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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00607



RNA: CRW_00607
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((.((.....((..(((..(((((...(((((((((....))))))))).((((((.((((...((((....))))...))))..((((((.((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....))))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..(..(........)..)..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....)).....(((((((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))......)))))....(((((((....))))))).............)))))).))))))....)))))..))).))....))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((((((....((((..(((((((((....))))))))).............((((((....(((.....)))...)))))).......((((((((((((..((((.(((((((((((........)))))))))))))))..)))..((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...(((((((((...(((..((((((((((((((((..............))))))))..))))))))....)))..)))))))))..))..(((((((((.((((((((((((.......(((((....)))))((((..(((((...(((((((((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((..((((((((........))))))))...))).......)))))))))....))))...............(((((..((((((...(((((.........)))))...)))))))))))))))))))).(((....((((..........))))..))).)))))))))).........(((((..((((((...))))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))).......))))))...)))))...)))).))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((...(((((...((((((((((((((((...)))))))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))))...(((((((((....)))).)..))))...))))))))...(((((.(((((((......)))))))......((((((((.(((((((....)))))))(((((......))))).)).))))))......))))).))))))........
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........((((........))))(((((((((....))))))))).............((((((....((.......))...))))))((.....(((((((((....((((.((((((((((((........))))))))))))..))))....((((((((((((....((((((((.....)))))))).........(....((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))).))))))))...)..(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))......(((((........((((((((.....(((((((((((((((((((..((((....(((((((((......((((....))))........................)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...))))))))))((((...((((..........)))).))))..))))))))).......((.(((((..((((.....)))))))))))((((((.(.((((...)))).).)))))).))))))))((((.......))))))))).......)))))))))))))(((((.((((.............((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((((((.....))))))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...)))))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))...............(((((((....)))))))(((((......)))))((((((.........))))))...............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............((..........)).(((((((((....)))))))))....((((((...((((((....(((.....)))...))))))((.....(((((((((...((..(.((((((((((((........))))))))))))...)......(((((((((((....................(((((((.((.((((((....((((.......(((.....(((((.((((((................))))))...))))).......)))......))))....((((((((....))))))))....(((.....(((((....))))).....)))........((((.((((.......((((((((((((((((((.((((((.....((((((..(((.(((((((((........)))))))))..))).........)))))).....)).))))...........((((...((((((....(((((.........)))))....)))))).))))))))))))).......((((..........)))).......))))))))).......)))).))))(((((.....)))))....)))))))).)))))))..................((((((((((((....((((((((.........)).......(((.....(((((......................((.......)).(....)........)))))..)))))))))....((((....(((..(((.......)))..)))....))))))))))))))))...((((.......)))).)))))))))))))....))))))))).....))..........((((....))))((.(((((....)))))...))))))))(((((((......)))))))........(((((.(.((((((....))))))).))))).........(((((((.........)))))))..............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((((......)))))(((((((((....)))))))))....((((((...((((((....(((.....)))...))))))((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))).))))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))((((..(((((........((((((((.....(((((((((((((((((((((((((....(((((((((.((((.((((....)))).)))..................).)))))))))....)))).)).....(.......).......(((.((((......)))).)))...((((....))))...))))))))))((((...((((..........)))).))))..))))))))).......((.(((((..((((.....)))))))))))((((((.(.((((...)))).).)))))).))))))))(((((.....))))))))))...)))))))))))))))))(((((.((((.............((((((((..(((((.(.(((((...((((((((((((((((...)))))))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...)))))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))........((((((....)))).))(((((....))))).....))))))(((((((......)))))))(((.(((.(((((..(((((((....))))))).)))))))).)))..(((((((.........)))))))..............
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....(((((...........(((((((((....))))))))).((((((........(((((...)))))(((((((...............(((((((((....((((.((((((((((((........))))))))))))..))))....((((((((((((....((((((((.....)))))))).(((.(((((.........(((((((.....((((((((((((((((.....(((...)))))))))))..)))))))).....)))))))..))))).))).(((((((((((((((((((((((......(((((....)))))......(((((........((((((((.....(((((((((((((((((((((((((....(((((((((.(((..((((....))))...)))(((............))))))))))))....)))....))).........(((......(((.((((......)))).)))...((((....)))))))))))))))).(((....((((..........))))..))).)))))))))).........((((((..(((((...))))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))))(((((.....)))))))))).......))))))))))))))......(((........)))..((((((((..(((((...(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...........)))))))))..))))))))))))......))))))))).......(((.......((((....))))...(((((....))))).......))).(((((((......)))))))........)))))))(((((((....)))))))(((((......)))))....))))))..))))).....))))))........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....(((((((((...(((.(((((((((....)))))))))...............((((....)))).(((((((.(((.(((((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....))))))))..(((.....))).((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))......(((((((((.((((((((((((.......(((((....)))))((((..(((((...(((((((((((((.....((((((((((.(((((((...((((....((((((((((((.(((((((((........)))))))))..))).......)))))))))....)))).............(((....))).(((.((((......)))).)))((.((((....)))).)).))))))).........((((..........))))......)))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))).......))))))...)))))...)))).))))))))))))((((((........((((......))))..((((.....)))).(((..((((((((((((((((...)))))))).))))))))..))).((....))..((((((.............)))))).))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))...)))....((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))..)))...)))))))(((((((....)))))))(((((......))))))))..)))))))..))......))))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((.....((.{{{{.....)).(((((((((....))))))))).....(((((...(((((....................)))))((.....(((((((((....(((..((((((((((((........))))))))))))...)))....((((((((((((....((((((((.....))))))))..............((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....))))).)))))))......(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))......(((((....((((((((((((.....(((((((((((((((((((...(((....(((((((((....(((((((((........)))))))))............)))))))))....)))................((((....((((((((<<<<<...)))...>>>>>bb.)))))BB)))))))))))))).......((((..........)))).......))))))))).......((.((((..(((((.....)))))))))))((((((...((((...))))...)))))).)))))))..aaa..)))))AAA.))))).......)))))))))))))(((((..(((.............((((((((..(((((...(((((...((((((((((((((((...)))))))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))))).)))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))....((((....))))......))))).(((((((......))))))).....((........(((((((....)))))))..[[[.))...]]]..((((((}}}}.....)))))).))))))........
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....(((((((((...(((.(((((((((....))))))))).....(((((....(((((..................))))).((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....))))))))..(((.....))).((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))......(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))..............(.....(((((((.....(((((((((.(((((((((..((((....(((((((((......(((((............)))))..............)))))))))....)))).......(((.....)))......(((.((((......)))).))).(.((((....)))).).)))))))))........((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))).(((((.....)))))........)...)))))))))))))((((((.........(((......)))...((((.....)))).(((..((((((((((((((((...)))))))).))))))))..))).((....))..((((((.............)))))).))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))...(((((....))))).....))))).(((((((......))))))).((((...))))...(((((((....)))))))(((((......))))))))..)))))...)))).....))))))........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((((((....((((..(((((((((....))))))))).............((((((....(((.....)))...)))))).......(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....))))))).)))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....))))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..((((........))))..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((...(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))))...((((.((((....))))....))))...))))))))...((((..(((((((......)))))))......((((((((.(((((((....)))))))(((((......))))).))).))))).......)))).))))))........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....(((((((((...(((.(((((((((....)))))))))....((((((....(((((.........<<<<.....))))).((.(.(.(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....))))))))..(((.....))).((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))......(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))((((..(((((....{{{.((((((((.....(((((((((((((((((((((((((....((((((((((((.(((((([[[.)))....]]]...)))..))).......)))))))))....)))).))....((((...))))......(((.((((.(...))))).)))...((((....))))...))))))))).((((...((((..........)))).)))).)))))))))).......(.(((((..((((((...))))))))))))((((((((.((((...)))))).)))))).))))))))(((((.....))))))))))}}})))))))))))))))))((((((.(......((((......))))..((((aaaa.)))).(((..((((((((((((((((...)))))))).))))))))..)))...........((((((.AAAA........)))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))))...)))..........((((....))))...(((((....))))).....))))))(((((((......)))))))...........>>>>(((((((....)))))))(((((......))))))))..)))))...)))).....))))))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((..((((((((....((((..(((((((((....))))))))).............((((((....(((.....)))...)))))).......(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))....(....)...((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..(..(........)..)..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))))...((((.((((....))))....))))...))))))))...(((((.(((((((......)))))))......((((((((.(((((((....)))))))(((((......))))).)).))))))......))))).))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..((...........))..(..(((((((((..))))))))).(((((((..((..((..((((.(((((((((..((........)((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..)).))))))))))))).))))(..)((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).((((((((((((.((...((((((((..((((((.(((((..((((..)))).((..)).)))))...))))))....(((....)))))))))))(((((((......)))))))((((.((((.((...))(((.(((((..)).)))...)))....(((((((((((((..))))((..(((((((((((.((((..((((((((((..(((..)))...(((((..((......)..).)))))......))))))))))..)))).).......((((......)))).(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))))).....(((((((..)))..)))).((((((.((..)).).))).))(.((((((...((.((..)))).)))))))((((((((((((..))).)))..)))))).)))))))))(((...(((........))).)))..(((((((((((((((((((((((.....((((.......))))(((((...)))))(.(((..))).).))))))..........)))))))))))))))))(.(((..))).).))))))))..(((..)).)))....))))).)))))).).....))))))))))))..))))))))))))))))))).)..(.(((((((((...))).(..((((((....))))))..)((..))((((((((.(...)))))))))....)))))).)...(((((((..))))))))))))).))).))))))))..)))))).).).(......))))))........
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....(((((...........(((((((((....)))))))))...........................................((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((..((((((((((((......(((((....)))))..((..(((((.........(((((((.....(((((((((.(((((((((...(((....(((((((((....(((..(..(........)..)..)))............)))))))))....))).........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))........((((..........)))).......))))))))).......(..((((..((((((...)))))))))).).(((((...((((...))))...)))))..)))))))..((((.....)))).)))))...))..)))))))))))).((((((.(((.............((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))...(((.....))).))))).).)))))...)))))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))...............(((((((....)))))))(((((......)))))............))))).....))))))........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....(((((...........(((((((((....))))))))).((((((.((((...((((....))))...))))..((((((.((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....(((((((((((((..(..............)..)))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....))))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..(..(........)..)..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((...(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....)).....(((((((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))......)))))....(((((((....))))))).............)))))).))))))..))))).....))))))........