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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00616



RNA: CRW_00616
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((....)))))..(((((((....)))))))........(((((.(((((((((....(((..(((((..((((((((((..(..................)))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))........((((..(((..((((((.....)))))))))))))....(((((.........((((((((((((..(..((((((...((((((((((...))))))))))))))))....))))))))..)))))......))))).....((((((....))))))(((((((((((((((......))))))).).)))))))........................((((((....((((.((...)).)))).)))))).............((((((((.......))))))).....................................)........)))))))))((((((((..(...(((.(.(((((((((((((((....)))))))))))))))).)))...)..))))))))..((((....)))).........))))).(((((.......)))))...................(((((((((........(((...(.((((.((((((....((((((..............................((((((.(((((.....)))))))))))....(((..((((((((...)))))))).))).........(((((((((((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))))....((((....(((((((..............(((........)))...........................((((((......))))))...........)))))))...))))..............((((((..((((..........................))))..............................................))))))...........((((((((..........(((((......(((((..((((.....)))).....))))))))))............))))..))))....(((((....)))))..................................(((((....))))).............................................))))))))((((..((((......(..(((((((....)))))))..)........................))))))))................................................................((((((((((((....)))))))).))))...(((..........................)))............(((((((....((.((((..((((((((((.(((((((...((........((((.(((......)))))))........))...)))))))..))))))))))((((((((((((((.....))))))))))))).))))).))...))))))).............))))))))))))....)))).)..)))))))))))).............((((((((((((.....)))))))))))).................((((((((....))))))))................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(........................(((((.(((((((....))))))).......((((((.....(((((....(((...(((((((.(............(((((((.........)))))))............................(((((((...........))))))).......).))))))).)))...)))))((((.........(((((...))))).....))))............(((((((((((......(((.......((...((((((((((...))))))))))...)).......))).....)))))..(((((((.......((((((....))))))((((((((((((((........)))))).).))))))).............(..(((((((....((.....))...........)))))))..)..............((((((((((...)))))))))).............)))))))........................))))))....((((((((.((((........((((((((((((((....))))))))))))))....))))....)))))))).......................))))))....(((((((((.(.............(((((((((....((((((((((......(((((((............)))))))..........)))))))))).((((........((.(((((.....))))).))((((((((..((....(((((((.(((....((((((..((((............((((((((.((((((((.......)))))))).))))))))(((((.................))))).........((((((........................(((((((.....(((((......)))))((((((.......(....).........((....))..............))))))......))))))).......((((...((.......))...))))........))))))((((.............)))).((((.(..((((((((..........((((......(((((...(((.......)))......)))))))))............))))..))))..).))))..)))).)))))).....))).)))))))....))....))))))))..........(....((((....))))....)))))......))))))))).....).))))))))).(((((((..((((((((.((((....))))....).))))))).....................................(..(((((...........(((((..(((((.....(((((((.......)))))))(((((........)))))........))))))))))...........)))))..).................((((((....((.(((....((((((((..(((((((......((((.(((......))).))))........((....))...)))))))...))))))))(((((((((((((((.....)))))))))))).)))))).))...)))))))))))))...................................................)))))((((((((((((.....))))))))))))...(((((((((...((.......))..)))))))))..............).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((....)))))..(((((((....))))))).......(((((((((((((((((...(((..(((((..((((((((((..(..................)))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))........((((..(((..(((((((...))))))))))))))....(((((.........((((((((((((..(..((((((...((((((((((...))))))))))))))))....))))))))..)))))......))))).....((((((....))))))(((((((((((((((......))))))).).)))))))........................((((((....((((.((...)).)))).))))))......(((..(((((((((((.....)))))))).....................((....))........)))..)))))))))))))((((((((..(...(((.(.((((((((((((((((()))))))))))))))))).)))...)..))))))))..((((....))))........)))))))(((((.......)))))..................((((((((((........((((.((.(((((((((((....(((((((((((...........)))))........(((((((.(((((.....))))))))))))(((((((.(((((((((.))))))))))))))...))...(((((((((((((((((((.((((((((.......)))))))).))))))))))).((.((((....(((((((.....((((....((((........))))..........................((((((......))))))......)))).)))))))...)))).))...........((((((((((((..........................))))))................(((((..................)))))))))))...........((((((((..........(((((......(((((..((((.....)))).....))))))))))............))))..))))..(((((((....))))))).....((((((....................((((((....))))))....(((....)))))))))........................))))))))((((..((((((...(((((((((((....)))))))....))))...............))..))))))))....................((((........)(.......)(...........))))......((((((((((((....)))))))).))))((((((((......................)))))))).........(((((((....((.((((..((((((((((.(((((((...(((((.....((((.(((......)))))))...))..)))...)))))))..))))))))))((((((((((((((.....))))))))))))).))))).))...))))))).............))))))))))))...))))).)))))))))))))))).....(((....((((((((((((.....))))))))))))...)))...........((((((((....))))))))................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((............(((((....)))))..(((((((....))))))).))))).((((((((((((((((....(((..(((((..((((((((((......................))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))...))))))(((..(((..(((((((...)))))))))))))........)))).))))))((((((((((((......(((((((.((((((((((...))))))))))...))))))).)))))))..)))))...........(((..[[[[[)))...]]]]](((((((.(((((((......)))))))...)))))))................(((.....[[[[[[.)))((((.........)))).]]]]]].(((((((((...((((((((((...))))))))))...................(((((((((................((((((.(((((((((((.((((.......(((((((((((((((....)))))))))))))))...))))....))))))))..((((....)))))))......))).))).(((.......)))))))))))).))))))))).((((((((((((...(((....))).(((((((((((....((((((........(((((((((..(((...))).((((((((.((((.....)))))))))))).((((((.((((((((...))))))))))))))...)))))))))...(((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))))....(((((((........(((((........((((.....................((((((((.........((((((......))))))..........(((((....((((((............((((((((.(((.....(((.......)))...)))....(((((((((.......(((((...........(((.....(((((((..((((.(((((((......(((((........................)))))..((((.....)))))))))))....)))))))))))..........((((...(((((((....))))))).....)))).)))........)))))..(((((((((....)))))).)))...)))))))))...)))))))).............))))))...(((((((..((((...(((((((((((((....))))))....))))))).(((.........))).)))))))))))....))))).................))))))))((((((.(((.((((((((.....))))))))((((((......)))))).)))....))))))..............)))))))))................(((((((.......((((..((((((((((.(((((((......((((.(((......))).))))......(((.....)))..)))))))..)))))))))).(((((((((((((.....)))))))))))))..))))......))))))).))))))).....))))))))))))...))))).....))))))))))))............((((((((((((.....))))))))))))...(((((((((..(((....)))....)))))))))................
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((((((......(((....((((...(((((.((....(((((((((((...((((((((((.(((((....(((..(((((..((((((((((......................))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))...))))).(((..(((..(((((((...)))))))))))))........)))).))))))...........((((((((((((((.((((((((((...))))))))))...)))))))..))))))).((((((((..((((((((...((((((....)))))).((((((((((((((......))))).))).)))))).................((((((.....)))))).((((.((...)).))))............(((((.(((((((((....(((((...)))))..................(((....))).))))))))).)))))......(((((((((((...............((((((((((((....)))))))))))))))))))))))...((((((....(((((((((((.((((((((((((...(((((.......)))))...))).))...)))))))....)))))))))))...)))))).((((((((.(((.(((((....)))))..(((((((((............((((((((.((((.....)))))))))))).((((((.((((((((...))))))))))))))...))))))))).(((((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))).)))))))..(((((..(((((........)))))...))))).))).))))))))....))).)))))..))))))))((((((......)))))).))))))))))).....)).)))))..)))))))......))))))))......((((((((((...........((((.................)))).((.....)).....((((((...........(((((..(((.(((((..............(((.(((......((....))......))).)))..))))).)))..)))))...........)))))).(((((((....))))))).....))))))))))......((((((.((((.((((....))))(((..((((....))))...))).(((...........))).(((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((....))))))....)))))))...((((......((((((.......................))).)))........(((.....))).)))).(((((((.....)))))))(((((((......))))))).((((((((((((...........)))).))))))))...............((((.((((.......((((((((((((((((.((((.......((((.(((......))).)))))))).))))))....))).)))))))...........(((((((((((((((.....))))))))).)))))).)))).))))....)))))))).)).)))))))......))))))..............)))).)))))).((((...((((((((((((.....))))))))))))...))))..........((((((((....)))))))).....)))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................(((((.(((((((....)))))))........(((((((((((((((.................((((................................)))).................((((((.((((((((...........))))))))......))))))...............((((..(((..((((((.....)))))))))))))..................(((((((((((.......(((((((.((((((((((...))))))))))...)))))))..))))))..)))))................((((((....))))))(((((((((((((((......)))))).)).))))))).................(((.....aaaa)))..((((.((...)).))))..AAAA........................................................(((....)))................)))))))))((((((((......(((...(((((((((((((((....)))))))))))))))..)))......))))))))..(((......)))........)))))).(((((.......)))))..................((((((((((........((((.((.((((.(((((((...((((((.................................(((.(((((.....))))))))(((((((((.((...((((((((.(((((((((((((..((((.........(((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))))................................((((........))))..........................((((((......))))))........................................((((..........................................................................<<<<<...<<))))((((((......ccc.cccc......................ccc...((((.....))))))))))CCC....>>.>>>>>......CCCC...CCC..........)))).)))))).))))))).))))))))...))...)))))))))..........((...((((....))))....))............................((((((({{{{{{{....(([[.((((((....))))))...))]].........................)))))))....................................(((((.........)))))......((((((((((((....)))))))).))))................................................((((((.............((((((((((.(((((((......((((.(((bbb.bb))).))))BBBBB..............)))))))..))))))))))((((((((((((((.....)))))))))))).))..........))))))}}}}}}}.......))))))...))))))))))).)))))))))))))))).......)))))((((((((((((.....))))))))))))...(((((((((................)))))))))................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((....)))))..(((((((....)))))))........(((((((((.(((((....(((..(((((..((((((((((......................))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))...))))).(((..(((..(((((((...)))))))))))))........)))).))))).(((((.(((((.......(((((((.((((((((((...))))))))))...)))))))..)))))...)))))................((((((....)))))).((((((((((((((......)))))).)).)))))).................((((((.....)))))).((((.((...)).))))..........((((.......((((((((.....))))))))....................(((....)))..................(((....((((((((......((....(((((((((((((((....)))))))))))))))...))......))))))))..((((....)))).........)))...(((((.......)))))....................................((....(..(((((((.(((.(((((....)))))..(((((((((............(((((((.(((((.....)))))))))))).((((((.((((((((...))))))))))))))...))))))))).(((((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))).)))..(((((..(((((........)))))...))))).))).)))))))..........(.............((((((......))))))..(((..................))).((....))......((....)).....(((.......)))........((((.................)))).((....................))................................................(((((..((((.....)))).....)))))...).........................(((((((....))))))).....(((.......................((((((....))))))...((((....))))..)))...((...........))..(((((((((((((.((((((((((...((..(((((((....)))))))..)).((.(..................(....).......................((((......))))..............(((((((.....)))))))(((((((......))))))).((((((((((((...........)))).))))))))..................((((........)))).((((((((((.(((((((......((...(((......)))...))...................)))))))..)))))))))).(((((((((((((.....))))))))))))).....).))........)))))))).)).)))))))......)))))).....)...))......................((((((((((((.....))))))))))))...))))..........((((((((....))))))))................
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(((.........((((((....))))).)(((((((....))))))).......((((((((((.(((((....(((..(((((..((((((((((......................))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.bbbbb...)))))))))BBBBB)))))))))..)))...)))))((((..(((..(((((((...))))))))))))))....{{{)))).))))))((((((((((((......(((((((.((((((((((...))))))))))...))))))).)))))))..)))))........}}}.....((((((....))))))(((((((((((((((......)))))).)).))))))).(((............((((((..eee)))))).((((.........))))....EEE.((((((((.....(((((((((...)))))))))........(((........((((dddd))))...............(((((.(((.aaaaaaa............(((((((((((((((....))))))))))))))).....)))...AAAAAAA...((((....)))).........))).))(((((.......)))))DDDD.........)))..(((((((((........(((((.((..(((((((.(((.(((((....)))))..(((((((((............(((((((.(((((.....)))))))))))).((((((.((((((((...))))))))))))))...))))))))).(((((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))).)))..(((((..(((((........)))))...))))).))).)))))))........................((((((......)))))).(((((.((...........))))))).........(((.......[[[..)))(((.......)))........((((]]]........ccc...))))((((.............<<<<.))))......CCC.....................................((((((..((((.....)))).....)))))).....................>>>>...(((((((....))))))).....(((((((......(((.........(((((((....)))))).)......)))..)))))))..(((...........))).(((((((((((((.((((((((((.......(((((((....))))))).....(((((......................................((((....((((......))))..............(((((((.....)))))))((((((((....)))))))).((((((((((((...........)))).))))))))....))))..........(((((.....).)))).((((((((((.(((((((......((((.(((fff.ff))).))))FFFFF..............)))))))..)))))))))).(((((((((((((.....)))))))))))))....)))))........)))))))).)).)))))))......)))))).....))))))))))))))))............((((((((((((.....)))))))))))).))))))))........gggggggg))).GGGGGGGG.))).)))........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((............(((((....)))))..(((((((....))))))).))))).((((((((((.(((((....(((..(((((..((((((((((......................))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))...))))).(((..(((..((((((.....))))))))))))........)))).))))))((((((((((((......(((((((.((((((((((...))))))))))...))))))).)))))))..)))))................((((((....)))))).((((((((((((((......))))).))).)))))).(((((((((((.....((((((.....)))))).((((.((...)).))))..(((((.((((((((.((((((((.(((...((((((((((((((...(((((((...((.(((((((((........(....)..((((((....((((((((.((((.....(.(((((((((((((((....))))))))))))))).).))))....))))))))..((((....)))).........))).)))..............))))))))).)))))))))..)))).)))))))))).(((((.((.(((.(((..(((.(.((((((..((((..(((((((((............((((((((.((((.....)))))))))))).((((((.((((((((...))))))))))))))...)))))))))...(((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))))....(((((((.............(((((.(((((((....).......(((((((.((((((((..((((...((((((......)))))).((.(((((.(((((....((((((..((....))..((((((((.(((.....(((.......)))...)))....(((((((((.......(((((.((((......(((.....(((((((..((((.(((((((......(((((.....((........)).......)))))..((((.....)))))))))))....)))))))))))..........((((...(((((((....))))))).....)))).)))....))))))))).....((((((....)))))).......)))))))))...)))))))).............))))))...(((((((..((((.....((..(((((((....)))))))..)).((((.............)))).)))))))))))....))))).))))).))..))))..)))))))).......(((.((((((((.....))))))))((((((......)))))).)))...)))))))..............)))))))))))..............(((((((....((.((((..((((((((((.(((((((......((((.(((......))).))))........((....))...)))))))..)))))))))).(((((((((((((.....)))))))))))))..)))).))...))))))).))))))))))).)))))).).)))..))).))))))))))....))).)))).))))....((((((((((((.....)))))))))))).)))))))).)))))...)))))))))))........................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((............((..(....)..))..(((((((....))))))).))))).((((((((((.(((((....(((..(((((..(((((((((........................)))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))...))))).(((..(((..(((((((...)))))))))))))........)))).))))))(((((.............(((((((.((((((((((...))))))))))...)))))))..........)))))................((((((....)))))).((((((((((((((......)))))).)).)))))).(((((((((((.......................((((.((...)).))))........((((((((.((((((((.(((...((((((.(((((((...(((((((...((.(((((((((................((((((....((((((((......(((...(((((((((((((((....)))))))))))))))..)))......))))))))..((((....)))).........))).)))..............))))))))).)))))))))..)))))))..)))))).(((((.((.(((..((..(((.(.((((((...(((..(((((((((............((((((((.((((.....))))))))))))..(((((.((((((((...)))))))))))))....))))))))).(((((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))).))).(((((((...................(((((((....).......((((((..((((((((..((((...((((((......)))))).((.((((..(((((....((((((..((....))..((((((((.........(((.......)))..........(((((((((...............................((((((...((((.(((((((......(((((.....((........)).......)))))..((((.....)))))))))))....)))).)))))).................(((((((....)))))))...............................((((((....)))))).......)))))))))...)))))))).............))))))...(((((((..((((..........((((((....))))))............................)))))))))))....)))))..)))).))..))))..)))))))).......(((..(((((((.....))))))).((((((......)))))).)))....))))))..............))))))...................(((((((....((.((((..((((((((((.(((((((......((((.(((......))).))))...................)))))))..)))))))))).(((((((((((((.....)))))))))))))..)))).))...))))))).))))))))))..)))))).).)))..)).))).)))))))....))).)))).))))....((((((((((((.....)))))))))))).)))))))).........)))))))))))........................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((............((..(....)..))..(((((((....))))))).))))).((((((((((.(((((....(((..(((((..((((((((((......................))))))))))..))))).......((((((((((((((((((.........))))))))).....)))))))))..)))...))))).(((..(((..(((((((...)))))))))))))........)))).))))))((((((((((((.....((((((...((((((((((...)))))))))))))))).....)))))))..)))))................((((((....)))))).((((((((((((((......))))).))).))))))..((((((((((........((((.((((((....(((..((...))..))).))))))..........((((((((.(((...((((((((((((((...(((((((...((.(((((((((................((((((....((((((((......(((...(((((((((((((((....)))))))))))))))..)))......))))))))..((((....)))).........))).)))....(((....)))))))))))).)))))))))..)))))))))).)))).(((((.((.(((((((((((....((((((..((((..(((((((((.............(((((((.((((.....)))))))))))..((((((.((((((((...))))))))))))))...)))))))))...(((((((((((.((((((((.......)))))))).)))))))))))....(((((((.............(((((.(((((((....).......(((((((.((((((((..((((...((((((......))))))....((((..(((((....((((((..((....))..((((((((.(((.....(((.......)))...)))....(((((((((.......(((((.((((......(((.....(((((((..((((.(((((((......(((((.....((........)).......)))))..((((.....)))))))))))....)))))))))))..........((((...(((((((....))))))).....)))).)))....))))))))).....((((((....)))))).......)))))))))...)))))))).............))))))...(((((((..((((.....((..(((((((....)))))))..)).((((.............)))).)))))))))))....)))))..)))).....))))..)))))))).......(((.((((((((.....))))))))((((((......)))))).)))...)))))))..............)))))))))))..............(((((((....((.((((..((((((((((.(((((((......((((.(((......))).))))........((....))...)))))))..)))))))))).(((((((((((((.....)))))))))))))..)))).))...))))))).))))))))))).))))))))))))...))))).)))))))....))).))))).))))))).(((((((((((.....))))))))))).....))))))))))...((((((((....))))))))................