CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00654



RNA: CRW_00654
Rfam family: -

ACCAGGCGUUAAAAAGCAGACUCAGCGCCUAAGAGUCAGUGGGAAACCAUUGGCUAGUGCUUGGGUUUCAUUACUCAAGUGCAACACUGAUCAAAUUGCGGGAAAGCCCUAAAGCUUUGCUAACCAAGCUAAGUGUGAAAGCACUCAGUGGCCGGGUUAAAGACCUCGGGUAUGGUAAAAUCAGCAAAGAUGCAACAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGCUCCUGAAGCCUUAUAGGCAAUGGAGAAGGUUCAGAGACUAAAUGGCAGUGGGCCAACUUGUUGGCUUAAGAUAUAGUCCGUCCCAGCUGAAAGGCUGUCUGCUAGAGGAAGACCUUUCUAGGUCUGAGAGCUAGUAGAGGGUAGGAGAAGUCUCUCCUACCUGGAGGAAACGGGAGCC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))..(((((.((....((((((....(((.....(((((((((((..(((((((((....)))))))))..(((.(((...)))..)))....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((...((((....((((...))))...))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((....)))))).......]]]]]]((..(((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....)))))))))).......)).......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (...(((...........((.((((........(((((((((....))))))))).(..(((((((......)))))))..)....))))))....((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))))))..(((((((..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..((((((((....))))))))........(((.((((((((....))))).(((((((....((((((....)))))).....))))))).((((((((((....))))))))))))))))..))))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))...(((((((....((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((........)))))...))))......))))))).((...))..))))..))))))((((..((((....((((...))))...))))..((((....))))...))))..((((((((....)))))))).))).))))(((((((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))...)))..))).....
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......)))))))))).............(((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((........)))))...))))......)))))))..........))))..)))))))....(((((((..(((.....))).................(((((.........(((((((....)))))))......))))).....(((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))........))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................(((((((((....))))))))).(((((((((........)))))))))..(((((.(((...((((((...((((.....(((((((.(((..(((.(((((....))))).)))))((((((.....)))).))......)......)))))))..........))))..))))))(((...((((....(((.....)))...))))..)))............))))))))((((((....)))))).................(((((....))))).................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((.............))))))....(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))..(((((.((....((((((....(((.....((((((.......(((.(((((....))))).)))..(((((........)))))..............))))))..........)))...))))))(((...((((....(((.....)))...))))..))).............)))))))((((((....))))))...........((((..(((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....)))))))))).......)))).....
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.....(....)..)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......)))))))))).............(((((((...((((....((((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..((((((.....).)))))...))))......)))))))...)......))))..)))))))....((((((((.((((...))))............)....(((((........((((((((....)))))))).....)))))...(((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))...))...))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.............[[[[)))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))....]]]]......((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))).....(((((((..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..((((((((....))))))))........(((.((((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))))))))..))))))).
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......)))))))))).............(((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))))....(((((((..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..((((((((....))))))))........(((.((((((((....))))).(((((((....((((((....)))))).....))))))).((((((((((....))))))))))))))))..))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))..............((((((...((((.....(((((((......(((.(((((....))))).)))..(((((........))))).............)))))))..........))))..))))))......((((....(((.....)))...))))........................(((((((....)))))))..........(((...(((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))........))).....
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......)))))))))).............(((((((...((((...(((((........))))).(((((....)))))..(((.(((((((...)))).))).)))..........(((....)))......))))..)))))))....(((((((..(((....((....((((.....))))....))....)))..((((((((....))))))))........(((.((((((((....))))).(((((((....((((((....)))))).....))))))).((((((((((....))))))))))))))))..))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......)))))))))).............(((((((...((((.....(((((((.((((.....(((((....)))))......(((((........)))))...))))......)))))))..........))))..)))))))....(((((((.(((((..................(((((.(((((........(((((((((..))))))))).....)))))........)))))))))).((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))........))))))).
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((....ddddddddd)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((aaaaaa))))))))))..((((((bb...bbbbbbb..bbbb(ff...fffffff.fff(eeee..((((....))))))))))((()BBBB...kkkk(.iii(()EEE...<<(EFFFFFF.jjj....jjjjjc..BBBBBBB((..ggggggg.gggggg.)C)))AAAAAABB)KKKK..DD((((...((((..(((((((((hh))))))))).)>>.FF)GGGGGIIIFFFF..G)JJJJDDDDDDD...)J.(((((([[[[))))))....))))JJJHH{{{{{{{{{{))))}}}}}}}}}})).]]]].GGGGGGG.
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((........[[[[[)))))))..]]]]].((((....))))((((..((((((((((......))))))))))..............((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))))))).(((((((..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..((((((((....))))))))........(((.((((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....)))))))).(((((((((....))))))))).))))))..))))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))......((((...(((((((...((((.(.(((((.....[[[))))).(((((....)))))..(((.(((((((...)))).))).)))]]].......(((....))).....)))))..)))))))....{{{{{{{..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..((((((((....)))))))).))).)..(((.((((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))))))))..}}}}}}}.
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))....((((.....(((((((...((((.....(((((((.((((.....(((((....)))))......(((((........)))))...))))......)))))))..........))))..))))))).....((((....((((...))))...)))).....))))..............((((((((....))))))))........(((((..(((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....)))))))))).......)))))....
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((...........((.((((.(......(((((((((....))))))))).(..(((((((......)))))))..)..).))))))....((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))))))..(((((((..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..((((((((....))))))))........(((.((((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....)))))))).(((((((((....))))))))).))))))..))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.(((....))).((.((((........(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))....))))))....((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..))))))(((...((((....(((.....)))...))))..)))..(((((((..(((....((((((((....))))))))...)))..(((..(((.(((....)))..((((((((....((((((....)))))).....)))))))))))..)))..)))))))....))))).((.........))
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((...........((.((((.(......(((((((((....))))))))).(..(((((((......)))))))..)..).))))))....((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))))))..(((((((..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..((((((((....))))))))........(((.((((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....))))))))))))))))..))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((..(((((((.((((((......).))))).)))))))(((((((((..(((((((((........)))))))))..((((......))))((((........)))).(((((((((((((((((((((...).))))))))))..)))..((((.((........)).)))).))))))).)..)..)))))))....((((.((((.(.(((((((((((...)))).(.((..)).)))))).)))....)))).)))).(((((..)))))((........)).((((((((((((..))))))((((((((((.((((((((..)))))))).)).))))))))(((((((((((..)))))))))))...)))..))).))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((((.............)))))))...(((((((((....))))))))).(..(((((((......)))))))..)....((((......((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))).((...((((....(((.....)))...))))..)).)))).........(((..((((((((....))))))))...............(((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....))))))))((((((((((....)))))))))).............)))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((...........((.((((........(((((((((....))))))))).(..(((((((......)))))))..)....))))))....((((((...((((.....(((((((.((((.(((.(((((....))))).)))..(((((((...)))).)))...))))......)))))))..........))))..)))))))))..(((((((..(((...(((....((((.....))))....)))...)))..(..(((((....)))))..)........(((.((((((((....)))))((((((((....((((((....)))))).....)))))))).(((((((((....))))))))).))))))..))))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((...............))))))...(((((((((....))))))))).((((((((((......))))))))))...............(((((..(((......))).((((......(((((((((....)))))...)))).((((.....))))...((((................)))).......)))).))))).((((..((((..................))))..((((....))))...))))..((((((((....))))))))........(((((..(((((....))))).(((((((....((((((....)))))).....))))))).((((((((((....)))))))))).......)))))....
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ...((((((.........[[[[[.))))))..]]]]].((((....)))).((((...((((((((......))))))))(((({{{{{......))))......((((...(((((........))))).(((((....)))))}}}}}...((((.....)))).)))).(((.....)))...............(((.....)))..((((..((((....(((.....)))...))))..((((....))))...))))..((((((((....)))))))).........((((..(((((....))))).(((((((....((((((....)))))).....))))))).((((((((((....)))))))))).......)))).))))