RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00648

RNA: CRW_00648
Rfam family: -

			UAACAAGGUCUCGCCUGUACAGCAGCAUGAUCCCUCCGUCGAGUUUUCAUGUACCGAAGGCCUUAGCCGCCCGAAAGGGUGCCCCCGCCGCGACGCGGCCGCCACGGGAGCGGGCCGCACCAAGGAACGCGGGGCUGAAAGCGCUAGUCCGACCGGCCGAGUGCCGAUCGGGCAACACCGUCAAAUUGCGGGGACUCCCUAACAGCUCUCGACCACCAAGCGGGCGCCCGAAAGGGGCCCGUGGCCAGGGUCACGACCUCGGGUACGGUAACAGCGUCGAGAGAUGAGGCCGUUCCCCCCCCCCACCCAUGGGUGGCCGGGGGGCGCGGCGGAAAUGGGUGAUCCGCAGCCAAGUCCUACGGCCGGGCAGCCAGCCCGCGCUACGGAUGCCGUUCACAGACUAAAUGGUGGUGGGUCCGGUGGCGCCAGCAGCGCGCGCCGGGCUUAAGAUAUAGUCGGGCCCCUGCCGAAAGGUGGGGGGGGACGCAGAGUCACCGCUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....(((((((.....(((((......(((...(((....)))...))))))))...)))))))((((((((....)))))((((.............................................))))........))).(((((((((((.....)))))))))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((((..((((((.(((....)))))))))..(((.(((....)))).))....)))....).)))))))).(((((((((((((((...(((((....)))))..)))))).)))))))))..)))...))))))(((..((((...((((((((.....))))).)))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((((.....)))).))))))))).......]]]]]]((((((((((....))))))))..............))..............................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...(((((((((...(((((..(((.((((......)))).)))....))))))).)))))))...(((((....)))))(((((((((((..((((((.....(((((((..((.......))..)))..((((....).))).((((((.((((.....)))).))))))....((((......))))....))))...((.((((((((((((..((((((.(((....)))))))))..((..(((....)))..))....)))....).)))))))).)).)))))).((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))((((((........((((...((((((((.....))))).)))..))))...((((...(((((....((..(((((((((((((((.....)))).)))))))))))..)).)))))...((((..((....))..)))).))))((((..(((((........)))))..))))....)))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((((((..((((......((((((...(((....)))...))))))..((..(((.......)))))..((((...((((((...((((((((((...((((((((((((((..........))..)))).....))))..))))..))))))..((((.....))))....)))).....))))))...)))).))))((((((((.(((..((((((.(((....))))))))).(((..(((....)))...)))..)))......))))))))..))))))..((((((((((((((.......(((((((((((((((..............)))).)))....))).))))).(((((...(((((.((((.....((((((.........))))))..(((((((((((((((.....)))).))))))))))).....)))))))))..)))))....)))))))))))..((((..(((((........)))))..))))....)))....
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..............((((((...(((....)))...))))))......)))))....(((((....))))).(((((.......((((((((.......))).)))))...........)))))............((((((.((((.....)))).)))))).........................((..((.((((((((...(..((((((.(((....)))))))))).((.((((....)))).)).............)))))))).))))(((((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))))(((.........)))..................(((((.....)))))....................(((((.........((((((((((((((.....)))).))))))))))......)))))...((((((((....)))))))).....((((..(((((........)))))..))))...........
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.((.......)).((((((................)))))...)..))))))).((.((((....))))(.((((((......((((((((.......)))).)))).(...)....)))))).)....))....((((((.((((.....)))).))))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((((..((((((.(((....)))))))))..(((((.......))).))....)))....).)))))))).....(((((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))))......)))...))))))((...((((...((((((((.....))))).)))..))))...)).............)))))))(((((((((((((.....)))).)))))))))..............(((((((((....)))))))).....((((..(((((........)))))..)))).........).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((.(((..)))..((((((...(((....)))...))))))..)).)))))))...(((((....))))).(((((((.....((((((((.......))).))))).....)....))))))(.......)...((((((.((((.....)))).)))))).............(((.(......)((..((.((((((((..((..((((((.(((....)))))))))))((.((((....)))).)).............)))))))).))))(((((.((((((..((((((()))))))..)))))).)))))(((.........)))))).....((((...((((((((.....))))).)))..))))..........(((((........(((((((((((((((.....)))).))))))))))).....)))))...((((((((....)))))))).....((((..(((((........)))))..))))...........
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((...[[[[........((((((...(((....)))...)))))))))..]]]]......(((((....))))).((((((.[[[..((((((............))))))..........)))))).......]]]..((((((.((((.[[[[)))).))))))....((((......))))..]]]]........((((((((.(((....((((.(((....)))))))(((((....))))).[[[...)))..]]]......)))))))).....(((((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))))(((..(((...[[[[[...)))..)))...((((((((.....))))).))).]]]]]((((((....[[[[[))))))..(((((((((((((((.....)))).))))))))))).....]]]]](((((((((((....)))))))).....[[[[..[[[[[..)))...]]]]]..]]]]...........
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(.((((...))))).((((((.((..(((.((........))))).(((((((((.((((....))))))((((((.(((...(((((.((......(((..((.......))..))))))))))....)))..((((((.((((.....)))).))))))..............))))))............((((((((.(((..((((((.(((....))))))))).(((.((((....))))..)))..)))......)))))))).))))))).....(((((((((((......((((..((((((.(((((((..(((.((.....)).)))..)))....(((((((.....))))).)).((((...)))).(((..........))).(((((((((((((((.....)))).))))))))))).......)))).))))))))))...)))))))))))..((((..(((((........)))))..)))).)).)))))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((..............((((((...(((....)))...))))))......))))).....((((....))))(((([[.((.....((((((((.......))).))))).....))......))))...........((((((.((((.....)))).)))))).............((((((....(((...((.((((((((......((((((.(((....)))))))))..((.((((....)))).)).............)))))))).))..(((((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))))]]....))).{{))))))......(((...((((((((.....))))).)))..))).........................((((((((((((((.....)))).))))))))))..............((((((((....)))))))).....((((..(((((........)))))..)))).......}}..
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((.((.((((...))))(((((...(((....)))...)))))...))..))))))...(((((....)))))(((((((((((..((((((.(.......)((..((.......))..)).((.(((...))).)).((((((.((((.....)))).))))))....((((......))))...........((.((((((((......((((((.(((....))))))))).(((.((((....))))..)))...........)))))))).)).)))))).((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....))).(((((..........(....((((((((.....))))).))).(((...)))......(((..........(((((((((((((((.....)))).))))))))))).......)))...((((((((....))))))))..)..((((..(((((........)))))..))))....)))))..
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((...(((..)))..((((((...(((....)))...)))))).....)))))))...((((((...(((..)))[[[[[[[[..(((((({{{{{{{{....)))))).....[[[[[[.((((............((((((.((((.....)))).))))))....((((......))))...)))).......[[[[[[[[.[[[...))))))(((((......}}}}}}}}...((((..)))))))))...]]]......]]]]]]]].......]]]]]]((((((((((((..))))))..))))))]]]]]]]].......((((((((((......(((((((.(((((.....)))))....((((...)))).............((((((((((((((((((((.....)))).))))))))).........(((...((((((((....))))))))..))).......)))))))))))))).....))))....)))))).
NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((....((((((((tt(r(((ii.i(.nnnnnn.nnnn(aa.aaaaaa.)))))((..qqqqqq(ss.sssss(..[[[[[[[(jjjjjjj(.((oooooooo.))fffffffff.fff(...ccccc))))))R)AAAA(((((..(((((<<<<<<(.)CCC)C.)CFFFF..ggggggg(...mmmmm(bbbbbbb(...hhhhhhhh((..ll(.)I)FFFFFFF...hhhhhhhhhhhhh..hhhhhh(pp..))))).((((((...(()LL)HHHH.)FJJJJJJJ]]]uuuuuuuuuuu..)HOOOOOOOO)BBBB)]]]]SSS...)HG)HHHHHH{{.II..{{{(kkk)GGGGGG)).SS.SS)BBBMMHH)AAAA))))))PPNN.)}}}..>>>>>>.dddddddddddQQHHHH}}))))).DDDDDDDDDDD...))KKK.HHHHHHHHH((NN...UUUUUUUUUUU..))...MMM.QQQQ)TT((((((..))))))....NNNNNN.
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((...(((((..(((.((((......)))).)))....)))))))).))))))...(((((....)))))(((((((((((..((((((.....(((((....(((((.........((((.((.....))....((((((.((((.....)))).))))))....)))).....)))))...)))))...((.((((((((.(((..((((((.(((....)))))))))..((..(((....)))..))....)))......)))))))).)).)))))).((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))((((((........((((...((((((((.....))))).)))..))))...((((...(((((....((..(((((((((((((((.....)))).)))))))))))..)).)))))...((((..((....))..)))).))))((((..(((((........)))))..))))....)))))).
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((.((((...))))(((((...(((....)))...)))))...)).)))))))...(((((....)))))(((((((((((.............((((........................(((...)))....((((((.((((.....)))).))))))....((((.(...)))))....))))......((((((((.(((..((((((.(((....))))))))).(((.((((....))))..)))..)))......))))))))...........((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))((((((...............((((((((.....))))).)))((((...)))).....(((((........(((((((((((((((.....)))).))))))))))).....)))))...((((((((....)))))))).....((((.((((((........))))).)))))....)))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((...(((((..(((.((((......)))).)))....))))))).)))))))...(((((....)))))(((((((((((..((((((.....(((((....(((((.....(...((((.((.....))....((((((.((((.....)))).))))))....)))))....)))))...)))))...((.((((((((((((..((((((.(((....)))))))))..((..(((....)))..))....)))....).)))))))).)).)))))).((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))((((((........((((...((((((((.....))))).)))..))))...((((...(((((....((..(((((((((((((((.....)))).)))))))))))..)).)))))...((((..((....))..)))).))))((((..(((((........)))))..))))....)))))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((..)).((.(.(((..))))))(.(((((((..((((..(((((((....((...)).......((((((..))))))(((((((((((((((((((((..(...))))).)))))))))))..)).)))).)))))))(((((.((((.(((((..)).))).))))(((((........)))))((((((..(((..((((((((((((..(.(((((((.((((..))))))))))((((((((((..)))))).))).)...))..).))))))))))))))..))))))(((((((((((..))))))..)))))..(((((...........).))))...(((((((..((((((((((((((...(.((..((..))..(........)).))....))))).)))))))...............))..)))))))....)))))(..((((((((((..)))))))))))))))(((.((((((........))))).))))...).)))))))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((................................................))))))...(((((....)))))...(((((((....(((((.....((((.....................................((((((.((((.....)))).))))))......................))))...((.((((((((((((..((((((.(((....)))))))))..((..(((....)))..))....)))....).)))))))).)).)))))..((((((..(((((....)))))..)))))).)))))))........(((((...............((((((((.....))))).)))................((((.........(((((((((((((((.....)))).)))))))))))......))))...((((..((....))..)))).....((((..(((((........)))))..))))....)))))..
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((((.(((.....)))(((((...(((....)))...)))))...)).)))))))...(((((....)))))(((((((((((..((((((.....(((((....(((((.....((.((.((.((.....)).)).((((((.((((.....)))).)))))).....))))....)))))...)))))...((.((((((((.(((..((((((.(((....)))))))))..((..(((....)))..))....)))......)))))))).)).)))))).((((((..(((((....)))))..))))))))))))))....)))((((((...((...((((...((((((((.....))))).)))..)))))).((((...(((((....((..(..((((((((((((.....)))).))))))))..)..)).)))))...((((..((....))..)))).))))((((..(((((........)))))..))))....)))))).

---