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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00657



RNA: CRW_00657
Rfam family: -

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CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..((((((...((((.....))))...))))))((((((((((((((((.............)))))))).......)))))))).((((.((((((((..((.....)).)))))))).)))).....(.(((..(((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))...............)))......)))))))..........)))...)))))))))).)((((.((.(((((((((....))))))))).))))))................)))))).((((((((((.(((....))).))))))))))..........((((((((((....)))).(((((((....((((......))))....)))))))((((((((....))))))))........)))).))..........
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ........................................................................................................................................(((((((....((((((....(((.....(((((((......(((((((((....)))))))))........................)))))))..........)))...))))))(((...((((....((..................))...))))..))).............)))))))(((((..................)))))...................(((....)))...................................................................................
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Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..((((((.(.(((((...))))).).))))))((((((((((((((((..(.........))))))))).......)))))))).((((.((((((((..((.....)).)))))))).)))).....(.(((..(((((((...(((.....((((((((.(((..(((((((((....)))))))))(.....)((()))..)))......)))))))...)......)))...)))))))))).)((((.((.(((((((((....))))))))).))))))................)))))).((((((((((.(((....))).)))))))))).......((.((((((((((....)))).(((((((.(..((((......))))..).)))))))((((((((....))))))))........)))).)).)).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((...(((((...)))))...))))))((((((((((((((((.............)))))))).......)))))))).)))))(((((((......)))))))(((((((.(((((..((((((((...((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))..)))......)))))))..........)))...))))))..(((.((((....(((((((((....)))))))))...))))....)))..........))))))))((((((((.(((....))).)))))))).........)))))((((((((....)))).(((((((....((((......))))....)))))))((((((((....))))))))........))))..)))))))....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..(((..........)))...((((((((.((.((((((((((((((((.............)))))))).......)))))))).((((.((((((((..((.....)).)))))))).))))....((.(((..(((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((......))).)))......)))))))..........)))...)))))))))).)).(((((.(((((((((....))))))))).)))))....)).))))).))).)))))).((((((((((.(((....))).)))))))))).......((.((((((((((....))))..((((((....((((......))))....)))))).((((((((....))))))))........)))).)).)).......
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MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((..((((((...(((.......)))...))))))((((((((((((((((.............))))))))).......))))))).((((.((((((((..((.....)).)))))))).))))....((.(((..(((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((......))).)))......)))))))..........)))...)))))))))).))(((.((.(((((((((....))))))))).)))))....(........)...)))))).((((((((((.(((....))).)))))))))).......((.((((((((((....))))..((((((....((((......))))....)))))).((((((((....))))))))........)))).)).)).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((......(((((..))))).))))))((((((((((((((([[[[[..........))))))))).......)))))).)))))(((((((......)))))))(((((((((((((..((((((((..(((((((....(((.....(((((((......(((((((((....)))))))))]]]]].((((..))))........)))))))..........)))...))))))).....((((....(((((((((....)))))))))...)))).................))))))))((((((((.(((....))).)))))))).........))))))(((((((....))))..((((((.....(((((...)))))....))))))(((((((((....))))))))).......)))...)))))))....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((......((((....)))).)))))).(((((((((((((((.............)))))))).......)))))))..)))))(((((((......)))))))(((((((..((((..((((((((...((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))..)))......)))))))..........)))...))))))(((...((((....(((((((((....)))))))))...))))..)))............)))))))).(((((((.(((....))).)))))))..........)))).((((((((....))))..((((((....((((......))))....)))))).((((((((....))))))))........))))..)))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((((((..((((((.............[[[[[[))))))((((((((((((((((.............))))))))).......))))))).((((.((((((((............)))))))).)))).......(((..(((((((...(((......(((((((((((..(((((((((....)))))))))..(((......))).)))....).)))))))..........)))...))))))))))..((((.((.(((((((((....))))))))).))))))........]]].]]].)))))).((((((((((.(((....))).))))))))))..........((((((((((....)))).(((((((....((((.(...)))))....)))))))((((((((....))))))))........)))).)).....)))..
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((......((((....)))).)))))).(((((((((((((((.............)))))))).......)))))))..)))))(((((((......)))))))(((((((..((((..((((((((...((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))..)))......)))))))..........)))...))))))(((...((((....(((((((((....)))))))))...))))..)))............)))))))).(((((((.(((....))).)))))))..........)))).((((((((....))))..((((((....((((......))))....)))))).((((((((....))))))))........))))..)))))))....
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((......((((....)))).))))))((((((((((((((((.............)))))))).......)))))))).)))))(((((((......)))))))(((((((.(((((..((((((((...((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))..)))......)))))))..........)))...))))))(((...((((....(((((((((....)))))))))...))))..)))............))))))))((((((((.(((....))).)))))))).........)))))((((((((....)))).(((((((....((((......))))....)))))))((((((((....))))))))........))))..)))))))....
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((((((.(((((((.(........))))))))(((((((((((((((((((((((((.((........)))))))))))))))))(((..((((((((..(((((((...(...)....)))))))((((((.(((((.(((((..))(((((((((((.((((((((((..))))(((....)))).)..)))))))))...(((((..)))))....)))))))))))))...(((((..(((((.(((((....)..)))).)))))..)))))..).((.((((..)))))).)))))))))))).)))))..))).)((((..(((...(((((.(.(((((........))))))....(((((..)))))).))))..(...((((.(...)))))....)..)))...))))).)))))..))))))))..(((..)))..(........)
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((((.......((((((...((((.....))))...))))))(((((((.((((((((.............))))))))........))))))).)))).((((((........))))))(((((((..((((..(((((((....((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))...............)))......)))))))..........)))...)))))).((...((((....(((((((((....)))))))))...))))..))..............)))))))((((((((.(((....))).)))))))).........)))).((((((((....))))..((((((.....((((.....))))....)))))).((((((((....))))))))........))))..)))))))....
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((.......((((((......((((....)))).)))))).(((((((((((((((.............)))))))).......)))))))..)))))(((((((......)))))))(((((((..((((..(((((((....((((((...(((......(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..(((.....)))..)))......)))))))..........)))...))))))(((...((((....((..(((((....)))))..))...))))..))).............))))))).(((((((.(((....))).)))))))..........)))).((((((((....))))..((((((....((((......))))....)))))).((((((((....))))))))........))))..)))))))....