|
|
|
GAUGUUUUCUUGGGUUAAUUGAGGCCUGAGUAUAAGGUGACUUAUACUUGUAAUCUAUCUAAACGGGGAACCUCUCUAGUAGACAAUCCCGUGCUAAAUUGUAGGACUUGCCCUUUAAUAAAUACUUCUAUAUUUAAAGAGGUAUUUAUGAAAAGCGGAAUUUAUCAGAUUAAAAAUACUUUAAACAAUAAAGUAUAUGUAGGAAGUGCUAAAGAUUUUGAAAAGAGAUGGAAGAGGCAUUUUAAAGAUUUAGAAAAAGGAUGCCAUUCUUCUAUAAAACUUCAGAGGUCUUUUAACAAACAUGGUAAUGUGUUUGAAUGUUCUAUUUUGGAAGAAAUUCCAUAUGCGAAAGAUUUGAUUAUUGAACGAGAAAAUUUUUGGAUUAAAGAGCUUAAUUCUAAAAUUAAUGGAUACAAUAUUGCUGAUGCAACGUUUGGUGAUACAUGUUCUACGCAUCCAUUAAAAGAAGAAAUUAUUAAGAAACGUUCUGAAACUGUUAAAGCUAAGAUGCUUAAACUUGGACCUGAUGGUCGGAAAGCUCUUUACAGUAAACCCGGAAGUAAAAACGGGCGUUGGAAUCCAGAAACCCAUAAGUUUUGUAAGUGCGGUGUUCGCAUACAAACUUCUGCUUAUACUUGUAGUAAAUGCAGAAAUCGUUCAGGUGAAAAUAAUUCAUUCUUUAAUCAUAAGCAUUCAGACAUAACUAAAUCUAAAAUAUCAGAAAAGAUGAAAGGUAAAAAGCCUAGUAAUAUUAAAAAGAUUUCAUGUGAUGGGGUUAUUUUUGAUUGUGCAGCAGAUGCAGCUAGACAUUUUAAAAUUUCGUCUGGAUUAGUUACUUAUCGUGUAAAAUCUGAUAAAUGGAAUUGGUUCUACAUAAAUGCCUAACGACUAUCCCUUUGGGGAGUAGGGUCAAGUGACUCGAAACGAUAGACAACUUGCUUUAACAAGUUGGAGAUAUAGUCUGCUCUGCAUGGUGACAUGCAGCUGGAUAUAAUUCCGGGGUAAGAUUAACGACCUUAUCUGAACAUAAUGCUAC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........(((((((......)))))))(((((((....)))))))......((((((...((((((....(((.....)))...))))))((.....((((...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))).....))...[.[[[[[((((....))))...(((((....))))).....))))))(((((((......)))))))......]]]]]].(((((((((....))))))).((((......))))(((((((.........))))))).......)).....
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.((.....((..(((..(((((...(((((((((....))))))))).((((((.((((...((((....))))...))))..((((((.((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....))))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..(..(........)..)..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....)).....(((((((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))......)))))....(((((((....))))))).............)))))).))))))....)))))..))).))....))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..((((((((....((((..(((((((((....))))))))).............((((((....(((.....)))...)))))).......((((((((((((..((((.(((((((((((........)))))))))))))))..)))..((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...(((((((((...(((..((((((((((((((((..............))))))))..))))))))....)))..)))))))))..))..(((((((((.((((((((((((.......(((((....)))))((((..(((((...(((((((((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((..((((((((........))))))))...))).......)))))))))....))))...............(((((..((((((...(((((.........)))))...)))))))))))))))))))).(((....((((..........))))..))).)))))))))).........(((((..((((((...))))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))).......))))))...)))))...)))).))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((...(((((...((((((((((((((((...)))))))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))))...(((((((((....)))).)..))))...))))))))...(((((.(((((((......)))))))......((((((((.(((((((....)))))))(((((......))))).)).))))))......))))).))))))........ |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((........))))(((((((((....))))))))).............((((((....((.......))...))))))((.....(((((((((....((((.((((((((((((........))))))))))))..))))....((((((((((((....((((((((.....)))))))).........(....((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))).))))))))...)..(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))......(((((........((((((((.....(((((((((((((((((((..((((....(((((((((......((((....))))........................)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...))))))))))((((...((((..........)))).))))..))))))))).......((.(((((..((((.....)))))))))))((((((.(.((((...)))).).)))))).))))))))((((.......))))))))).......)))))))))))))(((((.((((.............((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((((((.....))))))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...)))))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))...............(((((((....)))))))(((((......)))))((((((.........))))))............... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............((..........)).(((((((((....)))))))))....((((((...((((((....(((.....)))...))))))((.....(((((((((...((..(.((((((((((((........))))))))))))...)......(((((((((((....................(((((((.((.((((((....((((.......(((.....(((((.((((((................))))))...))))).......)))......))))....((((((((....))))))))....(((.....(((((....))))).....)))........((((.((((.......((((((((((((((((((.((((((.....((((((..(((.(((((((((........)))))))))..))).........)))))).....)).))))...........((((...((((((....(((((.........)))))....)))))).))))))))))))).......((((..........)))).......))))))))).......)))).))))(((((.....)))))....)))))))).)))))))..................((((((((((((....((((((((.........)).......(((.....(((((......................((.......)).(....)........)))))..)))))))))....((((....(((..(((.......)))..)))....))))))))))))))))...((((.......)))).)))))))))))))....))))))))).....))..........((((....))))((.(((((....)))))...))))))))(((((((......)))))))........(((((.(.((((((....))))))).))))).........(((((((.........))))))).............. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((......)))))(((((((((....)))))))))....((((((...((((((....(((.....)))...))))))((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))).))))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))((((..(((((........((((((((.....(((((((((((((((((((((((((....(((((((((.((((.((((....)))).)))..................).)))))))))....)))).)).....(.......).......(((.((((......)))).)))...((((....))))...))))))))))((((...((((..........)))).))))..))))))))).......((.(((((..((((.....)))))))))))((((((.(.((((...)))).).)))))).))))))))(((((.....))))))))))...)))))))))))))))))(((((.((((.............((((((((..(((((.(.(((((...((((((((((((((((...)))))))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...)))))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))........((((((....)))).))(((((....))))).....))))))(((((((......)))))))(((.(((.(((((..(((((((....))))))).)))))))).)))..(((((((.........))))))).............. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((((...........(((((((((....))))))))).((((((........(((((...)))))(((((((...............(((((((((....((((.((((((((((((........))))))))))))..))))....((((((((((((....((((((((.....)))))))).(((.(((((.........(((((((.....((((((((((((((((.....(((...)))))))))))..)))))))).....)))))))..))))).))).(((((((((((((((((((((((......(((((....)))))......(((((........((((((((.....(((((((((((((((((((((((((....(((((((((.(((..((((....))))...)))(((............))))))))))))....)))....))).........(((......(((.((((......)))).)))...((((....)))))))))))))))).(((....((((..........))))..))).)))))))))).........((((((..(((((...))))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))))(((((.....)))))))))).......))))))))))))))......(((........)))..((((((((..(((((...(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...........)))))))))..))))))))))))......))))))))).......(((.......((((....))))...(((((....))))).......))).(((((((......)))))))........)))))))(((((((....)))))))(((((......)))))....))))))..))))).....))))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((((((((...(((.(((((((((....)))))))))...............((((....)))).(((((((.(((.(((((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....))))))))..(((.....))).((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))......(((((((((.((((((((((((.......(((((....)))))((((..(((((...(((((((((((((.....((((((((((.(((((((...((((....((((((((((((.(((((((((........)))))))))..))).......)))))))))....)))).............(((....))).(((.((((......)))).)))((.((((....)))).)).))))))).........((((..........))))......)))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))).......))))))...)))))...)))).))))))))))))((((((........((((......))))..((((.....)))).(((..((((((((((((((((...)))))))).))))))))..))).((....))..((((((.............)))))).))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))...)))....((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))..)))...)))))))(((((((....)))))))(((((......))))))))..)))))))..))......))))))........ |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((.....((.{{{{.....)).(((((((((....))))))))).....(((((...(((((....................)))))((.....(((((((((....(((..((((((((((((........))))))))))))...)))....((((((((((((....((((((((.....))))))))..............((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....))))).)))))))......(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))......(((((....((((((((((((.....(((((((((((((((((((...(((....(((((((((....(((((((((........)))))))))............)))))))))....)))................((((....((((((((<<<<<...)))...>>>>>bb.)))))BB)))))))))))))).......((((..........)))).......))))))))).......((.((((..(((((.....)))))))))))((((((...((((...))))...)))))).)))))))..aaa..)))))AAA.))))).......)))))))))))))(((((..(((.............((((((((..(((((...(((((...((((((((((((((((...)))))))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))))).)))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))....((((....))))......))))).(((((((......))))))).....((........(((((((....)))))))..[[[.))...]]]..((((((}}}}.....)))))).))))))........ |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((((((((...(((.(((((((((....))))))))).....(((((....(((((..................))))).((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....))))))))..(((.....))).((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))......(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))..............(.....(((((((.....(((((((((.(((((((((..((((....(((((((((......(((((............)))))..............)))))))))....)))).......(((.....)))......(((.((((......)))).))).(.((((....)))).).)))))))))........((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...((((...))))...)))))).))))))).(((((.....)))))........)...)))))))))))))((((((.........(((......)))...((((.....)))).(((..((((((((((((((((...)))))))).))))))))..))).((....))..((((((.............)))))).))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))...(((((....))))).....))))).(((((((......))))))).((((...))))...(((((((....)))))))(((((......))))))))..)))))...)))).....))))))........ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..((((((((....((((..(((((((((....))))))))).............((((((....(((.....)))...)))))).......(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....))))))).)))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....))))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..((((........))))..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((...(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))))...((((.((((....))))....))))...))))))))...((((..(((((((......)))))))......((((((((.(((((((....)))))))(((((......))))).))).))))).......)))).))))))........ |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((((((((...(((.(((((((((....)))))))))....((((((....(((((.........<<<<.....))))).((.(.(.(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....))))))))..(((.....))).((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))......(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))((((..(((((....{{{.((((((((.....(((((((((((((((((((((((((....((((((((((((.(((((([[[.)))....]]]...)))..))).......)))))))))....)))).))....((((...))))......(((.((((.(...))))).)))...((((....))))...))))))))).((((...((((..........)))).)))).)))))))))).......(.(((((..((((((...))))))))))))((((((((.((((...)))))).)))))).))))))))(((((.....))))))))))}}})))))))))))))))))((((((.(......((((......))))..((((aaaa.)))).(((..((((((((((((((((...)))))))).))))))))..)))...........((((((.AAAA........)))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))))...)))..........((((....))))...(((((....))))).....))))))(((((((......)))))))...........>>>>(((((((....)))))))(((((......))))))))..)))))...)))).....))))))........ |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..((((((((....((((..(((((((((....))))))))).............((((((....(((.....)))...)))))).......(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....)))))....(....)...((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..(..(........)..)..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....))))))))).).)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))))...((((.((((....))))....))))...))))))))...(((((.(((((((......)))))))......((((((((.(((((((....)))))))(((((......))))).)).))))))......))))).))))))........ |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((..((...........))..(..(((((((((..))))))))).(((((((..((..((..((((.(((((((((..((........)((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((..)).))))))))))))).))))(..)((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).((((((((((((.((...((((((((..((((((.(((((..((((..)))).((..)).)))))...))))))....(((....)))))))))))(((((((......)))))))((((.((((.((...))(((.(((((..)).)))...)))....(((((((((((((..))))((..(((((((((((.((((..((((((((((..(((..)))...(((((..((......)..).)))))......))))))))))..)))).).......((((......)))).(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))))).....(((((((..)))..)))).((((((.((..)).).))).))(.((((((...((.((..)))).)))))))((((((((((((..))).)))..)))))).)))))))))(((...(((........))).)))..(((((((((((((((((((((((.....((((.......))))(((((...)))))(.(((..))).).))))))..........)))))))))))))))))(.(((..))).).))))))))..(((..)).)))....))))).)))))).).....))))))))))))..))))))))))))))))))).)..(.(((((((((...))).(..((((((....))))))..)((..))((((((((.(...)))))))))....)))))).)...(((((((..))))))))))))).))).))))))))..)))))).).).(......))))))........ |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((((...........(((((((((....)))))))))...........................................((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....((((((((((((((((..............))))))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((..((((((((((((......(((((....)))))..((..(((((.........(((((((.....(((((((((.(((((((((...(((....(((((((((....(((..(..(........)..)..)))............)))))))))....))).........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))........((((..........)))).......))))))))).......(..((((..((((((...)))))))))).).(((((...((((...))))...)))))..)))))))..((((.....)))).)))))...))..)))))))))))).((((((.(((.............((((((((..(((((.(.(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))...(((.....))).))))).).)))))...)))))))))))))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....))..........((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))...............(((((((....)))))))(((((......)))))............))))).....))))))........ |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....(((((...........(((((((((....))))))))).((((((.((((...((((....))))...))))..((((((.((.....(((((((((..((((((.((((((((((((........))))))))))))..)))).)).((((((((((((....((((((((.....)))))))).........((...((((((((((((.....(((((((((((((..(..............)..)))))..)))))))).....)))))).))))))..))..(((((((((.(((((((((((((......(((((....))))).............((((((.(((((((.....(((((((((((((((((((..((((....((((((((((((.(((..(..(........)..)..)))..))).......)))))))))....))))........................(((.((((......)))).)))...((((....))))...)))))))))).......((((..........)))).......))))))))).........(((((..(((((.....)))))))))).((((((...(((.....)))...)))))).))))))).(((((.....)))))....))))))..)))))))))))))((((((.(((........)))..((((((((..(((((...(((((...(((((((((((..(((...)))..))).))))))))..((((.....)))))))))...)))))...))))))))...))))))..)))))))))..))))))))))))......))))))))).....)).....(((((((((....))))...(((((....)))))...........(((((((......)))))))......)))))....(((((((....))))))).............)))))).))))))..))))).....))))))........ |