RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00618

RNA: CRW_00618
Rfam family: Intron_gpI

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CMfinder(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.(....).))))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(......(((((((.(....).))))))).............((((.(((....))).))))...............).....(((...((.((((((((..............))))))))..))..)))......((((((((((((......(((((((..(.......)...((((((..(.((((((.......))))))...)..)))))).)))))))........................(((((((((....)))..)))))).....)))))....)))))))....................................
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............((((((((.(....).))))))).).............((((.....((((.............)))).....))))......(...........................................)....((((((................................................((((...(((................)))...)))).................................((((...............))))...)))))).....................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..((((((...(((((((.(....).)))))))........................((((............)))).))))))..).(....((((((((((((.........))))))............((((.....((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((..(......((((.....))))....)..)))))).))))))).....................((.((((((............)))))).))..)))))....))))))).....))))................))))))...).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((((((((.(....).)))))))............(((((.(((....))).))))).........).))))))((.(((..(((.(((((((((............)))))))))..))).))).))((.((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((..(.(((((((.....)))))))...)..)))))).)))))))(..........)............(((((((((....)))..)))))).....)))))....))))))).)).................................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................((......).............................................................................................................................................................................................(...........................................)...............(.................).....................).....(..(....)..).
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.[[[..)))..]]]........(((((.[[[[[.)))))......]]]]].........((((...(((.(((..(((...((((((((......))))))))........))).))).)))..(((((((......((((.(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))(((....))).........)))))))))))))))))))).....))))...........................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((..(((((((((.((...))))))))).((......)).(((((.(((....))).))))).......((((...))))..))..))))).((((((((............)))))))).......((((..((.((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).))))))).((..(((..((.(((..((((....))))....)))))..))).))......)))))....))))))).))..))))...........................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((........)))))))...............[[[...........................))))))]]].((...(((((((((((..............))))))........(((...((.((((((((((((......(((((((..............((((((....(((((((.....)))))))......)))))).))))))).........................(((((............)))))......)))))....))))))).))...))).................)))))...))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((.......(((((.(....).)))))..))....)).......((((......))........................................................................................................................))..................................................................................................................................((........(((..)..))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........(.(((((((.((...))))))))).((......)).(((((.(((....))).))))).......((((...))))...)....(((((..(((((............)))))..........(((...((.((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).))))))).........................(((((.((....))...)))))......)))))....))))))).))...))).................))))).....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((........)))))))......(((((.......))))).((((............)))).))))))..........(((((((((.[[[[[[[[[............)))))))))(((((((.......(((((......(((((((.(((.....)))..((((((.......((((((...)))))).......)))))).)))))))....]]]]]]]]]...........((((((............)))))).....)))))...)))))))((((......)))).......................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((...(((...............)))...))))))(((...(.(((...................................))).)..))).(...).......)))).))(((((((.........................................................................................................................................)))))))......(...((....))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................((((((....((((((...(((...............)))...))))))(((...(.(((...................................))).)..))).(...).......)))).))(((((((.........................................................................................................................................)))))))......(...((....))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((.((...)))))))))............(((((.(((....))).))))).........[[))))))....]]...(((((((((((((......))))))).............((((..((.((((((((..........(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))....((......)).....)))))))))...)))))))).))..))))................)))))).....
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.((...)))))))))(((......)))(((((.(((....))).))))).......((((...))))........((((((((((((............)))))))........((((.....((((((((((((.{{{{.(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))........((((.(((........[[[[[[[[[.)))]]]..]]]]]].)))))))))}}}}))))))).....)))).................))))).....
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((...(((((...........(((((......(((((.......)))))..)))))...........((((...))))..)))))..(((((((((......................))))))))).......((((((((((((......(((((((..............((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))........................((((((............)))))).....)))))....))))))).))))).)))).........................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................(((((.....((((((...(((...............)))...))))))(((..................................................)))..............))).))(((((((.........................................................................................................................................)))))))......(...((....))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((.(....).)))))))............(((((.(((....))).)))))...........))))))....((...(((((((((((((......))))))).............((((..((.((((((((..........(((((((.(((.....)))..((((((..(.(((((((.....)))))))...)..)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))....((......)).....)))))))))...)))))))).))..))))................))))))...))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((....(((((((.((...)))))))))..............(((((.((..((((............))))....)))))))...))))).((((((((............))))))))...))).((((..((.((((((((..........(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))....((......)).....)))))))))...)))))))).))..))))...........................
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((((((((.(....).))))...(((......)))(((((.(((....))).)))))......)))).))))))....((...(((((((((((((......))))))))............((((..((.(((((((......((((.(((((((.(((.....)))..((((((..(.(((((((.....)))))))...)..)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))....((......)).....)))))))))))))))))))).))..)))).................)))))...))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(...)(..).(((...(.((((((.((........).).)))))).)(......).(((((((........)))))))..(..(((((((.((((((((((((((.((((...))))))))))))).))))))))))))..)((((((((((((.(...............).).))))).(((((((((((((..))))))(((((((....))))))).(((...)))......)))))))..(.(((......)))(((.(((..(((...)))..))))))..)...))))))(((((.((.((..)))).)))))((......)).)))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(................)............
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((.(....).)))))))............(((((..((....))..)))))...........)))))).........(((((..................................((((..((.(((((((...........(((((((.(((.....)))..((((((..(.(((((((.....)))))))...)..)))))).)))))))...(((((((((......((((....))))...................)))))))))....))))))).))..)))).................))))).....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............(((((((.((...)))))))))..((((.((((((((((..((....))..))))).........((((...(((..((..(((.(((((((((............)))))))))..))).))..)))..((((((((((((......(((((((.(((.....)))..((((((....(((((((.....)))))))......)))))).)))))))....(((((.((.(((..((((....))))....)))))..))))).......)))))....))))))).....))))........))))).)))).........
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((...(((((((........)))))))......(((((.......))))).((((............)))).)))))).(((......(((((((((......................))))))))).(((....))).....)))..(((....))).(((.....)))...((((((....((((((.......))))))......)))))).....((((..........))))...((((....)))).((((.(((((.............))))).........((((......))))...))))................
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.((((.....((((.((...)))))).(((....))).)))).(((..((....))..))).........(((.....)))...))))..(((((((((......................))))))))).(((....)))...(((((...(((([[[..))))......))))).]]].....((((..((((.aaaa))))......AAAA))))....((((..{{{{{...))))...}}}}}.((((((......<<<<<.))))))......>>>>>..((((...((((......))))...(((.....))).))))....

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