RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00661

RNA: CRW_00661
Rfam family: -

			CUGUGAUGCCCUCUAGGAUAGUGUAAAGAGUCUAAAUAGCUCCGCCCAGCGACGUUUGAUUCUCGCCUAGCGAGUUCUUCGAACGAGUCGAUCCCGAAUGAGCGCCUACAUCGGGCUCCUGGGGUGAUCCAGAGACUAGACGGAGGCGACGUCUCGCGGGGCUGGCCUUCAGACAUAGUCCAACGCAACGGCCGGGAUGUAAGUGUUAGAUGUUCUGGGCC
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	......((..((((............))))..)).......((..((.....(((((..(((((.....)))))......))))).((((.(((((...((((.((......)))))).)))))))))...[.[[[[[...)).)).((.(((..........))).))......]]]]]].(((((..........)))..)).................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(......((((...((((((.........((((...(((((((((.......(((((((..(((((...)))))....))))))).((((.(((((...((((.((......))))))(((((....)))))........))).)))))).....)))))))))......))))...((((...((....))..))))............)))))))))))
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..........((((..(((...(((.((....((((((((.....((((((.....(((((...))))).((((((....((((...(((((.((........)))))))...(((((....))))).))))...)))))).))))))..)))))))))).)))...)))..))))..))))..(((((((((((.........))))))).))))
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((...................((((((((.....(((((((((..(((((...)))))....)))))))..)).............(((((.(.((......(((((....)))))......)).).))))).......))))))))...............)).........((((.(((...............)))..))))
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................((((((.........((((((..(((((...)))))....))))))..................................(((((....)))))........................))))))...........................................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..........((((............)))).............((((((.(((((((((..(((((...)))))............................(((.((((((.(((..(((((....))))).(((((...(((((....((((....))))...))))).....)))))..........))).).))))).)))))))))))))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((.((((.....(......(((((((((...(((((((((((..(((((...)))))....)))))))..)))............(((((.(.((.((((.(((((....))))))).)).)).).)))))......))))))))))..).....)))).))))........(((((((((((.........))))))).))))
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((.......(((......[[[[)))....]]]].((((.(((.(((((((..(((((...)))))....))))))).......[[[[[.....))).....]]]]]((((((((....))))).....[[[[[)))....]]]]]....))))((((...........[[[.[[[[[.[[[))))...]]]..]]]]].]]].....)))).
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((..(((......((((.((((.(((.(((.....((((((((....((((((((((..(((((...)))))....))))))..))))..(((((.((........)))))))(((.((((....)))))))...(((((.......))))).))))))))))))))...)))).))))...)))))))(((((((((.........)))))))))...
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((.((((.............((((((((.....(((((((((..(((((...)))))....)))))))..)).............(((((...........(((((....)))))...........))))).......)))))))).........)))).))))........(((.((((((...........))))))..)))
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((......((((.((((...(((((.....((((((((....((((((((((..(((((...)))))....))))))..))))..(((((.((........)))))))((.(((((....)))))))...(((((.......))))).)))))))))).)))...)))).))))...)))..((((.(((................))).))))
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((...((((((..........(((((..((((((((.......(((((((..(((((...)))))....)))))))((((...(((((.....[[[[[...)))))...(((((....))))).))))(((((.]]]]].))))).))))))))((((....(((...))).........))))............))))))))))))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((.((((.(((.(((.....((((((((.......(((((((..(((((...)))))....))))))).((((.(((((...((((.((......))))))(((((....)))))........))).)))))).....))))))))))))))...)))).)))).((((.....[[[[[[[[[..))))...]]]]]]]]]...
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((......((((.((((...(((((.....((((((((....((((((((((..(((((...)))))....))))))..))))..(((((.((((...)).)))))))((.(((((....)))))))...(((((.......))))).))))))))))).))...)))).))))...)))..((((.((((((.........))).))).))))
RNASLOpt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((((......((((............)))).....))))....((((((...(((((((..(((((...)))))....)))))))...............(((((.((((((.((((.(((((....))))).(((((...((((((...((((....))))..)))))).....))))).........))))..)))))).))))).......)))))).
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((......((((.((((.(((.(((.....((((((((.......(((((((..(((((...)))))....))))))).((((.(((((...((((.((......))))))(((((....)))))........))).)))))).....))))))))))))))...)))).))))...)))..((((.(((................))).))))
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((.....))..((((.((((.(((.(((.....((((((((.......(((((((..(((((...)))))....))))))).((((.(((((...((((.((......))))))(((((....)))))........))).)))))).....))))))))))))))...)))).))))......))).(((((((((.........)))))))))...
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((....((((.((((.(((.(((.....((((((((...((..(((((((..(((((...)))))....))))))).((((.(((((...((((.((......))))))(((((....)))))........))).))))))))...))))))))))))))...)))).))))(((((.(((.......)))..))))).........)))).
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(.((...))(((..))))...(...).(((.(((..)))))).(((((....((.((((..(((((...)))))..)(...).((.(((((.((((.((((......)))))))))..((((......)))))))).)).(..)((((..((((.(.(((((..))))))))))..)))))))))..((((((...).)).))).....((..))))))).
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...............((((.((((.............((((((((.......(((((((..(((((...)))))....))))))).................................(((((....))))).......................)))))))).........)))).))))........((............................))
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((...((((((.........((((.....((.(.((((.(((((((((((..(((((...)))))....))))))).((((.(((((...((((.((......))))))(((((....)))))........))).))))))...)))).)))).)))....))))...((((...((....))..))))............)))))))))).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((....((((..........)))).....(((((((.......(((((((..((((.....))))....))))))).(((...(((((.((........)))))))...(((((....))))).))).(((((.......))))).))))))).((((......................)))).((((((.........)))))).)))).
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((...........))))...(((.((....))))).((((((....((((((..((((.....))))....((((..{{{)))).(((((.((..[[[[[.)))))))]]](((((....))))).......(((.]]}}}.)))......(((....)))))))))....(((<<<<<........)))(((..>>>>>..)))..)))))).

---