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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00604



RNA: CRW_00604
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.......((((((.....))))))..(((((((....))))))).......(((((((..(((((....)))))........(((.(.(((((((((.(((((.....(((((.((((....((((..(((.....))).(((((........)))))..)))).))))))))).....)).......(((((((((..((.....))...((.((((....))))...)).......)))))))))...))).))))))))).))))..)))))))(((((((((((...(((((............((((((...((((.......(((((((((...(((((...((......))..)))))....(((....((((((((....(((((((......)))))))..................((((((((((((((((((((..........((((.(....((((....))))...).)))).((((((((((((((((....)))).(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..........((((...))))..........)))))))......)))))....)))))))...)))))))............))))))..........))))))..)))))).))))).(((((((....)))...))))....)))))))))......))))))))........(((.......)))..)))........))))))))).......))))...))))))..((((......))))...)))))..)))))))))))......)).))..(((((((((((((...........))))))))))))).)))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((..((((((......(((((((..(((((((....)))))))((((...(((((((..(((((....))))).....((((((.......((((((((........))))))....(((((((..((((((...(((.(((((........))))).)))...))))))(((...(((((...)))))..))))).))).)).......)).((((....))))....)))))).....(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((...(((((((((........((((((...((((.......(((((((((...(((((...((......))..)))))..((.((((.....((((.((((((.(((.(((((..................)))))...((((((((((((((((((((.(((((....(((.((((..........)))).........((((..((((((((.......((...(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..((((....((((...))))..))))....)))))))......)))))....)))))))...)))))))...))......)))))))))))).....)))))))))))))).))))).(((((((....)))...))))....))))))))).)))...)))))))))).....))))..(((........))).))...))))))))).......))))...)))))).............)))))..))))..)))))))))))..))))..))))))).(((......))).)))..)))...))))))))...)))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((.....))))))(.(((((((....))))))))......(((((((..(((((....)))))...........((((.....((((((........)))))).....))))....((((((...(((.(((((........))))).)))...))))))......((((.....))))....(((.....(...........((((....)))).......)....)))(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((...(((((..........(.((((((...((((.......((((((((....(((((...............)))))........(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((((((((((((((.((((((.......))))).............(((((.((((((....)))))).))))).......(((((((...(((((((.........((((....))))........((.....((((................((.....))..............)))).......))......)))))))...)))))))..(((..........))).................))))))).)))))))..........................)))))))...........(((((...............))))).............)))))))).......))))...)))))).)..(.......)......)))))..))))))))))).........(((.(((((((((((((...........))))))))))))))))...
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((............)))............((((.(((((((....)))))))))))...(((((((..(((((....))))).....((((((((((.....((((((........)))))).....))))....((((((...(((.(((.((.......))))).)))...))))))(((...((((.....))))..)))...................((((....))))....)))))).....(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((.(((((...........((.(.....((.....((..(......(((........))).......)..)).....))...).)).............)))))(((((......))))).......((((.((((.......(((.((((((.((((((.(((((.........)))))....................(.((((((((((((((((....)))).(.((.(((((...((((..(.(((..((((....)))).))).))))).....))))))).)..........((((...)))).........(.((((......((.((((....)))).)).......))))..)........))))))..........)))))).)))))))..))))))..))).....)))))))).((((.((((((..........(((((((((...............)))))...........((.((((((.....)))))).))......))).).)))))).))))..........)))))))))))........(((((.((((((((((((...........))))))))))))))).)).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((.....))))))(.(((((((....))))))))......(((((((.((((((....))))).).......((((((.....((((((........)))))).....)))))(..((((((...(((.(((((........))))).)))...)))))))((...(((((...)))))..))(((..(.(((.......((.((((....))))...)).))).).)))(((((((((.......))))))))))...)))))))(((((((((((...((((((((.......(.((((((...((((...(...(((((((((..((((((((.(....)..))..)))))..((((..(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((((((((((((((.((((((.......)))))(......)..((((((((.((((((....)))))).))))).......(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((...............((((...)))).............))))......)))))....)))))))...)))))))..(((..........)))..............)))))))))).)))))))..((((....))).....).......)))))))......)))).(((((...............)))))...........))))))))))...)...))))...)))))).).((.......)))))..)))))..)))))))))))........((((.(((((((((((((...........)))))))))))))))).).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((.....))))))..(((((((....))))))).......(((((((..(((((....)))))(((.[[[[[[)))......]]]]]].........(((((..((((...((((..(((.....))).(((((........)))))..)))).)))))))))....((((((....[[[[[[[[[..(((...)))......((((....))))))))))......]]]]]]]]]........((((....))))...)))))))(((((((((((...(((((............((((((...((((.((((......))))..(((((((.......(((....))).....((((..(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((((((((((((((.(((((....((((......((((....)))).....))))((((..(((((((((((....)))).(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..((((....((((...))))..))))....)))))))......)))))....)))))))...)))))))............)))))))))))........))))))))))).))))))(((((((....)))...)))).....))))))))......)))).(((((....(((....))).))))).(((......))).))))))).......))))...))))))..((((......))))...)))))..))))))))))).........(((.[[[[[[[[[[[[[....)))....]]]]]]]]]]]]]......
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((............((((((.....))))))(((((((((....))))))).))....(((((((..(((((....))))).((.(((((((.......))))))))).......(((((........))))).((((((...(((.(((((........))))).)))...))))))(((...(((((...)))))..)))...((..((((.....((.((((....))))...))..)))).)).(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((.(((((.....)))))....((((..........((((......))))....(((((...((......))..)))))...)))).(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((.(((((((((((.(((((....(((......(((.......))).((((.((((((....)))))).))))........(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..........((((...))))..........)))))))......)))))....)))))))...)))))))..(((..........)))..........)))))))))))))).))))).(((((((....)))...)))).....)))))))).((((((((((((((((..(((((.............(((......))).(((((((...)))))))..)))))..))))))...)))))))...))).....))))))))))).((((...)))).(((((((((((((...........))))))))))))).)))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((.....))))))..(((((((....))))))).......(((((((..(((((....)))))......((((.((((.....((((((........)))))).....))))....((((((...(((.(((((........))))).)))...))))))(((...(((((...)))))..)))...................((((....)))).....))))......(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((...(((((............((((((...((((.......((((((((....(((((...............))))).........(((...........(((((((......)))))))...........)))...........(((((((((((((.((((............................((((..((((([[[.))))){{))))........(((((((...(((((((.........(((......)))..................................((((...))))................................)))))))...)))))))..(((......}}..)))...........]]])))))))))).))))))).......((((((..............)))))).................................................)))))))).......))))...))))))...................)))))..)))))))))))..........((.(((((((((((((...........)))))))))))))))....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((............((((((.....)))))).((((((((....))))))).).....(((((((..(((((....))))).((.(((((((.......))))))))).......(((((........))))).((((((...(((.(((((........))))).)))...))))))(((...(((((...)))))..)))................((.((((....))))...))..........(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((.(((((.....)))))....((((..........((((......))))....(((((...((......))..)))))...)))).(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((((((((((((((.(((((....(((.......((........)).((((.((((((....)))))).))))........(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..........((((...))))..........)))))))......)))))....)))))))...)))))))..(((..........)))..........)))))))))))))).))))))(((((((....)))...)))).....))))))))....(((((((((((((..((((..............((........)).(((((((...)))))))...))))..))))))...)))))))...........))))))))))).((((...)))).(((((((((((((...........))))))))))))).)))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.......((((((.....))))))..(((((((....))))))).......(((((((..(((((....))))).......((((...(((((((((.(((((.....(((((..((((...((((..(((.....))).(((((........)))))..)))).))))))))).....)).......(((((((((..((.....))...((.((((....))))....))......)))))))))...))).)))))))))))))...)))))))(((((((((((...(((((............((((((...((((.((((......))))..(((((((.((..((..((((.........((((..(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((((((((((((((..........((((......((((....)))).....)))).((((((((((((((((....)))).(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..........((((...))))..........)))))))......)))))....)))))))...)))))))............))))))..........))))))..)))))).))))).(((((((....)))...))))....)))))))))......)))).(((((...............))))).))))..))..)).))))))).......))))...))))))..((((......))))...)))))..)))))))))))......)).))..(((((((((((((...........))))))))))))).)))))
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((............((((((.....))))))(((((((((....))))))).))....(((((((..(((((....))))).((.(((((((.......))))))))).......(((((........))))).((((((...(((.(((((........))))).)))...))))))(((...(((((...)))))..)))....((([[[)))......((((....))))........]]]....(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((.(((((.....)))))....((((..........((((......))))....(((((...............)))))...)))).(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((((((((((((((.(((((....(((...................(((((.((((((....)))))).))))).......(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((...(((((..(((...((((...((((...)))).....)))).))))))).)....)))))....)))))))...)))))))..(((..........)))..........)))))))))))))).))))))(((((((....)))...)))).....)))))))).((((((((((((((((..(((((.............(((......))).(((((((...)))))))..)))))..))))))...)))))))...))).....))))))))))).((((...)))).(((((((((((((...........))))))))))))).)))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((.((.......((((((.....))))))..(((((((....))))))).......(((((((..(((((....)))))........(((.(.(((((((((.(((((.....(((((..((((...((((..(((.....))).(((((........)))))..)))).))))))))).....)).......(((((((((..((.....))...((.((((....))))....))......)))))))))...))).))))))))).))))..)))))))(((((((((((...(((((............((((((...((((.((((......))))..(((((((.((..((..((((.........((((..(((((..........(((((((......)))))))..........)))))...((((((((((((((((((((..........((((.(....((((....))))...).)))).((((((((((((((((....)))).(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..........((((...))))..........)))))))......)))))....)))))))...)))))))............))))))..........))))))..)))))).))))).(((((((....)))...))))....)))))))))......)))).(((((...............))))).))))..))..)).))))))).......))))...))))))..((((......))))...)))))..)))))))))))......)).))..(((((((((((((...........))))))))))))).)))))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((....(((..(.(...((((...))((..((((.(((((((..)))))))))))..))((((((..(((((((..))))))).(((..(((((((((.(....(........)...)))).))))))..)))..(((((((..(((((((((........)))))))))..)))))))(((.(..((((...))))..))))....((.(..(((...((((((((..))))))..))....)))...((((((((((...)..))))))))).))).))))))(((((((((((.(.((((.(((..)))....(((((((((((((((..((((((((((..(((((((..(((.(((((((........)).((((((((((((.(....(.(((((((((..))))))))))((((((...........))))))...((((..))))))))))))..)))))((((..((..))..)))).))))))))(((((((....((((((....)))))).((...)).((((.(((....((((.((......)).)..))).((((.((.((((..(((...(((.(..((((...))))..)...))).))))))).)..).)))))))...).))).((((.(((((..((..(........))).))))))))))))))))..(((...))).(((((..(((..))).....)))))...)))))))...(.((((..))))(((((...........))))).)((..((..)))).))))))))))..)))))))))))))))((((((((...)))))).)))))).)))))))))))).))....).))))(((((((((((((...........)))))))))))))..))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.............((((((.....))))))..(((((((....))))))).......(((((((..(((((....)))))........(((.(.(((((((((.(((.......(((((.........((((..(((.....))).(((((........)))))..)))).....)))))..............(((((((((..((.....))......((((....))))............)))))))))...))).))))))))).))))..)))))))(((((((((((...(((((............((((((...((((.......(((((((((...(((((...((......))..)))))....(((....((((((((....(((((((......)))))))..................((((((((((((((((((((.((.......((((.(...................).)))).((((((((((((((((....)))).(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..........((((...))))..........)))))))......)))))....)))))))...)))))))............)))))))..........))))))))))))).))))).(((((((....)))...))))....)))))))))......)))))))).........((.......))...)))........))))))))).......))))...))))))...................)))))..))))))))))).............(((((((((((((...........)))))))))))))..))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((.((.((.......((((((.....))))))..(((((((....))))))).......(((((((..(((((....))))).....((((((.......((((((((........)))))).(..(((((((..((((((...(((.(((((........))))).)))...))))))(((...((((.....))))..))))).))).))..)....)).((((....))))....)))))).....(((((((((.......)))))))))....)))))))(((((((((((...(((((............((((((...((((.......(((((((((...(((((...((......))..)))))....(((....((((((((....(((((((......)))))))..................((((((((((((((((((((..........((((......((((....)))).....)))).((((((((((((((((....)))).(((((((...(((((((....(((.(((((....))))))))..(((((....((((..(((..........((((...))))..........)))))))......)))))....)))))))...)))))))............))))))..........))))))..)))))).))))).(((((((....)))...))))....)))))))))......))))))))........(((.......)))..)))........))))))))).......))))...))))))..((((......))))...)))))..)))))))))))......)).))..(((((((((((((...........)))))))))))))..))))