RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00620

RNA: CRW_00620
Rfam family: Intron_gpI

			AGGGGAUAUGGCGGAAUUGGUAGACGCUACGGACUUGAUCGAAUUGAGCCUUGGUAUGGAAACCUACCAAGUGAUAGCUUCCAAAUCCAGGGAACCCUGGGAUAUUUUGAAUGGGUAAUCCUGAGCCAAAUCCGGUUCAUGAAGACAAUGUUUCUUCUCCUAAGAUAGGAAGGGGAUAGGUGCAGAGACUCAAUGGAAGCUAUUCUAACGAAUGAAUCUCAUUUGGUCCAAUACUGUAGUUACUGUAGUUAUAGAACGAUCUAUUUACACCUCAAAAAUGGAGAGAGAUGUUAUAUAACAUCAGACAAAACUGGCGAUCAGAACUCGUUCCAAGCAUUUUAUUCAUAAGAUAGAUGCCAGAUUCGAGUUGAAGUACUGAUUUGACAUUAAGUAAUCCAAUUAUGAACUUAUCUACUCUAGAUGAAUAAUUUAAUUAUUUUUUGGAAUAAAUGGUUGGACGAGGAUAAAGAUAGAGUCCAAUUCUACAUGUCAAUGUAAACAACAAUGCAAAUUGCAGUAGGAGGAAAAUCCGUUGGCUUUAUAGACCGUG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	.................................((((((...)))))).(((((((.(....).))))))).....((((((.....(((((...(((..............)))...))))).(((..((((..(((..............................)))..)))).)))...[.[[[[[...))))))((((((..............................................................................................................................................................................................................................................................))))))......]]]]]]..((((((.(((........))).((((....))))..))))))............................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((.((((((..((((((((.....(((((((....((((((((.(((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).)).(.((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)))....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....(((((.((((.((..((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....)))))).)).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..((((((((((..(((.....)))...(((......)))))))..))))))..))..)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((.....(((((.((((((((...(((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))......(((.((((((((((...))))).))))).....)))...))))).))))))))))).............)))))))))))...((((((((((..(((((..((.....(((((((((...((((...((((..((..((((((....))))))..............(((((((((((.((...((((((............))))))..))..))))))......)))))))..))))......(((((((((....(((((((...))))))).........((((((....))))))))))))))).))))....))))))).))..)).)))))......((((........)))))))))))))).........)))).)))))))))...)))).
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....................................)))))..........................((((((....((((((..((((.............))))...))))))(((...((((((..................................))))))..))).............)))))).............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((((((....)))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((..........(((((((....(((((((.((((.(((((((.(....).))))))).(((((((((((..((((((....))))))...........(((......((((((......))))))................((((((.....)))....)))............)))..))))))))))).............))))))))))).....)))))))...........((((....)))).......................((((((....))))))................(..((((((......(((((.(((.......))))))))......))))))........)...............................((((.....))))..............................(((((((...............)))))))))....................................(((......)))...................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((.....((((((..........(((((((....((((((((.(((.(((((((.(....).))))))).((((((((((...((((((....))))))......(((((.((................)).))))).(((((.......)))))(((((...)))))........................)))))))))).............))))))))))).....)))))))..(((..((((((.((((.(((.(((.((.........)).))).))))))).))))))..)))...................(((((.((((.(((.((((((.................................(((..(....(((.........)))....)..)))...........((((((...)))))).....))))))))).)))))))))..................((((((.((.((((................))))))))))))......))))))...........)).).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(((..........(((((((..(((((((((.((((.(((((((.(....).))))))).(((((((((((..(((((((..)))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))......(((.(((((((((.....)))....))).))).)))...))))).)))))))))))(....).......))))))))))).))..)))))))..((......(((((....)))))......(((.......)))...(((((((())))))))))...........((((((((((((.((...(((((.((((.....)))))))))..))..))))))......)))))).........((((...((((((....((((((.....))))))))))))...))))...............(((((((...............)))))))))).))))))...............((.....))....(((......)))...................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................(.......................................................................................................................................................................................(.................)...........................................................................................................(.........................................).............................................................((.....)).......)(((........................................)))...................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((((((((.....(((((((....((((((((.(((.(((((((........))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((.....((((((......)))))).........(((.((((((((((...)))).)))))).....)))...))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))...(((((..(((((....))))))))))((((.........(((.((((((....))))))........((((...))))..)))..(((((.(((((......(((((..((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..)))))))))))....))))).))))).)))).............)))))))).))))))..(((((.[[[[........)))))...(((......)))]]]]...............
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((.....(((((.((((((((((((((...)))))).(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))...........(((...))).(((((......))))).(((.(....(((.(((((((((.........)))))).))).)))....)))).)))))))))))....(((((((...))))))).(((..((((((((((..(((((..(((((....)))))))))).(((.......)))...((((((....))))))........(((.....)))..(((((.((((.(((((.((((.(((((..((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..)))))))))))))))))))).)))))))))((((....((((((...))))))..))))...(((........))).))))))))))...)))...)))).)))))))))...)))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..((((((((.....(((((((....(((((((.((((.(((((((........)))))))..((((((((((..((((((....))))))...........(((.......(((((......)))))..................((((.......))....)).............)))..))))))))))..............))))))))))).....))))))).......((((((.(((...((.......................))[[))).))))))]]......................(((((.((((.(((((.(((((.(((((....................................................................................))))).)).)))))))).)))))))))..............)))))))).))))).............................(((......)))...................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................(((......)).................................................................................................................................................................................................................................................)............................................................................................(((...(((............))).....).))................((((...................................(((....)))................))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..((((((((.....(((((((..(((((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))...........(((...)))((((((......))))))...........((((((.(((((...)))))))))))...((......))....))))))))))).............))))))))))).))..)))))))...(((((..(((((....)))))))))).(.(.......).)...((((((....))))))........(((.....)))..(((((.((((.((((.(((((...(....((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..))))))..)..))))))))).)))))))))..............)))))))).))))))..............(((.....)))...(((......)))...(((......).))...
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........((((...........))))(((((.(((((((..(((((.(((((((........))))))).(((((((((((..(((((((..)))))))..........(((((.((((((((((......)))))).(((((.......)))))(((((...)))))...))))..........))))).)))))))))))....(((((((...))))))).......(((((((...))))))).(((((....)))))......)))))...........(((((((..)))))))............)))))))((((((......((((((............))))))......))))))....(((((..(((((((.......(((((........(((((((...)))))))................)))))......((((((((...............))))))))....))))))).....................))))).........))))).................
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....................................)))))..........................((((((....((((((..(((...............)))...))))))(((...(.(((....................................))).)..))).(...).......))))))(((((((......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..(())...((((((....)))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((....................................)))))..........................((((((....((((((..(((...............)))...))))))(((...(.(((....................................))).)..))).(...).......))))))(((((((......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))..(())...((((((....)))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....(((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))...((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)).....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....((((.(((((.((..((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....)))))).)).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..(((((.((((..(((.....)))...(((......)))))))...)))))..))...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(((((((([[[[.(((((((.....((((((..(((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((.(((((((....)))))).).........(((...)))((((((......))))))..........(((((((.(((((...)))))))))))).(((......)))...))))))))))).............))).))))))......)))))))...(((((..(((((....)))))))))).((((....).)))...((((((....))))))........((((...))))..(((((.((((.((((.(((((.((((...((((.((((((..(((......))))))))).)))).((((((..((((((....(((((((...)))))))))))))..)))))).))))))))))))).)))))))))..............)))))))).))))))..(((.....)))...............(((......)))......]]]].........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................................................................(((((.....((((((..(((...............)))...))))))(((...................................................)))..............)))))((((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))).........((((((....)))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....((((((((.(((.(((((((.(....).))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).)).(.((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)))....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....(((((.((((.((..((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....)))))).)).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..(((((.((((..(((.....)))...(((......)))))))...)))))..))...
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......).((((((.((.....((.((..))))...(((......)))((((((((((..))))))))))..(((((((((((((((((((..)))))).((((........)).....(((((((.((((((.(((..))).((...))((((.((((..))).)))))).))))))))))))..)).)))))))))))))((((((((((..))).(((((.((((((((.((((((((....((........))...)))))))).((((.((.((((....(((((((..)))))))..((...))(((((((((((((..))))(..)((((.(((.......))))))).(((((...)))))((..))))))).))))..((..)))))).)).))))...(((((...))))).(((((.....))))))))))))).))))).(((((((.............)))))))..(((((......))))).(((...(...).))).)))))))...)).))))))((.(......)))...
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((......................................................................................................................................................................................................................)..)...........................(...........(........(.......(...(....(.((............................................)).)......)...).....)...)....(..((.((((........................))).).))..)..............)....((((.(.........................(..(.(.(............................).).)..)............).))))...............(......)......
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....(((((((..(((.(((((((.(....).)))))))..((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))......(((..(((.(((((...))))))))..))).........))))).))))))))))..............))).))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........................((((((....)))))).............))))....((((.(((((.((((.(((((..........((.((((.....(........)...)))).))............((((.....(((((((...))))))).))))..............))))))))).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..((((((((((..((((...))))...(((......)))))))..))))))..))...
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((((((..((((((((.....(((((((....(((((((.((((.(((((((.((...))))))))).(((((((((((..((((((....))))))..........(((((..((.((((((......)))))).))...((.(((..(((.(((((...))))))))..)))..)).....))))).))))))))))).............))))))))))).....)))))))..((((..((((.....((((.........(((.......)))...((((((....)))))).............))))....(((((.((((.(((.((((((((.(((((((((..((.(((((((((...((((............))))...))))).)))))))))))).)))..)))))))).....((((((....))))))))).))))))))).))))..))))...)))))))).))))))..((((((((((..(((.....)))...(((......)))))))..))))))..))...

---