|
|
|
ACCAGGAGUUAACAAACAGGCUCUGCUCCAAACAGUAGCUCGAAUAGAGUACGGUGGUCGCUGUCGUUUAAAUACUAGUCUGUUUAUAACAGGCAAGAUCUUCAAAUUGCGGGGAAGUACUGGGGCUCUAAUCUACCAAGUCAUUGUCUGAAAAGGCAUGAUGGCCUGAGGUAAUAACUCAGGAUAUGGUUACAACGAUUAGAGAUGUUACAAUGUAUGAUUCGCAGCCCAAUCCCUCAAUAUGGGAUCAGGUUCAGAGACUAAACGGAGAUCGAUCUAGGCAUUGAACUAGGUUUAAGAUAUAGUCCAUUAUUCUGCUUAACAGCAAUUGAAUGUAUUAAUUGGGAGCCUGCGGCUUAA |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....(((((.((.....................)))))))....((....(((...)))))(((((.((.(.((......)).).)))).)))..(((((((....((((((....(((.....((((((((((((..((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))....)))....).)))))))).((...))..)))...))))))(((..(((((.......)))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((........))))))).......]]]]]]...((((((.....))).)))...............................
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................................................................................................................((.((((....))))))...................................................................(((....(((.......)))....))).....((.............................................)).......(((.....)))................................... |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......(((((((....((((..((((..((((..((((((..((((..(((((..(((((((....(((((((...)))))))..((((((...((((.(((((.....((((.((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......)))))))).(((...............))).)))).)))))))))..)))))).(((((((...(((..(((...)))...)))...)))))))..)))))))..)))))))))))))))(((....)))..))))...))))..))))))))))).))))).. |
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.........................................)))))))....................................(((((((....((((((....((((............................................................................................))))...))))))(((...((((((....))))))..))).............))))))).......................................................................((((((...)))))). |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((..........((.((((.....))))))..(((.................((.(((((((...))))))).))...........(((..............((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..................))).(((..(((((.......)))))..)))....................(((((((........)))))))...........)))......((((....)))).................))))))))........ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................((((((.....))))))..(((((((....((((((....(((.....((((((((.(((..(((((..(((....))).)))))..((((((.......))))))....)))......))))))))..........)))...)))))).((....((.........))....))..............)))))))(((((((........)))))))................................................................. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...............)))))........((((.....))))..))).(((((.(.(......((((..(((((((...)))))))..(((((((....((((((....(((.....((((((((((((..(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))....)))....).)))))))).((...))..)))...))))))(((..(((((.......)))))..))).............))))))).((((((........))))))(((((..................)))))............)))).........).).))))).... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((..........((.((((.....))))))(((((.(...(((..(((....((.(((((((...))))))).))((((((.....(((((...((((.(...((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))......)...))))..)))))((((..(((((.......)))))..))))............)))))).(((((((........)))))))))))))...).)))))....((((....)))).................))))))))........ |
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..............................................(..................................................................................................((........))..................................................................................................................................................................................).....(((((.)......)))).. |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((....[[[[[[[[[..)))))((((....((((.....))))(((((....))))).)))).......]]]]]]]]]...........(((((((....((((((...((((.....((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..........))))..)))))).....(((((.......)))))..((((....))))....)))))))(((((((..[[[...)))))))...]]].((((.((((....((((....))))....)))).)))).....(((((...))))).. |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......((((((((.((((.....((((((.((.((((((.(((((.((.((((.((((.....((.(((((((...))))))).))......)))).)))).))..)))))..)))))).))..(((..((((.((((....)))))))))))((((((.......))))))....))))))..((((((...((......))...))).))).((((..(((((.......)))))..))))............))))((((((((((........)))))))...))).((((.((((....((((....))))....)))).))))....)))))))).))))).. |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((..............(((.....)))....((((.....(((............(((((((...)))))))..(((((((....((((((...((((.....((((((((......((((.(((((....)))))))))..((((((.......)))))).............))))))))..........))))..))))))(((..(((((.......)))))..))).............))))))).((((((........))))))....))).....)))).....((((....)))).................))))))))........ |
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((.......................)))))......................................................................((((....((((.....(((((.((.((((.((((.(((((....)))))))))...(.((.........)).)....))))......)).)))))..........))))..).)))......................................................................((((............))))............................((((((.....)))))) |
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((.......((((((((.((((.....(..((((.....)))).)..........((.((.......(..(((((((...)))))))..)........)).))(((...((((.(...((((((((..((..((((.(((((....)))))))))))((((((.......))))))....(....)...))))))))......)...))))..)))...(((..(((((.......)))))..))).............))))...(((((((........))))))).......((((.((((....((((....))))....)))).))))....))))))))..)))... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((.(((((........((((........(((((((...)))))))..........(((((((...)))))))...............)))).......)))))((((((((.((((......(((((....)))))......((((((.......))))))...))))......)))))))).(((((.............((((....(((((.......)))))..........(((((..........(((((((........))))))).......))))).......)))).))))).(((((((.....)))))))))))))))........ |
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...........................................)))))).....................................((((((....((((((....(((..............................................................................................)))...))))))(((...(.(((......))).)..))).(...).......))))))(((((((.............................................))))))).............((((((...)))))). |
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...........................................)))))).....................................((((((....((((((....(((..............................................................................................)))...))))))(((...(.(((......))).)..))).(...).......))))))(((((((.............................................))))))).............((((((...)))))). |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((.......[[[[[[[[)))))...((((.(((..(((((((((..((((..(((((..(((((......((((((.....))))))..(((((((....((((((...((((((...((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))......))..))))..))))))(((..(((((.......)))))..))).............))))))).((((((........)))))))))))..)))))))))))))))).))...))).)))).............]]]]]]]]........ |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......((((((((.((((......(.((((.....)))))..............((((........(((((((...))))))).........)))).(((((...((((.....((((((((......((((.(((((....)))))))))..((((((.(....))))))).............))))))))..........))))..)))))((((..(((((.......)))))..))))............))))...(((((((........))))))).......((((.((((....((((....))))....)))).))))....)))))))).))))).. |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((......((((((((.............((((.....))))..(((((..(((((..(((((((....(((((((...)))))))..(((((((...(((((((...((((.....((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..........))))..)))))))....(((((.......)))))..................)))))))...................)))))))..))))))))))....((((....)))).................)))))))).))))).. |
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................(((((.....((((((....(((..............................................................................................)))...))))))(((.....................)))..............)))))((((((...............................................)))))).............((((((...)))))). |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...............)))))........((((.....))))..))).(((((....((((((...(((((((((.....))))))..(((((((....((((((...((((..(..((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))......)...))))..))))))(((..(((((.......)))))..))).............)))))))....)))...)))))).((((((..(((.((((.((((....((((....))))....)))).)))))))..))))))))))).... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((........)))))).((((..((.(((.(((.....)))))).)).(((.(((..............(((((((...)))))))..(((((.((.((((.(((((.....((((.((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......)))))))).........(((.......))).)))).))))))))).))))))).....))).))).....)))).(((((((((........)))))))...))..((((.((((....((((....))))....)))).))))....)).(((...))).... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.(((((...............))))).....((.((((.....)))))))))((((((....((((((...(((((((((.....))))))..(((((((....((((((...((((..(..((((((((.((((.((((.(((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))......)...))))..))))))(((..(((((.......)))))..))).............)))))))....)))...)))))).((((((..(((.((((.((((....((((....))))....)))).)))))))..))))))))))))... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..))..((((((..((((((((........(((.((((((...)))))....(((..(((.((((((((((.((((((((((...)))))))..(((((.((.((((.((((((...((((((((((((((...(((.(((.((((((..)))))))))(.(((((((..(...)))))))).).))..)....))))))).....(((...)))..)))).)))....)))))))))).)))))))..(((((((((((((((........)))))))))))))))))))))))))))).))))))....)))).(((((.(((((..))))))))))...))))))))..)))))) |
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...).. |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((.................)))).....((.((((.....)))))).........................(((((((...)))))))..(((((((.....(((((...((((.....((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......))))))))..........))))..))))).(((..(((((.......)))))..))).............)))))))..................(((((..(((.((((.((((....((((....))))....)))).)))))))..))))).......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
................((((((((.((((.....(((.(((.....))))))..(((((.(((..............(((((((...)))))))..(((((.((.((((.(((((.....((((.((((((((.((((.(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...))))......)))))))).........(((.......))).)))).))))))))).))))))).....))).)))))...))))...(((((((........))))))).......((((.((((....((((....))))....)))).))))....))))))))........ |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((...............))))).(((....((((.....)))).((((....))))..)))....(((..((((((.....))))))....(((((.......))))).)))...(((((....(((.....(((((.((((....)))))))))..((((((.......))))))...(((((.....))))).))).((((.......))))....))))).(((((.......)))))..((((....))))...........(((((((........)))))))...((((........)))).((((....)))).((((.....))))....((((.....)))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((((((........)))))).((((.(((....((((.....)))).((((....))))..)))....((((.((((((.....))))))....(((((.......)))))))))...(((((((((((......(((((.((((....)))))))))..(((((({{{{{..)))))).....}}}}}...))))))).((((....))))..........)))).(((((.......)))))..((((....))))....)))).(((.[[[[[....))).]]]]].....((((........)))).((((....)))).((((.....)))).))).(((.....)))... |