|
|
|
GUAACAAGGUUUCCGUAGAAAGUACGAACGAAUUUAAUGAUUCUUCUGCGGUUGAAACUUAUCGAAGCCUUAGUAGCCUGAAAGGUGCUUUGCGCGACUAUAAACAAUGACGAAGCUUAAAUGCUAGUGAAGACAGUGUUCGCACUGAAUAAUCUUUGCAAAACCAUCGAAUUGCGGGGACGCCCUUAGAGCUUCACGUACGGCCAAUCGUUCGAAAGGAUUGAUUUGGCAUCAGGUUAAUGGCCUCGAGUAUCGUAAUAACCGUGAAGAUUGGGUAAUCCGCAGCCAAGUGCUAAACAAGUAUUGGUAAACUCUACUUGCAUGCUAAUGGUUCACAGACUAAGUGAUGGUUGGGGAGAUGUCUAGUCUCUCUUAAGAUAUAGUCGGGCACCUCGGGAAACCUUGGUGGUAAUUCAACUGUGAAUAUGCUCUAGUUUCGGCUAGUUCAUAUCAAUAUGAGAUAACUGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.....((((((((......((((.(((.((..................)).)))..))))...))))))))((((((((...))))((((((..................)))))).....)))).(((((((...(((((.....))))).)))))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((.((((((((((....)))).)))).))..(((((.......))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...(((...(((((((...........)))))))..)).)..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((.....)))))))).......]]]]]]((((((((((....))))))))..((((...(((.((((........)))))))..))))((((....))))......))..
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.((((((((((.......(((.(((.(((((....))))))))))).............(((.........(((((....)).))).(((.((((((((...........(((......)))...((((((((((....))))).....)))))....((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....))).))).))))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..((....)).))))))...))...))))............))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))).)))..))))))))))))).......((((....(((.((((..(((((....)))))..)))))))...)))).....))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.(((((((((((................))).)))))))).....(((............)))..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..(((((((...(((((((...((((....((((((((((((((((((..((((....))))....))))).((((((.....)))).))....)))).....))))))).))))))..)))))))...((((((((.......)))))..)))..........(((..(((((....)))))))))))))))((((((((.....)))))))).....))))))))))))))))))).)))))))..(((..((((....(((.((((..(((((....)))))..)))))))...))))...))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((.........(((((....))))))))))).................................(((((((.....((((((((............(........)..((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((...((.(((((((.((((((((((((((....)))).)).)))))...((((.....)))).......)))......))))))).))))))..))))))((((.........((((((...........))))))........))))............))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))..))))))))))..................(((((..(((((....)))))..)))))................. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................(((((((....((((((...((((......(((((((((((.....(..(((....)))..)........((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))(((...(((..............................)).)..))).............)))))))(((((((.......))))))).....................((....)).................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((((((((((((.(..((...........))..).))))))))...)))))).....(((......(((((....)).((.....))...................))).....))).(((((((...((((.......)))).)))))))..(((((((....((((((....(((......(((((((....(((((((((((....)))).)))).))).(((((.......))).)).............)))))))...)))...))))))(((....((....((((((...........))))))...))....))).............)))))))((((((((.....))))))))...............((((..((....))..)))).((.(((..(.((..(((((..(((((....)))))..)))))..))..).)..)).)). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((.........(((((....)))))))))))((................).........)((..(((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((...((.((((((((((((((((((((((....)))).)).)))))..(((((.....)))).).....)))).....))))))).))))))..))))))((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...))))...(.......)))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))))))))))))))........(((....)))(((((..(((((....)))))..)))))................. |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(((.[[[[[[.....))).(((((....)))))]]]]]]((((...[[[......))))..]]]..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....))).))).)))))...((((.....)))).......)))).....)))))))...))))..)))))).....((((.....(((((...........))))))))).....(((((....)))))..))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))))))..(((..[[[)))......]]]....(((((..(((((....)))))..)))))................. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((..((...(((.(((.(((((....)))))))))))((((............))))..((((.(((...))))))).(((.((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))...(((((((....(((((...((((......(((((((((((((((((((.((.....)).))).))))).(((((((...))))).))....)))).....)))))))...))))..))))).((((...((....((((((..((....)).))))))...))...))))............))))))).((((((((.....)))))))).....)))))))).))).))..)))))))))).(((((.((((....(((.((((..(((((....)))))..)))))))...)))).).)))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((...........(((((....)))))..)))).................................(((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..(((((((....((((((...((((......(((((((....(((((((((((....)))).))).))))...((((.....))))................)))))))...))))..))))))((((...((....((((((...........))))))...))...)))).............)))))))((((((((.....)))))))).....)))))))))))))))..))))))))))..(((...(((....((.(((((..(((((....)))))..)))))))...)))....))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((..((...(((.(((.(((((....)))))))))))((((((......)))..)))..((((.(((...))))))).(((.((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))...(((((((....(((((...((((......(((((((((((((((((((.((.....)).)))).)))).(((((((...))))).))....)))).....)))))))...))))..))))).((((..((((.....)))).))))....................((((......))))..))))))).((((((((.....)))))))).....)))))))).))).))..))))))))))..(((..((((....((.(((((..(((((....)))))..)))))))...))))...))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((....[[[[[[[............)))))))).........................((((..(((((((.....((((((((.............(((((......(((((((((((((..)))))).....)))))))..((((((((..(((((((...((((......(((((((...((((..]]]]]]].....((((((((((..)))))))))))))).(((...))).......)))))))...))))..)))))))(((.........((((((...........))))))........))){{{{{{{......)))))))).(((((((.....)))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))............}}}}}}}......((((((..))))))(((((((..)))))))........ |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((........(((.(((((....)))))))).(((((((((..(((((...(((...((..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....)))).)))).))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..((....)).))))))...))...))))............)))))))).(((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))..))...)))))))))))))))))..(((((..(((((....)))))..)))))...)))).)).)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.......(((.(((.(((((....)))))))))))((((((......)))..)))..((((.(((...))))))).(((.((((((((...........(((......))).((((((((((((....))))).....)))))))..((((((((...((((((...((((......(((((((((((((((((((...........)))).)))).(((((((...))))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((.(((((.....)))))))))....................(((((....)))))..))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))).))).....)))))))))).((((.(((((..((((.(((((..(((((....)))))..))))))).)))))).).)))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((........(((.(((((....)))))))).(((((((((..(((((...(((...((..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....))).))).))))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...))))............)))))))).(((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))..))...)))))))))))))))))..(((((..(((((....)))))..)))))...)))).)).)))).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((((.((....))(((((....)))))))))))(((...........(((((.......(((.....))))))))((.((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....)))).)))).))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...))))............))))))))((((((((.....)))))))).....)))))))).)))))...))))))))))(..((..((((....((.(((((..(((((....)))))..)))))))...))))...))..) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..(((((((((((..(.(((((...(..((((......))))..)(........)))))....((((((((........)))))))).((...........))((.(...........).)))..(((((..((((((..))))))(....((((((((((........))))))))))...)((...)).)))))((((..((((((.((((.((((((..))))))...((......))....((.(((......)).))))))))))))))))).((.((((((....((...(((((((........).))))))(..)....((((......))))))...))))))))(((.(((((.(.((((((..))).).)).)))))).))))))))))))))).....((((......)))))..(.((((((..)))))).(((((....))))).)....... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((...............(((((....)))))................................................((.((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..(((((((.....(((((...((((......((((((((((.(((((((((((....)))).))).)))).((((((.....)))).)).....))).....)))))))...))))..))))).((((...((....((((((..(.....)..))))))...))...)))).............)))))))((((((((.....)))))))).....)))))))).))......))))))))))...((..((((....((.(((((..(((((....)))))..)))))))...))))...))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((........(((.(((((....)))))))).(((((((((..(((((...(((...((..(((((..((((((.....((((((((...........(((......))).(..(((((((((....))))).....))))..)..((((((((...((((((...((((......((((((((((((((((((((((....))).))).))))).((((((.....)))).))....)))).....)))))))...))))..))))))((((...((....((((((..((....)).))))))...))...))))............)))))))).(((((((.....)))))))......)))))))))))))))))))..))...)))))))))))))))))..(((((..(((((....)))))..)))))...)))).)).)))).. |