RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00621

RNA: CRW_00621
Rfam family: Intron_gpI

			GAUUGUAUUGAGCAUUGGUAUGGGAACCUGCUAAGUGGUAACUUCCAAAUUCAGAGAAACCCUGGAAUCAAAAAUGGGCCCUCCUGAGCCAAAUCCCUUUUUUGAAAAAACAAGUGGUUCUCAAAUGAGAACCCAAAGGAAAAGGAUAGGUGCAGAGACUCAAUGGAAGCUGUUCUAACGAAUCGAGGUGUAAUUACGUUGUGUUGGUAAUGAAACUCCCUCUAAAUUAUUAAAUUAGAGAAAGAAGGACUUUAUACAUCUAAUACACACGUAUAGAUCCUGACAUAGCAAACGAUUAAUCACAGAACCAGUAUCAUAACAUAGGUUCUUUAUUUAUUUUUUAGAAUGAAAUUAGGAAUGAUUAUGAAAUAGAAAAUUCUGAAUUUUUUUAGAAUUAUUGUGAAUCCAUUCCACUCGAAUAUUGAAUAAAAAAAUCCUUCAAUUCAUUGUUUUUGAGAUUUUUUAUUUUAAAAAGAAGAUUAAUCGGACGAGGAUAAAGAGAGAGUCCCAUUCUACAUGUCAAUACUGACAACAAUGAAAUUUCUAGUAAAAGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	(((...))).....((((((.(....).)))))).......(((((....((((.(...(((.............)))...).))))(((..((((.((((((............(((((((....)))))))....)))))))))).)))...[.[[[[[...))))).((((((..((....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))))......]]]]]]..((((((.(((((....)))))(.((......)).).))))))..
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((.((((((.((((((..((((((..(((......)))...((((.((.(((((.((.((.....((.(((.((((...((......(((.(((....))).))).(((((((....)))))))....))...))))..))).)).........(((((....)))))..)).)).))).))...(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).)))))....))))))..))))...(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))...........................)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((((((..((((((...(((((.((......((((...(((((.......))))).(((((((.(((................))).)))))))..........(((((((....)))))))....)))).(((((...((((..((.....(((((....))))).....))....))))..(((((((((((((..((((...(((((((((.........))))....))..)))..))))....)))))))).)))))...))))).)).)))))..(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...(((((((((.....(((...(((((((((....)))))))))..))).)))).))))).((((((.(((((((..............)))))..)).))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................))))))......(((((....))))).)))))....))).)))).....
Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...........)))).................((((((....((((((...((((...........))))...))))))(((...(((((((.......................................)))))))..))).............))))))..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...((....))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.(((.((.((((((................((((((..(((((.......))))).........(((..((.(((.(((..((((.(((((.............(((((((....))))))).....))))))))).))).))))).)))..)))))).................((......(((((((((((((......((.(((((((((.........))))))......))).)).......)))))))).))))).....))............(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((...........(((((((((....)))))))))......))).)))))).(((((((..(((((..............)))))..)..))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................)))))).))..))))))))))............................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(..(((((((....(((.((((((...(((((.((.(((.(((((....((((.(...(((.............)))...).))))(((......(((((((..........(.(((((((....))))))))...)))))))....))).............))))).)))............(((.((...((((.(((((..(((((..............)))))...((((((.(((.......))).....)))))))))))))))...))))).)).)))))..((((((((((.((((((..............)))))).)......((((((((((((((...((((((.((........)).(((((((((....)))))))))..........)))))).((((((((.(((((..............))))).))..))))))...))))))))))))))...)))))))))...................)))))).)))....)))))))..)(......((....))........).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((....(((....)))..((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..((((.((((((..........(.(((((((....))))))))...)))))))))).))).))))).)))).))))))...(((....)))...(((......(((((((((((((.....(((.(((((((((.((....))))))))......))).)))......)))))))).))))).....)))...........(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((.....(..((.(((((((((....))))))))).)).).))).)))))).((((((((.(((((..............))))).))..))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((............)...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.....))........(((....))))............................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(((((..((((((...(((((........((((((..(((((.......)))))........((((.....(((.(((..(((((((.(((....))).))).(((((((....)))))))..........)))).))).)))...)))).))))))..((((....))))..(((......(((((((((((((..(((((..(((((((((.........))))))......))).)))))....)))))))).))))).....)))....)))))..(((((((((..((((((..(((......))))))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..............))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...................))))))......(((((....))))).))))).................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.(((((.(((........)))..((((((..(((((.......)))))........((((..(((.((.(((..((((.((((((...........((((((((....))))).)))..)))))))))).))).))))).)))).)))))).((((((.((.((((((.(((....))).))).))).)).......((..((((((.........))))))..)).((((.(((((((.............)))))))))))...........(((((((((..((((((.((......))...)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((((.(((((..((......))..))))).)))..)))))...)))))))))))))))..)))))))))....))))))..........))))).))).))))))))))............................
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((....(((.........((((((....((.......[[))............]].....(((.(((..((((.(((...............(((((((....))))))).......))))))).))).)))........))))))..((((....))))..(((......(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).))))).....))).....)))...(((((((((..((((((..............))))))........((((((((((((((...(((((((((.....((....(((((((((....)))))))))))....))).)))))).((((.....(((((..............))))).......))))...))))))))))))))...)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................((((.((...((..............................................((((............(((.((((((....)))).))).))..........................................................................................................................................))))..).)...............................................................)).)......)))..........................................................................................(((.(.(.......(........))..).).))................(((((((....)))).........................)))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((................((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..((((.((((((............(((((((....)))))))....)))))))))).))).))))).)))).)))))).....(........(((.(((....))).))).....)............((((((.........)))))).....((((.(((((((.............)))))))))))...........(((((((((..((((((.((......))...)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((((.(((((..(........)..))))).)))..)))))...)))))))))))))))..)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((........((((((((((............((((((..(((((.......)))))..........(((........))).....((((((((............((((((((..))))))))....))))))))..................))))))................)))).....(((((((((((((.........(((((((((.........))))))......)))..........)))))))).)))))...(((((...........(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...((((((..............(((((((((....)))))))))..........)))))).((((((..(((((...........)))))[[[[[[[[[))))))...)))))))))))))))..)))))))))....)))))..........))))))........)))))))....]]]]]]]]]...............
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...........)))).................((((((....((((((...(((.............)))...))))))(((...(.((((.........................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))...(...((....))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((...........)))).................((((((....((((((...(((.............)))...))))))(((...(.((((.........................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)))))))...(...((....))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..((((((..(((......)))...((((.((.(((((.((.((.....((.(((.((((...((......(((.(((....))).))).(((((((....)))))))....))...))))..))).)).........(((((....)))))..)).)).))).))...(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).)))))....))))))..))))...(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...)))).))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))............................
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((((([[[[[...)))..((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..(((.(((((((...........((((((((....))))))).)..)))))))))).))).))))).)))).))))))..........................((((((((((((.........(((((((((.((....))))))))......))).{{{{{....)))))))).))))}}}}}........]]]]]..(((((((((..((((((..............)))))).....(.(((((((((((((((...(((((((((((..((((....((((((((....)))))))))))))).))).)))))).((((((((.(((((..............))))).)))..)))))...)))))))))))))))).)))))))))...................)))))).))).))))))))))............................
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................(((((.....((((((...(((.............)))...))))))(((..........................................................)))..............)))))((((((...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))...(...((....))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..((((((..(((......)))...((((.((.(((((.((.((.....((.(((.((((...((......(((.(((....))).))).(((((((....)))))))....))...))))..))).)).........(((((....)))))..)).)).))).))...(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).)))))....))))))..))))...(((((((((..((((((.((........)).)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))............................
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(((((.((((....((..((........)).))...))))))))).(((((.((.((((.(((..))).))))..(((((((((...(((((((((((..)))))((((((((((..)))))).))))...)))))).))))))))).(((((((((.(..(((((((.((((.(.(((.(..((((((.((....))))))))..)))).((((((.((...)).))))))....((..))..(((((.............))))).((((((.(...))).).))).).)))))))).)))..)))).((...)).(((((((.((((((........))))))(((((((..((...))(((.(((((((((...))).)))))).)))....).))))))(((((((.....(((((((((...(.((((..........))))).)))))))))....(((.......))).)).))))))))))))).))))).((((..((.((((......)))))))))))).)))))(..).....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................((.((.....(.(.(........(((.(.........(....(.(.........................(.((...............)).)...........)...)........).......).)))..)..)).((..((..(..(......................).)..))......))..............)).).).(..(....(..................(...(...(.........(.....................)...)...)......)...........)....)..)...(.(........)).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..(.((((........((((((..(((((.......)))))........((((..((.(((.(((..((((.((................(((((((....)))))))........)))))).))).))))).)))).))))))...(((....)))...(((......(((((((((((((......(..(((((((((.........))))))......)))..).......)))))))).))))).....)))....))))...(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....(((.....((((((((....)))))))).)))...))).)))))).((((((((.(((((..............))))).)))..)))))...)))))))))))))))..)))))))))................)..)))))).))).))))))))))............................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((((((.((((((..((((((.((.....((((((..(((((.......)))))........((((..(((.((..((..(((((((.(((....))).))).(((((((....)))))))..........)))).))..))))).)))).))))))..((((....))))..(((......(((((((((((((.....(((.(((((((((.........))))))......))).)))......)))))))).))))).....))).)).))))...(((((((((..((((((..............)))))).......(((((((((((((((...(((((((((....((((....((((((((....))))))))))))...))).)))))).((((((...(((((..((......))..))))).....))))))...)))))))))))))))..)))))))))...............))..)))))).))).))))))))))............................

---