|
|
|
AACUAUGACUCACCUUUUGAGGGUCAUGAAAGCGGCGCGAAAGUGUUAGCUAGUGAUCCGAAAAAUAAAUUCGGGUUGCGACACUGUCAAAUUGCGGGGAGUCCCUAAAGAUUCAACUACUAAGCAGCUUGUGGAAACACAGUUGUGGCCGAGUUAAUAGCCCUGGGUAUAGUAACAAUGUUGAAUAUGACUCUUAAUUGAGGAAAUGGGUGAUCCGCAGCCAAAUCCUAAGGACAUUUUAUUGUCUAUGGAUGCAGUUCAGCGACUAGACGGCAGUGGGUAUUGUAGAGAUAUGGGGUUAUUUAUGGCCUUAUCUACAAUGCUUAAGGUAUAGUCUAAUCUCUUUCGAAAGAAAGAGUAGUGUGCUCUUAAGGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))..(((((((...))))).))....)))....).))))))).((((((......))))))..)))...))))))(((..((((...(((((......)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))).......]]]]]]((.(((((((....)))))))....))...........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).(..(((((((.......)))))))..).((((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..))))..........)))..(((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))....(((((((....))))))).)))))........))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................((((...................))))....(((........)))............((((..........(...((((((....)))))..)).....))))................................................................((...((((...(((((......)))))..))))))..................................................................(.(((.((.....))))).).(((((....)))))................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((((....))))).)))(((((((((((.......))))))).....)))).((((((((....(((((......))))).((((((..(((((((((....))).))))))(((..........)))...))..))))..)))).)))).))))))))))))..))))...)))))...((...(((..((((...(((((......)))))..))))..((((....))))....)))..(((((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))))).((((((..(((..(((((((....)))))))))))))))).....)). |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.......))))))))......................................................(((((((....((((((....((((....................................................................................................))))...))))))(((...(((((((..............)))))))..))).............)))))))...............................................................((((((....)))))).................. |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))...............................(((((((......((((((.(((....))))))))).................................)))))))......................................((((...(((((......)))))..))))..............((((......((((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))))........))))(..(((((((....))))))))................ |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................((((...................))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((.(((..(((((.((((....)))))))))..((...............))...)))......))))))).....................)))...)))))).....((((...(((((......)))))..))))..................)))))))(((((((................................))))))).................((((((....)))))).................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.........)))))))...(((..(((....)))...))).((((((((((.......))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))....).)))))))....(((......))).....)))...))))))((...((((...(((((......)))))..))))...)).............)))))))(((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))).(.((((((.(.....(((((((....))))))).).)))))).)...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.(.....).)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......)))))))))).............(((((((((((.......(((((((((((..((((((.(((....)))))))))(((..........)))........)))).....)))))))..))))))....................))))).(...((((...(((((......)))))..))))...).........(((((..(..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..)....)))))..(((((((....)))))))................. |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(.......(.......)...........(.........)............................................................................................................................................................................................................................................................................(...........)..)............(.(((((....))))).................). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.........))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))...(((((....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..)))))))))..((((..(((((.....(((((((((((((....((((((((....))))))))))))))))))))).......)))))..(((((((....))))))).....))))........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......(((((((((((((((((((((..((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))(((...))).......(((....))).......((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....))))).))))))))))))..))))...))))).((((((.(((...(((...(((((......)))))..))).((......))........))).))))))((((((((....((((((((....)))))))))))))))).(((((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).)))))).. |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((......(((((.((((....))))))))).................................)))))))....(((......))).....)))...)))))).....((((...(((((......)))))..))))................[[)))))))(((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))((((((((.]](((..(((((((....)))))))))).)))).)))).... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............................................................................................(((((...((((.....((((((((((((.((.(((..((....)).))).)).......................))))).....))))))).....................))))..)))))............................................................((((.............(.......................)))))................(..((((....))...................))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((((...(((.((((....))))..))).((((((((((.......))))))))))(((...))).......(((....))).....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....))))))))))))))))))..))))...)))))..(((((.(((..((((...(((((......)))))..))))((......))........))).)))))(((((((((....((((((((....)))))))))))))))))(((((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).)))))).. |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((..((((((.(((((((((((....[[[[(((((.((((((.....((((((((((.......))))))))))))))))......)))))(((...))).....((((((((((((.(((((.((((....)))))))))(((..........))).......))))).....))))))))))))))))))..........)))))).]]]].(((..((((...(((((......)))))..))))..................)))..(((((((((((((....(((((((((..))))))))))))))))))))))...)))))).....(((((((....)))))))................. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.........))))))........................................................((((((....((((((....(((......................................................................................................)))...))))))(((...(.(((..................))).)..))).(...).......))))))((((((((................................))))))))..((.....)).....((((((....)))))).................. |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((.........))))))........................................................((((((....((((((....(((......................................................................................................)))...))))))(((...(.(((..................))).)..))).(...).......))))))((((((((................................))))))))..((.....)).....((((((....)))))).................. |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((....[[[[[))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((.......)))))))))).......]]]]]..(((((....(((.....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))).(((..((((...(((((......)))))..)))).......((((..(((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))))..(((((((....))))))).....)))).....))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......((((((((((((((((((((...((((((((....))))).))).((((((((((.......))))))))))(((...))).......(((....))).....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((...............))).))))).....))))))))))))))))))..))))...)))))...((((.(((..((((.(.(((((......))))).)))))..((((....))))....))).)))).(((((((((....((((((((....)))))))))))))))))(((((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).)))))).. |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((...(((((((((((((((((((((.....(((((....))))).....((((((((((.......))))))))))...(((((.......(((((..........(((((..((((........(((((....)))))..))))..))))).....)))))...)))))............))))))))))))..))))...))))).............((((...(((((......)))))..))))..)))).((((..(((((.....((((((((((((....(((((((((....))))))))))))))))))))).......)))))..(((((((....))))))).....))))........ |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..................................................................................(((((.....((((((....(((......................................................................................................)))...))))))(((.................................)))..............)))))(((((((..................................)))))))................((((((....)))))).................. |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((..(((.(((.(((.((((((((....))))).))).(..(((((((.......)))))))..)...(((((....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..))))))))))))..)))(((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))))..(((((((....))))))).......)))..))))) |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((((((((((.........))))))))...((.((((....))))..(((.((((((((((.......))))))))))...(((((....(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...))))))).....(((...(((((......)))))..))).)))))..)))...(((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...)))))..(((((((....)))))))..)))).((....)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........(((((..(((((((.((((.(((((..((.((((((.....(..(((((((.......)))))))..))))))).))....((((((....(((.....((((((((((((.(((((.((((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))))..((((...(((((......)))))..))))))..))))..))))((((.((..(((((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))))..))...))))...(((((((....))))))).......)))..))))) |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.(((((((.(......))))))))...((((((...))))))((((.(((((((...............(((..(((.(.(((.((...)))))).)))))).....)).)).)))))))(((((.(((((..))))))))))...((.((..((((((((((((((.(((((...))))))))..((((......))))))))))))))).((((((((...((.(.(((((......))))).))).))..))).).)))).)))....(......)(((((((.(((......))).((......)))))))))..(((((((((....((...((((((((..)))))))).))..))).)))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.........)..................................(((..))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((.........)))))))...((((((((....))))).))).(..(((((((.......)))))))..).............((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))).....((((...(((((......)))))..)))).........................(((((((((((....((((((((....)))))))))))))))))))((((((((........(((((((....)))))))....)))).)))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.........))))))))..(((..(((....)))...))).(..(((((((.......)))))))..)..(((((((...(((((((....(((.....((((((((((((.((((((.(((....))))))))).(((.((.........)).))).))))).....)))))))....(((......))).....)))...)))))))....((((...(((((......)))))..))))..................))))))).((((((((((....(..(((........)))..))))))))))).(((((((((..(((..(((((((....))))))))))))))).)))).... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.........))))))))...(((((((....))).......((((((((((.......))))))))))....((((......)))).(((((......))))).(((.....((((((.(((....))))))))).....))).....((((....((((....((....))..))))..((((.....))))...))))...))))......((((...(((((......)))))..))))..((((....)))).(((.(((((....)))))..((((..((............))..))))...((((.....)))).)))...(((..(((....))).((((.....))))...))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((((.........)))))).......(((((....)))))....))).(((((((.......))))))).(((...((((......)))).(((((......))))).(((.....((((((.(((....))))))))).....))).....((((....((((.(((.....)))..))))..((((.....))))...))))....)))......((((...(((((......)))))..))))..((((....)))).(((....((((((...(((....))).((((((....)))))).)))))).((((.....)))).)))..((((..(((....))).((((.....))))...)))) |
