|
|
|
GAGCUCUUUCUUGAUUUUGUGGGUGUUUGCCAAUGCAGCAUUGCCCAGUAUAGCCUUUAGCUAGUCCGCUCCGGCGGGCCACAUCCUCCCUGUGCUGAAAGCCUUCCCCUUACAGGGGCGGUAUCAGCAGCCAAAGAAUGCCAGCGCGGCUUCUUCGGUUCACAGACUAGGCGAGUGAUGGGCUGAGCCCUUAGGGGUCUCAGUUCGAGAUAUAGUCGAGCCCCAGGGUCUAAGACCUGGGUGUUUGCGGGUGGUGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGAGUGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...................((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....))))))...((((((....((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))...[.[[[[[...))).)))(((((((((((....))).))))))))......]]]]]].(((((((((......))))))).....))...................................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((....((((.....))))..((((....))))(((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))))))(((((((....))).))))..............(((((((((((........)))))).))))).)))..)))).))))))..)..)))..).))))).) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.....(((.....(((.....((((.((((.....((((.((((.(((..(((...((((((....))))))..........((((((((((((((..(((((...))))).(((((.............))))).....))))..))))))..)))).))))))......((((((((((((....))).)))))))))..))))...(((((((((((........)))))).))))).))))..))))))))...)))..)))...))))).. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................(((((...(((.......)))..)))))...((((.....))))((((((....))))))(.......((...((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((.........((((((((((((....))).))))))))).....)))))..((((((((.(.....))))))).)).....))........)....................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.........((...((((((..(((.......))).))))))....)).....)))).((((((....))))))(((.(((.((...((((((...((..((((.....)))).))..))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).....(((((..........(((((((((((....))).))))))))......)))))..((((((((........)))))).....))(((((((.....)))))))......)).)))))). |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...................((((((..(((.......))).))))))...((((.....))))((((((....))))))(((..((.(((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.(()))))))))).)))...))(((((.........(((((((((((((())))).))))))))).....)))))((((((((((.((...)))))))).))))..))).)).)..))....................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((............((((((..(((....)))....))))))...((((.....))))((((((....)))))).............((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....))))))))....[[[[......)))..]]]]((((((((((((....))).))))))))).........(((((((((((........)))))).))))).............((((........))))))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..............)))).(((((((((((.(((((((((....((((.....))))((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))............(((((((((((........)))))).))))).)))))))))...))........))))))))).... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......................((......(((((((((....((((.....))))((((((....))))))...(((((((((.((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).))).........))).))).)))(((((((((((....))).))))))))..........(((((((((((........)))))).))))).)))))))))..))...............))))).. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.....................((.......(((..((((.....(((.....))).((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))............(((((((((((........)))))).))))).))))..)))...))..............))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................((((.....(((((((((....((((.....))))(((((((..))))))).((((((.(((((((((((.......(((((...))))).....))))))....(((((.(((.....)))))))).(((((...(((((.........(((((((((((((..)))).))))))))).....)))))))))).)))))..........))))))....))))))))).))))((((((........)))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((...........(((.(((....)))...)))((((..(((..((((..(((.((((((.((.((..(((.((((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))))))..)))...)).)).)).)))).))).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..))))...((((........)))).)))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.....................(((......(((((((((.(..((((.....))))((((((....))))))..(((((((((((((((((..(((..(((((...))))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))((((((((((....))).)))))))...........(((((((((((.((...)))))))).)))))))))))))))..)))..............))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...((((((....(((((...((((.....(((((((((......((((.......((((((....))))))..........((((((((((((((..(((((...))))).(((((.............))))).....)))))..)))))..))))...)))).......((((...))))......(((((.....))))).....(((((((((((........)))))).))))).))))))))).)))))))))..)))))).))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((..((((..(((.((((((.((.((..(((.((((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))))))..)))...)).)).)).)))).))).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..)))).))))))..)..)))..).))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.................(((....)))...((.((((..(((..((((..(((......((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))).(((((((((....))).))))))..))).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..))))...)).))).(((.((....)).))) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((.((.((((.....))))((((((....)))))).))((((((((((((((((..(((..((((.....)))).))).))))))(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).)))(..((((((((....))).)))))..)........(.(((((((((((........)))))).)))))))))..)))).))))))..)..)))..).))))).. |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((..))).(...(..)..(((((((.((.(...))))))...))))...(((.((..)))))...(((((((((((.(((...((((.(((((((((...((..(((......)))..))..)))).((((.(((((.(((.....)))))))).))))))))).(.(((((..((((((((((((((((..)))).))))))))))))...))))).).(((((((((..)))))))))(..).....))))....))))))))(......)..))))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((......(((....(..((...(((......((((..(((.................((((((....))))))..(((((((((((.(((((..(((..(((((...))))).))).)))))((((.(((((.(((.....)))))))).)))).......)))).))).))))..((((((((....))).))))).............(((((((((((........)))))).))))).)))..))))..)))))..)..)))....))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((...(..(((....(..((...((((.....((((..(((..((((..((..((((((.((.((..(((.((((.(((((((((((.(((((..(((..((((.....)))).))).))))).(((.(((((.(((.....)))))))).)))........)))).))).))))))))..)))...)).)).)).))))..)).))))..(((((((((((........)))))).))))).)))..)))).))))))..)..)))..).))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..............))))...(((....))).....(((((....(((.....))).((((((....)))))).(((.......)))(((..(((((..((((.....)))).((((((..........)).)))).....)))))....((((....)))).)))......))))).((((((....))).))).((((((.......))))))((((((........))))))....((((.....))))..((((........))))....... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((..............))))...(((....))).(((.....(((..(((.....))).((((((....)))))).(((....<<<)))>>>..(((((..((((.....)))).((((((....aaa...)).)))).....)))))....AAA((((....[[[[[..)))).(((.....)))...]]](((((.bbbb)))))......BBBB{{{{{{]])))...}}}}}}....((((.....))))..((((........))))...))). |