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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00603



RNA: CRW_00603
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((((...(((((((((((((.....(((((((..(((((......)))))...))))))).........((((((((......))))))))..))))).))))))))...)))))))))......((((((..((((((((((.(((....(((((..(((((((((((((((..((((((((((...((((((..........(((((((.......)))))))....((((...))))..................)))))).....))).)))))))...(((((((....))))))).................)))))).)))))))))..)))))....(((((..........((((((((((..(((((......(((((.(((((((......))))))))))))..)))))..))))))))))..)))))..................))).))))))))))..))))))....(((((....((((((((...(((((((............(((((((.....((((....))))....)))))))............)))))))....))))))))...))))).................)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((.....((((((((..(((..(((((((..(((((......)))))...)))))))....(((((..(((...((((((((...((((..(((((((((((((((((((..........))))))))..)))))..))))))....(((((((((((...........(((((..(((.........)))))))).....(((((((.......)))))))....((((...))))..))))))))))).))))..))))))))..)))...))))).)))...))))))))...))))...((((((((...((((((...((((...(((((((.((((..((((((.((((((((...((((((........)))))).....))))))))...))))))..))))........((((((((((((((.........)))))))))))))).....)))))..))..))))..))))))...((..(((((((..(((((((((((.......(((((((........((((....))))......))))))).......)).))))))).))..)))))))..))......))))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........................................(((......)))........................................................................((..............................((((..(((((((..................................................((((((....(((.((....))))).)))))).....................................(((((......)))))..(((((((((.......))))))))))))))))..))))..........................................................................................................................................)).......................................................(((......)))......((((.......))))...............(((((((((....)))))))))..........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....(.(((.......))).)....)))))....(((((......))))).........(((((.....(((((((........)))))))...)))))......(((((((((((((.....(((.((..(((((....(((........(((((...................(.((((.((....................)).)))))...((((((....((........))....)))))).................((((((.........)))))).............(((.(((((((((.......))))))))).))).....)))))....)))....)))))....)).)))....))))))))))))).....(((((((......)))))))...............(.(((((...((((((............(((((((....(((.......)))......)))))))(((((((((...........))))))))).................))))))......(((...(((((.....)))))....)))........(((((((((....)))))))))..))))).).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((((((((..(((((......)))))...))))...((((((((((..(((((......))))))))))))))))))))).(((((((((((((.............(((((....((.....(((.(((((..(((((((..................................................((((((...((((.((....))))))))))))...................((((.........))))(((((((....))))))).(((((((((.......))))))))))))))))..))))))))..))....)))))..............))))))))))))).........(((((((.(((((..((((((((((((((.(((((((((...............))))))))).......(((.......)))..........)))))))).))))))....))))).))))))).................((((....)))).....((((((.....))))))........((....(((((((((....)))))))))...)).....
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((...(((((((((((((.....(((((((..(((((......)))))...))))))).........((((((((......))))))))..))))).))))))))...)))))))))....(((((((.....(((((..(((((....((((((....(((..........)))....))))))..))))).)))))..)))))))...(((...[[[[)))......]]]]..((((((....((((((((.....(((((((.....((((((..((((((((((....)))))).))))...((((((((((((.....((((............(((((.((((((.((((((((...(((((((...........)))))))))))))))...)))))).)))))....((((((((.((((((.((((............)))).)))))).))))))))..........))))....)))))))))))).))))))..)))))))......(((....))).)))))))).))))))(((..(((((((...)))))))...))).(((....(((((((((....)))))))))...)))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(.((((.(((.((((((((....((((((.((((((......)).)))).)))))).(((((((((..((((((......)))))))))))))))...................(((((((((((((.....(((((..(((((....((((((........................))))))..))))).)))))..)))))))...)))))).)))))))).))).))))).))))))).((.(((...((((((.((...((((((.((((((...(((((((....))))))).(((((((((.......))))))))).(((....))).((....))((((((.((((((((...(((((((...........)))))))))))))))...)))))).)))))).)))))).(((((((((((((.........)))))))))))))((((..(((.......)))..))))..(((((.(..((((((((...(((((((............(((((((.....((((....))))....)))))))............)))))))....))))))))..)))))).)))))))).)))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((......))))...........(((((((......((..........))....)))))))........((((((((([[[[[[[[[[.........[[[[[[[[.........(((((..(((((((((....((....................................................................................................................................{{{{.........))}}}}.)))))))))..))))).................................)))))))))................................................................................]]]]]]]]....]]]]]]]]]]..................................................................................................(((((((((....)))))))))..........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(.((((.(((.((((((((....((((((..(((((......)))))...)))))).((((((((((..(((((......))))))))))))))).....(........)....(((((((((((((......((((..((((.......(((..........................))).....)))).))))...)))))))...)))))).)))))))).))).))))).)))))))....((.................(((((.(((((.((((((((((....))))))).)))..................................((....))((((((.((((((((.......((...........))......))))))))...))))))..))))).)))))..(((((((((((((.........))))))))))))).(((..(((.......)))..))).................((....(((((((.............(((((......((((....)))).....)))))(.....)......))))))).....))((((((((....))))))))....)).....
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((..............)))))...((((((((((.(((((((((.............((((((((((((................))))))))))))...............(((((((((((.((((((((((((((...........(((((..(((((((((........(((((((......((((((....(((((((((((((.......))))))).....(((...))))))))).............)))))).........)))))))...(((((((....))))))).......[[[[[[[[[[[[.....)))))))))..)))))......((((((.((((((((...(((((((...........)))))))))))))))...))))))))))))))))))))((((((((((((((.........)))))))))))))).................))))))))))).]]]]]]]]]]]]...............))))))))).....))))))))))((((((((......(((((((...))))))).....)))))))).(((((((((....)))))))))..........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(((.((((((.((((((((((((((((.(((((((((......((((((((.........)))))))))).))))))))))))))).))))))))...........((((((((((((((.....(((((..(((((....((((((........................))))))..))))).)))))..)))))))...)))))))..)))))).))).)))).((((((....((((((((.....(((((((.....((((((.....(((((((....))))))).......((((((((((((.....((((...(((....(((((((.((((((.((((((((...((((((........)))))).....))))))))...)))))).))))).)).((((((((.((((((.((((.((.......)))))).)))))).))))))))......))).))))....)))))))))))).))))))..)))))))......(((....))).)))))))).)))))).))))........................(((....(((((((((....)))))))))...)))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((.(.((((.(((.((((((((....((((((.((((((......))))).).))))))(((((((((((..(((((......))))))))))))))))...((((....))))...(((((((((((((.....(((((..(((((......[[[..[[[[[[[[[......................))))).)))))..)))))))...)))))).)))))))).))).))))).)))))))....(((...............((((((.(((((.((((((((((....))))))).)))((((((.......)))))).]]]]]]]]]..]]]........((((((.((((((((...((((((((((...)))))..)))))))))))))...))))))..))))).)))))).(((((((((((((.........)))))))))))))((((..(((.......)))..))))....................(((((((((................(((.....((((....))))....)))(((((...)))))...))))))).))...(((((((((....)))))))))..))).....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((.(((.((((((.((((((((((((((((.(((((((((......((((((((.........)))))))))).))))))))))))))).))))))))...........((((((((((((((.....(((((..(((((....((((((........................))))))..))))).)))))..)))))))...)))))))..)))))).))).)))).((((((....((((((((.....(((((((.....((((((.....(((((((....))))))).......((((((((((((.....((((...(((....(((((((.((((((.((((((((...((((((........)))))).....))))))))...)))))).))))).)).((((((((.((((((.((((.((.......)))))).)))))).))))))))......))).))))....)))))))))))).))))))..)))))))......(((....))).)))))))).)))))).))))........................(((....(((((((((....)))))))))...)))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((...((..))(((((((..)))))))......((((...)))).(.(((((((((.((((((((((.((((..))))....((((..))))..((((((.(.(((((((...........)))).(....)...))).)))))))(..(...........)...).)))))))))).(((..))).(((((((((((((((((((((.(((.((((((((..(...(.((((...)))))....).((........)))...(((((((((((.((((((((..........))))))))((.(((((((..((((((...))))))))))))).).)(((((((((((((((((((((((.(((((((((......)))))))..)).)))))))))..)))))))))))).)).))))))))))).)))))))...(..).)))))))))))))((((((.............)))))))))))))))))((((((((.((.(.((..))(..((((((...))))))..))((((....))))((((.(((((((...))))))).).)))...)).)))))))))))))))))).)))))))).(..)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................((((......))))........................(((........))).................................................................((((..(((((((((..........................................................(((.(......))))............................................((((((....)))))).........................)))))))))..)))).......((((((.((((((((............................))))))))...))))))..................................................................................................((((((........................((((....)))).......................)))))).......................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((((....(((((((((((((.....((..(((..(((((......)))))...)))..)).........((((((((......))))))))..))))).))))))))....))))))))......((((((..((((((..((.((((...(((((..(((((((((((((((.(((.((((.......(((((.((((...)))).)))))(((((..(((((((((.((....))))))...)))))...............((((((.........))))))......))))).............)))).))).)))))).)))))))))..)))))....(((((..........((((((((((..(((((......(((((.(((((((......))))))))))))..)))))..))))))))))..))))).................)))).))..))))))..))))))....(((((....((((((((...(((((((............(((((((.....((((....))))....)))))))............)))))))....))))))))...)))))..................