|
|
|
UGAUGCCCUUAAAAUCUAGGGGUAAAAAGCCGAGUUUGGUUGAAAAGGGCCUUGGCCCUCCAAGCGACAUUUUCAAUCUUUGACGGCAAGUUUCAACCGAACAAGCCGAAGUCUUUGCUUAAAUGCGGAGAUUCAGAGACUAAACGAAGAUGGGGACGCCAAAAUAUAGGCGUCUUUUCUGAUAUAGUCCGACUUAUAGCUGGAAGGCUAUAACGUUUGUGUAGAUGCUCUGGGCCGCACGCGCGCUACACUGACAGAGACAACGAG |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...((((((((.....)))))))).........((((((......(((((....)))))))))))...((((((......(..((((..((((.....))))..)))).)((((((((......))))))))...[.[[[[[...))))))(((((((((........)))))))).)......]]]]]].((((((((((....)))))))).....))...............................................
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((.....)))))))).........((((((......(((((....)))))))))))..(((((((..(((((((((((..((((.....))))..))))..((((((((......)))))))))))))))......))))))).(((((((........)))))))((((((.........(((((((((((....)))))))).))).((((((.(((.(((.....)).).)))))))))...))))))......) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))......((.((((((......(((((....)))))))))))..(((((((..(((((((((((..((((.....))))..))))..((((((((......)))))))))))))))......))))))).(((((((........)))))))...........(((....((((((((....)))))))).(((.((((((.(((..............))))))))).)))...)))..)).. |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))....((((.....(((((((((....(((((....))))).....))))))))).....))))..(((.......)))........((((((((......)))))))).....(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....)))))....((((((((....)))))))).(((.((((((..((..............)).)))))).)))............ |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((...........)))...................................................................................................................................(((((((........)))))))...................((((((......))))))....................................................... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......))))))).........((((((......(((((....)))))))))))..(((((((....(((((((((..((((.....))))..))))..(((((((........))))))))))))........))))))).(((((((........)))))))...........((.....((((((((....)))))))).(((.((((((..((............))...)))))).))).......))... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))....((((.....((((((((((...(((((....)))))...).))))))))).....))))..((((.....)))).....(.(((((((((......))))))))))...(((((.....(((.(((((((((.(....).))))))))))))....)))))....((((((((....)))))))).(((.((((((.(((.(.(.....)..).))))))))).)))............ |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))....((((.[[[[[[[[[[[[(((((....)))))........................))))...]]]]]]]]]]]](((.....[[[[[[[))).....]]]]]]].....(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....))))).(((((((((((....)))))))).))).((((((...[[[[[...(((....)))))))))...]]]]]........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))....((((.....(((((((((..((.((((....))))))....))))))))).....))))..(((((...((.......)).(((((((((......)))))))))....(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....)))))....((((((((....)))))))).(((.((((((.(((..((.......)).))))))))).))).)))))...... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......)))))))....((((.{{{{((((((((((((([[[[))))).]]]]......)))))))).....))))...........}}}}........((((((((......)))))))).....(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....)))))....((((((((....)))))))).....((((((..((..............)).))))))................ |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....)))))))).........((((((......(((((....)))))))))))...........((((((.((((..((((.....))))..)))).(((((((((......)))))))))....(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....))))).(((((((((((....)))))))).))).((((((.(((..((.......)).)))))))))...))))))....... |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....)))))))).........((((((((((((((((((..))))))...............................))))))))))))........(((((((...(((((((((...(((((((..............(((((((........)))))))))))))).....))))..((((((((....)))))))))))))((((((...........(((..)))..))))))...)))))))...... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))....((((.{{{{{{{{{{{{.((((....)))).........................))))...}}}}}}}}}}}}.....((.((((((((......))))))))))...(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....))))).(((((((((((....)))))))).))).((((((...[[[[[...(((....)))))))))...]]]]]........ |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))...............(((((((((((.[[[))))).]]].......))))))((((((.((((..((((.....))))..)))).(((((((((......)))))))))....(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....))))).(((((((((((....)))))))).))).((((((.(((..............)))))))))...))))))....... |
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))....((((.....(((((((((((((....)))))...........)))))))).....))))..(((((........((((..........))))...(((((...(((((((.....(((((...(((((((((........)))))))))................((((((((....))))))))..))))).......)))))))))))).................)))))...... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....)))))))).........((((((......(((((....)))))))))))..(((((((..(((((((((((..((((.....))))..))))..((((((((......)))))))))))))))......))))))).(((((((........)))))))((((((.........(((((((((((....)))))))).))).((((((.(((.(((.....)).).)))))))))...))))))....... |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.....)))))))).....((..((((((......(((((....)))))))))))..(((((((..(((((((((((..((((.....))))..))))..((((((((......)))))))))))))))......)))))))))..((((........)))))).((((((.........(((((((((((....)))))))).))).((((((.(((..((.......)).)))))))))...))))))....... |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....)))))))).....((..((((((......(((((....)))))))))))..(((((((..(((((((((((..((((.....))))..))))..((((((((......)))))))))))))))......)))))))))((((((........)))))).((((((.........(((((((((((....)))))))).))).((((((.(((.(((.....)).).)))))))))...))))))....... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(...((((........)))).(((((((..)))))))(((((((..(((((((....))))).))..))))))))(((((((...............)))))..(((((((((((.((((((((..)))))))..(((((....(((.((((((((((........)))))))))))))...)))))..(((((((((((..))))))))).))..((((((..........((((..))).)))))))..)))))))))))))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....)))))))).....................(((((....)))))...................................................((((((((......)))))))).....(((((.....(((.(((((((((........))))))))))))....)))))....((((((((....)))))))).(((.((((((.(((.(..........).))))))))).)))............ |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....)))))))).........((((((......(((((....)))))))))))..(((((((..(((((((((((..((((.....))))..))))..((((..((......))..)))))))))))......))))))).(((((((........)))))))((((((.........(((((((((((....)))))))).))).((((((.(((..((.......)).)))))))))...))))))....... |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((.......)))))))...(((((....)))))....(((((....))))).((((.((.........)))))).((((..((((.....))))..))))...(((((((......))))))).(((...............))).((((((........))))))...((((......((((.........)))).(((......))).((((((..((..((.......)).)).))))))...))))......... |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....))))))))...(((((....)))))....(((((....))))).((((.((.........)))))).((((..((((.....))))..))))...(((((((......))))))).(((...............))).((((((........))))))...((((......((((...[[[[..)))).(((]]]]..))).((((((..((..((.......)).)).))))))...))))......... |