RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00669

RNA: CRW_00669
Rfam family: -

			AAGUAAAAGUCGUAACAAGGUUUUUUAUUGGUUCUUCUGCAGUGCGCCAAAGGAAGCCUUAGCAGCCUGAAAGGGUGUAUCUCCGCGACUAUAAAUAAAAAGGGGAUUUUAAAUGCUAGUCUGAUAAAAAAAGGCGACAUUGCCAAAUUGCGGGAAGUCCCUAAAGAUUCAACUACUAAGCAGCUUGUGGAAACACAGUUGUGGCCGAGUUAAUAGCCCUGGGUAUAGUAACAAUGUUGAAUAUGACUCUUAAUUGAGGAAAUGGGUGAUCCGCAGCCAAAUCCUAAGGACAUUUUAUUGUCUAUGGAUGCAGUUCACAGGCCAGAUGGCAAUGGGUAUCCUAGUGGGAUAUAUAUAUAUGGAUGCUUAAGAUAUGGUCGAGCUUCUCUCGAAAGAGAGGAGGUAGCACUGUUCCGUAGGUGAACCUGCGGAAGGAUCAUUA
Reference structure (ext)		[ sec struct ]	................(((((((....(((((.............)))))...)))))))((((((((....))))((((((...................))))))......)))).((((.........))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))..(((((((...))))).))....)))....).))))))).((((((......))))))..)))...))))))(((..((((...(((((......)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((((.......))).)).))))))).......]]]]]]((((((((((....))))))))......))................................
Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(...((((..(.......)..))))...((((((....(((((((......(((.((....)).((((....)))).....)))..(((((((..........(((((.........))))).........((((..((((((((...((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))))(((..((((...(((((......)))))..))))..........)))....)))))))).((((((.....))))))............))))....)))))))...((((((((....))))))))...)))))))((((((((....)))))))).))))))..)
CRWrnafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((............)))))))((((((((((((((..((((...((((...((((....))))...(((((((((((.((((((((..........(((((.........))))).........(((((.((((((((...(((((...(((((((...((((((((((((.(((((((((....))).)))))).(((...............))).))))).....))))))).....((((....))))...)))).))))))))(((..((((...(((((......)))))..))))..........)))....)))))))).(((((((...)))))))...........)))))....))))))))....(((((....)))))))))))).)))).))))...))))...))))))))))))))...
CentroidFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((((.(((((....(....)...)))))))))))))))....((((....))))..((((((.................))))))...........((((.........))))...((((((.....((((..............((((((......((((((.(((....))))))))).................................)))))).............................))))......((((...(((((......)))))..))))..................))))))((((((((...................))))))))..............((((((((....)))))))).........(((((((((....))))))))).........
CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......................................................................................................................(((...........)))..((((((((...((((((....(((.....(((((((..((..(((((.((((....)))))))))).((...............))....).......))))))).....................)))...)))))).....((((...(((((......)))))..)))).................))))))))((((((.....................))))))..................(((((....)))))...........................................
ContextFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((............(((((((....(((((.............)))))...)))))))....((((....))))..((((((.................)))))).......))).((((.........))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))....).)))))))....(((......))).....)))...))))))((...((((...(((((......)))))..))))...)).............))))))).((((((.....))))))..................((..(((((...((((((((....)))))))).........(((((((((....))))))))).))))))).
Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................((((((((((.(((((.(..((())).).))))))))))))))).((.((((....))))))((((((.................)))))).....(((...((((.........))))..)))..((.......))(....)((.....(((((((.(((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))......)))))))....(((......))).....))(((((((((......((((...(((((......)))))..))))))........(((((........((((((((((...)..............))))))))).....)))))...((((((((....)))))))).........(((((((((....))))))))))))))))..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((...((((((((((.(((((.............)))))))))))))))....((((....))))..[[[[[[))))))...........]]]]]]...........(((...........[[[)))...]]]....((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))))((((.((((...(((((......)))))..))))............[[[..))))..]]](((((((...)))))))...........((((......[[[[[[...((((((((....))))))))..))))....((((((((....))))))))..]]]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((............))))))).((((((((((((((.((((...((((......(((.(((...))).))).(((((.................))))).......(((((.((((.........((((....)))).(((((((((....))).....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......)))....(((.((.....)).))).((((...(((((......)))))..)))))))))).......))))))))).(((((((((..(((.........)))..)))))))))......(((....((((((((....)))))))).....))).))))...)))).).)))))))))))))....
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((.......))))))....((((((((((((((..((((...((((.....(((.((((....))))..((((((.................)))))).......))).((((.........))))..((((((((...((((((....(((.....(((((((......(((((.((((....))))))))).................................)))))))....(((......))).....)))...)))))).....((((...(((((......)))))..)))).................))))))))(((((((...................)))))))........((.....((((((((....))))))))......)).))))...))))...))))))))))))))...
MaxExpect	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((.(.......)..))))))).((((((((((((((.((((...((........(((.(((...))).))).......((((((((.........((............................(((......))).........(....))).....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......)))....(((.((.....)).))).((((...(((((......)))))..))))...........(((....)))..(((((((((..(((.........)))..)))))))))...))))))))..((((((((....))))))))...........))...)))).).)))))))))))))....
McQFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((((.......)))))))...((((((((((((((..............((((((..((((..........((((((.................))))))........................))))..[[[[[[[[..(((((((....(((.....((((((((((((.(((((.((((....)))))))))(((..........))).......))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))))).......))))))........(((((((((((.(((((.....(((((..]]]]]]]](((((((...................))))))).......)))))...((((((((....)))))))).....))))))))))))))))..))))))))))))))...
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......((((((...((((((((((.(((((.((.....))...)))))))))))))))....((((....))))..{{{{{{))))))...........}}}}}}......(((((.............((((..((((((((...(((((...(((((((...((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......)))....)))).))))))))(((..((((...(((((......)))))..))))..........)))....)))))))).((((((.....))))))............)))).....[[[[[[...((((((((....)))))))).)))))....((((((((....))))))))..]]]]]]..
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..(((((((((.......)).)))))))(((((((((((((...((((...(((.......(((.(((...))).))).......((((((((........((((((((.......................((((....)))).[[[[.....))))))))....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....)))))))....(((......)))....(((...........))).((((.(.((((((...).))))).)))))..]]]].....(((....)))..(((((((((..(((.........)))..)))))))))...))))))))..((((((((....))))))))..........)))...))))....)))))))))))))...
RNAfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..(.......)..))))...((((((((((((((..((((...((((..(((((((.((.......(((((((.((((................(((((...........((((.........))))..((((((((...((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))))(((..((((...(((((......)))))..))))...(....).)))....))))))))...))))).)))))))))))......)).))).))))....((((.(.((((((((....)))))))).).).))).))))...))))...))))))))))))))...
RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((..((((((...((((((((((.(((((.............))))))))))))))).(((.(((....))))))......)))))).......................(((((...((((......((((..((((((((...((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))))(((..((((...(((((......)))))..))))..........)))....)))))))).((((((.....))))))............))))........))))..((((((((....)))))))).))))).)))).((((((....))))))............
RNAsubopt	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((((((.(........).))))))))((((((...(((((((((((.((((.(((.(((((((((....))))..((((((.................))))))......)))))((((.........))))..((((((((...(((((...(((((((...((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......)))....)))).))))))))(((..((((...(((((......)))))..))))...(....).)))....))))))))))).))))((((...((((....))))..)))).......))))..(.((((((((....)))))))).).)))))))((((((((....))))))))))))))....
RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((((((.((......)).))))))..((..(((((((((.(.(.(((.(....((((...((((((..)))))).(((((...(((((((..((((((....))))))...))))))).)).)))..))))...).)))))...)))).)))))..))(((.(((....(((((..(((((.(((((..))))))))))....(((((.((((((((((((((.(((((...))))))))..((((......))))))))))))))).((..((((.((((((((((((......)))))((..))(((...((..(.(((..))))..))..((((((...)))))).(((..)))...)))))))))).)))))))))))((((((..))))))..)))))..((.((((((((((..))))))))))))))).)))
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............................((((((.............................((((....)))).............................................................((((((((...((((((...(((((....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....))).))))))))(((..((((...(((((......)))))..))))...(....).)))....)))))))).((((((.....))))))..............................((((((((....))))))))..........((((((((....))))))))))))))....
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((..(.......)..))))...((((((((((((((..((((...((((..(((((((.((.......(((((((.((((................(((((((..((((...((((.........))))..))))......(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))..)))))))..(((((......)))))..((((((...(((...(((....)))..)))))))))..)))))))))))......)).))).))))...........((((((((....)))))))).........))))...))))...))))))))))))))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((......((((((((.((((...............)))))))))))).(((((((((....))))...(((((.................))))).......)))))...)))).......((((....)))).....(((((.((((......)))).((((.....((((((.(((....))))))))).....))))....((((....((((....((....))..))))..((((.....))))...))))..))))).((((........(((((......))))).((((.....)))).........))))..(((((((((...................))))))))).....(((((..(((((.(((......)))))))).......(((((((((....))))))))).)))))...

---