RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00676

RNA: CRW_00676
Rfam family: Intron_gpI

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Afold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(..(((((((((..((((((...((((....(((...((..((((((.....))))))..))))))))).......((((((((.((((((((((((((....(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))......))))))).)))...))))...........(((((.((.....((((..((((((....))))))..))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).)))))).))))
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Carnac(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
CentroidAlifold(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....(((((((.................)))))))................................................................................................................................(((((((....((((((....((((..................................................................................))))...))))))(((...(((((((.........)))))))..))).............))))))).............................................................................((((((.....)))))).
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Contrafold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((..(.(((((....((((....(((...((((((((((.....)))))))))))))))))..))))).))))))).....((((((((((..(((((((....))))).))(.....((((...(((...(((((....))))))))))))..............(((((((..(((((...((.((((((((((....((.(((((....))).))(((.((((.......)))).)))...)))).....)))))))).))))))).))))))))........))))))).))).........((((((((.(((((.(......((((((((((((....))))))))))))...).)))))..(((((((((....)))))))))...........................))))))))
DAFS(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....................................................................................................................................................................................................................((........).).....................................................................................................................((............)).............................((...)).........((.(..((.....))...).)......)..
DotKnot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	..............(((((....((((....(((......(((((((.....)))))))...)))))))..)))))((((((((..........(((...[[[(((((....)))))..))).(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...]]]..((((((((......((((((((((((.......(((....)))........(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).)))(((((....[[[........)))))...]]].....(((((.[[[[[.)))))..((((((((((((....)))))))))))).....]]]]]..(((((((((....))))))))).))))))))..(((....[[[[)))....]]]]..
Fold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((((((..((((((.((((((.......)))))).((((((.....)))))).(((..((....)).)))((((((((.......((.(((((....(((((....))))).(((((((.(((((.....)).))).)))..(((((....)))))..............(((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).))..)).((((((((...))))))))..)))).....))))))))...))))).))))).))))...((((.(((.....))).)))).)))))))...(((((.((.....((((((((((((....))))))))))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).)))))).))).
IPknot	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....(((((.....(((((.....(((..........((((((((((.....))))))))))...)))...))))).[[))))).....((((((((((....(((((....)))))..........................................................((((((..(((((......((((((((.........(((((....))).)).....(((((((.....)))))))...........))))))))...))))).))))))..........))))))).))).........((((((((.........(((..((((((((((((....))))))))))))............(((((((((....)))))))))......]]............)))....))))))))
MXScarna(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	......(((.(...........................))...........)).................................(((.((....((......................(.....((.....................((...........((.((................))....)))))))..................................)).............................)).).)).........................................................................................((((..(...................((....)))))))...................((((((.....)).))))
Mastr(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
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NanoFolder	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((((((.((((((((....(((((.....aaa((((((((((.ee..))))))))))(((((((..llll({{{{{{{{.{{{(...kkkkkkkkkkkkkkkkk.....))))))).))))).ii..ii..(((ggggggc.((dd..ddddddd)C)EE))))))...jjjjjjj..jjjjj)KKK..fffffff(.AAA..mmmmmmmmmm..))hhh(KKKKKKKK<<<<<<.KK)DDDDDD.hhhh..)))))FFFFFFF.[[JJJJJ.JJJJJJJ((.HHHHIIKKKK}}})HHHnnnnnnn(.bbbbbbbb.))))))).)}}}}((((((((((((()D))))))))))))).(((.>>)))))MMMMMMMMMM...DD)GGGG]].}}}}LLLL>>>>GG.II.)BBBBBBBBNNNNNNN
PETfold_2.0(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.....((((((...................)))))).................................................................................................................................((((((....((((((....(((....................................................................................)))...))))))(((...(.(((.............))).)..))).(...).......))))))(((((((..........................................................)))))))......((((((.....)))))).
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PknotsRG	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	(((((((.......((((((....(((((...(((((((((((((((.....)))))))(((..((....)).)))...(((.....))).))))))))..(((((((....)))).)))..))))).........(((.....))).(((((....)))))...))))))...(((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).)))))))......((((.(((.....))).))))..[[[[[[[[.))))))).((((.((((..((((((....))))))..)))).....((((...(((((((((....)))))))))....))))...........))))....]]]]]]]]
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RNAshapes	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	.((.((.((((.(((((....((((((.......)))))).))))))))).))..(((.(((......)))..)))((((((((.......(((.(((((...(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))...((((.(((.....))).))))))))))))...(((((.((.....((((..((((((....))))))..))))..)).)))))..(((((((((....))))))))).))))))))......)).((((.......))))..
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RNAwolf (ext)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	((...((((((((..(((..)))...)..((((......))))(((((..)).))).....((...)).((((..(......)((..(.(((......)))..((((((..))))))(((.(...))))....)..)).(((..((..)))))...((((.(((((((....)...((.((((..)))))).(((((((..(((.(..(........))...))))))))))..))))).))))).....)))))))..((..))(((..))).)))).((((((.(((.(((..))).))))))).).)..))((((((((.(((((...((((((......................))))))....))))))(((((((((((..)))))))))))((((.......))))((........)))))))))
RSpredict(seed)	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	........(.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)........................................(....)..
Sfold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...((.((((((..((((...................((..((((((.....))))))..))..............((((((((...................(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).)))))))))).........((.....)).................((((.........((((..((((((....))))))..))))......))))..(((((((((....))))))))).))))))))..........)))).))))))..)).
UNAFold	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((((..((..((((((...((((....(((...((..((((((.....))))))..))))))))).......((((((((.((((((((((((((....(((((....))))).((((.(((.(((......(((.....))).(((((....)))))...))).)))...((((((..(((((......((((((((((((..((.(((((....))).)).))..(((((((.....)))))))..)))).....))))))))...))))).))))))))))......))))))).)))...))))...........(((((........(..(..((((((....))))))..)..).....)))))..(((((((((....))))))))).)))))))).......)).)))).))..))).)).
Vsfold4	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	....((((((((.......)))...((((.((((....)))).((((.....)))).))))..((((......))))..)))))........(((....(((((((((....)))))..(((...............)))...)))).(((((....)))))....))).(((.(((((((.....)))........((((.....)))).))))....(((((((....)))(((((.....)))))...)))).........))).((((....)))).((((((.........))).))).((((((.......(((((.......)))))..((((((((((((....))))))))))))...))))))...(((((((((....)))))))))..(((((((..............))).))))....
Vsfold5	[ FASTA input ]	[ sec struct ]	...(((.((((.....))))....(((((....((((((.(((((((.....)))))))bbbb((((......))))..(((.....)))..)))))).{{{{(((((....)))))..{{{BBBB)..........}}}...}}}}.(((((....)))))...((((((....((((((.....)))........((((.....)))).)))..)))...((((....)))).(((.....)))aaa...)))..........AAA..<<<<...))))....>>>>..cccccc....))).CC.CCCC..(((((((..((((....[[[[.((((((((((((....)))))))))))).(((.......))).((((((....))))))...)))).((((..........]]]])))).)))))))

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