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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00601



RNA: CRW_00601
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((................((..((((((....))))))..))(((((((((..((((((((((....(((..((((((((((.....(((((((...(((((((((.....((((((((((((((......)))).))).......((..(((((...((((((...((((((.......)))))).....))))))...)))))...)).)))))))(((((((...((((...))))..)))))))......)))))))))....)))))))....(((((((...((((((...(((((.(((((......(((((......((((((...((...(((....))).)).)))))).......)))))))))))))))..)))))).((((((((..((((...(((((((..((((....))))....)))))))...))))...)).)))))).((((((((......((((((............))))))........)))))))).)))))))..))))))))))))).((((((.....((..(((((((...)))))))...)))))))).))))))))))))))))))))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................(((((((........((...........))........)))))))..............((((((.((((((...........................((((((((.((....)))))...)))))...................)))))).)))))).............................((((....)))).................................................................................((((((((....................))))))))...................................................................................................................((((((.....))))))..............((((.((((....)))).))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((.(....(((....(((((...............)))))....))).....).))))))).(((...((((((((((.((....((((((((((....(((((.....(((((...........)))))((((((((.((..((((((((((.......((((((........(((((((.(((((((.....((((((.............(((((.......)))))(((..........)))...))))))......))))))).))))))).........(((((((................))))))).....)))))))))))..)))))..)).))))).)).)...)))))....)))))))))).(((((.....(((.(((((...............))))).))).....))))).........................(((((((((......((((((.(........).))))))........)))))))))......)).))))))))))..)))((((((((.(.....(((((.....)))))....).)))))))).((((.((((....)))).))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((....................................................)))))))........(((((((((.....((((....................))))..(..(((((((......(((((.........)))))......)))))))..)..........(((((((.(((((((.....((((((..............(((((((((.((....)))))...)))))).....))))))......))))))).)))))))...........................((((((()))))))......(((.........(((....))).....)))(..((((((((....((.......))...))))))))..)....(((((((((..................)))))))))...(.......)..........((((((((......................................))))))))..........))))))))).......(((((((..((..((((((.....))))))...)))))))))..((((.((((....)))).))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((((..((((((((((...((((..((((((((((((((((((((((...(((((((((.....((((((((.(((((((.........((((((......))))))....)))))))..(((((((.....)))))))..(((((......)))))......))))))))(((((((...((((...))))..)))))))......)))))))))....)))))).......(((((...(((......)))(((((.....(((((.(((((((((...........((((((....)))......((((.((((((((...(((((...)))))..)))))))).)))).........)))....))))))))).)))))...)))))..((((........))))..((((((.(((((((((......)))))....)))).))))))....)))))..))))))......)))))))))).))))....((((.(((..(((((((...)))))))...)))..))))))))))))))))))))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((((..(((.(((....(((((...............)))))....))).)))...))))))).((((..((((((((((.(((.((((((........))))))....((((((((.(((((((.........((((((......))))))....)))))))..(((((((.....))))))).((((......)))).........)))))))).....((((.((....)))))).(((((((((((((..((((((..........................))))))......(((((.....(((((.((((((((.((((((........(((....)))....))))))......(((((........(((.((((......)))).))).......)))))....)))))))).)))))...))))).((.......))....(((((((((..((.((((((......)))))).)).)))))).))).)))))))....)))))).))).)))))))))).))))...(((((.(((..(((((((...)))))))...)))..))))).((((.((((....)))).))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................................................................................(((((((((................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(((((........................))))).......................................................................................))))))))).....................((((.......))))................(((.((((....)))).))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .............................((((((....))))))....(((((((((..((((((((((...((..((.(((((((((..((.((((((........))))))....((((((((.(((((((.........((((((......))))))....)))))))..(((((((.....))))))).....((......)).........))))))))......(((.((....)))))..(((((((((((((..............................................(((((.....(((((.((((((((...............(((....)))......((((.((((((((...((((.....))))..)))))))).)))).................)))))))).)))))...))))).................((((((((..((.((((((......)))))).)).)))))).))..)))))))....)))))).))..)))))))))...((((....)))).....(((((((...))))))).....)).))..))))))))))))))))))).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((((..(((((((((..........((((((((((((((((((((((...(((((((((.....((((((((..........(((((((...........[[[[.......((((((...(((((((.....))))))).....)))))).....))))))).))))))))(((((((...((((...))))..)))))))......)))))))))............................................((((((..))))))......))))))))))))).....((((...........((((((((..................)))))))).......(((((((((..................))))))))).))))................(((((((((.((((((......))))))...................)))))))))..........))))))))).....((((((((.]]]].(((((((...))))))).....)))))))))))))))))))))))))).....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((((..((((((((((...((.(((...((((((...((((((.((...((......))..)).)))))).)))))).....((((.((.((((.(((..((((.((...((((((((.....((((((..(((((((.(((((((.....((((((....(((........))).((((.((....)))))).............))))))......))))))).)))))))))))))..............(((((.....(((((.(((((((((.((((.........(((....)))......((((.((((((((...((((.....))))..)))))))).))))...........)))).))))))))).)))))...)))))...........)))))))).((((((.((.((((((......)))))).)).....))))))....(((((((((...((((........))))...))))))))).))))))..))).)))).))....))))..)))))..))))))))))))))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((...............)))...((((((....))))))....(((((((((..((((((((((...((.(((((((((((((.(((.((((((........))))))....((((((((.(((((((....{{{..((((((......))))))....)))))))..(((((((.....)))))))..(((((......)))))}}}...)))))))).....((((.(......))))).(((((((((((((..((((((((.........))))).............)))......(((.......(((((.(((((((((..............(((....)))......((((.((((((((...(((((...)))))..)))))))).)))).[[[[.......[[[.))))))))).)))))..]]])))....]]]]............(((((.....((((((......))))))....)))))......)))))))....)))))).))).))))))))))..((((....)))).....(((((((...))))))).....)))))..))))))))))))))))))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((((..((((((((((...(((.((...((((((...((((((.((...((......))..)).)))))).)))))).....((((.((.((((.(((..((((.((...(..(((((.....(((((((..((((((.(((((((.....((((((....(((........))).((((.((....)))))).............))))))......))))))).)))))))))))))..............(((((.....(((((.(((((((((.((((.........(((....)))......((((.((((((((...((((.....))))..)))))))).))))...........)))).))))))))).)))))...)))))...........)))))..).((((((.((.((((((......)))))).)).....))))))....(((((((((...((((........))))...))))))))).))))))..))).)))).))....))))..)))))..))))))))))))))))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.((..)).....(((((((((((......)))).)((((((.((((((((......))...((((.(.(((((((((((((..)))).((((........))))...((((....))))(((((((((...........................))))))))).((((((((.((((((((...((((((........)))))).....((((.(((((((((.(.......)...(((((((((......)))))))))..))))))))).(((((((((((((.(((......)))))((((..(((((..)))))((((((........))).)))..))))....).))))))))))..))))..)))))))).)))))))).......)))))))))).)))))))))).))))))........(..).((.((.(...).)))).)))))).((((((((..((((((((..............)))))..)))..)))))))).).))))))).(((..((((.((((..........((((.(((((((...))))))).).)))((........)).)))).))))..)))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((((..(((((((((....((((..((((((((((......(((((....(((((((((.....((((((((.(((((((...............................)))))))..(((((((.....)))))))........................))))))))(((((((...(((.....)))..)))))))......))))))))).....)))))...........................(((((.....(((((.(((((((((..............(((....)))......((((.((((((((...((((.....))))..)))))))).))))................))))))))).)))))...)))))..............................((((((......)))))).....................................)))))))))).))))..............(((((((...))))))).............)))))))))))))))))).....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((((..(((((((((....((((..((((((((((...............(((((((((.....((((((((.(((((((.........((((((......))))))....)))))))..(((((((.....)))))))........................))))))))(((((((...((((...))))..)))))))......)))))))))...((((((...((((.(((((...............(((((.....(((((..((((((((.((((.........(((....)))......((((.((((((((...(((((...)))))..)))))))).))))...........)))).))))))))..)))))...)))))................(((((((((..((.((((((......)))))).)).)))))).)))....))))).))))))))))...)))))))))).))))...(((((.(((..(((((((...)))))))...)))..))))))))))))))))))))))).....