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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00632



RNA: CRW_00632
Rfam family: -

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Reference structure (ext) [ sec struct ] ((((((((........))))))))...(((((((((.......)))).))))).((((((((((((((.........))))))))).)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((..(((((((((....))).))))))..(((.(((....)))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...((((....((((((.....))))))...))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((...))))))).......]]]]]]((..(((((....)))))((((((((......(((((...))))).....)))))))).(((((((((....)))))))))........)).........
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).((((((((...((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((....((((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....))))))).))))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).....))))).(((((((((....)))))))))))).......)))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..))).............)))))))(((((((...)))))))(......).........(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))...................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................(((..................)))..((((..............................))))..((((((((...((((((....(((......((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((.((((....)))).))...))))).....)))))))...)))...))))))(((...(((((......................)))))..)))............))))))))((((((.....))))))..................((((....))))...................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).))))))(((((((((((.((.........)).)))))).)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((..(((((((((....))).))))))..(((((.......))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...(((((...(((((.......)))))..)))))..))).............)))))))((((((.....))))))...........((((..(((((....)))))(((((.((......(((.......))).....)).))))).(((((((((....)))))))))........)))).......
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((....(...((((((((((((((...((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....)))).)).).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..)))(....)......))))))))(((((((...)))))))(......).........(((((....)))))))))))....)...))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))...................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).(((((........((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))))........))))).(((((((((....)))))))))..........)))))))))
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....))))...(((((((.((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........((((((((((((((....(((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))).(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..)))............))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))...........))))).))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...[[[((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..))).............)))))))((((((...{{)))))).............}}..(((((....)))))))))))........))))).))))))).))..[[.))))).(((((((((....)))))))))...]]...........]]]
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((..........)))))....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((.(((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))......((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))....)))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....))))).)))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....))))))))).......(.(.....).).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))))))..((((((.......[[[[[[...))))))(((((((((((...]]]]]]......)))))).)))))..((((((((..(((((((...((((......((((((((((((.(((((((.........))))))).....((((....))))......))))).....)))))))...))))..))))))).....((((((..((((((.....)))))).)))))).................))))))))(((((((...)))))))...........(((((((((((....))))((((((.........(((((...)))))........))))))(((((((((....))))))))).........)))))))...
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((..[[[[[[))))))))..((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....))))))))).............]]]]]]
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((........))))))))..((((((((((.......)))).)))))).((((((((...[[[[[[[[[[[[[[..)))...((((((((((((((..(((((((...((((....((((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....))))))).))))))..))))))).....((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))...))))))))......(.((((.(((((......))))))))))(((((....)))))))))))........]]]]].]]]]]]].]].....))))).(((((((((....))))))))).......(((.....))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((.(....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))((((..((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))...)))).).)))))....((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))..........)))))))))
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((((....))))..((.((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........((((((((((((((...((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..)))............))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))...))..)))).((...))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((....))))((..(((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))......((.(((.(((((......))))))))))(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))..........)))..))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((............))))))((((((((((((.(...).)))).))))))((((((..(((.(((((((((((((((...(........).((((.(((((((((((((...((.(((..(((((((((((((((((((((((..)))).))))))((((((((......))))))))))))))...)..)))))))))))....))).))).)))(((((((..((((...(...).)))).)))))))(((((((((((((...........)))).((.((((.((((........)))))))))).)))))))..)))))).)))).....)))))).)))))).))))..))))))))(((((((((....)))))))))(..)..((((..)))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))......((((((..((((((.....)))))).))))))..(((......)))....))))))).........(((.(((((......))))))))..(((((....)))))))))))........))))).))))))).)).))..))))).(((((((((....)))))))))..........)))......
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((((...((((....((((((((((.......)))).)))))).(((((...((.((((((((((((((........(((((((((((((....((((((...((((......((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).))))).....)))))))...))))..))))))(((...((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....)))).))))))))))........((((.(((((......))))))))).(((((....)))))))))))........))))).)))))).))).))..))))).(((((((((....)))))))))..........)))))))))
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)).))).(((((....((((((((((.......)))).))))))........((((......)))).)).)))..((((((((....)))))...))).(((....))).....(((((((......(((((((((....)).))))))).(((.((((....)))).......)))......))))))).((((...........)))).((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))..(((((.....)))))..((((.(((((......))))))))).(((((....)))))((((..((......((((.....)))).....))..)))).(((((((((....))))))))).....(((.......))).
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((....)).))).(((........)))..(((((....(((.....)))....(((......[[[[.[[[[..)))]]]]....(((((....)))))....]]]])))))........(((((((..<<<<.))))..........((((((....))).((((....)))).((((.>>>>......)))).....(((.....))).)))....((((((..((((((.....)))))).))))))..((((....))))..(((((.....)))))..((((.(((((......)))))))))..((((....)))){{{{{{.........((((.....))))...)))..}}}}}}.((((((((....)))))))).....((((.......))))