RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00674

RNA: CRW_00674
Rfam family: Intron_gpI

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Reference structure (ext)		[ sec struct ]	....((((((((......((((..(((((((((((....))))))))))).....))))...))))))))(((((((((....)))))(((..................)))..)))).((((((...))))))..(((((((....((((((....(((......((((((((((((..(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))....)))....).))))))))...)))...))))))(((..((((...(((((....)))))..))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((((((....)))))))))))).......]]]]]]((((((((((....))))))))...................))........
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CentroidHomfold‑LAST	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.......................................................................................................................((((((...))))))..(((((((....((((((...((((......((((((((.(((..(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))....)))......))))))))...))))..))))))(((...(((...(((((....)))))..)))...))).............)))))))(((((((((..........)))))))))....................(((....)))..................................
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	................(((.....)))(((.((((....)))).)))((((((((.......(....((((((.(((((....)))....))......)))))).....).........((((((...)))))).............((((((...((((...((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....))))))))).))))))..))))))(((..(.((((.(((((....))))).)))).).))).....(((((........((((((((((((((....)))))))))))))).....)))))..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
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DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.(((((....))))).(((.....)))(((.((((....)))).)))((((((((.............(((((......))))).(((((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))((((.(((((....))))).)))).....(((((.[[[[[.)))))..((((((((((((((....)))))))))))))).....]]]]]..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((((....((((..((.(((.((((....)))).))).)).....)))))))).)))))).((..((.(((.((.((((((((((.(((((.....)).)))..)))..((((((...))))))..............(((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))).))))))).))...))).))..))..((((((((..(((((..(((((.((.....((((((((((((((....))))))))))))))..)).)))))..(((((.(((....))).))))).(((........))))))))))))))))
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	............(([[(((.....)))[[))(((......)))..]]((((((((.....................(((....))).................................((((((...))))))..(((((((....((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))))(((...(((...(((((....)))))..)))...))).............)))))))((((((((((((....))))))))))))..............(((((.(((....))).))))).)))))))).......]]..........
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........................................................((.................................................................................((((....((((((....(.((......(((((((.((((.(((((((((....)))))).))).......))))......))))))).....................)).)..))))))..................................................))))))((................(....(..))))................................(............((((((...))..)))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((((((((((ddd..))))))))))(((((.bbbbbb(hhhhhhhh.hh(.......kkkkkkk(.llllllllll(jjjjjjjjjj)))))....ii)))))BB)KKKKK<<<<<<<((((((.....)JJJJJ..JJJJJLLL...eeee(.)KKeeeeeeee(.aaaa)))))))AAAA((((cccc((((((([[(LLLLLLL.....BBBBgggggg.....)EEEEEEEE.EEEEII..[[[[[({{...)))))).HH)}}]]].]]..ffffffff.)))).....DDD..)FFFF..(((((((((((((((..)))))))))))))))...)))GG((((((>>>>>>>...GGGG]].....HHHHHHHH...))))))..FFFFCCCC
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.............))))))).........................................................................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.((((..............)))).)..))).(...).......))))))((.((....................................................))))..((..)).....((((((......)))))).
PETfold_pre2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.............))))))).........................................................................................................((((((....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...(.((((..............)))).)..))).(...).......))))))((.((....................................................))))..((..)).....((((((......)))))).
PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((...((..((((((.....))))))..))..)))...(((((((.(((.....)))....(((((.((...(((....)))..((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))).))...))))))))))))...((((((((..(((((..(((((.((.....((((..((((((((....))))))))..))))..)).)))))..(((((.(((....))).)))))...............)))))))))))))
ProbKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........((((((..((({{{..)))(((.((((....)))).)))[[[[[[[[}}}.))).)))....(((......)))...(((((((..............(((......))).((((((...)))))).............((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))((((.(((((....))))).)))).....((((..(((((........((((((((((((((....)))))))))))))).....)))))..(((((.(((....))).))))).]]]]]]]]......)))).........
RNAalifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.........................................................................................................................................(((((.....((((((....(((........................................................................................)))...))))))(((...............................)))..............)))))((.((....................................................)))).............((((((......)))))).
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((((......))))..((((....(((((((((..))))))))).(......)((....((.(((((.(((((((((((..))).(........)((........)).((((((...))))))..).)))).)))((((((((((..))((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..))))).)))))(((((((((....).)))))))))))))).....)))))))))))..(...(((((.(((((.....))))))))))....))).))))).))))).))))..))))).).)))).))...))..(((((..((..))..)))))...))))..((((((((((((..))))))))))))((........))..(((..)))....
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................(...)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.............((((((.....)))))).................((((((((.......................(....).(((((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..)))))))))))))......(((......))).................(((((........((((..((((((((....))))))))..)))).....)))))..(((((.(((....))).))))).))))))))...................
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......((...(((((...........(((.((((....)))).)))((((((((..........((..((((.(((((....))....)))))))..)).........((.((((....(((((((..(((((..(((((((....((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...)))).....)))))))))...))))..))))))(((...(((...(((((....)))))..)))...))).............))))))).(..(((..(((....)))..)))..)..........)))))..))))))).....)))).))..)))))))).......)))))..))...
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....)))).((((.....))))...((((....)))).((((((((.................((((......)))).(((..(((...............))).........(((((.....)))))...))).....))))))))....(((((.(((.....))).((((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))...))))...))))).....((((....)))).(((((...((((...(((((....)))))..........(((((.......)))))...)))).((((((......)))))))))))...........((((.....)))).......((((................))))..........
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..((((....)))).((((.....))))...((((....)))).(((((.(((.....))).(((....((((......)))).(((..(((...............))).........(((((.....)))))...))))))........(((....))).(((([[[..)))).(((.(((((((((....))).))))))..((((((.......))))))....(((........)))]]]..)))....((((((.((....<<<<.)))))))).......>>>>...((((....))))..))))).(((((((((((((((....)))))))))))..((((.....{{{{)))).}}}}....)))).....((((........))))............

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