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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00606



RNA: CRW_00606
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (..((((.......((((((((.((....))..)))))))).....((((((...((((((...(((.....)))....))))))......((((.....((((((..((((.........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))..((((((...))))))....)))))))))).(((((((....)))))))..((((((((((((((........)))))))).(((((((((.((((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..))))))))))..............(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))).....)))..))))))).....(((((((((..((((.......))))...))))))))).)))))).(((((...((((((((.......((((((((......(((((.(((.....((((((..((((......))))..((((((((((((.....)))))))))))).............)))))).(((((....)))))............))).)))))............(((.(((((((((((....)).))).)))))).)))....))))))))..))))))))..(((((((((((..(((......(((((..........)))))))).((((((..((((((((((((((((((((..........((((...........))))..((((.......)))).))))))))))..))))..)))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))).....))))..)).)))))))))..)))))).))))))..(((((......))))).........)))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((..(((.((((((((...........))))))))..............((((((....((((...))))...)))))))))..(((((((((.((((((..((((.....((..(((((.((....)).))))))).(((((....))))).....))))..((((((...))))))....))))))....))))).)))))).))))).((((((((((((((((........))))))))((((((((((...((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..)))))))))).........((((.(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))).....)))..)))))))....((((((((((..((((.......))))...)))))))))))))))).(((((...((((((((.......((((((((..(((((((((.(((....((((.(((((((.((..........((((((((((((.....))))))))))))...............)).)))))))....((....))..))))...))).)))))................(((((((((((....)).))).))))))..))))..))))))))..))))))))..(((((((((((..(((......(((((..........)))))))).(((((...((((((((((((((((((((..........((((...........)))).(((((.......)))))))))))))))..))))..))))))..))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))))))).)))).....)))))))))).))))))))((((((..........))))))....((......)).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((.((....))..)))))))......((((((...((((((....((((...))))...))))))((.....((((....)))).....))..........(((((.(......).)))))...(((((....))))).....))))))((((((...))))))...............(((((((....))))))).(((((((((((((((........))))))))((((((((((.((.(((...((((......)))).......((((((.((((...(((((((((((((.((((((........)))))).))))))).((((...........)))).......))))))..))))))))))..............(((((((((((((.........))))))......................................((((((....)))))).........(............((((((((((....................))))))))))..)....(((((...((((((((.......((((((((..((((..................(((((((.((..........((((((((((((.....))))))))))))...............)).)))))))............................(........)........(((((((((.........)))).)))))..))))..))))))))..))))))))..(((((((((((............(((............))).....((((((..((((((((((((((((((((......(((..(((...........)))...))).............))))))))))..)))))..))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).....))))))).....)))...)).)))))))))).)))))))(((((((..........)))))))..............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....((((((...(....)....)))))).....(((((((....(((((....(((.....)))...)))))((((.....))))...........((((.........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))..((((((...))))))...(((((((.....(((((((....)))))))..(((...((((((((........))))))))...)))....(((((.......((((...((.........))...))))....)))))((((((((((.((((((........)))))).))))))))))...............)))))))..)))..)))).....))))))(((((..(((((((....(((((((.........)))))))((.(((.......((((((......((((.(((...(((((((....)))))))..))).))))........))))))......))).))......))))))).))))).............((((((.................(((((((.......(((((.(((.........(((((((...((........((((((((((((.....))))))))))))...............)).))))))).........(.......)...))).))))).....................(.(((((.(((.....)))...))))).)...))))))).............((((((((((...........((((............))))....(((((.(.((((((((((..((((((((.....(((((.(((...........)))..)))))............))))))))....))))))..)))).)))))).)))))))))))))))).............(....((((........(((((............)))))(((.........(((((((..........))))))))))))))....)..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((.((....))..)))))))).....((((((...((((((....((((...))))...))))))((.....((((....)))).....))........(((((((.((....)).))))).))(((((....))))).....))))))((((((...))))))...............(((((((....))))))).(((((((((((((((........))))))))((((((((((.((((((..(((((......)))))......((((((.((((.(.(((((((((((((.(((((((......))))))).))))(((.(((((.........))))))))))).))))))).))))))))))....(.......).(((((((((((((.........))))))..........(((((....(((....)))...)))))(((((((....))))))).......((((..........((((((((((..((((.......))))...))))))))))))))...(((((...((((((((.....(.((((((((..((((...((.(((....(((..(((((((.((..........((((((((((((.....))))))))))))...............)).)))))))...............)))...))).))((((....)))).....(.(((((((((((....)).)))).))))).)))))..)))))))).)))))))))..(((((((((((..(((......(((((..........)))))))).((((((..((((((((((((((((((((.....(((((((((...........)))).)))))............))))))))))..)))))..))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).....))))))).....)))..))).)))))))))).)))))))(((((((..........)))))))..............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.....(((((((......))))))).......)))))....(((.....((((((...(((.....)))....)))))).......[[[)))...]]]....((((....[[[[[(((((..........)))))...(((((....))))).....))))..((((((...))))))......]]]]]....(((((((....)))))))((((((((((((((((........))))))))((((((((((...((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..))))))))))...((((...))))(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))......)))).)))))))....((((((((((..((((.......))))...)))))))))))))))).((((((..((((((((.......((((((((..(((((((((.(((....((((.(((((((.............((((((((((((.....)))))))))))).(((......))).....)))))))..............))))...))).)))))...(((...)))....(((((((((.........))).))))))..))))..))))))))..))))))))...((((((((((....(((............)))((((.....))))((((((..((((((((((((((((((((..........((((...........)))).(((((.......)))))))))))))))..))))..)))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))).....)))).....)))))))))).))))))))((((((..........))))))...............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..(((......((((((((.((....))..)))))))).....((((((....(((((...(((.....)))....))))).((.....((((....)))).....))..........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).((((...))))...(((((((....)))))))((((((((((((((((........))))))))((((((((((.((((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..)))))))))).........((((.(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))).....)))..))))))).....(((((((((.((..((.......))..))))))))))).)))))).((((((..((((((((.......((((((((..((((.((.((((......))))))..((((......))))..((((((((((((.....)))))))))))).(((......)))...((((.((((................)))).)))).(((((....)))))......(((((((((((....)).))).))))))..))))..))))))))..))))))))...((((((((((....(((............))).(((.....))).((((((..((((((((((((((((((((.....(((((((((...........)))).)))))............))))))))))..))))..)))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))))))).))))..)).)))))))))).))))))))((((((..........)))))).)))..)))......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((.((....))..)))))))......((((((...((((((...(((.....)))....))))))((.....((((....)))).....))..........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))))((((((...))))))...............(((((((....)))))))((((((((((((((((........))))))))((((((((((.((((((...((((......)))).......((((((.((((...(((((((((([[[[(((((((......)))))))....))....................]]]]..)).))))))..))))))))))..............(((((((((((.............(((............)))............(((((.......((((((....))))))............))))).....((((((((((..((((.......))))...)))))))))).......(((((..................((((((((.......(((...((..........((((((.............((((((((((((.....))))))))))))................{{))))))......................))}}.))).................(((((((((((....)).)))).)))))........))))))))............(((((((((((.((....................(((.....)))..<<.....((((((((((((((((((((......((((((((...........)))).)))).............))))))))))..)))))..)))))..))>>..))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))).....))))..)).)))))))))).))))))))((((((..........))))))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((.((....))..)))))))).....((((((....(((((...(((.....)))....))))).((.....((((....)))).....))..........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).((((...))))...(((((((....)))))))((((((((((((((((........))))))))((((((((((.(.((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((.......(((((((((....))))).))))................)))))))).))))))..))))))))))..........(((.(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))).....)))..))))))).....(((((((((.....(........).....))))))))).)))))).(((((...((((((((.......((((((((..((((.((.((((......))))))..((((......))))..((((((((((((.....)))))))))))).(((......)))..(((((.((((................)))).))))).((((....)))).......(((((((((((....)).)))).)))))..))))..))))))))..))))))))...((((((((((....(((............))).(((.....))).((((((..((((((((((((((((((((..........((((...........))))..((((.......)))).))))))))))..))))..)))))).)))))).)))))))))).)))))((((((........)))))).))))))))))))))..))))...).)))))))))).))))))))((((((..........))))))...............
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((.[[[[..)).((((((((.((....))..)))))))).................]]]]..(((.....)))......(((((((.......(((..((((((..((((.........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))..((((((...))))))....)))))))))..(((((((....)))))))..((((((((((((((........)))))))).(((((((((...((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..))))))))))..............(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))).....)))..)))))))....((((((((((..((((.......))))...)))))))))))))))).(((((...((((((((.......((((((((......(((((.(((....((((.(((((((.((..........((((((((((((.....)))))))))))).(((......)))..)).)))))))..............))))...))).)))))............(((.(((((((((((....)).))))).)))).)))....))))))))..))))))))..(((((((((((..(((......(((((..........)))))))).((((((..((((((((((((((((((((..........((((...........))))..((((.......)))).))))))))))..))))..)))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))).....)))).....)))))))))..)))))).{{{{{{{.)))))))..}}}}}}}..............
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((([[[........((((((((...........)))))))).....((((((...((((((...(((.....)))....))))))((.(...((((....))))....)))..........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).((((...))))...(((((((....)))))))((((((((((((((((........))))))))((((((((((...((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..)))))))))).........((((.(((((((((((............((((((.......).)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))).....)))..)))))))....((((((((((.((.(((......)))..)))))))))))))))))).((((((..((((((((.......((((((((..((((.((.((((......))))))..((((......))))..((((((((((((.....)))))))))))).(((......)))..(((((.((((................)))).)))))(((((....)))))......(((((((((((....)).)))).)))))..))))..))))))))..))))))))...((((((((((....(((............)))((((.....))))((((((..((((((((((((((((((((..........((((...........)))).(((((.......)))))))))))))))..))))..)))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))))))).)))).....)))))))))).))))))))((((((..........))))))......)))..]]].
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.......((((((((.((....))..)))))))).....((((((...((((((...(((.....)))....))))))..........(((..((((((..((((.........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))..((((((...))))))....)))))))))..(((((((....)))))))..((((((((((((((........)))))))).(((((((((.((((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..))))))))))..............(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))).....)))..))))))).....(((((((((..((((.......))))...))))))))).)))))).(((((...((((((((.......((((((((......(((((.(((....((((.(((((((.((..........((((((((((((.....)))))))))))).(....)........)).)))))))..............))))...))).)))))............(((.(((((((((((....)).))).)))))).)))....))))))))..))))))))..(((((((((((..(((......(((((..........)))))))).((((((..((((((((((((((((((((..........((((...........))))..((((.......)))).))))))))))..))))..)))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))).....))))..)).)))))))))..)))))).))))))..(((((......))))).........)))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(........).(..(((((((..((..))...)))))))..((.((((..((........)(((((((...)))).))).((((((((((((((((..)))))))))))..))))))(((((((((........)))))).)))((((....))))(..........)((((((...)))))).)))).)).....).((((((((..))))))))(((((((((((((((..........)))))))((((((((((((((((((((..((((((...............))))))(((((((........))))))).))))))(.((((.(((((((((((((.(((((((..))).)))))))))))..).)))))....((((((((...)))))))).((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.(((..))).)))))).)))))))))))((.((((((((((((((((((((((.((........))((((((((((..))))))))))..((((((((...))))))))((((......))))..))))).).).).)).))))))))))))))(((((...).)))).((((((....(((...)))(((((((((((((...)))))))))))))(((..)))(((..))).).)))))..((((((....((..(..............)..))...))))))(((..((((((.(......)))))))))).).))))))).(((..)))(((..))).((((((((((((.(..((((((((..)))))))).((((...)))).(((((.(((((((((((((((((((((.((...(((((...(...........)....)))))...))..((..)))))))))))..))))))..))))))))))))))))))))))))....(((((((......)))))))))))))))))))..))))...))))))))))))))).))))))))((((((((......))))))))(..)(.(((..))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((((((((.((....))..))))))))......(((((...((((((...(((.....)))....))))))....................................(((((..........)))))...(((((....)))))...........((((((...))))))...............(((((((....)))))))..((((((((((((((........))))))))((((((((((...((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((.......(((.(((........)))..)))................)))))))).))))))..))))))))))..............(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((.....(((((((....)))))))..........))))))).....(((((((((....................))))))))).)))))).((((((..((((((((.......((((((((......(((((.(((....((((.(((((((.((..........((((((((((((.....)))))))))))).(....)........)).)))))))..............))))...))).)))))............(((.(((((((((((....)).)))).))))).)))....))))))))..))))))))...((((((((((.......................(((.....)))..(((((..((((((((((((((((((((..........((((...........))))..((((.......)))).))))))))))..))))..)))))).)))))..))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))).....)))).....)))))))))).)))))).))))).................................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((.((..((((((((((.((....))..)))))))).....((((((...((((((...(((.....)))....))))))((.....((((....)))).....))..........(((((..........)))))...(((((....))))).....))))))((((((...)))))).......))..))..(((((((....)))))))((((((((((((((((........)))))))).(((((((((.((((((..(((((......)))))......((((((.((((...((((((((((((((..((((((((((((((....))))).)))).......)))))....)))))))).))))))..))))))))))..............(((((((((((............(((((..........)))))..((((((..(((((((..((((((((((....))))))......)))).)))))))....((((((((((..((((.......))))...)))))))))))))))).(((((...((((((((.......((((((((..(((((((((.(((....((((.(((((((.((..........((((((((((((.....)))))))))))).(((......)))..)).)))))))....((....))..))))...))).)))))................(((((((((((....)).))).))))))..))))..))))))))..))))))))..(((((((((((..(((......(((((..........)))))))).((((((..((((((((((((((((((((..........((((...........))))..((((.......)))).))))))))))..))))..)))))).)))))).))))))))))))))))((((((........)))))).))))))))))).....))))..)).)))))))))..))))))))((((((..........))))))..........)))).