RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00642

RNA: CRW_00642
Rfam family: -

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((..........................(((((..(((((..(....)..)))))..)))))....(((..((((((...........((((((.((((((((....))))).)))..........(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....))))))..((((....)))).......((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))))....))).)))..))).).)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((((((((((((...(((......)))..(((((((((...((((((..................))))))..))..))))))).((((.((((((((((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........)))))))))))))..........(((((((....))))))).....)))).)))(((((((........)))))))....))))...))))))))).((((((....))).)))...)))))..
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................(((((.....(((((..((((((((....))))))))..)))))........))))).............((((((..(((((((....)))))....))........(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....))))))((((((....))))))...........((((((((((........)))))))....((((.......))))......((....)).........)))...
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................(((((....))))).....................................................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((..........((((((.....(((((..((((((((....))))))))..)))))........)))))).............)))...((((((((....))))).)))...............((.((((..(((.(((((......))))))))..))))))(((((........)))))...(.(((((.........((((((....))))))......))))))(((((((((.((.....((.(((...(.....)...)))))....)).(((....)))))).))))))....
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((..........((((((...(((((((..((((((((....))))))))..))))).)).....))))))))).........((((((.((((((((....)))))....))).......(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....))))))((((((....))))))((.......))((((((((((........)))))))..((((((((...))))))))...(((....)))........)))...
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........(((....[[[[[[.....(((((..((((((((....))))))))..)))))))).....]]]]]]............((((((.((((((((....))))).))).((((.........))))((((..(((.(((((......))))))))..))))(((....)))..[[[[[[[[[[[..........))))))((((((....)))))).....((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))))...]]]]]]]]]]]......
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((((..((((((((....))))))))..)))))((..(((..((((((...........((((((....(((((....))))).(((...)))....(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..))))..(((((........))))).))))))).....)))))).(((((....)))))......((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))))....))).)))..)))..))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................(((((((((((([[.[[[[[[[..))))..]]].]]]].]]......((............((((((....(((((....))))).(((...)))....(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....))))))((((((....))))))......(((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).)))))......))...))))))))..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............................(((((..((((((((....))))))))..))))).(..(((..((((((...........((((((....(((((....))))).(((...)))....(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..))))..(((((........))))).))))))).....)))))).(((((....)))))......((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))))....)))).))..)))..).
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((...................(((((..(((((((((..)))))))))..)))))....[[[[[[..))))))).................((((((((((((]]]]]](((((.........)))))..........)))))...)))))))........(((((..))))).(((((((((((...............((((((((..))))))))....((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))))...)))))))))))......
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((..(((..(((...(((((........)))))....)))...(((((.......(((.((((((.((((((((....))))).)))..........(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....)))))).(((((....)))))...))).(((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))).....))))))))..))))..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((.......))))...........(((((..((((((((....))))))))..)))))(.(((((..((((((...........((((((.((.(((((....)))))((((...))))...(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........)))))))))))))...))))))))((((((....)))))).....((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))))....)))).))..))).)))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((..(((((...((((((.....(((((..((((((((....))))))))..)))))........))))))............((((((....(((((....)))))((((...))))...(((((((.((((......(((((......))))).....)))).((((((........))))))))))))).....))))))....))))).....(((((..((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).)))))).......)))))....))))
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((..(((..(((...(((((........)))))....)))...(((((.......(((.((((((.((((((((....))))).)))..........(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....)))))).(((((....)))))...))).(((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))).....))))))))..))))..
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((.((((.........((....))..(((((..((((((((....))))))))..)))))............))))......(((.((((((.((((((((....))))).)))..........(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....)))))).(((((....)))))...)))..))).((((((((((.((.((.....))))..((((((((...)))))))).............))).)))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......(((..(((((((((.......(((((..(((((..(....)..)))))..)))))....((((((((((....((.......))...))))..(((....))))))))))))((((((((((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........)))))))))))))......((..(((((((....)))))))..)).)))).)))(((((((........)))))))..))))))....(((.((((....(((....))).)))).))))))..
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((.((((((((..........)).))))))((((((........))))))((((((.(.((((((((((((((.............)).)))))(((((..)))))))))))).((((((((((((((.(((((.(((..(((((...)))))..)))).)))).(((((((......))))))))))).......((..)).(((((((..)))))))...))))))).)))(((((((........))))))))))))))(..)((((.(.((((...((....)).))))))))).))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((..(((..((...........................))...(((((...........((((((....(((((....)))))..............(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....))))))((((((....)))))).....((((((...(((((((........)))))))..((((((((...)))))))).))))))....))))))))..))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...........................((((..(((..(((...(((((........)))))....)))...(((((.......(((.((((((.((((((((....))))).)))..........(((((((.((((..(((.(((((......))))))))..)))).((((((........))))))))))))).....)))))).(((((....)))))...))).(((((...(((((((........)))))))..((..((((...))))..)).))))).....))))))))..))))..
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((......(((((.......)))))..((((((((....))))))))......)))).(((((.((((..................)))).((((....))))))))).((((.........)))).(((......(((((......))))).....)))..((((((........))))))...(((((...((((..(((((((....))))))).......))))..(((((((........)))))))...((((((.....)))))).((((((....)).))))...)))))..
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((.....))))..............((((((..aaaaa)))(((((AAAAA...))))).((((......<<<))))........))).(((...(((((....)))))(((.[[[[)))....(((.]]]].)))>>>..(((((......)))))......((((.{{{{)))).(((..}}}}.....)))..........(((((((....))))))).....)))..((((((((((........))))......((((((.....)))))).((((((....)).)))).))))))...

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