|
|
|
AACUAUGACUCAACCUUUUGAGGGUCAUGAAAGCAGCGUGAAAACGUUUGCUAGUGGUCAAGUUGGGUAUUCUGAUUUGACUGCGACACUGUCAAAUUGCGGGGAAGCCCUAAAGCCUUAUUCACCAAGCAAUUGUGGAAACACUCUUGUGGCCAGGUUAAUAGCCUCGGGUAUGGUAACAGUAGUAAGGAUAAAUGUGAAAAAUGGGUUAUCCGCAGCCAAAUCCUAAGGGGAAAAAGAAUUACAAAUCCGUAUUUUCAUCCUAUGGAUGCAGUUCAACGACUAGACGGCAGUGGGUACUGCUCUUUUUUACUCUGAGUAGUGCUUAAGGUAUAGUCUGUCCUUUUCUGAAAAGAGAGGGAGGGGAGGUGCUCUUAAGGU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
....(((((((..........)))))))...((((((((....))).))))).(((((((((((((.....)))))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..(((((((((....)))))))))..(((((((...))))).))....)))....).)))))))...............)))...))))))(((..((((...((((.((((................))))..))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((...........)))))))))).......]]]]]]((.(((((((....)))))))........))...........
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.(((((((((..........)))))))...((((((((....))).))))).(..(((((((..((...))..)))))))..)..(((((((...(((((((..(((((.....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).)))))))...............))))).))))))).....(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........)))))))((((((((((...........))))))))))((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))).))) |
|
CMfinder(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................................................................................................................................(((..(((....)))..))).................................................................................................(...................................((...........((((.......................))))........))).......(((((....)))))....................... |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((...(((((((...((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..(((((((...))))).))...))))......))))))).((....))......))))..)))))))....((((....((((...(((((.((......)))))))..))))..))))..((((....))))....)))))))..((((((((...........))))))))((((((((((..(((.(((((((((....))))))))))))...)))).)))))).. |
|
Carnac(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
CentroidAlifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((........))))))))..........................................................(((((((....((((((....((((.............................................................................................))))...))))))(((...(((((((.................................)))))))..))).............)))))))................................................((((((....))))))...................... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((......)..))))))))..((((((((....)))).)))).(((((((((((((.....))))))))))))).............(((..................................(((....)))....(.(((..........))).)....................(((((................)))))))).....((((..((((............................))))..))))........................(((((((((((...........)))))))))))(((((.....((.(((((((((....))))))))).)).....)).)))..... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................(((((((...(((((((...((((.....(((((((.(((..((((..(((....)))..))))..(((((.......))).).)...)))......)))))))...............))))..)))))))....((((...(((.............................)))..))))..................)))))))((((((((...............))))))))....................(((....)))......................... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..........)))))))...((((((((....)))).)))).(((((((((((((.....)))))))))))))..(((((((....((((((....(((.....(((((((((((..((((..(((....)))..))))..(((((.......))).))....)))....).)))))))...............)))...))))))((...((((...(((..((((................))))..)))...))))...)).............)))))))((((((((((...........)))))))))).(.(((....(((.(((((((((....))))))))).)))....))).)...... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....))..))))))))..((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))...((((.....(((((((....)))..................((.((((((....))).((((.(((..........))).)))).........))).))..((((((..............))))))))))((..((((..(((((((((......((......)).))))).))))..))))...((......)).....))))))(((((((((((...........)))))))))))(((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))..... |
|
DAFS(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
........................................................................................................................................(....).............................................................................................................................................................((..................))........((.....))......((((((..))))))....................... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((.....(((.(((....))))))..(((((((.((((.((((..(((....)))..)))).(((((((.....))))..))).))))......)))))))......((((((((.(((((((((((.(((..((((..(((((((((.....(((......)))))))).))))..))))..((((....))))....))).)))))))..))))))))))))......)))))((((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))).. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((.....(((((..(((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..)))).((((((((...)))))..))).))))......)))))))...............))))).))))).((...((((..(((((((((.....(((......)))))))).))))..))))))((((....))))....))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((..........)))))))...((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((....((((((..(((((.....((((((.......((((..(((....)))..))))....((((.....)))).................))))))...............))))).)))))).....((((...(((...................[[[......)))]]]))))..................))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))... |
|
MXScarna(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.........................................................................................((((....((((((...((((.....(((((((.((((.((.((((((....))......))).).))..((.......))...))))......)))))))...............))))..)))))).......................................................................))))...((((.((..................))))))................(((((((....)).....................))))) |
|
Mastr(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((...(((((((..(((((.....(((((((..((..((((..(((....)))..))))..(((((((...))))).))....)).......)))))))...............))))).)))))))....((((...(((((........(((......)))...)).)))...))))..((((....))))....))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((.((((((((((...))))....((((((((((.........)))))..........((((.(((((...)))))((((((....................................))))))..)))).....)))))................(((((((.........)))))))))))))............)))))))..((((((((...........))))))))(((((((.........(((((((((....)))))))))..........))))))).. |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.(((((((jj(gggggggggg..g((..bb...bbbbbb(kkk(((((.((((((((((((((iii))))))))))))))...aaaa(ff..fffffff...fffff(...eeeeeee.eee.)))))cccccc...(((dddd)))((((EEE)FIII{{{{{FFFF.))))...)))EEEEEEE((..))ggggggg()))))))FFFFFFF.....((((...))))..DDDD.CCCCCC((((((()KKKBBB..))))))GGAAAAGBB..hhhhh.BBB)G..hhhhhhhhhhhhGGGG))))(((HHHHHHHHHHHH.)JJ.HHHHHFF(((((((((....))))))))))))}}}}}GGGGGGGGGG. |
|
PETfold_2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((........)))))))............................................................((((((....((((((....(((...............................................................................................)))...))))))(((...(.((((...................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((...................)))))))..((.....)).....((((((....))))))...................... |
|
PETfold_pre2.0(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((........)))))))............................................................((((((....((((((....(((...............................................................................................)))...))))))(((...(.((((...................................)))).)..))).(...).......))))))(((((((...................)))))))..((.....)).....((((((....))))))...................... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((.....{{{{{))))))))..((((((((....))))).))).((((((((((..((...))..)))))))))).......}}}}}....(((....))).....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))......)))))))......((((((((......((((((.(((...(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........))).))))))[[[[[[[))))))))...]]]]]]].((((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))).. |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....)))).)))).((((((((((((((...))))))))))))))..(((((((...(((((((..(((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..)))).((((((((...))))).)).).))))......))))))).........[[[[..))))).)))))))....((((..(((.(((((.....(((......))))))))..)))..))))..((((....))))....))))))).(((((((((.]]]]......)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........)))))))).....(((((....))))).....((((((((((((((...))))))))))))))................((((...))))...((((((..((((......(((((((...((((((((.((((..................)))).)))).......................))))..))))))).....((((...........(((((....(((((((.........)))))))..)))))...(((((........((((((((((((...........)))))))))))).....)))))..(((((((((....))))))))).))))))))....)))))) |
|
RNAalifold(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.......................................................................................(((((.....((((((....(((...............................................................................................)))...))))))(((....................................................)))..............)))))(((((((...................)))))))................((((((....))))))...................... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).(..(((((((..(.....)..)))))))..)..((((((((......(((....))).....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).)))))))......((((((((.(((((((((((.(((...(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........))).)))))))..))))))))))))..))).)))))((((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))).. |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((....(((..(((((((.((((..(((.((((((((....))).))))).((((((((((..((...))..)))))))))).......)))..(((((((..(((((.....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))......)))))))...............))))).)))))))....))))))))))).....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...(((((....((..((((((((((((...........))))))))))))..)).)))))..(((((((((....))))))))))))..))).((....)).. |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))))).))).(..(((((((..(.....)..)))))))..)..(((((((....((((((..(((((.....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).))))))).......(....)..))))).))))))((...((((..(((((((((.....(((......)))))))).))))..))))))((((....))))....)))))))((((((((((...........))))))))))((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))).... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(.(.((((((((....))))(((.(((.((((((((((.((........)).))))))))))...))))))((((.(((.(((...))).((((((((((((..............)))))).).))))).(((..((((....)))))))........(((........)))((((..))))(((((((...(.....)....)))))))))).)))).(((..))).(((((.((((((......)))))).(((((...)))))..(.((........)))(((((......))))).))))).....)))).).).(((((((((....(((((((((((((..))))))))))).))...))).)))))).. |
|
RSpredict(seed)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(.(((..........))))...........(((..))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....)))).)))).(..(((((((..((...))..)))))))..)..(((((((....((((((..(((((.....((((((((((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))....).)))))))...............))))).)))))).......................................................................))))))).(((((((((...........)))))))))(((((((((..(((.(((((((((....))))))))).)))..)))).)))))... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).(..(((((((..((...))..)))))))..)..((((((((......(((....))).....(((((((.((((.((((..(((....)))..))))..((((((.....)))).))...))))......)))))))......((((((((.(((((((((((.(((...(((.....)))....(((((....(((((((.........)))))))..)))))...........))).)))))))..))))))))))))..))).)))))((((((((((..((..(((((((((....)))))))))..))..)))).)))))).. |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((..........))))))))..((((((((....))).))))).(((((((((((((.....)))))))))))))....((((......)))).....((((...((((..(((((.((....)))))))...............((((.....)))).))))...............(((((...((((..............)))).....))))).))))......((((.((......)))))).((((.....)))).((((....)))).(((.(((((....))))).......(((.(((((.....))).)))))..)))...(((.((((......)))).(((((......))))).))). |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.(((.((((((.aaaaa....)))))).....(((((((....))).)))).))).((((((((((.....)))))))))).((((.{{{{{....))))(((.....)))...((((..(((((.((....)))))))..<<<<.........((((.....)))).))))......>>>>}.(((.((((..............[[[[))))..]]]]...(((.....)))........)))....((((.....((((.....)))).((((....))))..))))....(((((((((((...........))))))))))).(((.....))).(((((((((....)))))))))(((..}}}})))..AAAAA |