CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00641



RNA: CRW_00641
Rfam family: -

GAGCUCUUUCUUGAUUUUGUGGGUGUUUGCCAAUGCAGCAUUGCCCAGUAUAGCCUUUAGCUAGUCCGCUCCGGCGGGCCACAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCGGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGA
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...................((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....))))))...((((((....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...[.[[[[[...))).)))(((((((((((....))).))))))))......]]]]]].(((((((((......))))))).....))...................................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((....((((.....))))..((((....))))(((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))))))(((((((....))).))))..............(((((((((((........)))))).))))).)))..)))).))))))..)..)))..).))))).)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.....(((.....(((.....((((.((((.....((((.((((.(((..(((...((((((....))))))..........((((((((((((((..(((((...))))).(((((.............))))).....))))..))))))..)))).))))))......((((((((((((....))).)))))))))..))))...(((((((((((........)))))).))))).))))..))))))))...)))..)))...)))))..
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....))))))(.......((...((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))..((((((((.(.....))))))).)).....))........).......................
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........................................................................................................................................................................................................................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.........((...((((((..(((.......))).))))))....)).....)))).((((((....))))))(((.(((.((...((((((...((..((((.....)))).))..))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))..((((((((........)))))).....))(((((((.....)))))))......)).)))))).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....))))))(((..((.(((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.(()))))))))).)))...))(((((.........(((((((((((((())))).))))))))).....)))))((((((((((.((...)))))))).))))..))).)).)..)).......................
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((............((((((..(((....)))....))))))...((((.....))))((((((....)))))).............((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....))))))))....[[[[......)))..]]]]((((((((((((....))).))))))))).........(((((((((((........)))))).))))).............((((........)))))))))..
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..............)))).(((((((((((.(((((((((....((((.....))))((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))............(((((((((((........)))))).))))).)))))))))...))........)))))))))....
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......................((......(((((((((....((((.....))))((((((....))))))...(((((((((.((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))..........(((((((((((........)))))).))))).)))))))))..))...............)))))..
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.....................((.......(((..((((.....(((.....))).((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))............(((((((((((........)))))).))))).))))..)))...))..............)))))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ............................((((.....(((((((((....((((.....))))(((((((..))))))).((((((.(((((((((((.......(((((...))))).....))))))....(((((.(((.....)))))))).(((((...(((((.........(((((((((((((..)))).))))))))).....)))))))))).)))))..........))))))....))))))))).))))((((((........)))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((...........(((.(((....)))...)))((((..(((..((((..(((.((((((.((.((..(((.((((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))))))..)))...)).)).)).)))).))).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..))))...((((........)))).))))..
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.....................(((......(((((((((.(..((((.....))))((((((....))))))..(((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))((((((((((....))).)))))))...........(((((((((((.((...)))))))).)))))))))))))))..)))..............)))))..
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...((((((....(((((...((((.....(((((((((......((((.......((((((....))))))..........((((((((((((((..(((((...))))).(((((.............))))).....)))))..)))))..))))...)))).......((((...))))......(((((.....))))).....(((((((((((........)))))).))))).))))))))).)))))))))..)))))).)))))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((..((((..(((.((((((.((.((..(((.((((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))))))..)))...)).)).)).)))).))).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..)))).))))))..)..)))..).)))))..
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.................(((....)))...((.((((..(((..((((..(((......((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))..))).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..))))...)).))).(((.((....)).)))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((.((.((((.....))))((((((....)))))).))((((((((((((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(..((((((((....))).)))))..)........(.(((((((((((........)))))).)))))))))..)))).))))))..)..)))..).)))))..
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((..))).(...(..)..(((((((.((.(...))))))...))))...(((.((..)))))...(((((((((((.(((...((((.(((((((((...((..(((......)))..))..)))).((((.(((((.(((.....)))))))).))))))))).(.(((((..((((((((((((((((..)))).))))))))))))...))))).).(((((((((..)))))))))(..).....))))....))))))))(......)..)))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((......(((....(..((...(((......((((..(((.................((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).))))..((((((((....))).))))).............(((((((((((........)))))).))))).)))..))))..)))))..)..)))....)))))..
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((..((((..((..((((((.((.((..(((.((((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))))))..)))...)).)).)).))))..)).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..)))).))))))..)..)))..).)))))..
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..............))))...(((....))).....(((((....(((.....))).((((((....)))))).(((.......)))(((..(((((..((((.....)))).((((((..........)).)))).....)))))....((((....)))).)))......))))).((((((....))).))).((((((.......))))))((((((........))))))....((((.....))))..((((........)))).......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ..((((..............))))...(((....))).(((.....(((..(((.....))).((((((....)))))).(((....<<<)))>>>..(((((..((((.....)))).((((((....aaa...)).)))).....)))))....AAA((((....[[[[[..)))).(((.....)))...]]](((((.bbbb)))))......BBBB{{{{{{]])))...}}}}}}....((((.....))))..((((........))))...))).