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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00619



RNA: CRW_00619
Rfam family: Intron_gpI

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...((..(((((....(((((..(((((.(((.((((((((.(....).))))))).).)))..))))).....(((...(((................))).....(((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).)))...)))..(((((....))))).......)))))....)))))((((((((.(((((((..(((...((((((((.((...((((((.((((((((....((((((....))))))........................((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))......))))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..((((..((....((.....))....))..))))..))))..)))))).....)))))))).)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((......((((((..((((((((((.(((((((........)))))))........))))).)))))...((((((((..((.(((..(((((((..((((..((((.(((((..((((.(((............))).))))...)))))...((((..(((((..(((((....))))).......)))))...)))).))))..))))(((((((..(((...((((((((......((((((.((((((((....((((((....)))))).((((..............)))).((((((((((..(((((..(((..(((((((....)))))))...)))..))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))........))))))))..((((....)))).)))...)))))))...).)))))).....))).))..)).......((((..((((..((....(((...)))....))..))))..)))).)))))).)))))).))))))....
Carnac(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................((((((....((((((...((((..............))))...))))))(((...(((((((...........................)))))))..))).............))))))................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.....).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((........................((..(((((((.(....).)))))))...))..........((((.......)))).....................(((.(((..(((((.(((((.(((..(.......).))).)))))..))))).))).))).(((((....(((....)))......(((((((...(((.....((((((....))))))......((((((.............)))))).........((((((....))))))........................((((((((((.....((.........(((((((((.....))))))))).)).......((((((((...........))))))))....))))))))))...)))..))))))).(((((((.((((............)))).))))))).............))))).................))))...................................................(((((.......)))))........
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(.((.....)).)(((((...((((...((..(((..(((((.............................(((((.....((((.............))))...(.(((((((......(((((.........)))))..))))))).).....((((((...(.(........).)...))))))......(((((((......((.((..(((....)))...)).))..................(((((.............((((((....))))))....(((((..(((....(((....))).....)))..........)))))((((((((.....))))))))(((((((....((((((((...........)))))))).....))))))).....))))))))))))..)))))...((((((.......((((....))))........)))))).....................))))))))...))...))))..((....))......)))))(((.........))).(((((.......)))))........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.....(..........((.(((..(((((((.(....).)))))))...)))........(((((.......)))))..................))(((.(((..(((((.(((((.(((..(.......).))).)))))..))))).))).))).(((((...((((....)))).....(((((((..((((.....((((((....)))))).((...((((((.............))))))....))...((((((....))))))........................((((((((((....((((........(((((((((.....)))))))))))))(....)((((((((...........))))))))....))))))))))...)))).))))))).(((((((.((((((......))..)))).))))))).............))))))..........)))..)))))........................((.....))..................(((((.......)))))........
DAFS(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................(............................................(......................................................)..............................................................................................................................................................................(..........).....................................................................................................................((.....)).......)(((....)))...............................................................................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((...))))..............(((..(((((((........)))))))...))).((((.[[[[[.)))).......]]]]].................(((((((....[[[[[[[[...............)))))))......]]]]]]]]((((..(((((..(((((....))))).......)))))...))))..((((((((.(((((((..(((...((((((((.............((((((.(((..((((((....)))))).((((........)))).)))...((((((((((....((((.(((.((((((((....))))))))..))).))))(((...((((((((...........))))))))))).)))))))))).....)))))).....((((...)))).))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..(((((((.....(((...)))..)))...))))..))))..)))))).....))))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....((((((((..(((((.(((..(((((((........)))))))...)))..))))).(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).(((((....)))))....(((((((..((((.(((.((((((....)))))).((...((((((.............))))))....))...((((((....)))))).((((........))))........(((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))).))))))).))))))).(((((((.((((..((....))..)))).))))))).............)))).))))))))).((((......))))...((((..((((..((..(((((...))).)).))..))))..))))(((((.......)))))........
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((.......((...............(((((((........)))))))................((.......{{))...............}}......((.(((..(((((.(((((.((..............)).)))))..))))).))).))...........................(((((((..((((...........................((((((.............)))))).........((((((....))))))........................((((((((((...............((((([[[[..)))))]]]]..............((((((((...........))))))))....))))))))))...)))).))))))).(((((((.((((............)))).)))))))...............))............)))..)))))...................................................(((((.......)))))........
MXScarna(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................................(((....((((.......))............................................(..((((.........................)))).......)...............................................................................................................................................................................)).............................................................)).....................)...............................................(((((((......................................................................).......))))..))
Mastr(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....((((((((..(((((.(((..(((((((........)))))))...)))..))))).(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((..(........)))).)))))..))))).))).))).)))))).(((((....)))))....(((((((..((((.(((.((((((....)))))).((...((((((.............))))))....))...((((((....)))))).((((........)))).......((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))))))))).))))))).(((((((.((((..((....))..)))).))))))).............)))))).))))))).((((......))))....(((..((((..((..(.(((...)))..).))..))))..))).(((((.......)))))........
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((...))))((((((.........(((((((((((((..........(((((..))))).....(((((.......))))).........((((((.....(((((((......((((((...))))))......)))))))......(((((((....................))))))).....(((((((...(((((((.(((((((..)))))))......((((((.............))))))........)))))))..................................((((((((((....((((........(((((((((.....)))))))))))))......((((((((...........))))))))....))))))))))........))))))).(((((((......................))))))).........[[[[[[[.))))))...))))))))...((((......................(((...))))))).................)))))))))))]]]]]]]....
PETfold_2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(......................)...........................((((((....((((((...(((................)))...))))))(((...(.((((.............................)))).)..))).(...).......))))))(((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..........(.....).
PETfold_pre2.0(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(......................)...........................((((((....((((((...(((................)))...))))))(((...(.(((...............................))).)..))).(...).......))))))(((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..........(.....).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..(((((....(((((..(((...(((..(((((((........)))))))...)))((((((..(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).)))))).........)))...)))))....)))))((((((((.(((((((..(((...((((((.((((...((((((.((((((((....((((((....))))))........................((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))......))))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..((((..((....((.....))....))..))))..))))..)))))).....)))))))).)).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((....((((((((..(((((.((((.(((((((.((...))))))))))..)))..)))))((((((.......))))).).........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).(((((....)))))....(((((((..((((.(((.((((((....))))))(((...((((((.............))))))....)))..((((((....)))))).((((.((...)))))).......((((((((((((((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........)))))))).)).))))))))))))))))).))))))).(((((((.((((............)))).))))))).............)))))).))))))).((((......))))...((((..((((......(((((...))).)).....))))..))))(((((.......)))))........
RNAalifold(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................(((((.....((((((...(((................)))...))))))(((..............................................)))..............)))))((((((..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))..........(.....).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..(((((....(((((..(((...(((.((((((((.(....).))))))).).)))((((((..(((((.......)))))...........((((...(((((.(((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))).))).)))))).)))))).........)))...)))))....)))))((((((((.(((((((..(((...((((((((.((...((((((.((((((((....((((((....))))))........................((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))......))))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..((((..((....((.....))....))..))))..))))..)))))).....)))))))).)).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((..))).(((..((.((((((...))))))))..))).(((((.((((((((((((......)))).(......)..((((.............).)))((((.(((((((.(((((((((((..((((..((..))..))))..))))).)))))))))))))..(((((.((.((........)))).)..))))..))))..)))))).))...))(........).((((((.............))))))...(((((((((((......)))))(((((........)))))(((((((...))))))).(.((((.((((((((((((....))))))))).))).)))).((((((.((((((.(((..)).).)))))).(((.((((((.((((...((((((..(....)..))))))(((((...)))).))))).....(((((.............))))).(((((.............)).)))))))))))).(((........))))..(....)(((...........))).)))))....).)))))))))
RSpredict(seed) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((.....................................................................................................................................................................................................))............................((..........(.(((..............((.(.(.................(((...................))).........................).).)).............))..).)..(...........((..(......................).)).........).............................).).(.((......(......................(..((.(......(..............................)..).))..).......).....)).)...................
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................(((.((((((((.(....).))))))).).))).............................................(((..((..(((((.(((((.((..............)).)))))..))))).))..)))...........................(((((....................................................................((((((....))))))...(..........).........((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....)))))))))).........)))))..(((((((..(((............)))..))))))).............................................((((..((((..((....((.....))....))..))))..)))).........................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((..(((((....(((((..(((...(((..(((((((........)))))))...)))((((((..(((((.......)))))...........((((...(((((..((..(((((.(((((.(((............))).)))))..))))).))..))).)))))).)))))).........)))...)))))....)))))((((((((.(((((((..(((...((((((.((((...((((((.((((((((....((((((....))))))........................((((((((((..((((((.(((.((((((((....))))))))..))).)))).))...((((((((...........))))))))....))))))))))..)).)))))).)))..)))......))))))))))..((((....)))).)))...))))))).(((.(((........((((......))))...((((..((((..((....((.....))....))..))))..))))..)))))).....)))))))).)).