RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00623

RNA: CRW_00623
Rfam family: Intron_gpI

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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................(((((((.(....).))))))).((......))...(((((.......))))).........(((..........)).((((((((((((...)))))))((((((......))))))................................((......)).....(((((.........)))))......((((((.(((((()))))).))))))..((((((((.....)))))))).((((.(((((((..(((((...((((((((((.......)...))))))))))))(((.....)))..))..)))))))..)))).................................)))))....((((...............)))))........(((((....))))).........(((((.......)))))......((((((...)))))).(((((.......)))))........
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........................(................)..............................................................................................................................................................................................................................................................(...).................................................................((..................)).............................(((((....))))).............................................................................
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((...((((.(((...(((.[[[[[))).))).)))).....]]]]]...........((((((((......((((((.....(((.(((..(((((((((((...)))))))((((((......))))))..........)))).))).)))..((((.......(((((((....))))...))).....(((((((((..((((((.((((....)))).))))))...(((((((((((((((((....((((.(((((....((((((...(((((((((((....)))..))))))))))))))..)))))....((((....)))).))))........)))))))))))).....)))))....)))))))))................)))))))))).....(((((....))))).........(((((......)))))..)))..((((((...))))))..)))))))))))))...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((..((.....))(((((((.((...))))))))).(((..(((.........)))..))).(((((((.......(((........))).((((((((((((....(((((.((((((......)))))).........(((((((...((.........))....)))))))....(((((.........)))))......((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((.(((((((..(((((((.(((((((((..((....))..)))))))))...)))........))))..)))))))..))))....)))))...))))))))))))))))))))))))))....((((...............)))))))))))..(((((....))))).........(((((......))))).((((..((((((...))))))...))))))))))))...........
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((<<<<<...((((((...(((((((........)))))))................((.......{{))............}}..............((((((((((...........((((((......)))))).......................................(((....)))............aaaaaa.....((((((.((((....)))).)))))).........(((((((........((((.(((((((...((((...(((((((((............)))))))))))))................)))))))..))))............)))))))........))))))))))AAAAAA................................[[))))))..]]...........(((.........)))...))))((((((...)))))).(((((..>>>>>)))))........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................((((((....((((.......))...............................................................................................................................................................................................................................................)).........................)).....................)))).............................................................................................................................(((((((....)))))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((....(...((..(((((((.((...))))))))).((......))...(((((.......))))).........(.((.(((((...((.....((((((((...))))))))(((((......))))).....))...)))))..)).)......))...).(......)....................(((((((((..((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((.(((((((..((((((...((((((((..((....))..))))))))))))))...............)))))))..))))....))))...)))))))))).............))))))))).....((((.........)))).........(((((....))))).........(((((......)))))..(((..((((((...))))))...)))..)))))))...........
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((............(((((((........)))))))(((......)))..........((((((..........(((((...(((((((((([[[[[[[[[[[[.........))))))....(((((((..........((((((..........(((((((((((...(((((((..(((((.........)))))......((((((..............))))))..(((((((((...))))))))).......(((((((((........)))))))))...))))))).............)))))........))))))......))))))...((((((((..............]]]]]]]]]]]]....((((...............)))).........(((((....)))))))))))))..)))))))...))))...)))))((((((...))))))..)))))))))))))...........
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ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((...(((((((.(((((((.((...)))))))))(((......)))..(((((.......)))))..............(((((..........((((((((...))))))))(((((...[[[)))))..........)))))...........)))))))(((....)))...................(((((((((((((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((.((((((.(((((((..((((((...((((((((............)))))))))))))).((((.....)))).)))))))..))))..))))))...))))))))))..........)).))))))))).....((((.........)))).........(((((....))))).........(((((]]]...))))).((((..((((((...))))))...))))))))))))...........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...................................................(((((.....((((((...(((.............)))...))))))(((........................................................)))..............)))))((((((.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))))..........(.....).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((........(.((((((((.(....).))))))).).)...((((........(((((...(((((((.....((.((.(((((...((......((((((.....))))))((((((......))))))....))...)))))..)).))..(((((.......(((((((....))))...))).....(((((((((..((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((..(((..((.((((((...((((((((..((....))..)))))))))))))).))))).....((((....)))).))))....)))))...))))))))).............)))))))))................))))).)))))))..(((((....))))).........))))).......)))).((((..(((((.....)))))...))))))))))))...........
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((((....(..)(((..)))(((((((((.((......)))))))))))((((((.((..(((.............)))...))))))))..(((((((((((..(..(((((((.(((((((((((((((((...)).((((((...........((.(......))).(((((.((((..((((.....)))).....)))))))))((.((........)))))))))))))))))))))))))..(((...(((.((((((..((((((((((........))))))).))).((((.((((..)))))))).....((..))))))))..)))..((((..))))))).....)))))))))))))))))))....(((((.............)))))((((..((.((((......)))))))))).(((((((.......)))))))((((((((((...)))))).)))).))))))))).(........)
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............................................................................................................................................................................(......(..........................))........................((((((.................((.......(....(..............((............)).........)....).......))...........................((......((...................)).......))............))))))..(.((....((................(....(......................)......)....))....)).)....................
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((...........(((((((.(....).))))))).((......)).................................................((((((((...))))))))(((((......))))).......................................((((....))))...........(((((((((...(((((.((((....)))).)))))........((((((((((.((....((((..(((.....((((((...((((((((..((....))..))))))))))))))...))).....((((....)))).)))).....))....)))))))))).............)))))))))...............................(((((....)))))................................((((((...)))))).......))))))))...........
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((((..........((((....((((((.(((.....(((......)))....)))........(((((((........((((((((...((......(((((((...)))))))((((((......))))))....))...)))))...)))...(((((.......(((((((....))))...))).....(((((((((..((((((.((((....)))).)))))).......((((((((((((((...((((..(((..((.((((((...((((((((..((....))..)))))))))))))).))))).....((((....)))).))))....)))))...))))))))).............)))))))))................))))).)))))))..(((((....))))).........))))))....))))...((((..((((((...))))))...))))))))))))...........

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