CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00655



RNA: CRW_00655
Rfam family: -

CGGAAGGGCACCACCAGGCGUUAACUUAGCAGCAAGCUCAGCGCCUCAAAGUCGAAGGGAAACCUUUGGCUAGUAUCUGGGUGUAGAUUUCACCUAAGUGCAACACUGUUCAAAUUGCGGGAAAGCCCUAAAGCUUUGCUAACCAAGCUGUCCUAGAAAUGGGAUGGUGGCCAGGUGAAAGACCUUGGGUACGGUAAAAUCAGCAAAGAUGCAACAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGCUCCUACGGGCUGUCAAAGCCUAUGGAGAAGGUUCAGAGACUAAAUGGCAGUGGGCAAGCAUGGCAAUGCUUGCUUAAGAUAUAGUCCGUCCCAGCUGAGAAGCUGCCUAUGAGAGGAAUGCCGUAAGGCAGGAGAGCUAAUAGGAAGUAAGUGUCUUUAAUCAACUUACUUGGAUUCCACGGGAGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...............(((((((.................)))))))...(((((((((....))))))))).(((((((((((.......)))))))))))..(((((.((....((((((....(((.....(((((((((((..(((((((((....)))))))))..(((.((.....))..)))....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((....))))))))).......]]]]]]((..(((((....)))))((((((((.....((((....))))......))))))))((((((((...........)))))))).......))......
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.(((.((....)).)))......(((((...((((((.......(((((((((....)))))))))..((..((((((.......))))))..))....(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))..((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))....(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..)))))((((.((.....((((....))))......)).)))).((((((((...........))))))))...)))).......)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(((((.....(((((((..(((......)))...)))))))...(((((((((....))))))))).((((..(((((.......)))))..)))).....)))))...(((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....))))))))).(((((((.....))))..)))..)))......))))))).((...))..))))..)))))))))..((((((..(((((.....))))).(((((..(((((.....((..((((((.(((((((((((....)))))))))))........(((((..(((((....)))))...))).))....))))))..)).....)))))......((((((((...........))))))))...))))).))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((..((........))...)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..............((((((...((((.....(((((((..((..(((((((((....)))))))))))((((((.....)))).)).............)))))))..........))))..)))))).....(((((...(((((.....)))))..))))..........(((((.........((((((((((....))))))))))......))))).....(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))(((((((((........).))))))))..............)
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] .................................................(((((((((....))))))))).((((.((...............)).))))..(((((.(((...((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........))))..))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..)))............))))))))(((((((........))))))).................(((((....))))).................................................................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((((((....((.......))....))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..(((((((.....((((((....(((.....((((((.......(((((((((....)))))))))..(((((.......))).))..............))))))..........)))...))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..))).............)))))))(((((((((....))))))))).................(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))(((((((((........).))))))))...............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).)))).............(((((((...((((.....(((((((..((..(((((((((....)))))))))))((((((.....)))).)).............)))))))..........))))..)))))))....(((((((((((((.....)))))................(((((........(((((((((((....))))))))))).....))))).))..(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))(((((((((........).)))))))).........))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((......((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....))))))))).(((((((.....))))..)))..)))......)))))))..........))))..))))))......((((...(((((.....)))))..))))..((((....)))).....))))))(((((((((....))))))))).........)))).)))(((((....)))))(((((........((((....))))[[[[.....)))))((((((((...........))))))))...]]]]........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..(((((((......(((((...((((.....(((((((.........((((((....)))))).(((.((((((.....))).))).))).........)))))))..........))))..))))).(((...((((...(((((.....)))))..))))..))).............))))))).((((((((....))))))))..........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........))))))))...((((...)))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((......(((((((.................)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..(((((((.....((((((...((((.....(((((((..((..(((((((((....)))))))))))((((((.....))).))).............)))))))..........))))..))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..))).............)))))))(((((((((....))))))))).........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........))))))))...............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((......((((((...((((....((((........)))).((((((....)))))).(((.((((((.....)))).)).)))..........(((....)))......))))..))))))......((((...(((((.....)))))..))))..((((....)))).....)))))).((((((((....))))))))..........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).))))).(((((((...........))))))).....(((...)))..
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((....(((((((............[[[[[)))))))...(((((((((....)))))))))......((((((.......)))))).)))).............(((((((...((((.....(((((((..(((((((((((((....))))))))................))))).............)))))))..........))))..)))))))....(((((((((((((((....(((.........................)))..(((((((((((....)))))))))))....)))))))))..(((((....)))))(((((........((((....))))...]]]]].)))))((((((((...........)))))))).........))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((......)).((((((..(((((((((...((((((.......(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))...(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..)))))...))))...))))))....(((.[[[[.)))......((((((((...........))))))))...]]]]........
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((.((..(((((((...((((.(.(((((........)))))((((((....)))))).(((.((((((.....))).))).)))..........(((....))).....)))))..))))))).....((((.(.(((((.....))))).)))))..((((....))))...))))))))(((((((((....))))))))).........)))).)))(((((....)))))(((((........((((....)))).........)))))((((((((((.....).).))))))))...((((...)))).
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.(((.((.((.((((((..(((((((((...((((((.......(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))...(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..)))))...))))...))))))....))..))...)))......((((((((...........))))))))...))))........
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((.((.((....)).))...)))..((((...((((((.......(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))...(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))...(((((...........))))))).((...))........
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.((((.(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))..............((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...)))).))))((((((((....))))))))..........))))(((((((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........)))))))))))))))........
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (..).(((((((....)).((((((((((..(..(((((((((((((((((((......).).))))))).)).).)))))))..((..)).)))))))).)))..)))))...((((((((..((((.(..(..((((..((((((..(((((..)(((((........)))))..)..)))))))))......(((......))).)..))))..)))))..))).).).)))(((((((((((((((((...(((((..)).))).............)))))(((((((((((......))))))))))).(((((((.(.(((((((((..)))))).((......))..(((((..))))))))).)))).))).(((((((((((....)))).)))))))..)).))))))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((..(..((.....(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..))).....))..)....((((((...((((.....(((((((......((.((((((....)))))).))..((((((.....))).))).............)))))))..........))))..)))))).))..((((((..(((((.....))))).(((((...((((...(((((........(((((((((((....))))))))))).....))))).....(((((....))))).............((((....))))...)))).......((((((((...........))))))))...))))).))))))
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))..((((((.((...((((((...((((.....(((((((.(((..((..(((((....)))))..))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..)))............)))))))).((((((((....))))))))..........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........))))))))...((((...)))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((....((((((...................))))))...((((((((......))))))))......((((((.......)))))).))))....((((.......))))...(((......))).(((.......(((((((((....))))))))).....(((.....))).(((...........)))........))).....((((........((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).......)))).((((((((....)))).((((..((.....((((....))))......))..)))).(((((((...........)))))))..........))))..
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((.((((.......<<<<<..............)))).>>>>>....(((((((((....)))))))))...(((.[[[[[..)))..]]]]]...((((...((((.......))))....((((....((...{{{{.{{{.))..(((((....)))))}}}}}}}.((((.....)))).))))...................))))....(((.....)))..((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....)))))))))))aaaa....)))...((((((....)))..((((..((.....((((....))))......))..))))..((((((AAAA.......)))))).))).(((.....))).