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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00617



RNA: CRW_00617
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((......(((((..((((..((((((....))))))))))........((((((....(((((..(((((((.......((.(((((.(((......)))))))).))...............)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))...........((((((((.....((...((((...))))..))...)))))))).)))))...))))))....))))).(((((((.....((((((..((((((............))))))..(((((((.(((((((((.((((((...........))))))....(((..........(((((...................))))).(((((........))))).))).)))..)))))))))))))....))))))..(((....((((((.....(((((....((((....(((((.((((((((((((((((........((((((...........)))))).((((....))))...)))))....))))))))))))).))).....))))....((((((((..............))))))))...)))))....(((((((((...........((((((....((........(((((((((((((((((.......((((((((((......))))))))))......)))))).))))..))))))).......))...))))))......((((.((.............))..((((...(((.(((((...))))))))..)))).)))).............((((((((((........)))))))))))))))))))..........)))))).)))..)))))))..))))......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............((((((((.......))))))))................(((.............(((((((........((((...((.((((......))))))...))))..........)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))....(((((((((((((((.(........((((...)))).....).))))))))...))))).))))).(((....(((((.(((((..................................)))))....)))))..)))...((((((...........))))))......................................((((((.....))))))............................(((((((((.................).))))))))........((((....(((..(((((((((((((((((.((((.(((.....(((((.......)))))......))).))))..)))))....))))))))))))..))).....))))....((((((((((.......))...))))))))................................((((((...........((((....(((((.((((((..(((..((((((((((......))))))))))..))).)))))).)))))..))))..............)))))).................................(((.((((((...........................................)))))).)))..((((((((.....))))))))......................(((((.......))))).
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.((((((((((.......)))))))................(((((.....((((((((((((((.((.(....(((.((.(.(((....))).).))....)))......).)).)))))))))(((((((.......(((((((...)))))))....)))))))..................((((((........))))))(((.........))).....)))))....))))).....)))))))((((((.....((((..............................(((..(((...((((..((((((...........))))))......................................((((((.....))))))..............)))).....)))...)))....(((..................)))((((.(.(((.((.(((......((((((....(((.(((((..(((.(((.....(((((.......)))))......))).)))...))))).))).............((((...((((.......(((((((..............)))))))..)))).......))))..............................((((((......))))))...(((......((((((((((......))))))))))......))).........))))))....))))).))).).))))......))).)))))))......((((((((......((((((...((((...........))))...(.......).........))))))((....(((((((.......)))))))..........))...............))).)))))....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((.....)))))))))(........).....(((((............(((((((.((.....((((.(.((.((((......)))))).).)))).......)).)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...)))))))))).....((((((((((((((.(.(((..(.((((...)))).))))).))))))))...))))).))))))(((....(((((((((((.....(.......)((((.(........).)))))))))...))))))..)))...((((((...........))))))......................................((((((.....)))))).....((((..(((((....(((.(((.(((((((((.(((.........))).).)))))))).))).)..((((((..(((..(((((((((((((((((.((((.(((.....(((((.......)))))......))).))))..)))))....))))))))))))..))).))..))))....(((((((((((.....)))...)))))))).)).........)))))...))))........((((((..(((......(((((...(((((.((((((..(((..((((((((((......))))))))))..))).)))))).))))).))))).........)))..))))))...............................(.(((.(((((((.......)..................................)))))).))).)((((((((.....))))))))......................((((((.....)))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(((.......(((((((((((...))))))......))))).....))).(((...[[[[[[[.)))..(((((.(((......)))))))).................]]]]]]].((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))......(((((..(((((((((........))))).))))...[[[[[[[[[......)))))..............]]]]]]]]]..............((((((....[[[.....))))))....]]].........((((((((((..........((((((((....((((.......((((.......(((((((....((((((.....))))))...........(((((..((((((((((((((((((......(((....)))....)))))))..(((.....)))....(((..(((((((((((((((((........((((((.(((...))).)))))).((((....))))...)))))....))))))))))))..))))))))))))))..(((((((((((.....)))...)))))))).)))))......))))))).............((((((..(((.........(((((((((((((((((.......((((((((((......))))))))))......)))))).))))..))))))).......)))..)))))).......))))......)))).....(((.((((...(((.(((((...))))))))..))))..)))........)))))))).......))))...((((((((.....)))))))).....))))))...........((((((.....)))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((.....)))))))))(((((((..(((..(((.((((...((((((((((((((((((....((((...((.((((......))))))...))))..))))....)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))....(((((((((((((((......(((.((((...)))).)))...))))))))...)))).)))...((((....(((((((((((.(((.((.((((.((...))))))...)).).)))))))...))))))..))))..((((((...........)))))).................(((((...((........))....))))).(((((........))))).((((((.((((((((((((((((((....................)))))))).(((.....)))....(((..(((((((((((((((((........((((((.(((...))).)))))).((((....))))...)))))....))))))))))))..))).)))))))))).)(((((((((((.....))))...))))))).))))).((((.(((((((((...........((((((..(((.........(((((((((((((((((..(((..((((((((((......))))))))))..))).)))))).))))..))))))).......)))..)))))).......(((.((....)))))....(((.((((...(((.(((((...))))))))..))))..)))..............(((((((((.((...))))))))))).))))))))).))))..))))).))..)))).)))..))).)))))))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((.....{{))))))(((........)))...((((}}.....((((..(((((((.........((.....(((dd....))).DD.......))...........)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))......ccc..((((((((......((((........))))......)))))))).))))CCC...))))(((....(((((((((((..................................)))))...))))))..)))....(((((...........)))))..................((...................bbbbbb))...BBBBBB.............................((((((......................)))))).........((((((..(((..(((((((((((((((((.((((.(((...(([[[[.......))]]]]......))).))))..)))))....))))))))))))..))).))..)))).....((((((................))))))..............((((((((...........((((((..((..........((aaa..(((.((((((.......((((((((((......))))))))))......)))))).)))...))AAA..........))..))))))..............................((((...(((.((((.....)))))))..)))).....................((((((........<<))))))...))))))))>>......................(((((.......))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((.....)))))))))................(((((....(((((..((((((((((.....((((....(.((((......)))))....))))...)))....))))))).(((((((((......(((((((...)))))))...)))))))))............((((((((..........((((...)))).......)))))))).)))))...))))).(((....(((((((((((.(((.((.((((.((...))))))...)).).))))))))...)))))..)))...(((((.............)))))......................................((((((.....)))))).....(((((.((((((.((((((((((((((((((....................)))))))).(((.....)))....(((..(((((((((((((((((........((((((.((.....)).)))))).((((....))))...)))))....))))))))))))..))).)))))))))).)(((((((((((.....))))...))))))).))))).(((..(((((((((...........((((((..(((.........(((((((((((((((((..(((..((((((((((......))))))))))..))).)))))).))))..))))))).......)))..)))))).......((.(((....)))))....(((.((((...(((.(((((...))))))))..))))..)))..............(((((((((.(.....)))))))))).)))))))))..)))......))))).......((((((.....)))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((.....))))))))).....((((......((((((....(((((..(((((((((((....((((...((.((((......))))))...))))..))))....)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))...........((((((((......(((.((((...)))).)))...)))))))).)))))...))))))(((....(((((((((((.((..((.((((........))))...))...))))))))...)))))..))))))).((((...[[[[[[[[.(((((((...((((.(((...((((..........(((.....((((((.....))))))....(((((.((((((.((.((((((...((((..((((((....(((....)))...((..((((((....((((....(((..(((((((((((((((((........((((((.(((...))).)))))).((((....))))...)))))....))))))))))))..))).....))))..))))))..))....))))))...))))..)))))).))......))))))..)))))..)))..((((((..(((.........(((((((((((((((((..((...((((((((((......))))))))))..))..)))))).))))..))))))).......)))..)))))).......)))).)))..)))).....(((.((((...(((.((((.....)))))))..))))..)))..............)))))))..))))...((((((((.....)))))))).....]]]]]]]].........((((((.....)))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((((((((.....)))))))))....(((.........(((((....((((((.(((((((((((....(((.......((((......))))......)))..))))....)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))...........((((((((......(((.(((.....))).)))...))))))))))))))...)))))((((....(((((((((((.(((....((((.((...))))))......).))))))))...)))))..))))..((((((...{{{{{{{{))))))......................................((((((.....))))))..(((((....(((((..((((((((((((((((((......((([[[.)))]]].)))))))).(((.....)))....((((.(((((((((((((((((........((((((.(((...))).)))))).((((....))))...)))))....))))))))))))).))).))))))))))..(((((((((((.....))))...))))))).))))).((((.(((((((((...........((((((..(((.........(((((((((((((((((..(((..((((((((((......))))))))))..))).)))))).))))..))))))).......)))..)))))).......((.(((....)))))....(((.((((...(((.(((((...))))))))..))))..))).............((((((((((.((...))))))))))))))))))))).)))).}}}}}}}})))))....<<<<<<..)))>>>>>>.
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RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(....((((..((((((.(........)))))))....((.((.(.((((((((..(.(((((((((((((((((..((((((((((((.(((((((..)))))).((...))...))))))))((...(((((((((((((.....(((((((...)))))))..))))))))))).))....))..((((((((((..........))))..((((...)))).)))))))))))...........))))))).))))))(((.(....)))).)))).)))))))))).))))))))...(((((((((((.((((((((((((......((..))((((.(....(((((.............)))))...)))))((((((((.....)))))))))))))))..)).)))....))))))).))))(((((..)))))((((..(...(((((((...).).).)))).)((((((((..))).(.(((.((((((((((((((.(.(((((.............))))).)))))))))).))))).)))).)))))(((((((.............))(((((((((((((...)))))...)))))))..((((.(((..(((((((((.((((((.((..(((((..(((.((((((((((..)))))))).(((((((((..((((((((((((..))))))))))))..)))))))))..(((((..))))).....)).)))..)))))))))))))((...((..))..))((..))..((((.(.(((.(((((...)))))))).)))))...(((((..((..))..))))).(((((((..)))))))((..)))))))))))..)))....)).))).)))))....(((..))))))).)..
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .........................................(((........(((((.....((((..(((((((...................................................)))))))((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))...........((((((((.(........(((.....))).....).)))))))).))))....))))).(((....(((((.(((((.(((.((..((..(.....).))....)).).)))))))....)))))..))).)))........((((((((.((((((....((((.......((((....((((((((((.....(((((.....))))).....................((((((...((((..(((((...((....))........(..((((((....((((....(((..(((((((((((((((((........((((((.(((...))).)))))).((((....))))...)))))....))))))))))))..))).....))))..))))))..)......)))))...))))..)))))).........))))).))))).........((((((..(((.........((((((.((((((((((..((...((((((((((......))))))))))..))..)))))).))))...)))))).......)))..)))))).......))))......)))).....(((.((((...(((.(((((...))))))))..))))..)))...............)))))).........((((((((.....)))))))).....)))))))).........((((((.....)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((.(((((((((.....)))))))))....(((((.(((..(((..(......(((..((....((((((((.((((...((.((((......))))))...)))).....((..........((((((((((......(((((((...)))))))...))))))))))....(((((((((((((((......((..((((...))))..))...))))))))...)))).))).)).)))))))).((.....))..)).))).....)..)))...)))..)))))....))))............((((((((((......((..((((((((....((((.......((((....((((((((((.......(((((((((((........)))))...)))))).((((((...((((..((((((.(((....)))......((..((((((....((((....(((..((((..(..((((((((........((((((.(((...))).)))))).((((....))))...)))))....)))..)..))))..))).....))))..))))))..))....))))))...))))..)))))).........))).))))))).........((((((..(((.........(((((((((((((((((..((...((((((((((......))))))))))..))..)))))).))))..))))))).......)))..)))))).......))))......)))).....(((.((((...(((.(((((...))))))))..))))..)))........))))))))..))...))))...((((((((.....)))))))).....))))))...........((((((.....)))))).