|
|
|
CGGAAGGGCACCACCAGGCGUUAACUUAGCAGCAAGCUCAGCGCCUCAAAGUCGAAGGGAAACCUUUGGCUAGUAUCUGGGUGUAGAUUUCACCUAAGUGCAACACUGUUCAAAUUGCGGGAAAGCCCUAAAGCUUUGCUAACCAAGCUGUCCUAGAAAUGGGAUGGUGGCCAGGUGAAAGACCUUGGGUACGGUAAAAUCAGCAAAGAUGCAACAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGCUCCUACGGGCUGUCAAAGCCUAUGGAGAAGGUUCAGAGACUAAAUGGCAGUGGGCAAGCAUGGCAAUGCUUGCUUAAGAUAUAGUCCGUCCCAGCUGAGAAGCUGCCUAUGAGAGGAAUGCCGUAAGGCAGGAGAGCUAAUAGGAAGUAAGUGUCUUUAAUCAACUUACUUGGAUUCCACGGGAGC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...............(((((((.................)))))))...(((((((((....))))))))).(((((((((((.......)))))))))))..(((((.((....((((((....(((.....(((((((((((..(((((((((....)))))))))..(((.((.....))..)))....)))....).))))))).((...))..)))...))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((....))))))))).......]]]]]]((..(((((....)))))((((((((.....((((....))))......))))))))((((((((...........)))))))).......))......
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((.(((.((....)).)))......(((((...((((((.......(((((((((....)))))))))..((..((((((.......))))))..))....(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))..((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))....(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..)))))((((.((.....((((....))))......)).)))).((((((((...........))))))))...)))).......) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(((((.....(((((((..(((......)))...)))))))...(((((((((....))))))))).((((..(((((.......)))))..)))).....)))))...(((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....))))))))).(((((((.....))))..)))..)))......))))))).((...))..))))..)))))))))..((((((..(((((.....))))).(((((..(((((.....((..((((((.(((((((((((....)))))))))))........(((((..(((((....)))))...))).))....))))))..)).....)))))......((((((((...........))))))))...))))).)))))) |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((..((........))...)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..............((((((...((((.....(((((((..((..(((((((((....)))))))))))((((((.....)))).)).............)))))))..........))))..)))))).....(((((...(((((.....)))))..))))..........(((((.........((((((((((....))))))))))......))))).....(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))(((((((((........).))))))))..............) |
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................(((((((((....))))))))).((((.((...............)).))))..(((((.(((...((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........))))..))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..)))............))))))))(((((((........))))))).................(((((....)))))................................................................................. |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............((((((....((.......))....))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..(((((((.....((((((....(((.....((((((.......(((((((((....)))))))))..(((((.......))).))..............))))))..........)))...))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..))).............)))))))(((((((((....))))))))).................(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))(((((((((........).))))))))............... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...............(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).)))).............(((((((...((((.....(((((((..((..(((((((((....)))))))))))((((((.....)))).)).............)))))))..........))))..)))))))....(((((((((((((.....)))))................(((((........(((((((((((....))))))))))).....))))).))..(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))(((((((((........).)))))))).........)))))) |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((......((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....))))))))).(((((((.....))))..)))..)))......)))))))..........))))..))))))......((((...(((((.....)))))..))))..((((....)))).....))))))(((((((((....))))))))).........)))).)))(((((....)))))(((((........((((....))))[[[[.....)))))((((((((...........))))))))...]]]]........ |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..(((((((......(((((...((((.....(((((((.........((((((....)))))).(((.((((((.....))).))).))).........)))))))..........))))..))))).(((...((((...(((((.....)))))..))))..))).............))))))).((((((((....))))))))..........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........))))))))...((((...)))). |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((......(((((((.................)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..(((((((.....((((((...((((.....(((((((..((..(((((((((....)))))))))))((((((.....))).))).............)))))))..........))))..))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..))).............)))))))(((((((((....))))))))).........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........))))))))............... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((......((((((...((((....((((........)))).((((((....)))))).(((.((((((.....)))).)).)))..........(((....)))......))))..))))))......((((...(((((.....)))))..))))..((((....)))).....)))))).((((((((....))))))))..........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).))))).(((((((...........))))))).....(((...))).. |
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((....(((((((............[[[[[)))))))...(((((((((....)))))))))......((((((.......)))))).)))).............(((((((...((((.....(((((((..(((((((((((((....))))))))................))))).............)))))))..........))))..)))))))....(((((((((((((((....(((.........................)))..(((((((((((....)))))))))))....)))))))))..(((((....)))))(((((........((((....))))...]]]]].)))))((((((((...........)))))))).........)))))) |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((......)).((((((..(((((((((...((((((.......(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))...(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..)))))...))))...))))))....(((.[[[[.)))......((((((((...........))))))))...]]]]........ |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).((((.((((((.......)))))).))))..((((((.((..(((((((...((((.(.(((((........)))))((((((....)))))).(((.((((((.....))).))).)))..........(((....))).....)))))..))))))).....((((.(.(((((.....))))).)))))..((((....))))...))))))))(((((((((....))))))))).........)))).)))(((((....)))))(((((........((((....)))).........)))))((((((((((.....).).))))))))...((((...)))). |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((.(((.((.((.((((((..(((((((((...((((((.......(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))...(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..)))))...))))...))))))....))..))...)))......((((((((...........))))))))...))))........ |
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((((.((.((....)).))...)))..((((...((((((.......(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))...(((((((....((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).)).)))))........))))))..))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))...(((((...........))))))).((...))........ |
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((.((((.(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))..............((((((...((((.....(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..((((((.....)))).))....)))......)))))))..........))))..))))))((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...)))).))))((((((((....))))))))..........))))(((((((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........)))))))))))))))........ |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..).(((((((....)).((((((((((..(..(((((((((((((((((((......).).))))))).)).).)))))))..((..)).)))))))).)))..)))))...((((((((..((((.(..(..((((..((((((..(((((..)(((((........)))))..)..)))))))))......(((......))).)..))))..)))))..))).).).)))(((((((((((((((((...(((((..)).))).............)))))(((((((((((......))))))))))).(((((((.(.(((((((((..)))))).((......))..(((((..))))))))).)))).))).(((((((((((....)))).)))))))..)).)))))))))) |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((..(..((.....(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..))).....))..)....((((((...((((.....(((((((......((.((((((....)))))).))..((((((.....))).))).............)))))))..........))))..)))))).))..((((((..(((((.....))))).(((((...((((...(((((........(((((((((((....))))))))))).....))))).....(((((....))))).............((((....))))...)))).......((((((((...........))))))))...))))).)))))) |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((......(((((((.....(((.....))).)))))))...(((((((((....))))))))).(((..((((((.......))))))..)))..((((((.((...((((((...((((.....(((((((.(((..((..(((((....)))))..))..((((((.....))).)))....)))......)))))))..........))))..))))))(((...((((...(((((.....)))))..))))..)))............)))))))).((((((((....))))))))..........)))).)))(((((....)))))(((((.((.....((((....))))......)).)))))((((((((...........))))))))...((((...)))). |
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((....((((((...................))))))...((((((((......))))))))......((((((.......)))))).))))....((((.......))))...(((......))).(((.......(((((((((....))))))))).....(((.....))).(((...........)))........))).....((((........((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....))))))))))).......)))).((((((((....)))).((((..((.....((((....))))......))..)))).(((((((...........)))))))..........)))).. |
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((.......<<<<<..............)))).>>>>>....(((((((((....)))))))))...(((.[[[[[..)))..]]]]]...((((...((((.......))))....((((....((...{{{{.{{{.))..(((((....)))))}}}}}}}.((((.....)))).))))...................))))....(((.....)))..((((..((((...(((((.....)))))..))))..((((....))))...))))..(((((((((((....)))))))))))aaaa....)))...((((((....)))..((((..((.....((((....))))......))..))))..((((((AAAA.......)))))).))).(((.....))). |