|
|
|
AUUGAAAGCUCUUUCUUGAUUCUGUGGGUGGUGGUCGAGAAACUUCGGUUGUGUGCCACGCUGCGAGCCUGCGAGAUCUACUGUUAAACUCCGUGCCGCCCAGCACGCGAGGGGUCUCGACAACGGUUGCGCUAGUCCAUCUGCUAUGUGAGCAGGGUGGGCGACACCGUCAAAUUGCGGGGAUCUCCUAUAGCUCAUCGUACCCGCUCAGCGCUCGAAAGGGCGCUGUGCUCAAGGUAACAAUCGGUGAGAUGCGACAAUGGACAAUCCGCAGCCGGGUCCUAAGCUCUUCGCCGGGUAUGGAUCAUCGGUUCACAGACUAGAUGUCGGUGGGUCAUUAUCGAAAAUGGCUUAAGGUAUAGUCGGACCACAUGGGAGACCAUGAUGUGGUGAAUAAGGAGAUACCAUCUCCCCGAGCGCCACGGUGCGCUCAGUCGAGCGGGCACGGGUCGGUCGGCAUGGCCGUUCUUAGUUGGUGGGUUGCCUUGUCAGGUUGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..........................(((((((...(((......((((.........(((.........)))......)))).....)))..))))))).((((((....................)))))).((((((((............))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((((((....)))))))))).....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((..((((...((((......))))..))))....)))...[.[[[[[...)))))))(((((((......))))))).......]]]]]]((...(((((....))))).(((((((.....((((((...)))))).....)))))))((((((((....))))..)))).......))..........................................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((....))))......(((((((..((((.((...(((....)))...))))))...(((((((((((((((((.........((((((((......))))).))))))))))).))..)))).)))..(((((((((((.....)))).)))))))((..((((......))))...)).)))))))(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))....(((((.((.((((((((.(((.(((((...((((......))))..)))))...((..(((.(((.....))).)))..))............)))....(((...((((((((.(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....)))))).((.(((((....))))).))...))))...))))...)))...........)))))))))))))))......) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((...((((.((((((((((...........))))))))))...(((((..(((((..(((..(((((..((((((((((((......((((((((.........(((((((((...((...((((((((...(((((((((((.....)))).)))))))....((((....((((.(((....)))....(((((((((((.((..(((((((....)))))))..))....)))).....)))))))..))))..))))......))))))))..))....)))))))))..)))))))).((((((((....)))).)))).)))))))))....))).....)))))..))).......((((.(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....)))))).((((((((....))))..)))).))))....)))))))))).....))))....))).((((....))))... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((((((.............)))))))))................................................((((((..........(((((((((...(((..((((((((...(((((((((((.....)))))..((((.((..((((......))))...)).))))...(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))........))))))....)))))))).)))....)))))))))...............(((((...(((((..((((..(((((((((......))))))))).)))))))))))))).(((((....)))))..((((((.....(((((.....))))).....))))))....(((((....))))).))))))..((((.......))))................................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................(((((.((...((((((....(((.....(((((((..........((((((....))))))..................)))))))..........)))...))))))......(((....((........))...)))....................)).)))))(((((((......)))))))................................................................................................................................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((.(((.............))).)).((((.((((.....(((....)))....))))))))(((.(.(((.(((((((.........((((((((......))))).)))))))))).....))).).)))..(((((((((((.....)))).)))))))..(((((.(....((((((....(((.....(((((((((((....((((((((....)))))))).......)))....).)))))))..........)))...))))))(((((((((...((((......))))..))))..))))).............).)))))(((((((......))))))).............((((.(((((....)))))..((((((.....(((((.....))))).....)))))).((.(((((....))))).))...))))....((((.(((.((((.........)))).))).))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((((((((((......)).))))))))))........................((((((..((((((((.......((((((((.(((.....(((((((((...(((..((((((((.(.(((((((((((.....))))).(((((.((..((((......))))...)).)))))..(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))........)))))).)..)))))))).)))....))))))))).)))...........(((((...(((((..((((..(((((((((......))))))))).)))))))))))))).(((((....))))).(((((((.....((((((...)))))).....)))))))...(((((....))))))))))))).(((((.....))))).........)))))))...)..).)))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.....((((((((((......[[[[[)))))))))).)))))).....]]]]]...(((......[[[[[[[[.........[[[[[[[[)))...]]]]].]]]]]]]]]]]....((((((((...(((((((((((.....)))))((((((((((...))).....[[[[[...........)))))))...]]]]].((((((((....))))))))..((((.(((....)))..))))........))))))....))))))))(((((...((((......))))..))))).(((((.(((.(((.....))).)))[[[[...)))))...(((((........)))))]]]].(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....)))))).((((((((....))))..)))).(((((...[[[[)))))..........(((.....))).]]]]....... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......((((...........(((((((.(((((.((...(((....)))...))))))...(((((((((((((((((.........((((((((......))))).))))))))))).))..)))).)))..(((((((((((.....)))).)))))))....((((......))))....).)))))))(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))....(((((.((.((((((((.(((((((((...((((......))))..)))))..)))).(((.(((.....))).))).((((((......)))))).(((((.((.((((.(((((((((....)))...))))))......((((((...))))))((((.((((.((((.(((((....))))).)).)))).)).))))..)))).)))))))....))))))))))))))).)))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................(((((((((........(((....)))....))))).))))..((((((((((((((((........(((((((.........(((((((((...(((..((((((((...(((((((((((.....)))))...(((.....((((......))))......)))....(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))........))))))....)))))))).)))....)))))))))...............(((((...(((((..((((..(((((((((......))))))))).)))))))))))))).(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....))))))....(((((....))))))))))))...(((.......)))..........)))))))...)))).)))))... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(..........)........(((((((((..((((......))))......))))).)))).(((((((((((((((((........(((((((..((.((.((((((((((...(((..((((((((...(((((.(((((.....))))).(((((.((..((((......))))...)).)))))..(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....))))))).........)))))....)))))))).)))....))))))))).).))..))......(((((...(((((........(((((((((......))))))))).....)))))))))).(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....))))))....(((((....))))))))))))..(((((.....))))).........)))))))...)))).)))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..))))).......((((((((((([[[[[[[.............)))))).)))))((((((((((((((((((......((((((((((((.....((((((((]]]]]]]..((((((((...(((((((((((.....)))))((((.....))))......((((((((..)))).....(((((((((((....((((((((....)))))))).......)))).....)))))))..))))..))))))....)))))))).........)))))))).))))......(((((((((...(((((........(((((((((......))))))))).....)))))))))).(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....))))))))))(((((....))))))))))))).((((((...))))))........))))))))...)))).)))))).. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....))))......(((((((..((((.((...(((....)))...))))))...(((((((((((((((((.........((((((((......))))).))))))))))).))..)))).)))..(((((((((((.....)))))).)))))....((((......))))......)))))))(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))....(((((.((.((((((((.(((.(((((...((((......))))..)))))...((..(((.(((.....))).)))..))............)))....(((...((((((((.(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....)))))).((.(((((....))))).))...))))...))))...)))...........)))))))))))))))....... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........((((...(((..[[[[[[[[[))){{{))))..}}}.......]]]]].]]]].((((((((((((((((((((((..((((((((..(((((.((((((((((.(.(((..((((((((...(((((((((((.....))))).(((((.....((((.(...)))))......)))))..(((((((((((....((((((((....)))))))).......)))).....)))))))........))))))....)))))))).)))...)))))))))).).)).)))......(((((...(((((........(((((((((......))))))))).....)))))))))).(((((....))))).(((((((.....((((((...)))))).....)))))))...(((((....))))))))))))).(((((.....)))))...)))).))))))))...)))).)))))).. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........((...((((((((((((..((((((((....(((....)))..(((((.((.((.((((.((((((((((.........((((((((......))))).))))))))))).)).((((((((...(((((((((((.....))))).(((((.((..((((......))))...)).)))))..(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))........))))))....))))))))........))))..)).))))))).))))))).)..)))))).........((..(.((((((.(...(((((((....((...(.(.((((.(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....)))))).((.(((((....))))).))...)))).).).))..)))))))....).)))))).)..))..))))))..)) |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((..(((((..((((.....(..((((((((.((...(((....)))...))))))((((((((((((((((((((.........((((((((......))))).))))))))))).))..)))).))).))).))))..)....)))).)))))(((((((.((..(((...(((((((((((((........((((((((((.((((((((....)))))))).))..............((((((..((......((((...(((....)))))))...))..)))))))))))))).((((((((((...(((((..(..(..(((((((((......))))))))).)..))))))))))).(((((....)))))....)))))...))))))).))......((((.((((.((((.(((((....))))).)).)))).)).)))).....))))......)))..)))))))))..))))..... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((..)))))(..).((.((.(((.((((.(((((((((..))))))))))))))))))))((((((((((.(((((...(((((((((((......))))).))))))....(((.(((((((((((.((((((.((....(((((((((((..((((....((.((.....((((..))))..))))...))))))))...(((((((((..)))))))))))))))).....(((((....)))))...)))))))).)).))))))))))))(((((((..(((..(((((((((((..((((((((((((((((...(((.((((((((((..))))))))))))).)))))))....((((((((..)))))).)).)))))).)))..))).))))).))))))..(((.(.((((((((....)))))..))))))).))).(((......))).))))..))))).)...)))).)))))... |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................(((....)))...............(((((((((((((((((........(((((...........((((((((....(((..((((((((...(((((.(((((.....)))))......................................(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....))))))).........)))))....)))))))).))).....)))))))).......................((((.........((((((((........))))))))......))))......(((((....)))))..((((((.....(((((.....))))).....)))))).....((((....))))...)))))..........................)))))))...)))).)))))).. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((....))))......(((((((..((((.((...(((....)))...))))))...(((((((((((((((((.........((((((((......))))).))))))))))).))..)))).)))..(((((((((((.....)))).)))))))....((((......))))......)))))))(((((((((((.((.((((((((....)))))))).))....)))).....)))))))....(((((.((.((((((((.(((.(((((...((((......))))..)))))...((..(((.(((.....))).)))..))............)))....(((...((((((((.(((((....)))))..((((((.....((((((...)))))).....)))))).((((((((....))))..)))).))))...))))...)))...........)))))))))))))))....... |
