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CAACCUGGUUGAUCCUGCCAGUAGUCAUAUGCUUGUCUCAAAGAUUAAGCCAUGCAUGUCUAAGUACAUACUUUUACAUAGUGAAACCGCGAAUGGCUCAUUAAAUCAGUUAUGGUUCCUUAGAUCGUACAAUCCUACUUGGAUAACUGUGGUAAUUCUAGAGCUAAUACAUGAAGCACGGCUCUGACCUCGCGGAAAGAGCGCGUUUAUUAGAUCAAAACCAGUCGGGUCCGCAAGGGCCCGUCGGAUUGGUGAGACUGGAUAACUUUGUGCUGAUCGCACGGCCUCGCGCCGGCGACGUAUCUUUCAAAUGUCUGCCCUAUCAACUUUCGAUGGUACGUGAUAUGCCUACCAUGGUUGUAACGGGUAACGGGGAAUCAGGGUUCGAUUCCGGAGAGGGAGCAUGAGAAACGGCUACCACAUCCAAGGAAGGCAGCAGGCGCGCAAAUUACCCACUCCUGGCACGGGGAGGUAGUGACGAAAAAUAACAAUACGGGACUCUUUCGAGGCCCCGUAAUUGGAAUGAGUACACUUUAAACCCUUUAACGAGGAUCUAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAGCUCCAAUAGCGUAUAUUAAAGUUGUUGCAGUUAAAAAGCUCGUAGUUGGAUCUCGGGUCCAGGCUGGCGGUCCGACGCCUGUCGGUUACUGCCUGCUCCUGACCUACCUCCCGGUUUUUUCGCCCUUGGUGCUCUUGACUGAGUGUCUCGGGUGGCCGGAACGUUUACUUUGAAAAAUUAGAGUGUUCAAAGCAGGCAAUAUCGCCUGAAUAAUGGUGCAUGGAAUAAUGGAAUAGGACCUCGGUUCUAUUUUGCUGGUUUUCGGAGCUCGAGGUAAUGAUUAAGAGGGACUGACGGGGGCAUUCGUAUUACGGUGUUAGAGGUGAAAUUCUUGGAUCGCCGUAAGACGAACUACUGCGAAAGCAUUUGCCAAGCAUGUUUUCAUUAGUCAAGAACGAAAGUCAGAGGUUCGAAGACGAUCAGAUACCGUCGUAGUUCUGACCAUAAACGAUGCCAACUAGCGAUCCGCCGGAGUUGCUUCAAUGACUCGGCAGGCAGCCCCCGGGAAACCAAAGUUUUUGGGUUCCGGGGGAAGUAUGGUUGCAAAGCUGAAACUUAAAGGAAUUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUGGAGCCUGCGGCUUAAUUUGACUCAACACGGGAAAACUCACCCGGCCCGGACACUGUAAGGAUUGACAGAUUGAGAGCUCUUUCUUGAUUCGGUGGGUGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGCGAUUUGUCUGGUUAAUUCCGAUAACGAACGAGACUCUAGCCUACUAAAUAGUUCGCUGAUCCCCAUUUGCGUCGGCGCAACUUCUUAGAGGGACAAGUGGCGUUUAGCCACACGAGAUUGAGCAAUAACAGGUCUGUGAUGCCCUUAGAUGUUCGGGGCCGCACGCGCGCUACACUGAAGGAAUCAGCGUGUCUUUGCCCUUGCCUGGAAAGGUCGGGUAACCCGUUGAACCUCCUUCGUGCUAGGGAUUGGGGCUUGUAAUUCUUCCCCAUGAACGAGGAAUUCCCAGUAAGCGCGAGUCAUAAGCUCGCGUUGAUUACGUCCCUGCCCUUUGUACACACCGCCCGUCGCUACUACCGAUUGGGCGUUUUAGUGAGCGCCUCGGAUUGGACCCGGAAAUGGUUGGCAACAACCGUACCGGUGUGCCGAAAAGACGCGCAAACUUGAACGCCUAGAGGAAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC |
Reference structure (ext) |
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[ sec struct ] |
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Afold
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[ FASTA input ] |
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Carnac(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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CentroidAlifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((.................................((((.((........(((..........))).........))...))))...................................................................(((...((((......(((((............)))))))))...)))................................................................((((..(((.....))).))))...........................((.....((((((((.......)))))))).))................((((....))))...((((((..((.((((........)))).))...)))..)))...................((((....(((.....)))..))))..............(((((((((((((....)))).)))))).))).....................................(((.......................................)))........................................................................................................................................................................................................................................((((((((.....................)))).))))...((((((..................(((((.((((((((((.(((........))).)).)))))))).))))).......(((((((((.......))))))))).))))))...........((...........((((.........))))........))..................(((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..........................(((((....)))))........................((((((((........................................................................................................)))))))).........................................................(((((.(((.((((..((((((((((((........)))))).))))))..)))))))..((((((((.....))))))))...)))))......................................................((((((((..............((((((((....))))))))............))))))))......((((.((((((..........))))))..................(.(((((((((.....))))))))).).....)))).........................((((((((...(((((((((((((((((((..(...(((((((.((..((((((......)))))).)))))...))))...)..)))))))))))))))))))..))))))))...................(((((....)))))....))))).... |
CentroidFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((..((((.(((........(..((....((((((((.......((((((..(((..........(((((..((......)).))))).........)))....)))))).........(((.((((((....(((((((..........(..............)(((((..((....))..))))).................(((.(.(((((((....))))))).))).....).......................((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....((((((.(.......).)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).......................)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))....................((((((.......(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......))))))...................................((...(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))....))))))))))).........((((((((..(((((((......(((((((((..((((((......(((((((...........)))))))(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))......)))))).))))))))).....)))))))...)...))))))).(((((.((((((((...((((......))))....)))))))).))))).......((((((((.........)))))))).................((((((........((((.........)))).....)))))).......................((((((.(((((......))))))))).))...(((((((((..((((.....)))).))))))))).................................................)))))))))).))))))))))))))..))..)....((((........)))).....)))))))..))))))))).......................(((((((((((((((((...........(((.(((((((..................................)))).))).)))((..(((((((((((..........))))))).))))..))..........(((((.....))))).............................(((((.........)))))..............((.((((((.((((((.(...((((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))))..........(((((....((((((((.........))))))))....((((((((((((.....)))))))))...)))))))).......))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).)))).................((.(((((....))))).)).......... |
ContextFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(..(((((.......)))))...)......((((..((...(.....(((.(((((((..((((....))))..)))).((......)).............(((((....)))))....................((((((....(((((((........(((.........)))...(((((...(((...((((((.((..........(((((..((.(.(((((((....))))))).))).)))))................((((.....)))).(((.......)))..))..)))))).........(((...(((((.(....((((.......))))....).)))))....)))...((((((((....))))...)))))))..)))))............))))))))))))).......)))))).)....((((((...((((.....)))).))))))............(((((((((.(((....)))..))))).))))......((((((........((((((.......(((((((((.......((((.....((....)).......)))))))))))))......)))))).............................(.((((((((((((.(((((((((((....))))).........((...(((((...(((((((........((((((((.(((((...(.....((((((((..((((((......(((((((...........)))))))(((((......))))).....................((((((((((....))))))))))......)))))).)))))))).....)..))))).......(((((((.((((..((((((((...((((......))))....))))))))..)))).......((((((((.........)))))))).................((((((....(...((((.........))))...).)))))).........((((..(....)....((((.(((((......))))))))).)))))))))))....))))).......)))..)))))))......)))))....))................(((((.(((((((..((..(((((...((.((((((................((((........)))).((((((((...(((((....(((((((....((((..((((......(((((..(((((.....)))))..(((((.(((((((...((....(.((((.......)))).)..))..))))).)).)))))..............))))).(((....)))...((((...)))).....(((((.....)))))..))))..)))).......))))))).....)))))..)))))))))))))).))......(((.((((((.((((((.((......(((.((((....)))).)))..)).))))))...)))))))))...(....(((((............)))))....).....))))).....((((((((.(....)))))))))......))...)))))))))).)).)))))).))).......((((...((((((......))))))))))..))))))))).)(((((((....)))))))....)))))).......................(((((..((((..................))))..))))).............)).)))). |
Contrafold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((..((((.(((......(((..(((..(((((((((..(...(((((((..((((((......((((((..(((....))).))))))....)).))))....)))))))........(((.((((((....(((((((........(((.........)))((((((((..((....))..))))).)))(((((((.((...(((((.(((((((....))))))).)....))))))..)).)))))...........((((.((((.....))))))))..............((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).........((..........)))))))))))))))..)))).((((((...........((((((((((.((.(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))...(((((...(.....((.((((((.......(((((((((.......((((.(((.((....)))))....)))))))))))))......))))))..))....).......)))))....((((((...))))))(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))......))))))))).))......(((((((((.(((((((.....((((((((((..(((((((.....(((((((...........)))))))(((((......)))))....................(((((((((((....)))))))))))...).)))))).))))))))))....)))))))..))...))))))).(((((.((((((((.(.((((......))))..).)))))))).)))))...((..((((((((..((...))))))))))...))............(((((((...(...((((.........))))...))))))))............(((((......((((((.(((((......))))))))).))(..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..)...)))))......................................)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..))))))))))).((((((()....))))))(((((((((((((((((((.(((...(((((((.(((((((......(((.((......)))))...........)))).))).)))((..(((((((((((..........))))))).))))..))..........(((((.....)))))...(((((...........)))))(((..(((((.........)))))..)))........(((.((((((.((((((.(...((((((..((((....)))).))))))).))))))...)))))))))..))))...(((((..(.((((((((.........)))))))).)..((((((((((((.....)))))))))...)))))))).)))...))))).)))))))))))).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))................(((.(((((....))))).))).))...... |
DAFS(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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DAFS(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((..................(((.....)))..(((((((((.(.....(((..........))).......))))..))))))....................................((((..((....))))))............................(((((..(......)..)))))..........................................................................((((.((.........))))))...........................(((....((((((((.......)))))))))))......(((.......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..))).........((((((..((((((...(((((...))))).))))))............(((.((((((((......)).))))))..)))....................................((((((...................................))))))................................................(((((.((((.((((((((((......))))..)))))).))).).)))))....((((.....(((.(....(((((((......)))))))..))))...))))......................(((((((.................)))))))........................(((((((.......................)).)))))...........((((((...((((((((((((.((((((..((((((......)))).))....)))))).))))........((((((((((.....)))))))))).................(((((((...(...((((.........))))...))))))))...........((....(((..((((((((.(............)))))))))..)))...((....))..........))..((......((..(((((....)))))...))....)).....((((....(((((((((.......(((.....)))......................................(((((..................................)))))..)))))))))....))))...........((....................))..............(((..((((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))))))..((((((((.....))))))))....))))................))))))))...)))))).........))))))..(((.(((((((.(.....)......(((..((((....)))).))).............))))))))))..(((((((((((............)))))....(.(((....))).)..((((((((.......))))))))......)))))).................)))(.(.(((((.((....(((((((..(((..((.(..(...((((.((((...(.((((......)))).)..)))..).))))...)..).))..)))..)))))))...)).)))))..).)...........((.(((((....))))).)))))))))... |
DotKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........((((((((.....(((.(((..((((((((...))).))))).....))).))).(((..[[[[..)))..]]]]...((((((.((((((.......(((((((((((.....))))))...((((.....)))))))))(((.....)))))))))...........[[[[[[[[....))))))..]]]]].]]].......(((((..[[[[[[((((((....))))))......)))))..]]]]]].....((((((((..((((.((((.....))))))))....((((((.......(((((...(((((....(((((((((...)))..)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).)))))).))))))))................((((((((...((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..))))).))))..((((((...(((....[[[[[[[[.)))......]]]]]]]].....(((.[[[...)))..]]].((((...[[[[.[[[[[[[....))))..]]]]]]].]]]].....))))))..(((((..[[[[[)))))...(((((((((((....)))))..))))))....]]]]].)))))))))(((......)))..(((((((((((((.....)))(((.((((.((((((...((((((((....)))))))).......(((((......)))))....((((((...........((((((((((....)))))))))).((((((((((((.(((.......(((((((..(((((.......(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))......)))))..))))))).............))).)))))))))...))).))))))....)))))).))))...)))((((.....[[[[[[.((((.((((........)))))))).)))).(((((((((..(((((...))))).)))))))))......]]]]]]...........................)))))))))))))))))))).))))))(((.........[[[[[..((((........)))))))......((((........)))).]]]]]....)))))))).......((((((((.........((((((..[[[[[.))))))................]]]]]...........(((...(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).)))....(((((.....)))))...[[[[[)))........]]]]](((..(((((.........)))))..)))(((((((.....[[[[[[...)))))))...(((((..((((....)))).)))))............]]]]]]((((.((((...(((((....((((((((.........))))))))....((((((((((((.....))))))))...)))))))))..))))..)))).)))))))).....((((.....((((((((((.(((..((((......((((..((((..(((((((....))))))).))))....))))......))))..))).))))))))))....))))....................(((((....)))))...)))))))).. |
Fold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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IPknot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((.(((((((((..((((.(((......(((..((((..((((((((.......((((((...............(((((..((......)).)))))................)))))).............(((((((....((((((..........................(((((..((....))..))))).......................(((((((....))))))).................................((((.((((.....)))))))).................(((((...(((((....((((((...........)))))))))))....)))))....((((((.......)))))).......................))))))))))))).......((((((...........((((((((((....(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).)))...........(((((...((((....))))..(((((((((...................................))))))))).......))))).........................................((.(((((((((((....)))))..)))))).)).......)))))))))...........((.cccccccccc..........ccc))((...((.........(((((((...........)))))))(((((......)))))....................(((((((((((....)))))))))))....[[[[))bb))((CCC.....((((((...((((....<<.(((.(((((.((((((((.....((.......)).....)))))))).)))))....(((....)))...)))......))))>>.))))))..............))..BB..]]]]...................................................((((.(((((......)))))))))......(((((((((..(((((...))))).))))))))).......................................CCCCCCCCCC)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..)))))))))))..............((((((((((((((((((((((((..((..........................................................(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..)))).)))....(((((.....)))))........................(((..(((((.........)))))..)))............((((((.((((((.....((((((..((((....)))).))))))..))))))...))))))......{{....(((((....((((((((.........)))))))).......(((((((((.....)))))))))......))))).))}}..))))).)))))))))))).((((.((...(((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))..)).))))...............(((..aaaaa.)))AAAAA.....))))))). |
MXScarna(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.((((((((.((...............((((...))))..(((((((((.((....((((((....))))))......)))))..))))))................................(.(((((..(((....))))))))..)..............(((......(((((.(((....))).)))))))).(((((((......((((..(((((........)))))......))))....).))))))...........((((.((((.....)))))))).................(((((..((((((....((((((((......).)))))))))))..)).))))).......((((.(((.....((((((...((((((........)))).))...)))..)))..(((.(((((..((..((((((...(((((...))))).))))))........((..(((((((((((((....))).))))))).)))..)).......................................))..))))).)))..))).))))..(((((((..((.....))..............((((.(((((((.(((.(((...........(((..(((((((((((((.((......)).)..))))))))..)))).))).......((.....(((((((((((((((......)))))))))))))))))......................((.(((((((.((((......)..)))))))))).)).........((((((((((((((....))))))))))))))....................((((((((.((((((..(...(((((((((.((((((((((.((((......)))).))).))))))).)))))....(((....)))..))))..)..)))))).))))))))...((....)).....(((((....)))))..................................(((((((..((((((((.((((......))))))))))))..)))...((....))..))))................(((.(((((....)))))..)))..................(((.((((.....)))).))).))))))...)))))))))))...))))...)))..............................(..((((....))))..)....(((((((((((((((.(((.((((...((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))..(.(.(((((((.((((..((((((((((((........)))))).))))))..)))))).)..(.(((((.....)))))).....)))))).............((..((((..(((...)))))))..))..........((.((((((((((((((((...(((((.(((((....))))))))))))))))))..))))))))))...((((((.((((............)))).......(((....))).((.(((((((((.....))))))))).))...)))))))))...))))).))))))))))...((((.((..(((((((((..(((..((((..(...((((((((((...((((((....)))))..))))).)).))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))).............))..((((((((....)))))))))))))))).) |
Mastr(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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MaxExpect
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
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PETfold_2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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PETfold_pre2.0(seed)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))...(((.(((........((....(((.......)))...))(((......(((.......(((.....(((....(((((.............(((....)..(((.....))).........)).((......((((((((......))))))))))(.(((((((......((((..........................))))....).)))))).).......(.((((...((.....))..))))).)))))...)).)..)))(((.....(((....((((((((.......)))))))))))......)))...((((((((....))))...))))))).((.((((........)))).)).(.((....)).))))))))))...(..(((((((...((((...))))).))))))).(.....((..(((((((((((((....)))).)))))).)))..))).((..(...........)..))..(...).((((((((((..(.(((....)))).))).(((.....)).)))))))))))))))))))...((((((.((((.....(.(((..(((.........((...((((((.(......((.....)).........).)..).)))).))(......).........((((.(((((......)))))..)))).............((((((((......((...((((...))))(((......)))....))......)))))..))).........((((((((((.................)))))).))))(((((.......(((((..(...(((((((((.((((((((((((((......)))).))..)))))))).)))))....(((....)))..))))..)..))))))))))))))..)).)....(((((((...(...((((....(...)))))...))))))))....))))..(((.((((((..((((((((.(((((...)).)))))))))))..)))...((....))..))).....)))..((((.((.((((((((....))))....................((((((((((((.....))))(((.((((((....(..(((.(.....)((....).(((((...(((..(((((.....((...((((..((....))..))).))).)))))..))))))))(...))(((((...(((((..((....))..))(((......)))..)))))))).(.(((((.(((.((((..(((((.(((...((.......)))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))...))))))........)))....).((((...(.....).)))).)).)))).))).(((.(((((((.....(((.......(((.((((....)))).)))....)))......))))))))))...((((.((((((..........))))))....(((((....)))..(((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))))))))...)).)))).(((((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(((((........))))).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).))))...).)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
PETfold_pre2.0(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((...))((((((.(((..((((.(((((((.((((...))))..(((((((((.......((....(((.......)))...)))))..))))))........(((......((....(((((...........(((((....)..(((.....))).........)))).......(((((............)))))..(((((((((......((((..........................))))....).)))))))).......(.((((...((.....))..))))).)))))....))...)))(((....((((....((((((((.......)))))))))))).....))).......((((....))))...((((((...((((((........)))).))...)))..)))..((.((....))))..((((((...(((((...))))).))))))............(((((((((((........)).))))).))))......((..(...........)..))........((((((((((..(.(((....)))).)))..((.....))..))))))))))))))))))...(((((((..........((((((..........((((....((((.........((.....))..............).)....)).))))..........((((.((..(((......)))...)).........))))....)))..(((....))))))(((((......(((......))).))))).........................((((((((.(..................))))).))))..(((((((..((((((......(((((((((.((((((((((.((((......)))).)).)))))))).)))))....(((....)))..)))).....))))))..))))))).........(((((((.......((((.........))))....)))))))..........(((.((((((..(((((((((.............)))))))))..)))...((....))..))).....)))...(((...((...((((....))))....))............(((((((((.((((.....))))(((.((((((.....(((...)))....((....))..(((((.(((..(((((.(((.(..(..............)..))))....)))))..))).((.((...(((((((...(((..((((((((((.....)))).))))))..))))))))...(((((((((.((((..(((((.((((((........))))))..)))))..)))))))..((((((((.....))))))))..)))))).........)).......))))........))))))))))).....))).(((.((((((((....((........((((((((....))))))))...)).......)))))))))))..((((((((((((..........))))))...((((((....)))))).((((((((.......))))))))......))))))))))))((....))))))))(...(((((.((..(((((((((..(((..((((..(...(((((((.((..(................).)))))...))))...)..))))..)))..))))))))).)).)))))....)))))))))))(((((((((....)))))))))))))))... |
ProbKnot
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAalifold(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
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RNAfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(((((((((((.....((.(((((((.((((...........(((..((((..((((....))))..)))).)))...(((.((.((((((((((...(((((((((((.....)))))))..((((.....)))).))))...))))....))))))............((((((((((((((..(((((((((((.(((((((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..)))).)))))...)))))...((((.((((.....))))))))....)))))).......(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....))))).)))))..)))))).)))..))))).))))))))))).)).((((((........((((((((((.((((((...........((((((((((.....(((...((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....((((((((..........))))))))....)))((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).))).....((((..((((((((((...((((..(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))...((.((((...(((((.....(((((..((..(((......)))..))..))))))))))...(..((((((((....))))))))..)....(((((......)))))....((((((..(((......((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...((((.((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))).....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..)))))).)))).)).))))......))).)))))))((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..((((.....)))).)))))))))..))..))))))..))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))..(((((((((..((((..((((........))))..((..((...))..)).))))))))))))).)).))))))))...((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.(((((((((.((.(((((..((..................((((.((((..(((((((((((.(......).))))))).))))..)))).))).)..(((((.....))))).))..))))).))...))))))).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........))))))))...(((.(((((((((.....))))))))).)))..))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).)).))))..)))))).....)))....(((((....)))))...)))))))).) |
RSpredict(20)
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((.(((...(((((...((.((((..((((.((((....((((.((((.(((..((.....(....(..(.......)).).)).)))...)))).........)))).((((((....((........(.((...(((....))).)).)..))..))))))....(((.......(((((............))))).)))(((((.(......((((......(.......)...........))))....)..)))))...........((((.((((.....))))))))((.....(((.....((((.(((.(.((((.....(((((.(.......).))))).))))...).)))...))))......)))..))..(((...((.(((((..........))).))...))...)))))))))))(((((.((...(.(((..((((........(((.((.((.((........(((((((((.(((....)).).))))).))))...))....))...)).....)))....)))).........)))...)..)))))))((.(((((((((.(((((.((((......(((...((.(((((....(((((.....(((((.(((.((.....(......(........................................)....).).....)..........((((.......)))..).......................))).)))...((((..((((....(...(((......)))....)......))))....))))....(...(((..((((((...............))))))...))).)(((((((...((((.......(((((((((.(((((((.((((((......)))).))...))))))).)))))....(((....)))..))))......))))...))))))).((.(((......(..(.(((....))).)......).)))...))...((((((..(...(((.(((.((..((.((..(...............).).).))..))..............))).....)))...).......)))))).))..))))).)))))...)).....)))...)))).......)))))...))).))))))...))))))...)).)))))......))).)).((.......(...(((...((...(((........(...(((((..(((((((((((((((.((((((((...((((.(((((.((((.....))))..))))).))))))))).(.(((.(.(((.((((..(((..(....(..(.......)..)...).)))..)))))))..(....(((.....)))....)...).)))...)....(((.((((..((((...........))))....)))).))).(((.((((((........(.......(((.((((....)))).)))....).........)))))))))...((((((((((............)))))...((..((....))..)).((((((((.......))))))))......))))).)))...))))).))))))))))...((((.((....(((((((..(((..(.....(...((((((.(.(......................).).)).))))...).....)..)))..)))))))...)).))))..))))).).))).)).))).).))(((.(((.....))).)))... |
Sfold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(.(((((((((((..(((.((....(((.((.....))..))).......)).)))...((..((((((((...........((((..(((.......((((....))))..........(((((..(((.((((((....(((((((..(((((...................(((((..((....))..))))).................(((((((((((((....))))))....)))))))....))))).....(..((((..((((.((((.....))))))))....((((((....((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).)))))).))))..)........)))))))))))))..)))..((.(((((((.......((((((((((..(.(((((((((.............(((((((((.(((....)))..)))))).))).........(.((((((..((((....))))..(((((((((.........((.(((.((....)))))....))..)))))))))......))))))..)......................................((.(((((((((((....)))))..)))))).)).......))))))))).)......(((((..((..(((......)))..))..)))))...........((((((((....)))))))).......(((((......))))).....((((((..........((((((((((....))))))))))....(((((((((.(((.......(((((((..(((((((.(...(((((((((.(((((((((..((((......))))..).)))))))).)))))....(((....)))..))))..))).)))))..))))))).(.((....))).))).))))))))).........((((((.......(((((((.....((((..(....)....((((.((((........)))))))).)))).(((((((((..(((((...))))).)))))))))...))))))).......................))))))....)))))))))))))))).....(((((................((((........)))).((((((((.(.(((((..(.((((((.....((((..(((((...(((((........................................((((.(((.............))).))))...................))))).........((((....)))).................(((((.....))))).)))))..))))........)))))).)...))))).))))))))))))))..))))))).....((((((.((((((.(....(((((..((((....)))).))))).).))))))...))))))..))..(((...(((((.....(((((((.........)))))))........(((((((((.....)))))))))......)))))..)))..))))).....)))..)))).....((..((((((((((.(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..))).)))))))))).))..)))))))).)).....)))....(((((....)))))...)))))))).) |
UNAFold
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[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((..(((((..((((.(((......(((..(((..(((((((((.((.(((((((((..((((((......((((((..(((....))).))))))....)).))))....)))))).))).))..(((.((((((....(((((((.((((...(((.((((....(((((.(((((..((....))..)))))..(((...(((.((...(((((((((((((....))))))....)))))))..)))))...)))...)))))..((((.((((.....)))))))).))))(((((....((.(((((...(((((....((((((.((.....)).)))))))))))....)))))))..((((((.......)))))).)))))..)))...)))).....)))))))))))))..)))..((((((...........((((((((((...(((.....((((((.....((..(((((((((.(((....)))..))))).))))..))..)).)))).....)))....................(((....)))((((((.....(((...(((((((.(((.(((((((..........))))))).))).....((((..((((((((((..(((((..(((.(((((((((((....)))))..)))))).)))...))))).......(((....((((((..((..(((......)))..))..)))))).((((((...((((((((....)))))))).......(((((......))))).(..((((((..(((.....(..((((((((....))))))))..)...(((((((((.(((.......(((((((..(..((((.....(((((((((.((((((((...((((......))))....)))))))).)))))....(((....)))..))))...)).))..)..))))))).((.(....))).))).)))))))))..)))..))))))..).)))))))))......))).)))))))((((((.((((.((((........))))))))..((..(((((((((..(((((...))))).)))))))))..))..))))))..))))..........))))))).)))...)))))).)))))))))).))))))))))))))))))..)))..((((........)))).....)))))))..)))))..))..((..((((....))))..)).((..(((((((((((((.(((.(((((((((..((((.((((..(((.((.(((((..((...................(((.((((..(((((((((((..........))))))).))))..))))))).....(((((.....))))).))..))))).))...)))..)).(((..(((((.........)))))..)))..)).))))...((((((.((((((.((...(((((..((((....)))).))))))).))))))...))))))..))))))))).(((((....((((((((.........)))))))).......(((((((((.....)))))))))......))))).)))...))))).))))))))..)).((((.((..(((((((((..(((..((((.((...((((((((((..(((((((....))))))).)))).)).))))...)).))))..)))..))))))))).)).))))............)))))((.(((((....))))).)).......... |