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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00615



RNA: CRW_00615
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((..(((((((((............)))))))))((((((....)))))).......)))))(((((....(((.((((((..(((((.(((((...(((((((((((((..(((((((((((((((((...)))))....))).)))))....)))).........(((..(((((((((..(((..((((((((((..((((((....)))))).....((((((((((((((((((((((..((.((..(((((((((..((((((....((((((((.((..(((((((((((..((((((..................))))))...)))))).))))).((((((((((...))))))))))..)).(((((((((.(((((((....)))))))..(((((((.((((.(((.......))))))).....)))))))..))))))))).......)))))))).((((((((...((((((((..((..........))..))))))))....))))))))......))))))..((((....)))).......))))))))))).))..)))))))))))))))))))))).............)))))))))).....)))..(((..((((((.....((.(((((..((((((((((((((.(((...))).)))))))))......))))).....).))))))..))))))...)))........)))))))))....)))..)))))))..))))))..)))))......((..((((....)))))).((((((....))))))...))))))))))).))).((((((((((((((.(((((((.......(((.......))).......))))))))))))(((((....((((((....))))))....)))))......)))))))))..(((((.((((...)))))))))......((((((......((((((...)))))).((((((.........))))))..)))))).))))).
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((((............))))))))(((((((....)))))))........((((((...((((((....((((((.((.........................................................))))))))...)))))).....(((((.((((..(((.(((((...(((((((((..(((((....)))))......((((((((((((((((((((((..((...........................(((.(((((((((((.........(((((((......[[[.[[[[[[[.)))...................((((((((((...)))))))))).....(((((((((.(((((((....)))))))...((((((((((((.(((.....))))))))...)).)))))...)))))))))....]]]]]]]]]]..((((((((...((((((((.(((..........))).))))))))....))))))))...))))........(((....))).))))))))))).)))....))..))))))))))))))))))))))................((((((((.((.(((((.........))))).)).))))))))((((((((((((((.(((...))).))))))))).)))))...........................................)))))))))..)))))..)))...)))))))))..............((((....))))...(((((......))))).....))))))(((((...((((((((((....(((((((.....)))))))............................(((((....((((((....))))))....))))).....))))))))))..)))))..........(((..(((((((....))))))))))...............((((((.........))))))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((....((((((((............)))))))).((((((....))))))............)))...((((((....((((((.(((........(((.(((((((...(((....)))....))).))).).)))......)))))))))...)))))).........(((((...(((((((((...(((((((((.((((((....)))))).....((((((((((((((((((((((..((.....(((((........)))))...((((.(((((((((((........(((((((.......(((.((((((........................((((((((((...)))))))))).....(((((((((.(((((((....)))))))..(((((((((((((.(((.....))))))))...)).))))))..))))))))).....)))))))))..((((((((...((((((((.(((..........))).))))))))....)))))))).)))))))......((((....))))))))))))))).))))...))..))))))))))))))))))))))................((((((((.((.(((((.........))))).)).))))))))((((((((((((((.(((...))).))))))))).))))).....((..(((((......))))).))...............))))))))).(((((....)))))...(((.((....)).)))....((((....))))...((((((....)))))).)))))).)).(((((...((((((((((....((((((((...)))))))).....((((...........))))....(((((....((((((....))))))....))))).....))))))))))..))))).((((...))))...(((((((....)))))))(((.((......)).)))((((((.........))))))...)...)))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((...(((((((((............)))))))))((((((....))))))............)))))...((((....((((((.(((........(((.(((((((...(((....)))....))).))))..)))......)))))))))...)))))))))......(((((..((.((((.(((.(((((((((..((((((....)))))).....((((((((((((((((((((((..((.....(((((........)))))...((((.(((((((((((........(((((((.......(((.(((((((.......................((((((((((...)))))))))).....(((((((((.(((((((....)))))))..((((((((((((.((((.....))))))))...)).))))))..)))))))))....))))))))))..((((((((...((((((((.(((..........))).))))))))....)))))))).)))))))......((((....))))))))))))))).))))...))..)))))))))))))))))))))).............))))))))).(((((..((((((.(((..((((.((((.(((((..((((((((((((((.(((...))).))))))))).)))))....((((.(((((......)))))))))..........)))))...((((..(((((....)))))....((.(((((((....(((((((((....))))...((((((....))))))...........(((((...((((((((((((((.(((((((.......(((.......))).......))))))))))))(((((....((((((....))))))....)))))......)))))))))..)))))......))))).)))))))))..)))).....)))))))))))....))))))))))).....))).))...)).))..)))))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............(((((((((............)))))))))((((((....)))))).........((((((...((((((....((((((.(((........(((.(((((((.(.(((....)))...)))).))).).)))......)))))))))...)))))).....((((..((((.......{{{{{..(((((((((.((((((....)))))).....((((((((((((((((((((((.(((.....(((((........)))))...((((.((((((((((((((((((([[[[[[[.......[[[.[[[[[[[..........))))).)))....((((((((((...)))))))))).....(((((((((.(((((((....)))))))..(((((((((((((.(((.....))))))))...)).))))))..)))))))))((((]]]]]]]]]]..((((((((((.((((((((.(((..........))).))))))))))..)))))))).]]]]]]].)))).((((....))))))))))))))).))))...)).)))))))))))))))))))))))...(((...)))....((((((((....(((((((....)).)))))....))))))))((((((((((((((.(((...))).))))))))).))))).(((((((.(((((......))))))))).......)))....))))))))).(((((....))))))))).))))............((((((....)))).))((((((....))))))}}}}}))))))(((((..(((((((((((...(((((((((...)))))))))....((((((......)).))))....(((((..(.((((((....)))))))...))))).....)))))))))).)))))).((((...))))...(((((((....)))))))(((.((.(...))).)))((((((.(......)))))))...............
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((....(((((..(............)..))))).((((((....))))))............)))))...((((....((((((.(((........(((.(((((((...(((....)))....)).)))))..)))......)))))))))...)))))))))......(((((..((.((((.(((.(((((((((..((((((....)))))).....((((((((((((((((((((((..((.....(((((........)))))...((((.(((((((((((........(((((((.......(((.(((((((.......................((((((((((...)))))))))).....(((((((((.(((((((....)))))))..(((((((((((((.(((.....))))))))...)).))))))..)))))))))....))))))))))..((((((((...((((((((.(((..........))).))))))))....)))))))).)))))))......((((....))))))))))))))).))))...))..)))))))))))))))))))))).............))))))))).(((((..((((((.(((..((((.((((.(((((..((((((((((((((.(((...))).)))))))).))))))....((((.(((((......)))))))))..........)))))...((((..(((((....)))))....(((.((((((....(((((((((....))))...((((((....))))))...........(((((...((((((((((((((.(((((((.......(((.......))).......))))))))))))(((((..(.((((((....)))))).)..)))))......)))))))))..)))))......))))).)))))))))..)))).....)))))))))))....))))))))))).....))).))...)).))..)))))...
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((..)).....(((((((................)))))))((((((...).)))))..(((((((((((((((((((((.(..)((((((((((((...(..)((((((((((...((((..))))....)).))))))))..))))).)..))))))((((..((((......))).)..)))).)))))))))))))))))))))((((((..)))))).......(((((((((((((((((((((.(..(((....((((....(......)...))))...)))....(((((((((((.(((((((((((......)))))..)))))).).))).))))))).(((((((((((...))))))))))).((((((.........((((((..))))))(((((((((((..(((.(((.......)))))).....).))))))..))))(((((((.((((((....((((..((((((...))))).)...))))(((.(((((((((..))))...((((((..((...))...))))))))))).))).))))))..))))))).)))))).))))))))))))))))))))))((.(((((((...(((.(((((((...(((((((((....)).)))))..)).)))))))((((((((((((((.(((...).)))))))))).))))))(((((((((((((........))))))....((((((..((((.((.((((..((((((..))))))..)(((.(((..))).))).((((((((..))))).)))(((((....)))))((.......)).(((((((.((((((((((.....(((((((...)))))))...((..))(((((((((((((.((..(((.(((((....)))))..)))..)).))))))))))))))))))))))))))))))..))).))).)))(((((((((....))))))))))))))))))))))((..))(((.((...)).))).)))....))))))).))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((...(((((....(((((..(............)..))))).((((((....))))))............)))))..(((((....((((((.(((........(((..(((.((...(((....)))....))..)))...)))......)))))))))...))))).)))......(((((..((..........(((((((((...(((((....)))))......((((((((((((((((((((((..((.....(((((........)))))...((((.(((((((((((........(((((((.......(((.(((((((.......................((((((((((...)))))))))).....(((((((((..((((((....))))))...(((((((((((((.(((.....))))))))...)).))))))..)))))))))....))))))))))..((((((((...((((((((.(((..........))).))))))))....)))))))).)))))))......((((....))))))))))))))).))))...))..)))))))))))))))))))))).............))))))))).(((((..((((((....(.((((.((((..((((..((((((((((((((.(((...))).)))))))).)))))).........(((((......)))))..............))))....((((..(((((....)))))....(((.((((((....(((((((((....))))...((((((....))))))...........(((((...(((((((((.....(((((((.....)))))))............................(((((....((((((....))))))....)))))......)))))))))..)))))......))))).)))))))))..)))).....)))))))).).....))))))))))).................))..)))))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((((....(((((..(............)..))))).((((((....))))))............)))))...((((....((((((.(((........(((.(((((((...(((....)))....)).)))))..)))......)))))))))...)))))))))......(((((..((.((((.(((.(((((((((..((((((....)))))).....((((((((((((((((((((((..((.....(((((........)))))...((((.(((((((((((........(((((((.......(((.(((((((.......................((((((((((...)))))))))).....(((((((((..((((((....))))))...(((((((((((((.(((.....))))))))...)).))))))..)))))))))....))))))))))..((((((((...((((((((.(((..........))).))))))))....)))))))).)))))))......((((....))))))))))))))).))))...))..)))))))))))))))))))))).............))))))))).(((((..((((((......((((.((((.(((((..((((((((((((((.(((...))).)))))))).))))))....((((.(((((......)))))))))..........)))))...((((..(((((....)))))....(((.((((((....(((((((((....))))...((((((....))))))...........(((((...((((((((((((((.(((((((.......(((.......))).......))))))))))))(((((....((((((....))))))....)))))......)))))))))..)))))......))))).)))))))))..)))).....)))))))).......))))))))))).....))).))...)).))..)))))...