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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00651



RNA: CRW_00651
Rfam family: -

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CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((...(((.....((((((....((((((((.((((..(((..(((((((((((...............))))).)))))).....((((((.....))))))...((((((((....(((((...(((((...........))))).....((((((...)))))).)))))..(((.((((..(((((.(((((((...((...(((((.((((((..((((((.......))))))...))))))((((((((........))))))))..))..)))...))...))))))).)))))))))..))).....))))))))))))))).(((......)))...))))))..)).....)))))).(((((((.....))))))))))..)))))))..)))))..((...(((....))).....))....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((....(((((......)))))......(((...((...(((.(((((((((((.(...........).))))).)))))))).)))((((.......)))).)))((((((((..........................(((((((.(((.((.(((((..(((((((((........))))...)))))))))).)).))).........((((((.(((((((.......)))))))..))))))((((.....)))).........)))))))(((...((((((....)))))))))..............))))))))((.((((((((......))).)))))))...............(((((((((.....)))))))))...)))))))..))))).......(((....)))...........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................(((((((...((((((.............................((((...((................................))..))))..((((((.......))))))..................................................)))))).....((((........)))).................)))))))(((((....................)))))..................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((.((((((....((((((......)))))...).......))))))))).(((((((((((....((....))...))))).))))))........(((((.....)))))..(((((((....((((((....(((........((((((((((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..((((((.......))))))....)))....).))))).)))...(((((.....)))))....)))...))))))((...((((((....))))))...)).............)))))))((((.(((((........)).))))))).............((((((((((.......))))))))............((......))...........))..........
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((...(((((......))))).....(((((..((...(((.(((((((((((.(..((....)).).))))).)))))))).)))(((((.....))))))))))(((((((......((((....))))........(((((((((((.((.(((((..(((((((((........))))...)))))))))).)).)))(...)....((((((.(((((((.......)))))))..))))))((((.....)))).......).)))))))(((...((((((....)))))))))(((....)))....)))))))(((.((((((((......))).))))))))..............(((((((((.....)))))))))..))))))))..))))).......((((()))))...........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.......(((((......))))).....[[[[[..)))))))).(((((((((((...............))))).))))))......(((((.....)))))]]]]](((((((..(((((((....((((.......(((((((((((((.((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..((((((.......))))))...))))).....))))).)))...(((((.....)))))...))))...)))))))....((((((....))))))...(((....)))....)))))))(((((.((((((......))).))))))))............(((((((((((.....))))))))......[[[[...))).........(((....)))..]]]].....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((((.((((.(((((((.....(((....(((((......(((((.((((((((((...............))))).)))))))).)).(((((.....))))))))))...))).....))))))).))))........((((((((((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))(((...)))...(((((.(((((((.......)))))))..))))).((((.....)))).....))).))))))).))((.((((((....))))))..)).((...(((((.((......(((((.((((((......))).))))))))...)).))))).))(((((((((.....)))))))))...)))))))..)))).((((...(((....))).....)).)).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((((.((.................(((((........((.(((((((((((...............))))).))))))))....((((.......)))))))))<<<<<<<....<<<<<)).))))........((((((..((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..((((((....{{{))))))[[[[))))...]]]]))).)))}}}.((((.....))))...........>>>>>.((...((((((....))))))))...............>>>>>>>((((.(((((((......))).))))))))..............(((((((((.....)))))))))..))))))))..)))))............................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((((((((.((((.(((((((.....(((....(((((......((((.(((((((((((...............))))).)))))))).)).((((.......)))))))))...))).....))))))).))))..........((((((((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))(((...)))...(((((.(((((((.......)))))))..))))).((((.....)))).....)))).)))))).((((.((((((....))))))...(((....)))....))))...((((.(((((((......))).))))))))..((.....))...(((((((((.....)))))))))...))))))..))))))(.((...(((....))).....))..).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((...((((([[[[[.)))))...((((((.((((..(((..(((((((((((...............))))).)))))).....((((((.....))))))...((((((((..((((((((((((..)))))...(((((((((((((....(((((..(((((((((........))))...)))))))))).......((((((.......))))))...))))).....))))).)))....((((((((........)))))))))))))))....(((((((..))))))).((((..))))......)))))))))))))))...........]]]]]))))))........))))).(((((((((.....))))))))).........)))))))).......((((..))))...........
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((((((((..(((((((((......))))).....(((((......((((.((..(((((((....((....))...))))).))..)))).)).(((((.....))))))))))...))))..[[[[[[))))))))).((((((..((((((((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..(((((....((((((.(((((((.......)))))))..)))))).......)))))......)))).)))))).((...((((((....))))))(((.((((..(((((..((....))((.((((((((......))).))))).))......)))))...(((((((((.....)))))))))....))))...)))......)).)))))).........]]]]]].
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((((.(((((((.....(((....(((((......((((.(((((((((((...............))))).)))))))).)).(((((.....))))))))))[[[))).....))))))).))))..........((((((((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))(((...)))...(((((.(((((((.......)))))))..)))))(((((.....)))))....)))).)))))).((((.((((((....))))))...(((....)))....))))]]]((((.(((((((.(...)))).))))))))..(((...)))...(((((((((.....)))))))))..)))))))..))))))((((...(((....))).....)).)).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((((((((((.(((((((.....(((....(((((......(((((.(..(((((((.(..((....)).).))))).))..)))).)).((((.(....))))))))))...))).....))))))).))))....((((..((((((((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..(((((....((((((.(((((((.......)))))))..)))))).......)))))......))).))))))).((((.((((((....)))))).(((....)))......))))...(((((.((((((......))).))))))))..))))..))))).(((((((((.....))))))))).........)))))))((.(....).)).....((........))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((((((..(((.....((((((..((((..(((((......((((.((..(((((((.(..((....)).).))))).))..)))).)).((((.(....))))))))))(((((((..(((((((((((....))))...(((((((((((((.((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..((((((.......))))))...))))).....))))).)))....((((((((.(....).)))))))))))))))....((((((....)))))).(((....)))......)))))))(((.((((((((......))).))))))))..)).))..)))))).(((((((.....)))))))))).))))))))..)))(((.(....).)))....((........))
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.((((.(((((.((.((((((......)))))..(..)..))))))))))))((((((((((((.(............)))))).)))))))(((.((((.(((((((.(..(((.((((((((((((((((((((((..))))....((((((((((.((((((((.(((((((((((((..........).)))))))).))))))))).(((((((......).))))))...)).).))))..))).))).((((.(.(((((..)))))).)))).)))))))))...(((((((..)))))))((((....))).)...)))))))))....))).((((((..(...(((((((((..)).))))))).).((((((.(.....).))))))..)))))))))))..))))))))))((((..)))).)))((...))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((.(((((((..(((.....((((((........(((((......((((.((..(((((((....((....))...))))).))..)))).)).((((.......)))))))))(((((((...((((((....((((.......((((((..(((((.((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..((((((.......))))))...))))).......))).)))...(((((.....)))))...))))...)))))).....((((((....)))))).(((....)))......)))))))((((.(((((((......))).)))))))).........)))))).(((((((.....)))))))))).)))))))...))))...(....)....................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((((((((((((.(((((((.....(((....(((((......(((((.(..(((((((....((....))...))))).))..)))).)).(((((.....))))))))))...))).....))))))).))))..........((((((((((..((((..(((((((((((((........))))...))))).)))).))))..(((((....((((((.(((((((.......)))))))..)))))).......)))))......))).))))))).((((.((((((....)))))).(((....)))......))))...(((((.((((((......))).))))))))........))))).(((((((((.....))))))))).........)))))))).......(((....)))...........
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((.(((((......))))).(((.......))).((((..(((((((((((...............))))).)))))).((((...(((((.....)))))....((((......)))).((((....))))...)))).)))).))).(((((.....))))).(((........))).....(((((.....))))).((((((.......))))))((((((.........)).))))...(((((.....))))).....(((..((((.......((((((....))))))..((((............)))).))))..((((..........)))).(((((........)))))..(((((((((.....)))))))))......(((......))).)))....((((.....))))......
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...........(((...(((((((..cccc))))).(((.[[[[[.)))..((((..]]]]]...))))............))...((((((...((((...(((((.....)))))....((((......)))).((((....))))...))))CCCC((((..(((((..{{{))))).(((bbbbb...))).BBBBB.(((}}}..)))...((((((.......)))))).aaa))))...AAA..))))))...(((((.....)))))......))).((((.......((((((....))))))..((((....<<<<<...)))).))))..((((..........))))..(((((......>>>>>))))).((((((.....)))))).(((....((((......)))).....(((.......)))))).....