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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00629



RNA: CRW_00629
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((......))...((((((((......((((((.......((((....))))....))))))....((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.(....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))((...((((...(((.((((((((((....)))))))))).)))..))))..)).............))))))))...)))))..((((((.((.....))))))))....))))((((((((((....)))))))).))........(((((.......))))).).)))))))....)))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......))))).(((((((.((((..(((((.....(((((((....))))..))))))))...(((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((..((..(((((((..........(((((.......))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))...)).....)))...))))))).....((((...(((..(((((((((....)))))))))..)))..))))..((((....))))...))))))))...)))))..((((.((((.....))))))))....))))).((((((((....))))))))....))))...(((((.......)))))...))))))).......
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((.....)))............((((....))))..............((((.................(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.......))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))((....(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))(......).....)))))))).....((((((.....))))))..............))))..((((((((....))))))))..((((((((...(((.......))))))))))))))).......
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................((((((((........))))))))..((((((((...((((((....(((.....(((((((.(((..(((...((.((....))))..)))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........)))...))))))(((...((((...(((..........................)))..))))..)))............))))))))(((.....................)))...................((((....)))).................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((..(((((((...(((...........(((((((....)))....((((.(((...((((.................((((((((........))))))))..(((((((....((((((....(((....((((((((((((...(.((((.(((....)))))))....((((((.....)))).)))...)))....).))))))).)........)))...))))))(((...((((...(((.((((((((((....)))))))))).)))..))))..))).............)))))))(((..((((((.....))))))..))).........))))..((((((((....))))))))....))).)))))))).........)))...)))))))..)))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................(((((((.....)))((((.....((.((((....))))...))))))....(((((.................(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((...(......((((((.....)))))))((((((((((.....)))).(....)))))))...)))))))..........)))...)))))))((....(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))((....)).....))))))))(((..((((((.....))))))..))).........))))).((((((((....))))))))..((((((((...(((.......))))))))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((....[[[[[.[[[[[)))..]]]]].]]]]].(((((((....))))..)))..((((((((((..................(((((((((......))))))))).(((............(((....))).....(((((((.........((((((.......))))))((((((((((.....)))).......))))))...))))))).)))))))).)))))(((((((.(((...(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..((((....))))...))).)))))))..((((((.....))))))(((((.......(((((...((((((((....))))))))..[[[[[[[[...[[[)))))..]]]]]]]]]]].))))).....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......))))).((((((((....((((........))))(((....)))....((((((((((((((((................(((((((((......)))))))))................(((....))).....(((((((..........((((((.....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...))))))).)).))))).)))))..)))).(((....(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))).....(((((.((.....(((((..((((((.....))))))..)))))..)).))))).((((((((((....)))))))).))........(((((.......))))).).))))))).......
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......))))).((((((((....((((........))))((((.(((((((((((..((((((((((((................(((((((((......)))))))))................(((....))).....(((((((..........(((((.......))))).(((.((((((.....)))).)).))).........))))))).)).))))).))))).((((((.(((...(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..((((....))))...))).)))))).))))))))))).((((.....))))..............((((((((....))))))))..(((((...))))).........)))).).))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......))))).(((((((.....((((........))))((((.(((((((......)))))))((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((....[[[[[[[[................((((((........((((...)))).))))))...)))))))..........)))...))))))).....((((.......((((((((((....))))))))))......)))).................))))))))...)))))............]]]]]]]]........))))..((((((((....))))))))..(((((...))))).........))))...))))))).......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((.....[[[[[[[...(((((.(((.....((.((((....))))..(((((((((((((((((................(((((((((......)))))))))................((....)).......(((((((..........(((.(((....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...))))))).))).)))).)))))..))))))).....(((((..((.((((((((((....)))))))))).))..)))))..))).))))).........))))))))).((((((.....))))))...............((((.((((((((....))))))))..((((.....)))).........))))...]]]]]]].......
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......))))).((((((((....((((........))))((((.(((((((((((..((((((((((((................(((((((((......)))))))))................(((....))).....(((((((..........(((((.(....)))))).(((.((((((.....)))).)).))).........))))))).)).))))).)))))(((((((.(((...(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..((((....))))...))).)))))))))))))))))).((((.....))))......(((((...((((((((....))))))))..(((((...))))).)))))...)))).).))))))).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((..((((((((......((((((.......((((....))))....))))))(((.((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.(....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))((...((((...(((.((((((((((....)))))))))).)))..))))..)).............))))))))...)))))..((((((.((.....))))))))....))))..((((((((....))))))))...))).....(((((.......))))).).)))))))..)))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((..(((...((((....))))(((((.(((.....((.((((....))))..(((((((((((((((((............((..(((((((((......)))))))))((.....)).....))((....)).......(((((((..........(((.(((....)))))).((((((((((.....)))).(....)))))))...))))))).))).)))).)))))..))))).....))(((((..((.((((((((((....)))))))))).))..)))))..))).))))).........)))..)))).((((((.....))))))(((((...............((((((((....))))))))..((((((((....((.......)).)))))))).))))).....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((......))))).(((((((..(((((.((((.((..((((((((..))))).(.((((...((..))(((..((..))...)))......(((((((((.(((((....(.(((((((((((((((((.((..........))....((((((.((((..........))).).))))))........((((((((((..(....(((...)))...).....)).).))))))))))))).(..).(((((..(((((((((((........)))))))))))..))))).((.(......))).))))))))))))...)))((((((((((..(.(.(((........))).).))))))..))).))..))))))..)))))))))))))..))).).)))))))))))))).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((.(..(((((..((........((((....))))...(((((((((((((...................(((((((((......)))))))))...............................(((((((..........((((.((....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...))))))).....)))).)))))..))))........(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))..)))))...................((((((.....))))))....................((((((((....)))))))).............(((.......)))...)..)))))).......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............(((..(((((((...((((((((((.......((((....))))....))))))....((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.(....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))......(((((..((.((((((((((....)))))))))).))..)))))..((((....))))...))))))))...)))))..((((((.((.....))))))))....))))..((((((((....))))))))..((((.....))))...........)))).)))))))..)))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((....((((....))))...(((........)))((((....))))..((((..((((..((((.................)))).((((......)))).))))..)))).......))))))..((((....(((............))).(((((.......)))))..((((.((((.....))))....((((.......))))..((((((((....)))).))))...))))..((((.......((((((((((....))))))))))......))))..((((....))))....))))..((((.....))))...((((.....))))..........(((.((((((((....))))))))..((((.....)))).........))).(((.....)))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((..{{{.)))))....}}}.......(((........)))((((....))))..((((..<<<<..((((.................)))).((((......)))).<<<...))))>>>.....((((((.((((....(((.bbbbb......))).(((((.......))))).cccccc((((.....)))).))))..CCCCCC...BBBBBaaaa..)))...((((.AAAA........))))...)))....((((((((....)))))))).(((......))).((((....))))....>>>>..((((..[[[))))....(((]]]..)))...(((.....(((.((((((((....))))))))..((((.....)))).........))).(((.....)))..))).