|
|
|
UGCGUAAAAUGCGCCUUUAAACGGUAACGUUUAUCGAAAACUCCUUUAAUUGCUGGAAAGUCCUUUAUGGAAAACUAGCAGCCAAGGUUUUGCUUGCACCUUUAAUUAGUAUAAUAUAAAUAUGAUUAUACUUUUAAGAGGAUGCACAAUUGAACUAUAGAAAAAUUUGGAUAGAUGCUAACGGACCUAUACCUAAAGAUUCUGAUGGAAGAACAUAAGAAAAGAACAUCAGCAAAAACAUUAGAAAUGGUUAAGAACGGGACCCAUCCUGCACAAAAAGAAAUCACAUGUGAUUUCUGUGGUCACAUUGGUAAAGGUCCUGGAUUUUAUCUAAAACAUAAUGACAGAUGUAAAUUAAAUCCAAAUAGAAUUCAAUUGAAUUGUCCAUAUUGUGAUAAGAAAGAUUUAUCACCAUCAACAUAUAAACGAUGGCACGGCGACAAUUGCAAAACAAGGUUCAACGACUAGUCUUCGGACGUAGGGUCAAGCGACUCGAAAUGGGGAGAAUCCCUCCGGGAUUGUGAUAUAGUCUGGACUGCAUGGUAACAUGCAGCAGUUCAUAAGAGAACGGGUUGAGAAUUAGCGAGCUCAAUCGAACAUACGGUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.(((((...)))))...((((((....)))))).......((((((....((((((....(((.....)))...))))))((....((((......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))...)).....[[[[[(((....)))...(((((....))))).....))))))((((((...))))))......]]]]]..(.(((((((....)))))))..((((......)))).(((((((..........))))))).......).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.....))))...((((((....))))))((((.....((((...(((((((....(((.....)))...)))))))..))))....((((((.(((((.(..((((((((.........))))))))..).)))))..((.((((((((((((.......((((((((((..(((..((((((.((((........((((((...................)))))).............((((........(((((....)))))((((....(((((((....)))))))))))....)))))))).)))))))))..))))))))))((((........)))).............))))..)))))))).(((((((.....((((((((.....))))))))((((...........)))).....).)))))).)).....((..((((((.....(((....)))...(((((....))))).....((((....))))((((((............))))))(((((((....)))))))..((((......))))..))))))..)).))))))....))))..........) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..((((((....))))))((((.....((((...(((((((....(((.....)))...)))))))..)))).(((((((((((((((....((((((((.........))))))))....))))).))))...(((((((...(((..((((((((..........((((((..(((......((((((((...........((........))........)))))))).((((((....(((((....))))).......((((((((....)))))))).))))))....)))..))))))..((((((((((.............))))).)))))..))))))))....)))..((((((((((.....((((((((.......))))).(((((...........))))).)))..))))))).))).....)))))))(((((..((((((((....(((((....))))).....((((....)))))))))..((((((......(((..(((((((....)))))))))).)))))).)))...)))))......)))))).....))))......))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...((((((....)))))).........((((...(((((((....(((.....)))...)))))))..))))((((((.(((((((((((..((((((((.........)))))))).)).))))).))))((((((((((.........((((((((((..((...((((((.((((......((((((((...................)))))............)))...........(((((....)))))(((....((((((((....)))))))))))........)))).)))))).))..)))))))..............................))).))..)))))))).((((((......((((((((.....))))))))((((...........)))).......)))))).)))))).............................(((((....)))))......(((.....)))...................(((..(((((((....))))))))))(((......)))..(((((((..........)))))))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......)))...((((((....)))))).......((((((...(.(((((....(((.....)))...))))))(((...(((((((.(((((((((.(..((((((((.........))))))))..).))))).))))((((((((..........((((((((..........((((((.((((......(.((((((......(....).......)))))).).......................(((((....)))))................(((((((.......))))))).)))).))))))..(((...)))...........................))))))))....)))))))).............(((((((.......))))))).................................)))))))..)))..........(((....)))...(((((....))))).....)))))).((((.....)))).............((((((((((....))))...))))))..........(((((...........))))).((((......)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...((((((....)))))).........((((...(((((((....(((.....)))...)))))))..))))((((((.(((((((((((..((((((((.........)))))))).)).))))).))))(((((((((((........((((((((((..((...((((((.((((....(.((((((((...................)))))............)))...........(((((....)))))(((....(((((((((()))))))))))))..).....)))).)))))).))..)))))))...((((........))))...........))))))..))))))))(((((((......((((((((.....))))))))((((...........)))).......)))))))))))))...........((((......(((.....(((((....))))).....(((((...))))))))............))))((..(((((((....)))))))))((((......)))).(((((((..........)))))))............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((...))))(((..[[[[[)))...]]]]]........(((.....[[[[[[[............)))...]]]]]]].....(((((((.(((((((((....((((((((.........))))))))....))))).))))((((((((((((.......((((((((((.......((((((.((((......((((.(((......))).))))........................((((........(((((....)))))((((....(((((((....)))))))))))....)))))))).)))))).....))))))))))((((........)))).............))))..))))))))(((((((....(((((...(((....)))....(((((...........)))))))))).))))))))))))))..........((((.(((.[[[)))....))))........]]]...(((...[[[[[)))..]]]]].........(((...(((((((....)))))))..[[[[...))).....(((((((..........)))))))]]]]......... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))...((((((....))))))..................(((((....(((.....)))...))))).(((...(((((((..((((((((....((((((((.........))))))))....))))).))).((((((((((((........(((((((((..(((..((((((.((((....(((.((((((...................))))))......((((...))))........(((((....)))))((((....(((((((....)))))))))))))).....)))).)))))))))..))))))))).((((........)))).............))))..)))))))).((((((......((((((((.....))))))))((((...........)))).......)))))).)))))))..((((....)))).(((....)))...(((((....))))).....((((....)))).((((.(((((...))))))))).(((((((....)))))))..((((......)))).(((((((..........)))))))........))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.......)))...((((((....)))))).......((((......((((((....(((.....)))...))))))(((...(((((((.(((((((((....((((((((.........))))))))....))))).))))((((((((((((........((((((((...((...((((((.((((........((((((...................)))))).........................(((((....))))).......((((((((..[[)))))))).......]]..)))).)))))).))...))))))))..............................))))..))))))))(((((((.......((((((.......))))))(((((...........)))))......))))))))))))))..)))..........(((....)))...(((((....))))).......)))).((((.....))))............((..(((((((....)))))))))...............(((((((..........)))))))............. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))...((((((....)))))).((.............(((((((....(((.....)))...))))))).....(((((((..((((((((....((((((((.........))))))))....))))).))).((((((((((((........(((((((((..(((..((((((.((((........((((((...................))))))......(((.....)))........(((((....)))))(((....((((((((....)))))))))))........)))).)))))))))..))))))))).((((........)))).............))))..)))))))).((((((.......(((((((.....)))))))(((((...........)))))......)))))).)))))))..((((....)))).(((....)))...(((((....))))).....((((....)))).((((.(((((...))))))))).(((((((....)))))))..((((......)))).(((((((..........))))))).......)).... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))...((((((....)))))).......((((((...((((((....[[[[..........[[[[[.[[[[...[[[[[[[.(((((((((....((((((((.........))))))))....))))).))))[[[[[[[[..........[[[[[[[[..........[[[[[[.[[[[......[[[[[[[[......................))))))...]]]]]]]]...........(((((....)))))(((....(((((((((..))))))))))))........]]]].]]]]]].......(((((.............)))))........]]]]]]]]....]]]]]]]](((((((.......(((((((.....)))))))(((((...........)))))......)))))))]]]]]]]..]]]]......]]]]]....]]]]...(((((....))))).....))))))((((((...))))))...............(((((((....)))))))..((((......)))).(((((((..........)))))))............. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...((((((....))))))((((.....((((...(((((((....(((.....)))...)))))))..))))....((((((.(((((....((((((((.........))))))))....))))).(((.((((((((((((.......((((((((((..(((..((((((.((((........((((((...................)))))).............((((........(((((....)))))..((...((((((((....)))))))).))....)))))))).)))))))))..))))))))))((((........)))).............))))..)))))))).((((((......((((((((.....))))))))((((...........)))).......)))))).)))......(((((...((((.(((....)))....))))...(((((((......((((.....))))....((((((......(((..(((((((....)))))))))).)))))).....))))))).))))).))))))....))))........... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((...)))))...((((((....)))))).((((.....(((...(((((((....(((.....)))...)))))))..)))(((((((.(((((((((((..((((((((((....)).)))))))).)).))))).))))((((((((((((.......(((((((((((.(((..((((((.((((.(..((((((((((...................)))))).).(.(((((...)))).)).....(((((....)))))(((....((((((((....))))))))))))))....))))).)))))))))).))))))))))(((({{{.....))))..}}}........))))..))))))))(((((((.......(((((((.....)))))))(((((...........)))))......))))))))))))))..((((....)))).[[[))))]]]((((((((....))))).....((((....))))(((((.(((((...))))))))))(((((((....)))))))..((((......)))).(((((((..........))))))).....)))..... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...((((((....))))))((((.....((((...(((((((....(((.....)))...)))))))..))))....((((((.(((((.(..((((((((.........))))))))..).))))).(((.((((((((((((.......((((((((((..(((..((((((.((((........((((((...................)))))).............((((........(((((....)))))..((...((((((((....)))))))).))....)))))))).)))))))))..))))))))))((((........)))).............))))..)))))))).(((((((.....((((((((.....))))))))((((...........)))).....).)))))).)))......(((((...((((.(((....)))....))))...(((((((......((((.....))))....((((((......(((..(((((((....)))))))))).)))))).....))))))).))))).))))))....))))........... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((.(((..((..(((((((..)))))))......(((((((((.(((((((...((.(........).)).).))).((((......))))((.((((((...((((((...........))))))..))))..)).))..((((((..(.((((.(((((....(((..))).((.((((((.(((((((...((((((((.((((((......))))))))))))..))....))))(((((((..........).))))))....((((.(((((((((..)))))))))(((..)))))))))).)))))).)))))))..)))).((.(((((.((..)).).)))).)).(((...(((((((..))))))...)...)))((((((.......))))))(((((...........))))).......)))))))))).))))))..(...(((((((((..)))).((....(((..((..((........))..))(((..))).)))...))))))).)..((((((((..))))))))..((((......)))))))(((((.((.....)))))))...)))))...)))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...((((((....)))))).................((((((....(((.....)))...))))))......(((((((..((((((((.(..((((((((.........))))))))..).))))).))).((((((((((((.......((((((((((..(((..((((((.((((................................................................((((......)))).......((((((((....))))))))...........)))).)))))))))..))))))))))((((........)))).............))))..))))))))((((((((......(((((((.....)))))))(((((...........)))))....).))))))))))))))...............(((....))).....((......))...........................................(((((((....)))))))..((((......))))...................................... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.....))))...((((((....)))))).................((((((....(((.....)))...))))))(((...(((((((..((((((((....((((((((.........))))))))....))))).))).((((((((((((.......((((((((((..(((..((((((.((((......((((((((...............................)))))))).((..((....(((((....))))).......((((((((....)))))))).))..))....)))).)))))))))..))))))))))((((........)))).............))))..)))))))).((((((......((((((((.....))))))))((((...........)))).......)))))).)))))))...((((...((((((((....))).....(((..((((((((....((((....))))..)))).))))))).)))))....(((((((....)))))))..((((......)))).(((((((..........)))))))))))....))).. |