|
|
|
AUGGGUGAAAGCACUAUUGCCCAUCAUAGCAGCUGUCCACAAAGCAGUCUGCUAGUCGUCGUUGCACCGCUUUGCAAGGCGCAACGCACGGCGAGACCGUCGAAUUGCGGGGACAUCCUUACAGCUCAAGCUACCAACUUGUCGCAGAAAUGCUGGCAAGGGCCGGGGUAAUGACCCAGGGUAUGGUAAAAACGCUUGAGAUUGGAUAAUCCGCAGCCAAGCACCUUACCCGGAUUCAACGUCCGGAAAGGUGAAGGUUCAGAGACUAGGUGGCGGUCGGUCACGAGACGUGGCUUAAGAUAGAGUCCGUUCGCGCUGAAAAGCGUUCGUCGGGAAGAAAGCCUUAGCAAGGCCGGAGCCAGACGAAGGGUAGCCAUUAUUGGCUGCCUCGAGGUACACGGGUGGUGC |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
((((((((........))))))))...(((((((((.......)))).))))).((((((((((((((.........))))))))).)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((..(((((((((....))).))))))..(((.(((....)))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...((((....((((((.....))))))...))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((...))))))).......]]]]]]((..(((((....)))))((((((((......(((((...))))).....)))))))).(((((((((....)))))))))........)).........
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).((((((((...((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((....((((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....))))))).))))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).....))))).(((((((((....)))))))))))).......))))))))) |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..))).............)))))))(((((((...)))))))(......).........(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................(((..................)))..((((..............................))))..((((((((...((((((....(((......((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))...)))...))))))(((...(((((......................)))))..)))............))))))))((((((.....))))))..................((((....))))................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).))))))(((((((((((.((.........)).)))))).)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((..(((((((((....))).))))))..(((((.......))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...(((((...(((((.......)))))..)))))..))).............)))))))((((((.....))))))...........((((..(((((....)))))(((((.((......(((.......))).....)).))))).(((((((((....)))))))))........))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((....(...((((((((((((((...((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....)))).)).).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..)))(....)......))))))))(((((((...)))))))(......).........(((((....)))))))))))....)...))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).(((((........((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))))........))))).(((((((((....)))))))))..........))))))))) |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....))))...(((((((.((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........((((((((((((((....(((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))).(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..)))............))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))...........))))).)) |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...[[[((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..))).............)))))))((((((...{{)))))).............}}..(((((....)))))))))))........))))).))))))).))..[[.))))).(((((((((....)))))))))...]]...........]]] |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((..........)))))....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((.(((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))......((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))....)))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....))))).)))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....))))))))).......(.(.....).). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........))))))))..((((((.......[[[[[[...))))))(((((((((((...]]]]]]......)))))).)))))..((((((((..(((((((...((((......((((((((((((.(((((((.........))))))).....((((....))))......))))).....)))))))...))))..))))))).....((((((..((((((.....)))))).)))))).................))))))))(((((((...)))))))...........(((((((((((....))))((((((.........(((((...)))))........))))))(((((((((....))))))))).........)))))))... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((..[[[[[[))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....))))))))).............]]]]]] |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).((((((((...[[[[[[[[[[[[[[..)))...((((((((((((((..(((((((...((((....((((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....))))))).))))))..))))))).....((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))...))))))))......(.((((.(((((......))))))))))(((((....)))))))))))........]]]]].]]]]]]].]].....))))).(((((((((....))))))))).......(((.....))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((.(....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))((((..((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))...)))).).)))))....((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))..........))))))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((....))))..((.((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........((((((((((((((...((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..)))............))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))...))..)))).((...)) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....))))((..(((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))......((.(((.(((((......))))))))))(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))..........)))..)).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((............))))))((((((((((((.(...).)))).))))))((((((..(((.(((((((((((((((...(........).((((.(((((((((((((...((.(((..(((((((((((((((((((((((..)))).))))))((((((((......))))))))))))))...)..)))))))))))....))).))).)))(((((((..((((...(...).)))).)))))))(((((((((((((...........)))).((.((((.((((........)))))))))).)))))))..)))))).)))).....)))))).)))))).))))..))))))))(((((((((....)))))))))(..)..((((..)))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))......((((((..((((((.....)))))).))))))..(((......)))....))))))).........(((.(((((......))))))))..(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))..........)))...... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))..........))))))))) |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....)).))).(((((....((((((((((.......)))).))))))........((((......)))).)).)))..((((((((....)))))...))).(((....))).....(((((((......(((((((((....)).))))))).(((.((((....)))).......)))......))))))).((((...........)))).((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))..(((((.....)))))..((((.(((((......))))))))).(((((....)))))((((..((......((((.....)))).....))..)))).(((((((((....))))))))).....(((.......))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((....)).))).(((........)))..(((((....(((.....)))....(((......[[[[.[[[[..)))]]]]....(((((....)))))....]]]])))))........(((((((..<<<<.))))..........((((((....))).((((....)))).((((.>>>>......)))).....(((.....))).)))....((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))..(((((.....)))))..((((.(((((......)))))))))..((((....)))){{{{{{.........((((.....))))...)))..}}}}}}.((((((((....)))))))).....((((.......)))) |