|
|
|
CGGAAGGGCACCACCAGGAGUAAACGUUUAUGUCGCAGUUAACUCUGCUCCGAAAAGCCGCUCGAAAGAGUCAUGGUGUCCUUGAAGGCUAGUCAGUUCGCUGGCGACAUUUCCAAAUUGCGGGAAACUCCUUAGAGCUCAAGCUACCGCCUCUGUUUAGUGAUAGACAGCUGGCACCGGGUUAACGACCUCGGGUAUGGUAAAAACGUUUGAGAUUGGACAAUCCGCAGCCAGCUUCCUUGAGAGGAAGAAGGUUCAGAGACUAGAUGGAUGUGGGUGAAGUCUUUGGAUAUGAAGAUUUUGCUUAAGAUAUAGUCCAAUCCAAAGCGGAGACGCAUUGGUUACAACAAGUAGAAAAUGGGAGCCUGCGCUUAAUUUGA |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
................((((((.......................))))))....((((((((....))))).(((.....)))...))).(((((....)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((.((.(((((((....)))))))..))..((((((.....)))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((..((((((....))))))..)))...[.[[[[[...)))))))(((((((((((((....))))))))))))).......]]]]]].((((((((((....)))))))).(((.....)))....)).....................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((((...((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....))))..))))))))))....((((((......))))))........(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....))))))).((((((...(((((.(((.((((((....))))))..((((....))))...))).)))))(..((((((((......))))))))..)..........)))))).((((.(((....))).))))..................))))))))))....))))))) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((...(((............)))..))))))........((((....))))..))))))))))....((((((......))))))........(((((((((((...(((((.....((((((((((((((..((((((....))))))...))).(((((........)))))....)))).....))))))).((((((.(((((.......((((((....))))))..((((....))))...))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).......)))))).((((.(((....))).))))..................)))))))))))....))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...(((((.(((((.......)).))).)))).....)........((((....))))..))))))))))........(((((....)))))...........................................(((.(((((((....)))))))..))).(((((........)))))(.............).....(((((((........(((..((((((....))))))..)))........(..........((((((((((((((....)))))))))))))).......))))))))((((.(((....))).))))....................................... |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...........................................................................................................(((.((((...((((((....(((......(((((((((((((..(((((((....)))))))...)).((.((.(....).)).))....)))).....)))))))...)))...))))))(((...(((........).))..)))............)))).)))(((((((................)))))))......................((....))............................................. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((....((((((.......................))))))........((((....))))...)))))))).........(((((....)))))..(((.(((....((((((....(((......((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((........)))))....)))....).)))))))...)))...))))))(((..((((((....))))))..))).............))).)))(((((((((((........)))))))))))..............(.((((.(((....))).)))).)..................((((....))))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...(((((.(((((.......)).))).)))))(((......))).((((....))))..))))))))))........(((((....))))).....((((.......))).).(((((.....(((((((.((((((.(((((((....)))))))..))).((((((.....).)))))....)))......)))))))(((((((.......((((..((((((....))))))..)))).......((........(((((((((((((((....))))))))))))))).....)))))))))((((.(((....))).))))..((.....)).......)))))(....).......... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((...(((............)))..))))))....[[[[((((....))))..))))))))))...]]]].(((((....))))).............((((((....(((......((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....)))))))...)))...))))))(((..((((((....))))))..)))(((..[[[[[..)))...(((((((((((((((....))))))))))))))).....]]]]]....(((..(((....))).(((....)))[[[[[......)))((((....)))).]]]]]. |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...(((((.(((............))).)))))(((......))).((((....))))..))))))))))((((....(((((....)))))....))))(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....)))))))(((((((...(((((.(((.((((((....))))))..((((....))))...))).)))))((((((((((((....))))))))))))..........)))))))((((.(((....))).)))).(((.....)))......))))))))))....)))))). |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((...........................))))........((((....))))..))))))))))........(((((....)))))........(((((.(((((...(((((.....(((((((.((((((.(((((((....)))))))..))).(((((........)))))....)))......)))))))(((((((........(((..((((((....))))))..)))..................(((((((((((((((....))))))))))))))).......)))))))((((.(((....))).))))..................)))))))))).....))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....((((.(((............))).)))).(((......))).((((....))))..))))))))))....((((((......))))))........(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....))))))).((((((...(((.((((..((((((....))))))..)))................).)))((((((((((((....))))))))))))..........)))))).((((.(((....))).)))).(((.....)))......)))))))))))....))))). |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((.......[[[[[[[.........))))))........((((....))))..))))))))))..........((((..))))]]]]]]]...(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((........)))))....)))).....)))))))(((((((.(((((.((((..(((((((..)))))))..))))...........))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).......)))))))((((.(((....))).))))..................))))))))))....)))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((...(((.((......)).)))..))))))....[[[[((((....))))..))))))))))...]]]].(((((....)))))........(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....))))))).((((((...(((((.(((.((((((....))))))..((((....))))...))).)))))(((((((((((......)))))))))))..........)))))).((((.(((....))).))))..................)))))))))))....))))). |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....((((.(((............))).)))).(((......))).((((....))))..))))))))))((((((((((......))))))....))))(((((((((((...(((((.(...((((((((((((((.(((((((....)))))))..)))((((((((...)))).))).)..)))).....)))))))(((((((.....((((((..((((((....))))))..)))................)))((((((((((((((....))))))))))))))........)))))))((((.(((....))).))))((((.....))))....))))))))))))....))))). |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((.......................))))))........((((....))))..))))))))))((((....(((((....)))))....)))).....((((((...((((.............(((((...(((((((....)))))))......(((((........)))))...)))))......((((.((((((((.(((((.((((..((((((....))))))..))))...........))))).(((((((((((((((....))))))))))))))).......))))))))))))..))))...((((..((((.....))))..))))....)))))).......... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....))))..))))))))))....((((((......))))))........(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....))))))).((((((...(((((.(((.((((((....))))))..((((....))))...))).)))))(..((((((((......))))))))..)..........)))))).((((.(((....))).))))..................))))))))))....)))))). |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((((((...((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....))))..))))))))).....((((((......)))))).....(((((....(((((....(((......((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....)))))))...)))...))))).(((..((((((....))))))..))).......(((..(((((.((((..((((((((......))))))))..)))).......)))))..((((.(((....))).))))..........)))....)))))..)).((.......)). |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....))))..))))))))))((((....(((((....)))))....))))(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....)))))))(((((((...(((((.(((.((((((....))))))..((((....))))...))).)))))(..((((((((......))))))))..)..........)))))))((((.(((....))).))))((((.....)))).....)))))))))))....))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..)(((((((((((.(((((.((((..........)))).))))).(((..)..))..(((((..)))))))))))))))).(((((..(((((((..)))))))..)))))(((((((((((.(.(((....))).((((((...(.((((((((((....)))))))..)).((((((((...)))).)))).((....)))).))))))((((((((((.((((((((((((((((....)))))))((.(......)))...))))))))).))(((((((........)))))))((((....).)))))))))))(((.((((..)))).)))...(((.(........).)))..)))..)))..)))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((((((...((((((...(((............)))..))))))........((((....))))..))))))))).....(((((........))))).......)).....(((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....)))))))(((((((........(((..((((((....))))))..)))..................((((..((((((((......))))))))..)))).......)))))))((((.(((....))).))))..................))))))))))........... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....))))..))))))))))....((((((......))))))........(((((((((((...(((((.....((((((((((((((.(((((((....)))))))..))).(((((((...)))).)))....)))).....))))))).((((((...(((((.(((.((((((....))))))..((((....))))...))).)))))(..((((((((......))))))))..)..........)))))).((((.(((....))).))))..................))))))))))....)))))). |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((......((((....))))...((((......))))...........((((....))))..))))))))))..(((...(((((....)))))....(((((........)))))..))).(((((..........)).)))(((((....))))).((((((.(((((........)))))......((((....)))).((((....))))....)))))).((((....)))).....(((((.........))))).((((((((((((((......)))))))))))))).........(((..((((..((....))..)))).(((.....))).....))).(((....)))........ |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.((((......[[[[[.....)))).....((((......))))))))....(((((((....))))...(((...{{{{{..))).(((((....)))))....(((((........)))))}}}}}.(((((]]]]].....)).)))(((((....)))))....))).(((((........)))))...(((((((....))).....(((.....)))..)))).((((((....))))))...(((((.........))))).((((((((((((((......)))))))))))))).........(((..((((..((....))..)))).(((.....))).....))).(((....)))........ |
