RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00636

RNA: CRW_00636
Rfam family: -

			GGCACCACCAGGUGUAAACUUUUAAGUCGCAGUUACUCUGCACUGAAUAGCAGCCCUAACGGGUGAGGUGGUUGCGCUUAUCAAACAAAUGUAAAUGCUAGUGAGAUUAUAAUCCUAGUCUUGUUAUACGAGACUGCUUUAUGGUCUUGCGAGACCCUCAAACUGCGGGAAAGUCUUAAAAACACGCUACACUAAGCUAUGUUUCGAAAGAUCAUAGUGGCCGGGGUAAUGACCUAGGGUAUAGUAAAAGCGAGCGUGUUUGUGCCAAUAGAUUAUCCGCAUCCAAGUCCCUAAAGUAUGGCAUGCUCCGGCAUGGCAUUACAAUGGGAAAGGUUCAGAGACUAGAUGGGGGUCGGUUCUUUCCGGAUGGGAAGGGUUUAAGGUAUAGUCCGUUACAAACUGCAGUACAUUUUAGAUGUACGUCUGCUUGGUCUGCUUAUAGCUUUAUCUCACUGAGAUAAAGGUAAAGGGAGCCUGCGG
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	..........((((((......................))))))....((..((((....))))((.((((((.(((((((...((....))..)))..)))).))))))..)))).((...((((((.(((....)))))))))...))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((..((((((..((....)).))))))..(((((((....)))))))....)))....).)))))))..((...))..)))...))))))(((...((((....(((((.(((((....))))).)).)))...))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((....)))))))))).......]]]]]].((.(((.(.(..(((((((...)))))))..).).)))..(((....)))(((((((((...)))))))))...))............
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....)))))..(((....)))(((((...((((((.(((...(((((((.((((((((((((((....))))..)))...........(((((.((((((((((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))))..((((((((...((((((...((((...(((((((((..((((.(((((((((....))).)))))).(((.((((....))))..))).)))).......)))))))))........))))..))))))......((((......(((.(((((....))))).)))......))))..((((....))))...))))))))..((((((((....)))))))).....)))))..)))))))......((((((((((...)))))))...)))..)).)))))..)))(((((((((...)))))))))))..))))...))))).
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....)))))........(((.(((((((((..(((........)))((((....))))...)))))))))))).....................((((((((((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))))..((((((((...((((((..(((((...(((((((((.......((((((..((....)).))))))..((.((((....)))).))..............)))))))))........))))).)))))).....(((((....(((((.(((((....))))).)).)))...))))............)....)))))))).(((((((((....)))))))))...........................((((((.....))))))....((..((....((.....(((((((((...)))))))))....))....)).))..
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................................................................................................................((((((((...((((((....(((......((((((....(..((((((..((....)).))))))).(((((.(....)))).))..............))))))...........)))...)))))).((...((((..................................))))..)).............)))))))).(((................))).......................................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((...................((((.....))))...........((((....))))..))))).))).............((....))....((((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((.......((((((..((....)).))))))..((.(((......))).))..............)))))))(((...))).)))...)))))).((...((((....(((((.(((((....))))).)).)))...))))..))..............)))))))((((((((((....)))))))))).............((........)).(((((((...)))))))..(((.(.((.((.(((....((((((((.....))))))))....))).)))).))))
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).......((((.((((((((((.(((........)))((((....))))..))))))))))))))..................(.((((((((((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))))).)((((((((...((((((..(((((...(((((((((.(((((.((((((..((....)).)))))).(((.((((....)))).)).).))))......))))))))))........))))).)))))).(..((((((....(((((.(((((....))))).)).)))...))))....((....)))).).))))))))((((((((((....))))))))))...((......))...........(.(((((((...)))))))).((((..(((((.(((.((.(((((((((...))))))))).))))))).))).))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).............((((.....))))..(((.[[[[[((((....)))).(((((....))))).)))............]]]]]((((((((((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))))..((((((((...((((((..(((((...(((((((((..((((.((((((...........)))))).(((.((((....))))..))).)))).......)))))))))........))))).))))))......((((......(((.(((((....))))).)))......))))..((((....))))...))))))))...(((((((.....)))))))......(((.[[[....)))..]]]...(((((((...)))))))....((((...[[[[......(((((((((...))))))))).......))))..]]]]
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....)))))..(((....))).((((((...((((........))))(((....)))(((((((....))))..))).((....))........((((((((((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))))..(((((((....((((((..(((((...(((((((((.......((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))...((....)).)))))))))........))))).)))))).((...((((....(((((.(((((....))))).)).)))...))))..)).((........)).))))))).(.(((((((.....))))))).)....(((........))).)))))).(((((((...)))))))..((((..((.((.(((.((.(((((((((...))))))))).)).))).)))).))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((([[[.)))))..........((<<<(({{...))<<))......>>.((((....))))..]]]}}..>>>...........((...........((((((((((((....(((((((.....)))))))...))))))))))))..((((((((...((((((..(((((...(((((((((.......((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))............)))))))))........))))).)))))).((...((((....(((((.(((((....))))).))).))...))))..)).............)))))))).(((((((((....)))))))))....((......)).............aaaaa)).....AAAAA...(((..((...........(((((((((...)))))))))..........)).))).
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).............((((.....((((........))))(((....)))...((((....))))......................((((((((((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))))..((((((((...((((((..(((((...(((((((((.......((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))...((....)).)))))))))........))))).))))))......((((....(((((.(((((....))))).))).))...))))..((((....))))...))))))))...(((((((.....))))))).....((......))........)))).(((((((...)))))))..((((..((.((.(((.((.(((((((((...))))))))).)).))).)))).))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((((((...)))...((((((...((((((((...((((........))))(((....)))(((((................................((((((((((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))))).....))))))))))))))))))).....(((((((((.......((((((...........)))))).[[[[[(((....)))..................))))))))))))))..........(((((.(((((((((...........(((((]]]]]..)))))......))))......(((((((((..........(((((((((((..))))))))))).......)))))..............(((((((...))))))).)))))))))...((((....(((((((((...))))))))).......)))).)))))
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).......((((.(((((..(((((((........))))(((....)))...)))..))))))))).........(((((..((((((((((((((((...((((((((.....))))))))..))))))))))))..((((((((...((((((..(((((...(((((((((...((..((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))........))..)))))))))........))))).)))))).((...((((......(((.(((((....))))).)))......))))..)).............))))))))...(((((((.....))))))).........))))...))))).......(((((((...)))))))..((((..((.((.(((.((.(((((((((...))))))))).)).))).)))).))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).....(((.(((.((((.....))))))))))......((([[[[)))..(((((....)))))...............(((...((((((((((((...(((((((((...)))))))))..))))))))))))..((((((((...((((((..(((((...(((((((((.......((((((...........)))))).(((.((((....))))..)))............)))))))))........))))).))))))......((((.(..(((((.(((((....))))).))).))..)))))..((((....))))...))))))))...(((((((.....))))))).......))).....]]]].........(((((((...)))))))..((((..((.((.(((....(((((((((...)))))))))....))).)))).))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).......((((.(((((..(((((((........))))(((....)))...)))..))))))))).........(((((..(((((..(((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)..((((((((...((((((..(((((...(((((((((.(.((..((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))........)).))))))))))........))))).)))))).((...((((......(((.(((((....))))).)))......))))..)).............)))))))).(..((((((....))))))..)........))))...))))).......(((((((...)))))))..((((..((.((.(((.((.(((((((((...))))))))).)).))).)))).))))
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).......((((.(((((..(((((((........))))(((....)))...)))..))))))))).........(((((..(((((..(((((((((...((((((((.....))))))))..)))))))))..)..((((((((...((((((..(((((...(((((((((.(.((..((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))........)).))))))))))........))))).)))))).((...((((......(((.(((((....))))).)))......))))..)).............))))))))((..((((((....))))))..)).......))))...)))))..((((((((((((...)))))))........((.((.(((.((.(((((((((...))))))))).)).))).)))))))))
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((.(((((((((((((..((((.((((((((((((((........)))((((....)))).)))))))))))))))...((((((......)(((((.((........))))))).)))))...(((((((.......))))))).((.(((((((..(..(...).(((((...(((((((((((((((.((((((.((((..))))))))))((.(.........))))))))))..(((..))).).))))))).(((((((.((...)).((......)).((((..((((((((((((..)))))).))))))..)))))))))..)).)))))..))))))))...))((((((..)..))))))))))))((((........))))((..((((((((.......))))...))))..))(((.(((.((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....)))))........(((.((((...((...((........)).((((....))))...))...)))))))..........(((((..(((.(..(((((((((...(((((((((...)))))))))..)))))))))..)..((((((((...((((((..(((((...(((((((((.(.((..((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))........)).))))))))))........))))).)))))).((...((((....(((((.(((((....))))).))).))...))))..)).............)))))))).(..((((((....))))))..).........)))...))))).......(((((((...)))))))..((((..((.((.(((.((.(((((((((...))))))))).)).))).)))).))))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).......((((.(((((..(((((((........))))(((....)))...)))..))))))))).........(((((..(((((..(((..((((...((((((((.....))))))))..))))..)))..)..((((((((...((((((..(((((...(((((((((...((..((((((..((....)).)))))).(((.((((....))))..)))........))..)))))))))........))))).)))))).((...((((......(((.(((((....))))).)))......))))..)).............)))))))).(..((((((....))))))..)........))))...))))).......(((((((...)))))))..((((..((.((.(((.((.(((((((((...))))))))).)).))).)))).))))

---