|
|
|
AAGUCGUAACAAGGUUUCCGUAGAGAACAAAUGAUUCUUUCGCUAAGACAUUUGCUGAAGCCUUGAAGAGCAGUAGUCAUCCUUACUGCUAGUUCAACUUAUUGUUGAGCAACAUUGCCAAAUUGCGGGAAAGUCUUAAUGACUUCGCUACCAAGUUCAAUAGCGUACUCUGAAUGGCCGGCUUAAUACACCGGGUAGGGUUAUAAUGCGAAGUAUGUUACAAUAGGCAACCUGCAGCCAACUUCUACAUUGUAGGAUGCUGUUCACAGAUCAAAUGGCAGUGGGUGCAUCAUGUAAGCUAAUGAUGCGCUUAAGAUAUGAUCGGUCCUUAUUGCGAGAGCUUAAGGUAGAAAACGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........((((((((.........((((((..((((.....))))))))))..))))))))....((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((..((((((........).)))))..(((((.......)))))....)))....).))))))..((...))..)))...))))))(((...((((((...))))))...)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((........)))))))))).......]]]]]](((((((..((....)).)))))......))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...(((..(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((....((((...((((.....))))))))........((..(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).))))))))).....((((.(((((((............))))))).)))).......)).....))))))))((((((((((........))))))))))..........((...(((((..((....)).)))))..))..)))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................................................................................................((......))...........................................................((....((((((...))))))....)).....((.........................(..............)..........)).......(..((....)).).............. |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((....((((((((((((....((((((..(((.......))))))))).((..((..((...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..))..))))..)))))))))..)))..)))))))..(((((((((((..((((((((((...((((((.((((........))))..)))))).....)).))))))))((((((...(((.(((((.....(((((...)))))..))))).....(((((..(.....((((((((((((........))))))))))))..)..))))))))..))))))...))))))..)))))....... |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................((((((....((((((....((((......................................................................................))))...))))))(((...(((((((...))))))).))).............)))))).............................................((((((.................)))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.((.......(((((..(((.......)))))))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))....................(((((.....)))))((..............................((((.........))))..............))...............((((.(((((((............))))))).)))).......(((((.........(((((((((((........)))))))))))......)))))...(((((..((....)).))))).......... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................(((((.........)))))..((((((((...((((((....(((.....(((((((.(((..(((((...........))))).......................)))......)))))))..........)))...))))))......(((.........)))..................))))))))(((((((..............))))))).............................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((((((((.(((((........((.....)).(...)...))))).))))))))....(((((((........))))))).(((((((.....)))))))..(((((((...(.(((((.......((((((((((((((((..(((((...........)))))..((((.........))))....)))....).))))))).)))))..........))))))((....((((((...))))))....)).............)))))))((((((((((........)))))))))).............(((((((..((....)).)))))......)).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.((.......(((((..((((.....))))))))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))....................(((((.....)))))..(((..........((((((((((.......((((.........))))...).............)))))))))..((.((((.(((((((............))))))).))))))...(.(((((........((((((((((((........)))))))))))).....))))).).(((((..((....)).))))))))....... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................((....)).................................................................................................................................................((.....))........((((....)).............)). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))............))))))..(((((.....)))))..(((((((((((..(((((((((....((((((.((((........))))..)))))).......)))))))))(((((((..(((.(((((....((((((...)))))).))))).....(((((........((((((((((((........)))))))))))).....)))))))).)))))))...))))))..)))))....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((..(((.((..(((((.....)))))..))...........(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).))))))))).(((((.((.(((((((............))))))).))))))).......))).)))))))).(((((((((........)))))))))......))))))....(((((..((....)).))))).......... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.........((((((..((((.....))))))))))..)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((...........((((.....))))((...............{{{{{{{{.......((((([[[......))]]]...)))........))}}}}}}}}...........(((((................)))))...................))))))))((((((((((........))))))))))...............(((((..((....)).))))).......... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................(((((....(((((....((((.....(((((((.((((.(.((((.(....)).)))..)......................))))......)))))))..........))))..).))))........................................)))))..((((((.(............).))))))............................(..((((......))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((((.(((((........(.......).........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((...((((((.(((((.....)))))...............(((((((((......(.((((.........)))).)...............)))))))))..........))))))........((((...))))....(((....)))......)))))))).(((((((((........)))))))))......))))))....(((((..((....)).))))).......... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((((.........((((((.......[[[[[...))))))..)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((..(((((((...((((.....(((((((............]]]]].((((((.....((((.........)))).))))))......)))))))..........))))..))))))).....((((((...))))))..((((..))))......))))))))((((((((((........)))))))))).....))))))....(((((...........))))).......... |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.......................................))............................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.(((.......))).).))).(...).......))))))((((((((..............))))))))..((.....))....((((((.................)))))). |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........((.......................................))............................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.(((.......))).).))).(...).......))))))((((((((..............))))))))..((.....))....((((((.................)))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((....((((...((((.....))))))))............(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).))))))))).....((((.(((((((............))))))).)))).......[[[[[..)))))))).(((((((((........)))))))))........]]]]]...(((((..((....)).))))).......... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((((.(((((...........((((.....))))..))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((..(((((((.(((((.....)))))...............(((((((((....((((((((.........))))......)))).......)))))))))..........))))))).......((((...))))....(((....)))......))))))))((((((((((.((...)))))))))))).....))))))..(.(((((...........))))))......... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((.(((((...........((((.....))))..))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))............))))))..(((((.....)))))..(((((((((((....((((((((((.....((((.........)))).))))))....))))...........(((((((......(((((....((((((...)))))).))))).....(((((........((((((((((((........)))))))))))).....)))))....)))))))...))))))..)))))....... |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................(((((.....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((.....................)))..............)))))((((((..................))))))...............((((((.................)))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((....(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((....((((...((((.....))))))))......(.((..(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).))))))))).....((((.(((((((............))))))).)))).......)).)...)))))))).(((((((((........)))))))))....)))....((...(((((..((....)).)))))..))...... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..((((((...(((((((((....((((((..((((.....)))))))))).....((..((...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..))..))....)))))))))..........(((((((......((......))..((((((.....((((.........)))).))))))......))))))).))))))....((((.(((((((............))))))).)))).)).((.(((((........((((((((((((........)))))))))))).....))))).))(((((..((....)).))))).......... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))............))))))(.(((((.....)))))).(((((((((((..(((((((((.((.((((((.((((........))))..))))))....)).)))))))))(((((((..(((.(((((....((((((...)))))).))))).....(((((........((((((((((((........)))))))))))).....)))))))).)))))))...))))))..)))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((((((((((((((....).))((((((..((((.....))))))))))...)).))))).((.((((((........)))))).)).(((((.....)))))((((..))))((...))(...).....)))).)))))(.(((((((((((.......................(..(((((.((..................)))))))...(((((((.(((((((.((((.((((..(((......))).(((..))).))).).)))).)))))).((((((........)))))).((((........)..)))))))))))..)))))))..))))))...... |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................((.(.........)....)).((.........))................. |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((..(((((((((.(((((..........................))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((....(((((.....................................................................................................)))))........................................))))))))((((((((((........))))))))))......)))..(...(((((..((....)).)))))..)....... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((.(((((((((.(((((.......(((.....)))........))))).)))))))))...((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))..((((((((..(((((((...(((((((..(((((((......((......))..((((((.....((((.........)))).))))))......)))))))...)))....))))..))))))).....((((((...))))))..(((....)))......)))))))).(((((((((........)))))))))......))))))....(((((..((....)).))))).......... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((.....((((....)))).........((((.....))))...)))).............((((((((......)))))))).(((((((.....)))))))....((((......))))...((((.....)))).(((((..........))))).........(((((((.........))).(((((...(((........)))(((......)))..))))).))))..(((((.....))))).(((((.((.........))))))).((((((((((........)))))))))).(((((.......)).))).((((...........))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |