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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00635



RNA: CRW_00635
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((.(((((((((((................))).)))))))).....(((............)))..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..(((((((...(((((((...((((....((((((((((((((((((..((((....))))....))))).((((((.....)))).))....)))).....))))))).))))))..)))))))...((((((((.......)))))..)))..........(((..(((((....)))))))))))))))((((((((.....)))))))).....))))))))))))))))))).)))))))..(((..((((....(((.((((..(((((....)))))..)))))))...))))...)))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((((.........(((((....))))))))))).................................(((((((.....((((((((............(........)..((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((...((.(((((((.((((((((((((((....)))).)).)))))...((((.....)))).......)))......))))))).))))))..))))))((((.........((((((...........))))))........))))............))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))..))))))))))..................(((((..(((((....)))))..))))).................
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((((.........(((((....)))))))))))((................).........)((..(((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((...((.((((((((((((((((((((((....)))).)).)))))..(((((.....)))).).....)))).....))))))).))))))..))))))((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...))))...(.......)))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))))))))))))))........(((....)))(((((..(((((....)))))..))))).................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(((.[[[[[[.....))).(((((....)))))]]]]]]((((...[[[......))))..]]]..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....))).))).)))))...((((.....)))).......)))).....)))))))...))))..)))))).....((((.....(((((...........))))))))).....(((((....)))))..))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))))))..(((..[[[)))......]]]....(((((..(((((....)))))..))))).................
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IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((...........(((((....)))))..)))).................................(((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..(((((((....((((((...((((......(((((((....(((((((((((....)))).))).))))...((((.....))))................)))))))...))))..))))))((((...((....((((((...........))))))...))...)))).............)))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))..))))))))))..(((...(((....((.(((((..(((((....)))))..)))))))...)))....)))..
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McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((((....[[[[[[[............)))))))).........................((((..(((((((.....((((((((.............(((((......(((((((((((((..)))))).....)))))))..((((((((..(((((((...((((......(((((((...((((..]]]]]]].....((((((((((..)))))))))))))).(((...))).......)))))))...))))..)))))))(((.........((((((...........))))))........))){{{{{{{......)))))))).(((((((.....)))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))............}}}}}}}......((((((..))))))(((((((..)))))))........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((........(((.(((((....)))))))).(((((((((..(((((...(((...((..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....)))).)))).))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..((....)).))))))...))...))))............)))))))).(((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))..))...)))))))))))))))))..(((((..(((((....)))))..)))))...)))).)).))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((.......(((.(((.(((((....)))))))))))((((((......)))..)))..((((.(((...))))))).(((.((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((......(((((((((((((((((((...........)))).)))).(((((((...))))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((.(((((.....)))))))))....................(((((....)))))..))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))).))).....)))))))))).((((.(((((..((((.(((((..(((((....)))))..))))))).)))))).).)))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((........(((.(((((....)))))))).(((((((((..(((((...(((...((..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....))).))).))))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...))))............)))))))).(((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))..))...)))))))))))))))))..(((((..(((((....)))))..)))))...)))).)).))))..
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((((.((....))(((((....)))))))))))(((...........(((((.......(((.....))))))))((.((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....)))).)))).))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...))))............))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))).)))))...))))))))))(..((..((((....((.(((((..(((((....)))))..)))))))...))))...))..)
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..(((((((((((..(.(((((...(..((((......))))..)(........)))))....((((((((........)))))))).((...........))((.(...........).)))..(((((..((((((..))))))(....((((((((((........))))))))))...)((...)).)))))((((..((((((.((((.((((((..))))))...((......))....((.(((......)).))))))))))))))))).((.((((((....((...(((((((........).))))))(..)....((((......))))))...))))))))(((.(((((.(.((((((..))).).)).)))))).))))))))))))))).....((((......)))))..(.((((((..)))))).(((((....))))).).......
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((...............(((((....)))))................................................((.((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..(((((((.....(((((...((((......((((((((((.(((((((((((....)))).))).)))).((((((.....)))).)).....))).....)))))))...))))..))))).((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...)))).............)))))))((((((((.....)))))))).....)))))))).))......))))))))))...((..((((....((.(((((..(((((....)))))..)))))))...))))...))...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((........(((.(((((....)))))))).(((((((((..(((((...(((...((..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....))).))).))))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..((....)).))))))...))...))))............)))))))).(((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))..))...)))))))))))))))))..(((((..(((((....)))))..)))))...)))).)).))))..