|
|
|
AAACACUUGCAUGUUUUGCCGCAGCAACUCUGCGCCGAAAAGCAGCCCGAAAGGGUGAUGUGGUGCCCUUGGACAAAAAUAUUAAAUGCUAGUCCGGCCUUCUCACAGGCUGGGCGACACACUCAAACUGCGGGAAACCCCUAAAGCCUUCACUACCAAGCUUGUGUUUCGAAAGGACAUGGUGGCCAGGUUAAUUGCCUCGGGUACGGUCACAACGUGAAGGAUGUUCCAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGCCCCUACGUGUAGUGUCUGUAAUACUACAGACAUUUCAUAUGGGGAAGGUUCAGAGACUAAAUGGGUGUGGGUGCGUUACUCUUGAAGUGACAAGCUUAAGAUAUAGUCCGGCUUCAGUAGAAAUGCUGGAGAUCAGGUUCCACCUGUGAUUAAAACGGGAGCCUGCGGCUUAAUUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
(.....((((.(((......)))))))...).........((((((((....))))(((((.................)))))...)))).(((((((((......)))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..(((.(((.(((....)))))))))..((((((.....)))).))....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((...((((...(((.(((((((((......))))))))).)))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((..((((((.....))))))..))).......]]]]]].(((((((((....))))))))..(((((...))))).........)....................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((......))...((((((((......((((((.......((((....))))....))))))....((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.(....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))((...((((...(((.((((((((((....)))))))))).)))..))))..)).............))))))))...)))))..((((((.((.....))))))))....))))((((((((((....)))))))).))........(((((.......))))).).)))))))....))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((((((.((((..(((((.....(((((((....))))..))))))))...(((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((..((..(((((((..........(((((.......))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))...)).....)))...))))))).....((((...(((..(((((((((....)))))))))..)))..))))..((((....))))...))))))))...)))))..((((.((((.....))))))))....))))).((((((((....))))))))....))))...(((((.......)))))...)))))))....... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((.....)))............((((....))))..............((((.................(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.......))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))((....(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))(......).....)))))))).....((((((.....))))))..............))))..((((((((....))))))))..((((((((...(((.......)))))))))))))))....... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................((((((((........))))))))..((((((((...((((((....(((.....(((((((.(((..(((...((.((....))))..)))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........)))...))))))(((...((((...(((..........................)))..))))..)))............))))))))(((.....................)))...................((((....))))................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..(((((((...(((...........(((((((....)))....((((.(((...((((.................((((((((........))))))))..(((((((....((((((....(((....((((((((((((...(.((((.(((....)))))))....((((((.....)))).)))...)))....).))))))).)........)))...))))))(((...((((...(((.((((((((((....)))))))))).)))..))))..))).............)))))))(((..((((((.....))))))..))).........))))..((((((((....))))))))....))).)))))))).........)))...)))))))..))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................(((((((.....)))((((.....((.((((....))))...))))))....(((((.................(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((...(......((((((.....)))))))((((((((((.....)))).(....)))))))...)))))))..........)))...)))))))((....(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))((....)).....))))))))(((..((((((.....))))))..))).........))))).((((((((....))))))))..((((((((...(((.......)))))))))))))))....... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((....[[[[[.[[[[[)))..]]]]].]]]]].(((((((....))))..)))..((((((((((..................(((((((((......))))))))).(((............(((....))).....(((((((.........((((((.......))))))((((((((((.....)))).......))))))...))))))).)))))))).)))))(((((((.(((...(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..((((....))))...))).)))))))..((((((.....))))))(((((.......(((((...((((((((....))))))))..[[[[[[[[...[[[)))))..]]]]]]]]]]].)))))..... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).((((((((....((((........))))(((....)))....((((((((((((((((................(((((((((......)))))))))................(((....))).....(((((((..........((((((.....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...))))))).)).))))).)))))..)))).(((....(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))).....(((((.((.....(((((..((((((.....))))))..)))))..)).))))).((((((((((....)))))))).))........(((((.......))))).).)))))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((.....................((((....)))).......((...(([[[[.................(((((((((......)))))))))..[[[[[[[[..[[[[[[[...[[[......(((((((.........(((((.((....)))))))((((((((((.....)))).......))))))...))))))).......)).]]])).]]]]]]]((...((((...(((.((((((((((....)))))))))).)))..))))..)).............]]]]]]]].....((((({{{{.{{)))))....}}}}}}....]]]]..((((((((....))))))))....(((((....(((.......))).)))))))))))....... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).((((((((....((((........))))((((.(((((((((((..((((((((((((................(((((((((......)))))))))................(((....))).....(((((((..........(((((.......))))).(((.((((((.....)))).)).))).........))))))).)).))))).))))).((((((.(((...(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..((((....))))...))).)))))).))))))))))).((((.....))))..............((((((((....))))))))..(((((...))))).........)))).).)))))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((((((.....((((........))))((((.(((((((......)))))))((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((....[[[[[[[[................((((((........((((...)))).))))))...)))))))..........)))...))))))).....((((.......((((((((((....))))))))))......)))).................))))))))...)))))............]]]]]]]]........))))..((((((((....))))))))..(((((...))))).........))))...)))))))....... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((.....[[[[[[[...(((((.(((.....((.((((....))))..(((((((((((((((((................(((((((((......)))))))))................((....)).......(((((((..........(((.(((....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...))))))).))).)))).)))))..))))))).....(((((..((.((((((((((....)))))))))).))..)))))..))).))))).........))))))))).((((((.....))))))...............((((.((((((((....))))))))..((((.....)))).........))))...]]]]]]]....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).((((((((....((((........))))((((.(((((((((((..((((((((((((................(((((((((......)))))))))................(((....))).....(((((((..........(((((.(....)))))).(((.((((((.....)))).)).))).........))))))).)).))))).)))))(((((((.(((...(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..((((....))))...))).)))))))))))))))))).((((.....))))......(((((...((((((((....))))))))..(((((...))))).)))))...)))).).)))))))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..((((((((......((((((.......((((....))))....))))))(((.((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.(....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))((...((((...(((.((((((((((....)))))))))).)))..))))..)).............))))))))...)))))..((((((.((.....))))))))....))))..((((((((....))))))))...))).....(((((.......))))).).)))))))..))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((..(((...((((....))))(((((.(((.....((.((((....))))..(((((((((((((((((............((..(((((((((......)))))))))((.....)).....))((....)).......(((((((..........(((.(((....)))))).((((((((((.....)))).(....)))))))...))))))).))).)))).)))))..))))).....))(((((..((.((((((((((....)))))))))).))..)))))..))).))))).........)))..)))).((((((.....))))))(((((...............((((((((....))))))))..((((((((....((.......)).)))))))).)))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((......))))).(((((((..(((((.((((.((..((((((((..))))).(.((((...((..))(((..((..))...)))......(((((((((.(((((....(.(((((((((((((((((.((..........))....((((((.((((..........))).).))))))........((((((((((..(....(((...)))...).....)).).))))))))))))).(..).(((((..(((((((((((........)))))))))))..))))).((.(......))).))))))))))))...)))((((((((((..(.(.(((........))).).))))))..))).))..))))))..)))))))))))))..))).).))))))))))))))....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((.(..(((((..((........((((....))))...(((((((((((((...................(((((((((......)))))))))...............................(((((((..........((((.((....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...))))))).....)))).)))))..))))........(((((.(((.((((((((((....)))))))))).))).)))))..))..)))))...................((((((.....))))))....................((((((((....)))))))).............(((.......)))...)..))))))....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............(((..(((((((...((((((((((.......((((....))))....))))))....((((..........(((((..(((((((((......)))))))))..((((((((..(((((((...(((......(((((((..........(((((.(....)))))).((((((((((.....)))).......))))))...)))))))..........)))...)))))))......(((((..((.((((((((((....)))))))))).))..)))))..((((....))))...))))))))...)))))..((((((.((.....))))))))....))))..((((((((....))))))))..((((.....))))...........)))).)))))))..))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((....((((....))))...(((........)))((((....))))..((((..((((..((((.................)))).((((......)))).))))..)))).......))))))..((((....(((............))).(((((.......)))))..((((.((((.....))))....((((.......))))..((((((((....)))).))))...))))..((((.......((((((((((....))))))))))......))))..((((....))))....))))..((((.....))))...((((.....))))..........(((.((((((((....))))))))..((((.....)))).........))).(((.....)))...... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((..{{{.)))))....}}}.......(((........)))((((....))))..((((..<<<<..((((.................)))).((((......)))).<<<...))))>>>.....((((((.((((....(((.bbbbb......))).(((((.......))))).cccccc((((.....)))).))))..CCCCCC...BBBBBaaaa..)))...((((.AAAA........))))...)))....((((((((....)))))))).(((......))).((((....))))....>>>>..((((..[[[))))....(((]]]..)))...(((.....(((.((((((((....))))))))..((((.....)))).........))).(((.....)))..))). |