......)))))..)).)))))...))))))))))))..))))))..)))))))))(((......))).)))).).)))))).)).((((((........((((((((((.((((((...........((((((((((.((.(((((((((.(((.........(((((((((.(((....)))..))))).))))..(((((((((((((((..((((....))))..((((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..)))))))))......)))))).)))............)))))).))).....(((((....(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))))))).))))))))).))...........((((((((((..(((((...)))))..((.((((((...((((((((....)))))))).......(((((......))))).((.((((((..(((......((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..)))))).)).)))))).)).....((((.((.....((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..))..)))))).(((......)))...)).))))....)))))))))))))))))))).))))))..(((((((((..((((..((((........))))..((..((...))..)).))))))))))))).)).))))))))...((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.(((((((((.((.(((((..((..................((((.((((..(((((((((((.(......).))))))).))))..)))).))).)..(((((.....))))).))..))))).))...))))))).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........))))))))...(((.(((((((((.....))))))))).)))..))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))..)))))).....)))....(((((....)))))...)))))))).)
Carnac(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((...........................)))))...............................................................................................(((((......)))))....................((((((.............)))))).....................................(((((((((...................................)))))))))..............................................................................................................................................................................((((((.....(((......))))))))).........................(((((((........................)))))))...........................((((((((((((((.....................)))))))))))))).......((((((((.........)))))))).................(((((((.......((((.........))))....)))))))..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((((..........)))))))...................(((((.....)))))................................................................(((((((............((((((..((((....)))).))))))...........)))))))..........(((((............)))))....................(((((((((.....)))))))))..............................................((((((((((((((...................................................................)))))))))))))).......................((((((((((....))))))))))........
CentroidAlifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((.................................((((.((........(((..........))).........))...))))...................................................................(((...((((......(((((............)))))))))...)))................................................................((((..(((.....))).))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).))).....................................(((.......................................)))........................................................................................................................................................................................................................................((((((((.....................)))).))))...((((((..................(((((.((((((((((.(((........))).)).)))))))).))))).......(((((((((.......))))))))).))))))...........((...........((((.........))))........))..................(((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((........)))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))......................................................((((((((..............((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))..................(.(((((((((.....))))))))).).....)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...(((((((.((..((((((......)))))).)))))...))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))...................(((((....)))))....)))))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((..((((.(((........(..((....((((((((.......((((((..(((..........(((((..((......)).))))).........)))....)))))).........(((.((((((....(((((((..........(..............)(((((..((....))..))))).................(((.(.(((((((....))))))).))).....).......................((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....((((((.(.......).)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).......................)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................((((((.......(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......))))))...................................((...(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))....))))))))))).........((((((((..(((((((......(((((((((..((((((......(((((((...........)))))))(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))......)))))).))))))))).....)))))))...)...))))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((.........)))))))).................((((((........((((.........)))).....)))))).......................((((((.(((((......))))))))).))...(((((((((..((((.....)))).))))))))).................................................)))))))))).))))))))))))))..))..)....((((........)))).....)))))))..))))))))).......................(((((((((((((((((...........(((.(((((((..................................)))).))).)))((..(((((((((((..........))))))).))))..))..........(((((.....))))).............................(((((.........)))))..............((.((((((.((((((.(...((((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))))..........(((((....((((((((.........))))))))....((((((((((((.....)))))))))...)))))))).......))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).................((.(((((....))))).))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(..(((((.......)))))...)......((((..((...(.....(((.(((((((..((((....))))..)))).((......)).............(((((....)))))....................((((((....(((((((........(((.........)))...(((((...(((...((((((.((..........(((((..((.(.(((((((....))))))).))).)))))................((((.....)))).(((.......)))..))..)))))).........(((...(((((.(....((((.......))))....).)))))....)))...((((((((....))))...)))))))..)))))............))))))))))))).......)))))).)....((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((.(((....)))..))))).))))......((((((........((((((.......(((((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))))......)))))).............................(.((((((((((((.(((((((((((....))))).........((...(((((...(((((((........((((((((.(((((...(.....((((((((..((((((......(((((((...........)))))))(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))......)))))).)))))))).....)..))))).......(((((((.((((..((((((((...((((......))))....))))))))..)))).......((((((((.........)))))))).................((((((....(...((((.........))))...).)))))).........((((..(....)....((((.(((((......))))))))).)))))))))))....))))).......)))..)))))))......)))))....))................(((((.(((((((..((..(((((...((.((((((................((((........)))).((((((((...(((((....(((((((....((((..((((......(((((..(((((.....)))))..(((((.(((((((...((....(.((((.......)))).)..))..))))).)).)))))..............))))).(((....)))...((((...)))).....(((((.....)))))..))))..)))).......))))))).....)))))..)))))))))))))).))......(((.((((((.((((((.((......(((.((((....)))).)))..)).))))))...)))))))))...(....(((((............)))))....).....))))).....((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).)).)))))).))).......((((...((((((......))))))))))..))))))))).)(((((((....)))))))....)))))).......................(((((..((((..................))))..))))).............)).)))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((((..((((.(((......(((..(((..(((((((((..(...(((((((..((((((......((((((..(((....))).))))))....)).))))....)))))))........(((.((((((....(((((((........(((.........)))((((((((..((....))..))))).)))(((((((.((...(((((.(((((((....))))))).)....))))))..)).)))))...........((((.((((.....))))))))..............((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).........((..........)))))))))))))))..)))).((((((...........((((((((((.((.(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))...(((((...(.....((.((((((.......(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......))))))..))....).......)))))....((((((...))))))(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))......))))))))).))......(((((((((.(((((((.....((((((((((..(((((((.....(((((((...........)))))))(((((......)))))....................(((((((((((....)))))))))))...).)))))).))))))))))....)))))))..))...))))))).(((((.((((((((.(.((((......))))..).)))))))).)))))...((..((((((((..((...))))))))))...))............(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((......((((((.(((((......))))))))).))(..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..)...)))))......................................)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..))))))))))).((((((()....))))))(((((((((((((((((((.(((...(((((((.(((((((......(((.((......)))))...........)))).))).)))((..(((((((((((..........))))))).))))..))..........(((((.....)))))...(((((...........)))))(((..(((((.........)))))..)))........(((.((((((.((((((.(...((((((..((((....)))).))))))).))))))...)))))))))..))))...(((((..(.((((((((.........)))))))).)..((((((((((((.....)))))))))...)))))))).)))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))................(((.(((((....))))).))).))......
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................(((((.(((.......((((........))))........)))...)))))....................................((((..((....))))))............................(((((..(......)..)))))..................((............................))........................((((.(((.......)))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))....(((((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...((((.....)))).))))))............(((.(((((((((....)))).)))))..)))....................................((((((.......((((..((.........)).....))))))))))................................................((((((.((((((((((((((......))))..)))))))))))..)))))..................(((.(((((((......))))))).)))...........................................(((......)))...............................(((((((((...................)).)))))))..(((((((..((((((......((((.((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).)))).....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..(((((((.((............)))))))))..)))...((....))..........))..............(((((....)))))...............(((((....(((((((((......(((((...))))).................(....)..............(((((..................................)))))..)))))))))....)))))........................((......))..............(.((((.(..((((..(((((.((((((........)))))).).))))..)))).)...((((((((.....))))))))...)))))..................((((...........)))).....))))))..(((.(((((((.(.....)......(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....................((((((((.......))))))))......)))))).................)))))..(((((.((...((((((((..(((..((((..(...((((((((((..(.(((((....))))).).)))).)).))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))...................(((((....))))).............
DAFS(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((..................(((.....)))..(((((((((.(.....(((..........))).......))))..))))))....................................((((..((....))))))............................(((((..(......)..)))))..........................................................................((((.((.........))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((......)).))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((.((((.((((((((((......))))..)))))).))).).)))))....((((.....(((.(....(((((((......)))))))..))))...))))......................(((((((.................)))))))........................(((((((.......................)).)))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....))..........))..((......((..(((((....)))))...))....)).....((((....(((((((((.......(((.....)))......................................(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........((....................))..............(((..((((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))................))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.(.....)......(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((.((((...(.((((......)))).)..)))..).))))...)..).))..)))..)))))))...)).)))))..).)...........((.(((((....))))).)))))))))...
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((.....(((.(((..((((((((...))).))))).....))).))).(((..[[[[..)))..]]]]...((((((.((((((.......(((((((((((.....))))))...((((.....)))))))))(((.....)))))))))...........[[[[[[[[....))))))..]]]]].]]].......(((((..[[[[[[((((((....))))))......)))))..]]]]]].....((((((((..((((.((((.....))))))))....((((((.......(((((...(((((....(((((((((...)))..)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).)))))).))))))))................((((((((...((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..))))).))))..((((((...(((....[[[[[[[[.)))......]]]]]]]].....(((.[[[...)))..]]].((((...[[[[.[[[[[[[....))))..]]]]]]].]]]].....))))))..(((((..[[[[[)))))...(((((((((((....)))))..))))))....]]]]].)))))))))(((......)))..(((((((((((((.....)))(((.((((.((((((...((((((((....)))))))).......(((((......)))))....((((((...........((((((((((....)))))))))).((((((((((((.(((.......(((((((..(((((.......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))......)))))..))))))).............))).)))))))))...))).))))))....)))))).))))...)))((((.....[[[[[[.((((.((((........)))))))).)))).(((((((((..(((((...))))).)))))))))......]]]]]]...........................)))))))))))))))))))).))))))(((.........[[[[[..((((........)))))))......((((........)))).]]]]]....)))))))).......((((((((.........((((((..[[[[[.))))))................]]]]]...........(((...(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).)))....(((((.....)))))...[[[[[)))........]]]]](((..(((((.........)))))..)))(((((((.....[[[[[[...)))))))...(((((..((((....)))).)))))............]]]]]]((((.((((...(((((....((((((((.........))))))))....((((((((((((.....))))))))...)))))))))..))))..)))).)))))))).....((((.....((((((((((.(((..((((......((((..((((..(((((((....))))))).))))....))))......))))..))).))))))))))....))))....................(((((....)))))...))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.(((((((((..((((.(((....(((((..(((..(((((((((.((.(((((((((..((((((......((((((..((......)).))))))....)).))))....)))))).))).))..(((.((((((....(((((((.((((...(((....(((((((.((((((((..((....))..))))).)))...((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))))....))))))).((.((((.((((.....))))))))))..((((((...(((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))).((((((.......)))))).)))))).)))...)))).....)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((..(......).((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....((((((((..((...)).)))))))).......((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).)))........(((((((((((((...((((.((((((((((((((((....)))))....((((((((..(((........(((((.....(((((..(((((((......)))))))..))))))))))......((((((((....)))))))).))).)))))))).(((((((........)))).))).......((((((((((....)))))))))).((((((((((((.(((.......(((((((..(((((((.....((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).....(((....)))..))))...)).)))))..))))))).((.(....))).))).)))))))))...)))..))))))..)).)))))))......))).)))))).)))).((((((.((((........)))))))).))...(((((((((..(((((...))))).))))))))).(((.(((((....)))))..)))....))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........))))))...)))))))..))))))))).(((((((((....)))))))))(((((((((((((((((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).)))).........((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))((((((..(((((.....)))))....................((.((((..(((((.........)))))..)))).)).((((((.((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))))).)))..(((((((......(((((((.........)))))))))))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))...((....)).)))).((.(((((....))))).))..........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((.(((((((((..((((.(((......(((..((((..((((((((.......((((((...............(((((..((......)).)))))................)))))).............(((((((....((((((..........................(((((..((....))..))))).......................(((((((....))))))).................................((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....((((((...........)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).......................))))))))))))).......((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))...........(((((...((((....))))..(((((((((...................................))))))))).......))))).........................................((.(((((((((((....)))))..)))))).)).......)))))))))...........((.cccccccccc..........ccc))((...((.........(((((((...........)))))))(((((......)))))....................(((((((((((....)))))))))))....[[[[))bb))((CCC.....((((((...((((....<<.(((.(((((.((((((((.....((.......)).....)))))))).)))))....(((....)))...)))......))))>>.))))))..............))..BB..]]]]...................................................((((.(((((......)))))))))......(((((((((..(((((...))))).))))))))).......................................CCCCCCCCCC)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..)))))))))))..............((((((((((((((((((((((((..((..........................................................(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).)))....(((((.....)))))........................(((..(((((.........)))))..)))............((((((.((((((.....((((((..((((....)))).))))))..))))))...))))))......{{....(((((....((((((((.........)))))))).......(((((((((.....)))))))))......))))).))}}..))))).)))))))))))).((((.((...(((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))...............(((..aaaaa.)))AAAAA.....))))))).
MXScarna(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(.((((((((.((...............((((...))))..(((((((((.((....((((((....))))))......)))))..))))))................................(.(((((..(((....))))))))..)..............(((......(((((.(((....))).)))))))).(((((((......((((..(((((........)))))......))))....).))))))...........((((.((((.....)))))))).................(((((..((((((....((((((((......).)))))))))))..)).))))).......((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).))))..(((((((..((.....))..............((((.(((((((.(((.(((...........(((..(((((((((((((.((......)).)..))))))))..)))).))).......((.....(((((((((((((((......)))))))))))))))))......................((.(((((((.((((......)..)))))))))).)).........((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...((....)).....(((((....)))))..................................(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..))))................(((.(((((....)))))..)))..................(((.((((.....)))).))).))))))...)))))))))))...))))...)))..............................(..((((....))))..)....(((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..((((((((((((........)))))).))))))..)))))).)..(.(((((.....)))))).....)))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((((((((((...(((((.(((((....))))))))))))))))))..))))))))))...((((((.((((............)))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((...((((((....)))))..))))).)).))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).)
Mastr(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((.(((((((((..((((.(((.......((..(((..(((((((((....((((..((((....))))..))))(((((..((......)).))))).............(.......).........(((.((((((....(((((((........................(((((((..((....))..))))).))..((((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))).))).....(.((...((((.((((.....))))))))....((((((...(((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))).((((((.......)))))).))))))..)).)..........)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((...........((((((.....((..(((((((((.(((....)))..)))))).)))..))..)).)))).....((((((((..........)))))))).......((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).)))........(((.(((((((((..(((((.((((.(((((((((((....)))))..)))))).))..))))))).....(((((.....(((((..(((((((......)))))))..)))))))))).......(((((((....)))))))........(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))..(((...(((((((((((((((.(((((......((((((.((((((.(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))...((...))..)))))).))))))..((((...........))))......)))))..)))).))).))))))))))).....))).))))))..))).((((((.((((........)))))))).))...(((((((((..(((((...))))).)))))))))......((((....))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))))..))...((((........)))).....)))))))..))))))))).((((((((......))))))))(((((((((((((((((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).)))).........((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).(((((..(((((.....)))))...((((.............)))).....(((((.........))))).((....)).((.(((.((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...)))))))))..))..(((((((......(((((((.........)))))))))))))).(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))............))))..(.(((((....))))).)...........
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((..(...((....(((((...........(.(((.......(((.....)))...).....)).).......((((((((......))))))))..(.(((((((......((((..........................))))....).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..))).((...(.(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((....(....((...((((((.(......((.....)).........).)..).)))).))((....))...).....((((.(((((......)))))..)))).............((((((((......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((.......((((....(...)))))....)))))))....)))...(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..)(((...(((..((((....))))...)))............((((((((((((((.....))))((((.(((((....(..(((.(.......(....)..((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..)))))))((...))(((((...(((((..((....))..)).((......))...)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((((((...((.......))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))).......))))....).((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))((....))))))))..(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(((((........))))).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.((..........(((.......)))...)))))..))))))........(((............(((((...........((((........(((.....))).........)))).......(((((............)))))..(((((((((......((((..........................))))....).)))))))).......(.((((...((.....))..))))).))))).........)))(((....((((....((((((((.......)))))))))))).....)))...((((((((....))))...))))((...((((((........)))).))...))........(..((....)).)..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).)))))).)))......((.................))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((..........((((((..........((((....(((((.(((....((.....))......).)).)..).)....)).))))..........((((.((..(((......)))...)).........))))....)))............)))........((.(((......)))...........))..................((((((((.(..................))))).))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((...(((..((((....))))...)))............(((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...))).....(....)...(((...(((..(((((..((.(......(..........)..))).....)))))..)))))).((..((((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((.(((.((((..((((((((((((........))))))).)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))).........)))......))((...(.....).)))))))).....))).(((.(((((((.....(.........((((((((....))))))))....)........))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....)))))))))..((((((.((...((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(................).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))..)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))(.(((((((......((((..........................))))....).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((...((((((.(......((.....)).........).)..).)))).))(......).........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(.....)((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((.(((...((.......)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))))........)))....).((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(((((........))))).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
PETfold_pre2.0(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.......((....(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....(((((...........(((((....)..(((.....))).........)))).......(((((............)))))..(((((((((......((((..........................))))....).)))))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))....))...)))(((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))).......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).))))).))))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((..........((((((..........((((....((((.........((.....))..............).)....)).))))..........((((.((..(((......)))...)).........))))....)))..(((....))))))(((((......(((......))).))))).........................((((((((.(..................))))).))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..))).....)))...(((...((...((((....))))....))............(((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...)))....((....))..(((((.(((..(((((.(((.(..(..............)..))))....)))))..))).((.((...(((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.((((((........))))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))))).........)).......))))........))))))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...)).......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))(...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(................).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((((((((((.((((.(((......(((..(((..(((((((((....((((..((((.{{{))))..))))(((((..(((....))).))))).........}}}...................(((.((((((....(((((((.......................((((((((............))))).)))(((((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..))))).)))).(((((((((.((((.((((.....)))))))))...((((((...(((.(((((((.(((((....((((((.(((...))).)))))))))))))..)))))))).((((((.......)))))).)))))).)))))))).......)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((.....((((((((((((.........(((((((((.(((....)))..)))))).)))......)).))))((((.((((((((..........)))))))).......[[[[[[.....[[[....[[[[[[.[[[.[[[[[[[.....)))).]]]]]]].]]]........<<<<<<<<<<<<<..(((((.((...(((((((((((....)))))..)))))).....)))))))))))))((((.....(((((..(((((((......)))))))..)))))))))....(((((((((((....)))))))).......(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))..(((...(((((((((((((((.(((((......((((((.((((((((((((.((((((((((.(((((...).)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..(((...)))))))))).))))))..((((...........))))......)))))..)))).))).)))))))))))..)))>>>.>>>>>>>.>>>.((((((.(((((......))))))))).))...(((((((((..(((((...))))).))))))))).(((.(((((....)))))..)))....]]]]]]..]]]...]]]]]].)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))).))))))))).(((((((((....)))))))))(((((((((((((((((.(((((((((........))))))....((((.(((.............))).)))).........((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))((((((..(((((.....)))))...((((((........)).)))).....(((((.........)))))(((....)))((((((.((((((.((((((......(((((..((((....)))).)))))...))))))...))))))))).)))..(((((((......(((((((.........)))))))))))))).(((((((((.....)))))))))......)))))))))...))))).)))))))))))).((((.....((((((((((.(((..((((......((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))......))))..))).))))))))))....))))............)))))...(((((....))))).............
RNAalifold(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] .........(((((((............((((((.((((.(((((((..((((((..............................(((((((.((((((........................................(((....)))(((.....)))))))))......((......(((((..((....))..)))))..................((...............................((.((..................((((..(((.....))).))))...............((((.(((....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...))))((((....)))))).)).(((...((((((........)))).))...)))..))...(((((((((((.(((((((((...(((((...))))).))))))................(((((((((....)))).)))))..)))....................................(((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))..)))).........))))))).........)))))))))........................................................................................................................................((((((......(((......))).))))))....))))))...............................(((((((................(((((((..((((((......(((((((((.((((((.....((((......))))......)))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..)))))))...((....))....))))))).((((.........)))).))))))).............(((....(((..((((((((...............))))))))..)))...((....))..........)))...)))).))))))((((....))))(((((((.........(((((((((((..(((.....(((.(((.((((((.................((.........)).(((((((((((..(((((.....((((((..........(((((.(((...(..((((.(....).))))..)...(((..((((((((((.....)))).))))))..)))))))))))(((((((((.((((..(((((..(((............)))...)))))..)))))))....((((((.....))))))....))))))........))))))......))))).)))).))))))))).)))).))).))).(((((((.(.....).......(((.((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))...((.(((....))).)).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))....)))))..((((.((....(((((((..(((..((.(..(...(((((((.......((((......)))).....)))...))))...)..).))..)))..)))))))...)).))))............))))))).(((((....)))))...)))))))...
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(.(((((((((((.....((.(((((((.((((...........(((..((((..((((....))))..)))).)))...(((.((.((((((((((...(((((((((((.....)))))))..((((.....)))).))))...))))....))))))............((((((((((((((..(((((((((((.(((((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..)))).)))))...)))))...((((.((((.....))))))))....)))))).......(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....))))).)))))..)))))).)))..))))).))))))))))).)).((((((........((((((((((.((((((...........((((((((((.....(((...((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....((((((((..........))))))))....)))((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).))).....((((..((((((((((...((((..(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))...((.((((...(((((.....(((((..((..(((......)))..))..))))))))))...(..((((((((....))))))))..)....(((((......)))))....((((((..(((......((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..)))))).)))).)).))))......))).)))))))((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..((((.....)))).)))))))))..))..))))))..))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))..(((((((((..((((..((((........))))..((..((...))..)).))))))))))))).)).))))))))...((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.(((((((((.((.(((((..((..................((((.((((..(((((((((((.(......).))))))).))))..)))).))).)..(((((.....))))).))..))))).))...))))))).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........))))))))...(((.(((((((((.....))))))))).)))..))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))..)))))).....)))....(((((....)))))...)))))))).)
RSpredict(20) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((.(((...(((((...((.((((..((((.((((....((((.((((.(((..((.....(....(..(.......)).).)).)))...)))).........)))).((((((....((........(.((...(((....))).)).)..))..))))))....(((.......(((((............))))).)))(((((.(......((((......(.......)...........))))....)..)))))...........((((.((((.....))))))))((.....(((.....((((.(((.(.((((.....(((((.(.......).))))).))))...).)))...))))......)))..))..(((...((.(((((..........))).))...))...)))))))))))(((((.((...(.(((..((((........(((.((.((.((........(((((((((.(((....)).).))))).))))...))....))...)).....)))....)))).........)))...)..)))))))((.(((((((((.(((((.((((......(((...((.(((((....(((((.....(((((.(((.((.....(......(........................................)....).).....)..........((((.......)))..).......................))).)))...((((..((((....(...(((......)))....)......))))....))))....(...(((..((((((...............))))))...))).)(((((((...((((.......(((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)))))....(((....)))..))))......))))...))))))).((.(((......(..(.(((....))).)......).)))...))...((((((..(...(((.(((.((..((.((..(...............).).).))..))..............))).....)))...).......)))))).))..))))).)))))...)).....)))...)))).......)))))...))).))))))...))))))...)).)))))......))).)).((.......(...(((...((...(((........(...(((((..(((((((((((((((.((((((((...((((.(((((.((((.....))))..))))).))))))))).(.(((.(.(((.((((..(((..(....(..(.......)..)...).)))..)))))))..(....(((.....)))....)...).)))...)....(((.((((..((((...........))))....)))).))).(((.((((((........(.......(((.((((....)))).)))....).........)))))))))...((((((((((............)))))...((..((....))..)).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.((....(((((((..(((..(.....(...((((((.(.(......................).).)).))))...).....)..)))..)))))))...)).))))..))))).).))).)).))).).))(((.(((.....))).)))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(.(((((((((((..(((.((....(((.((.....))..))).......)).)))...((..((((((((...........((((..(((.......((((....))))..........(((((..(((.((((((....(((((((..(((((...................(((((..((....))..))))).................(((((((((((((....))))))....)))))))....))))).....(..((((..((((.((((.....))))))))....((((((....((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).)))))).))))..)........)))))))))))))..)))..((.(((((((.......((((((((((..(.(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).))).........(.((((((..((((....))))..(((((((((.........((.(((.((....)))))....))..)))))))))......))))))..)......................................((.(((((((((((....)))))..)))))).)).......))))))))).)......(((((..((..(((......)))..))..)))))...........((((((((....)))))))).......(((((......))))).....((((((..........((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...(((((((((.(((((((((..((((......))))..).)))))))).)))))....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).(.((....))).))).))))))))).........((((((.......(((((((.....((((..(....)....((((.((((........)))))))).)))).(((((((((..(((((...))))).)))))))))...))))))).......................))))))....)))))))))))))))).....(((((................((((........)))).((((((((.(.(((((..(.((((((.....((((..(((((...(((((........................................((((.(((.............))).))))...................))))).........((((....)))).................(((((.....))))).)))))..))))........)))))).)...))))).))))))))))))))..))))))).....((((((.((((((.(....(((((..((((....)))).))))).).))))))...))))))..))..(((...(((((.....(((((((.........)))))))........(((((((((.....)))))))))......)))))..)))..))))).....)))..)))).....((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).))..)))))))).)).....)))....(((((....)))))...)))))))).)
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((..(((((..((((.(((......(((..(((..(((((((((.((.(((((((((..((((((......((((((..(((....))).))))))....)).))))....)))))).))).))..(((.((((((....(((((((.((((...(((.((((....(((((.(((((..((....))..)))))..(((...(((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..)))))...)))...)))))..((((.((((.....)))))))).))))(((((....((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).)))))..)))...)))).....)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((...(((.....((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....)))....................(((....)))((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).))).....((((..((((((((((..(((((..(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))...))))).......(((....((((((..((..(((......)))..))..)))))).((((((...((((((((....)))))))).......(((((......))))).(..((((((..(((.....(..((((((((....))))))))..)...(((((((((.(((.......(((((((..(..((((.....(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))...)).))..)..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..))))))..).)))))))))......))).)))))))((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..))..))))))..))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..)))))..))..((..((((....))))..)).((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.((((..(((.((.(((((..((...................(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))))).....(((((.....))))).))..))))).))...)))..)).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........)))))))).......(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))............)))))((.(((((....))))).))..........