|
|
|
AACAAGGUUUUCGUUUGAUCCUUCCCGCCCGGUCCCCCAACUCCCCUUCCUCAGAGCACCUUUGAGGAUUUCUUGGGAUGGGGCCCGGUUCGAGACGCAUGGAAGCCUGAGUGGGGGUUGCUCGAUGGAAUGGGGGCAACCACAUGCUAGUGCUGGGCAUCCGUGCCUUGUGCGACGCCGUCAAUCUGCGGGGAAUGUCCUCCUCCGUGGUGCAAGGGUACCAAGCGCGAUGGCUCGUCGUUGAUGCACCGACGCGUGGUGCCGCGACAAGGAGAGCCUAGCGUGGCCGGGCUAGUGAGGCCUAAGGUAAGAACCCCUCACCAUUGGUCCGACCCGCAUCCAAGCCCUGCAAGUUCUGUCCUACAGGAUGUCGCAACUUGCGGGUGGGGUUCACAGACUAGAUGACGGCAGGCUCGUGCGCAUUGCGUGCACGGGGCUCAAGAUAUAGUCGGUCCGCCCAAGGCAAGAUCGCUUCUCUCCAAGGGAACUCGCCCGCAAGUGUAUUCACCGUUCCGUAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....((((((((((......(((.....(((((((((...(((....(((((((((...)))))))))......)))..)))))))))...)))....)))))))))).((((((((((((((..........)))))))).)))))).((((((((((....))))))))))..(((((((....((((((....(((..........(((..((((((((..((((((.(((((...((((..((((((.....))))))..)))).....)))))))))))..((..(....)..)).....)))....).))))))).....)))...))))))(((..((((...(((((.(((((....)))))....)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((.....)))))).))))).......]]]]]]((...(((..((..(((.....)))..))..))).(((((....))))).......)).........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(...((((((((((.((.....((.((.((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))..)).)))).))))))))))(((..(...)..))).(((((((((((....))..((((...(((.((((.....(((((((.(((..(((((((..(..((((((......))).)))..)......((((((..(((((.(((..((((...))))..))).)))))))))))..........((((((.(((.((.(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))......((((.((((((((.((((....))))...).))))))))))).))))))..........))))))).(.(((((((((.....))))))))).).................))).))))))).......(((((.....)))))...)))))))...))))...))))))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.((((((((((....((..((....((((.((((....((((..(((((((((...)))))))))......)))).)))).))))...))))...))))))))))((((((.((((((((..........))))))))..(((((..(((.((((.....(((((((.(((..(((((((.((((((((............((.((((((....)))))).((((...((((((((((....((((((.....)))))).))))).....)))))..)))))).(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).))))).((..(((((((((((((..((((....)))).....)))))))....))))))....))..)))))))))).(((.(((((((.....))))))).((((........)))).)))))).))))))).......((((((...))))))...)))))))))))).....)))))).)).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........................(.((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))..).....(((((((.((((.......((((((((..........)))))))).............)))).))))))).....................((((((.........))))))...((..(........((((...(((((.((((((..((((((.....))))))..))))..)).)))))..))))((.(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).))))).................(...(((....)))......)((((((((((((.((((...(((((.........((.(((((((((.....))))))))).)).......)))))...........((...............))....)))))))))))))))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((............)))....(((.((((((((((.......((((((.........))))))....)))))...))))).)))....(((((......((.((.(((.((((((.(((((((...(((((.............((((.(((((....))))).))))....((......((((((((.........)))))))).....)).((((..((((.(.(((((...((((..(((((.......)))))..)))).....)))))).))))((((..........))))...)))....))))))..)))))))..)))))).))).)).)).......)...))))((((.(((((.....(((((((((((((.......(((((..........((((((((((.......)))))).)))).......)))))......(((..((..(((.....)))..))..)))..)))))))))))))........))))).)))) |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((............)))((.((.((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))..)).)).(((((((.(((((.(((..((((((((..........)))))))).))..)......))))).)))))))......(......).....(((((((((......).))))))))(((..((((.((..((((.(.(((((.((((((..((((((.(())))))))..))))..)).)))))).)))))).(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))))))))))................(..((((....)))).....)((((((((((((.((((((.(((((.(...(...((.(((((((((.....))))))))).))...).).))))).))....((..((..(((.....)))..))..))))))))))))))))))(....)............ |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((......(((.....((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))...)))....))))))))))((((((...)))))).(((((((((..........((((...(((.((((.....(((((((.(((..(((((((.((((((((((......))).)))........((((.....((((...(((((...((((..((((((.....))))))..)))).....)))))..))))...(((((((((((((.....(((....)))))))))...)))))))))))....(((...((((((((((.(((((....)))))....))))))))))))).(((....))))))))))))))...(((((((((.....)))))))))......(((...)))....))).))))))).......((((((...))))))...)))))))...))))...))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((.(((((((((.((.((.((...(((.((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).)))))..)))))).))))))))))).(((((((((((((..........)))))))).((((((((.(((((((((((.(((.(((.(((....))))))...))).)).))))))..((((.((..((...((((((..(((((.(((..((((...))))..))).)))))))))))))..)).)))))))))))))))..(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))...........((..(((((((...)))))))...)).(((((((((((((((..((.(((((.........((.(((((((((.....))))))))).)).......))))).))..)))).((((......)))).((((...))))...))))))))))).................. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(([[[[[[[.........)).....((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))........((((]]]]]]]........((((((((..........)))))))).....................))))..........((((((...((((((((.........))))))))..............((((...(((((...(((...(((((.......)))))...))).....)))))..))))((.(((((((((((((.....((......))))))))...))))))).))......................(({{{..))}}}.......<<<<<<<<<<<<<.<<<...<<<<<...))))))((.(((((((((.....))))))))).)).......>>>>>((((.((.....))..))))..............>>>>>>>>>>>>>>>>.................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((.((.((...(.((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).)))))..)))))).))))))))))(.(.........).).(((((((((.(....)....(((...(((.((((.....(((((((.((((((((((((.((((.(((((......))).))(((((((....))))))..).....(((((.((((((..((((((.....))))))..))))..)).)))))..(((.((.(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))..((..((((.(((((((..((((....)))).....)))))))))))..)).........))))))))))).(.(((((((((.....))))))))).)....(((...))).)).))).)))))))........(((((...)))))....)))))))...)))....))))))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((..............((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))..........))))))))))((((((.((((((((..........)))))))).............((((((..))))))..(((((([[[[[[[...(((((((...............(((((..((((.....((((...((((((((((....((((((.....)))))).))))).....)))))..))))...(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))))))))))))....))))))).(((((((...)))))))))))))(((((((((((((..............]]]]]]]...(((((((((.....)))))))))..............(((((.(((...)))..))))).((((((...))))))))))))))))))).......))))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((........((.((.((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))..)).))[[[))))))))))..]]]..((((((((.{{{{{{{{{))))))))..((((...(((.((((.....(((((((.(((..((((((.(((((.((((.....)))).(((.((.(((...((((((..(((((.(((..((((...))))..))).)))))))))))))).)).)))((((((.(((.((.(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))......((((.(((((((.(((((....)))))....))))))))))).))))))......)))))))))))((.(((((((((.....))))))))).))................))).))))))).......(((((.....)))))...)))))))...))))...}}}}}}}}}.. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((.((.(.(..((.(((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).)))))..)))))).))))))))))((((.......)))).(((((((((..........((((...(((.((((.....(((((((.((((((((((((.((((((((((......))).)))((((((....))))))........(((((...((((..((((((.....))))))..)))).....)))))..(((.((.(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))(.((..((((.(((((((..((((....)))).....)))))))))))..)))........)))))))))))...(((((((((.....)))))))))......(((...))).)).))).)))))))........(((((...)))))....)))))))...))))...))))))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((.....((.((.((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))..)).)))).))))))))))(((..(...)..))).(((((((((((....))..((((...(((.((((.....(((((((.(((..(((((((.((((.((((.....)))).(((.((.(((...((((((..(((((.(((..((((...))))..))).)))))))))))))).)).)))((((((.(((.((.(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))......((((.((((((((.((((....))))...).))))))))))).))))))......))))))))))).(.(((((((((.....))))))))).).................))).))))))).......(((((.....)))))...)))))))...))))...))))))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((.........).)))).(((..))).((((((((.((((.(((((((((...)))))))))...(..)..).)))..(.(((((...........))))).))))))))).....(((((((((((((((...(((......)))..(((((((.((((((((..((..(((((((.((((.(((......)))(((..((...))..)))..((..((((((.(((((.(..(((...((((.((..)))))).(...))))..)))))))))))))).(((((((((((((((.((...))).)..))))).))..))))))((((.((..(..).(((((((...((((...)))).((......)))))))))))))))...)))).....))))))).(((((((((((.....))))))).((((........))))))))))..))))))))))).)))))))))))((((((..(((......)))..))).))))))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((.((...........((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).)))).......)).))))))))))(((..(...)..))).(((((((((((....))..((((...(((.((((.....(((((((.(((..(((((((.(((........................((...((((((...((((.(((..((((...))))..))).)))).))))))))........((((((.(((.((.(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))......((((.(((((((..((((....)))).....))))))))))).)))))).......))))))))))((.(((((((((.....))))))))).))................))).))))))).......((((((...))))))...)))))))...))))...))))))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((..(.....((.((.((((..(((((..((((..(((((((((...)))))))))......))))))))).))))..)).)))..))))))))))(((..(...)..))).(((((((((((....))..((((...(((.((((.....(((((((.(((..(((((((.((((((((............((.((((((....)))))).((((...(((((..(((((..((((((.....))))))..))))..)..)))))..)))))).(((((((((((((.....(((....)))))))))...))))))).)))))..((..((((.(((((((..((((....)))).....)))))))))))..))..........)))))))))).(.(((((((((.....))))))))).).................))).))))))).......(((((.....)))))...)))))))...))))...))))))))).. |