RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00611

RNA: CRW_00611
Rfam family: -

			CUCAACGAGUAAGAUUGACUAAACGCUUAAAAGUUAUUCUUACUAUGGGCGGUACGUAAAGAAACUUACGUAUGUUUACCUGUCAAACUCGGGGAAGCCAAUAGCGCGGUAAUCCCGAACCAAGCUCCAGAAAUGGAGAAGGUGUAGAGACUGGAAGGCAGGUACCCUAACAGUAAAGCUGAGGGUAAAGGGACAGUCCAGACCACAAACUGGUUAAUCCAGGCAGUGAAAACUGUAGAUGGUAAGCAUAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((....(((((((((((((...........)))))))))))))..)))..(((((((((....))))))))).....((((((....((((((...((........))...))))))((....(((((....)))))...))...[.[[[[[...))))))((((((..((.......))))))))......]]]]]].((((((...((((.....))))(((((....)))))..)))))).......
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((..((((...........))))..))))))).(((((.((((((((......))))))))((((.((((((....((((((..(((........)))..)))))).((...(((((....)))))..(((......)))))..))))))((((((..((((...))))))))))...)))).))))).((((....((((.....))))(((((....)))))...))))........
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((.(((((...........))))).))))))).......((((((((......))))))))(((((((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))......................((((.....))))(((((....)))))......)))))....
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................((((((....((((((...((........))...))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((.......))))))))................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((....(((((((.(((((...........))))).))))))).(((((.((((((((......))))))))....(((((((....((((((...((........))...))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))).((((..(((.....)))))))..........))))).........((((.....)))).((((....)))).....)).........
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......))))))))(((((((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..((((...))))))))))......................((((.....))))(((((....)))))......)))))....
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......))))))))....(((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).....[[[[[...))))))).((((..((((...)))).......)))).]]]]]..(((((.....)))))...(((.(((((....)))))...))).........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))...(((((((......))))))).(((((((.(((.....(((((..(((........)))..))))).(((...(((((....)))))..))).......(((.....))).((((((..((((...))))))))))..(((....))).(((((.....))))).......(((((....))))).))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))...(((((((......)))))))((((((((........((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((((.......((((((..((((...)))))))))).........)))))........((((.....))))(((((....)))))....))))))))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))...(((((((......)))))))((((((((.(((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((.....))).((((((..((((...))))))))))..(((....))).(((((.....))))).......(((((....))))).)))))))))))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...[[[[....))))).))))))).)))).....(((((......)))))((((((((((.(((....((((((........]]]]......))))))(((...(((((....)))))..))).....(((((.........((((((..((((...))))))))))......)))))..)))......((((.....))))(((((....)))))....)))))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......))))))))....(((((((...(((.((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..)))...))).[[[[[.)))))))(((((..(((.....))))))))..........]]]]]((((....((((.....))))(((((....)))))...))))........
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))...(((((((.(...))))))))((((((((.(((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).......(((.....))).((((((..((((...))))))))))..(((....))).(((((.....))))).......(((((....))))).)))))))))))...
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......))))))))...(((((.......((((((..................))))))......(((((....))))).)))))......(((((.......((((((..((((...)))))))))).........)))))........((((.....))))(((((....)))))...............
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......))))))))(((((((.(((...(((.((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..)))...))).(((((..((...((((((..(((.....)))))))))....).)..)))))........((((.....))))(((((....))))).))))))))))....
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((...(((((((.(((((...........))))).))))))).(((((.((((((((......))))))))((((.((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............))))))((((((..(((.....)))))))))...)))).)))))..........))).((..(((.(((((....)))))...))))).......
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((.(((((...........))))).))))))).(((((.((((((((......))))))))(((((((((((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..))).............)))))))(((((..(((.....))))))))....)))).))))).((((....((((.....))))(((((....)))))...))))........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((...)))(((.((..))...((((((.(.((.(((..))))).))))))).((......))..)))(.((((((((((.(((.(.((((((((((((........)))))))))))(((.(.((((((..)))))).))))....)(((((((..((...((((((..((((...))))))))))))..)))))))((((((((.(((((((...))))))).))).)).))).)))))))))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((....(((((((.(((((...........))))).)))))))..)))..((((((((......))))))))(((((((.(((....((((((..(((........)))..))))))(((...(((((....)))))..)))...................((((((..((((...))))))))))...................................(((((....))))).))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((...(((((((.(((((...........))))).))))))).))))..((((((((......))))))))(((((((.(((...(((.((((.(((........)))..))))..(((...(((((....)))))..)))...))).(((((.......((((((..(((.....)))))))))..(((....))).(((((.....)))))..)))))(((((....))))).))))))))))....
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((..((((...........))))..))))))).(((((..(((((((......))))))).(((..((((((....(((((....................)))))......(((((....)))))..................)))))).(((((.............))))).....))).))))).((((....((((.....)))).((((....))))....))))........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((((((..((((...........))))..))))))).(((((..(((((((......))))))).(((.((((.......(((((....................)))))......(((((....))))).))))......((((.........[[[[[[..)))).......]]]]]]....))).))))).((((....((((.....)))).((((....))))....))))........

---