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RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00678



RNA: CRW_00678
Rfam family: -

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Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (.(..........(((...((..((((((.....))))))..))..)))...((((.((((((((..........(((......(((((....)).)))..))).............((((((........((((((...))))))..((((((((...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..(((((((....).))))))...))))....)))))))))...))))..))))))(((...((((.(((((....))))).))))...)))............))))))))((..((((((((....))))))))..))..))))))......((((((.(((....))))))))).)))))))).(((((((((..(((..........)))......((((((((....(((.(((..((((((((((((.(((((((....((((((((........)))))))).((((((.......(((((...(((((((...((((((.......((((....))))..((((.......)))).........)))))))))))))....)))))..(((.(((..((...........((((((.......))))))((((((((((.((...((((.((....)))))).)).)).)))))))).....))..))))))...((((......(((((((....))))))))))))))))).................))))))).....((((((.(((.((..(..((.(((((...)))))...))..)..))..))).))))))..(((((((...(((((((((((((((...(((((((((((.((((.((((....)))))))).................(((.(((((.((..(((((((..((((((.....))))))...)))))))..((....))....)).))))).)))...)))))))).)))...))))))))....)))))))...)))))))..))))).)))))))))).))).(((...(((...)))...)))..))))))))..))))))))).....))))......(.(((((((((....))))))))).).))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((((.....))))))))))....((((((((((((((.....((((....((((((((......))))...(((..(((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((....(((((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....))))))))).))))))..)))))))))..)))..))))))))..((.(((((((((..(((((..((((...(((...((((((((((((((....)))))))))))))).(((....(((((....)))))...))).)))...)))).(((..(((((((((...((...((....((((((...(((((((((...(((((..((((((..(((((((((..(((((...((((((((........))))))))..(((((......))))).)))))..((((((((.....)))).))..))....)))))))))......))).)))..)))))...((((((((((.....(((((((((.(((.(((...........((((((.......))))))((((((((...((.....(((((.....))))).))....)))))))).....))).)))))))).((((......(((((((....))))))))))).))))....((((((((((.....((((..((((..((((((........(((..(((((((....(((((((..(((((...((((((((......))).)))))..))))).....)))))))...(((((((((((.((((....))))))))........(((((..........)))))...)))))))......)).)))))..))).(((((((.....))))))).))))))..)))).....)))))))))))))).....))))))))))((((....)))).....)))))))))..))))))....((((...(((...)))...)))))).....))..)))))))))...))).....))))))))))))))))..))).)))))))))))
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((((.....))))))))))....((((((((((((((..((((.((.(((........................................................((((((...))))))..............((((.(((.(((((.((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....))))))))).))..........((((((((((((.(((((....))))).))))...........(((((.........(((((((((((((....)))))))))))))......)))))...))))))))..........)))))))).)))).(((((((((...........................(((((.((((((...(((((((((...))))))..)))....)))))).)))))..............((......(...(((((...(((((((...((((((..((...((((....))))..((((.......))))......)).)))))))))))))....)))))....).....))............((((((.......))))))((((((((...((...((((..(.....))))).))....)))))))).....................(......(((((((....))))))).....)...........................((((((((((((.(((.((.((..((.(((((...)))))...))..)).))..))).)))))))....)))))................................(((.(((((....))))))))..................((((((((.((.((((((((((((.((...(((.......(((((((.....)))))))......(((((((((((......)))))))))))..............((......))..................)))...)).)))))))).))))))))))))))...........))))))))).................))).)).)))).).)))))))))))))
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............((...((((((((((.....))))))))))..))(((((((((((((...((((.((.((((((.......(.((....)).)....))).............(((((((((((...((((((...))))))..(((((......((((((....(((......((((((((((((..((((.((((....))))..))))..((((((.......))))))....)))....)))))))))...)))...))))))(((...((...(((((....)))))..))....))).........)))))(((((.((((((((((((....))))))))))))....((.((((.(.((((.(.(((....))).).)))).).)))).))..)))))..................((((..(((((((((..(((((...((((....(((((.(((((((((..........(((........))).....((((((.......(((((...(((((((.(((.((((..........((...........))........)).)))))..........)))))))....)))))(((((.(((.((............((((((.......))))))((((((((....(.....(((((.....)))))..)....)))))))).......)))))))))).((((......(((((((....))))))))))))))))).................))))))).....((((((.........(((.(((((((...))))).......)).))).....))))))....)).))))).......))))........(.(((((..................))))).)..............................(.(((((..((...((((((.((((...(((((((.....))))))))))......(((((((........)))))))..)))))))....))....)))))).)))))..))))))))).)))))))))))((((...(((...)))...))))....)))).............................))).)).))))...)))))))))))))
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(.......)..((((((((((.....))))))))))....((((((((((((((..((((.((.(((..((((((.(...(((.((.....)).)))...).))))))...............((((((...)))))).............(((((.(((.(((((.((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....))))))))).)).((.....(.((((((((((((.(((((....))))).))))........((.(((((.((.....((((((((((((((....))))))))))))))..)).))))).)))))))))).)...)...))))))))).)))))(((((((((............((((((.(((.....(((((.((((((...((((((((((.)))))))..)))....)))))).)))))..)))(((((((((((((...((...(((((...(((((((...((((((..((..(((((....)))).)((((.......))))......)).)))))))))))))....)))))....)).).)))).).))))))).((((((.......))))))((((((((((.((.(.((((.((....))))))))).)).))))))))..))))))(((........((((.....(((((((....)))))))....))))..........)))......(((((.((((((((((((.(((.((.((..((.(((((...)))))...))..)).))..))).)))))))....)))))))..))).......((..(((....(((....(((.(((((....))))))))...)))....))).))..((((((((.((.((((((((((((.((.(.(((((((...(((((((.....)))))))..(((.(((((((((((......))))))))))).)))((((.....((((....))))......))))))))...))).).)).)))))))).))))))))))))))...........))))))))).................))).)).)))).).)))))))))))))
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((...[[[[[[[[...........))))(((.((((....)))).)))...((((...)))).]]]]]]]]....(((..........[[[.)))..]]].........(((..[[[.))).((((((...))))))......]]]....((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....)))))))))...))))..))))))(((...((((.(((((....))))).))))...)))...((((((..((((((((.((((((((((((....))))))))))))...(((((((((((((((((.(((....)))))))).....)))).....)))..))))).............))))))))..((((..((((((.....(((((((...)))))))........))))))..))))......)))))).....(((......[[[[[)))((((((((...(((((.......((((....))))..((((.......)))).........)))))))))))))....]]]]].........(((....[[[....[[[))).....]]]..]]].((((((((..........(((((.....)))))[[[....))))))))..]]]..(((((......[[[[[.....(((((((....)))))))....)))))..............]]]]].....(((...[[[[[[........))).......(((..(((....)))..)))........]]]]]](((...[[[)))...]]](((((((((.(((...((((....((((.((((....))))))))...))))...))).))).)))))).(((((.(((((((..(((((((...)))))))...))))))).....(((((......))))).....)))))((((.....[[[[)))).(((((...........)))))..]]]]..((((((((...[[[[..((((...(((...)))...)))).))))))))......((((((.........)))))).(((((((((....)))))))))]]]].
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] ................(..((((((((((.....))))))))))..).((((((((((((((..((((....((((((.(((((.((..(((.......(((......))).......)))..)).)))))((((((...)))))).............(((((.(((.(((((.((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....)))))))))...(((...))).((((((((((((.(((((....))))).))))...........((((..(((....((((((((((((((....))))))))))))))...)))))))...))))))))........)))))))))).))))).........................)))))).....(((((.((((((...(((((((((...)))))..))))....)))))).))))).((.((((((((.((....)).))))).)))..))((((((...((((((.......((((....))))..((((.......)))).((....)))))))))))))).......((((((.((.(((((...((.(((((...(((..(((.(((((((.((((((((((.((...((((.((....)))))).)).)).)))))))).....((((((.(((.((((((((.((((((((((....)))))))((((.((.(((..((((((((((....(((.((((((((((((((.(((.((.((..((.(((((...)))))...))..)).))..))).)))))))....)))).))).))).(((((((((.(((...((((....((((.((((....))))))))...))))...))).))).)))))).(((((.(((((((..(((((((...)))))))...)))))))..((.(((((......))))).))..))))).))))))))))....))).)).)))).(((....))).))))))..)))))..))).)))))).((((...(((...)))...))))..))))))).)))..))).))))).)).))))).)).)))))).)))).))).)))))))))))
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((((.....))))))))))....(((((((((((((...((((..((((((...........((....))....................................((((((...)))))).............((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....)))))))))...))))..))))))(((...((((.(((((....))))).))))...)))...........(((((((((((((((((((((....)))))))))))))..............(((((.(((....)))))))).................................{{{{))))))))..(((((.((((((...(((((((((...)))))..))))....)))))).))))).....(((((((..............(((((...(((((((...((((((.......((((....))))..((((.......)))).........)))))))))))))....)))))................))))))).((((((.......))))))((((((((...((...((((.........)))).))....))))))))...}}}}.....................(((((((....)))))))..................................[[[..[[[[[[.[[[.[[.[[......((((...))))))))))..]].]]..]]].]]]]]]......]]].................................((((.((((....))))))))..................((((((((.((.((((((((((((.((...(((.((....((((((.<<<<<<))))..........(((((((((......)))))))))...>>>>>>.......................))....))....)))...)).)))))))).))))))))))))))............................................))))...)))))))))))))
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((((((((((.....))))))))))....((((((((((((((..((((.((.((......(((..((..(((.......(((......))).......)))..))..))).((((((...))))))..............((((..((.(((((.((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....)))))))))...(((...))).((((((((((((.(((((....))))).))))...........((((....(....((((((((((((((....))))))))))))))...)..))))...))))))))........)))))))))..)))).((((((((.............................................(((((((...)))))))........((((((((........))))))))................((((..(((((((...((((((.......((((....))))..((((.......)))).........))))))))))))).(......)..(........)....))))....((((((.......))))))((((((((((.((...((((.((....)))))).)).)).)))))))).....((((((.(((.((((((...((.(((((((....)))))))(....((.((...((((((((((....(((.((((((((((((((.(((.((.((..((.(((((...)))))...))..)).))..))).)))))))....))))).)).))).(((((((((.(((...((((....((((.((((....))))))))...))))...))).))).)))))).(((((..........(((((((...)))))))..((((((.....))))))(......).........))))).)))))))))).....)).))....).(((....)))..))..)..)))))..))).)))))).((((...(((...)))...))))..((...))...))))))))..................)).)).)))).))).)))))))))))
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ......((((.........((..((((((.....))))))..))....[[[[[[[[[[[[[))))..((((....((.((..((.((((....)).((..((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....)))))))))...))))..))))))))))..))...))))..)).)).(((((((((..(((((((((((..(((((((((((..((((((((....))))))))..)))..(((((((((((((((((.(((....)))))))).....)))).....)))..))))).............))))))))..((((..((((((...(((((((((...)))))..))))....))))))..))))......))))))(((((.(((((((.(((((((((((.((((..((((((.......((((....))))..((((.......)))).........))))))..))))......((.(((((((((.(((......))).....(((..(((.(((((((.(((((..........(((((((......(((....))).....(((((((.....(((((......((((......(((((((....))))))))))))))))......)))))))........)))))))..((((((.(((.((.((..((.(((((...)))))...))..)).))..))).))))))......(((...(((((((.(((((((...(((((((((((.(((.(((((....)))))))).................(((.(((((.((..(((((((..((((((.....))))))...)))))))..((....))....)).))))).)))...)))))))).)))...))))))).....)))))))...)))))))).)))))))))).))).....)))))))))))..........)))))))).))).)))....))))))))).....))))))))))))))))))..]]]]]]]]]]]]]
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...............((.(((((((((((.....)))))))))).)))((((((((((((((..((((....(((.....((((.....(((.......(((......))).......))).....)))).((((((...))))))...................(((..((((.((.(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....)))))))))..............(((((((((((.(((((....))))).))))...........((((..[[[[[[[((((((((((((((....)))))))))))))).[[[[.))))...))))))).........)))))).)))......(((((((((]]]]..............]]]]]]]...................(((((((...)))))))........(((((((((.....).))))))))................(((((((((((((...((((((......(((((....)))).)((((.......)))).........))))))))))))).......................))))))....((((((.......))))))((((((((((.((.(.((((.((....))))))))).)).)))))))).....((((((.(((.((((((((.((((((((((....)))))))((((.........((((((((((....(((.((((((((((((((.(((...........(((((...)))))..............))).)))))))....))))).)).))).(((((((((.(((...((((....((((.((((....))))))))...))))...))).))).)))))).(((((..........(((((((...))))))).(((((((.....)))))))................))))).))))))))))...........)))).(((....))).))))))..)))))..))).)))))).((((...(((...)))...))))(((.....))))))))))))((((....)))).....)))....)))).))).)))))))))))
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .............(((...((..((((((.....))))))..))..)))...((((.((((((((..........(((......(((((....)).)))..))).((((........((((((........((((((...))))))..((((((((...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..(((((((....).))))))...))))....)))))))))...))))..))))))(((...((((.(((((....))))).))))...)))............)))))))).(..((((((((....))))))))..)...)))))).)))).((((((.(((....))))))))).)))))))).(((((((((..(((..........)))......((((((((....(((.(((..((((((((((((.(((((((....((((((((........)))))))).((((((.......(((((...(((((((...((((((.......((((....))))..((((.......)))).........)))))))))))))....)))))(((((.(((..((...........((((((.......))))))((((((((((.((...((((.((....)))))).)).)).)))))))).....))..))))))))..(((......(((((((....)))))))))).)))))).................))))))).....((((((.(((.((..(..((.(((((...)))))...))..)..))..))).))))))..(((((((...(((((((.(((((((...(((((((((((.((((.((((....)))))))).................(((.(((((.((..(((((((..((((((.....))))))...)))))))..((....))....)).))))).)))...)))))))).)))...))))))).....)))))))...)))))))..))))).)))))))))).))).(((...(((...)))...)))..))))))))..))))))))).....))))......(.(((((((((....))))))))).)...
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Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................................................................................((((....)).)).................................((((((...))))))....((.......((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..(((((((....).))))))...))))....)))))))))...))))..)))))).((...((((.(((((....))))).))))...)).................))..((..((((((((....))))))))..))...............(((((.(((....))))))))...............................................((((..((((((.......((((.....))))..........))))))..))))..........................(((((...(((((((...((((((.......((((....))))..((((.......)))).........)))))))))))))....)))))(((((.(((...............((((((.......))))))((((((((...((.....................))....)))))))).........))))))))...........(((((((....))))))).......................................((((((.(((.((..(..((.((((.....))))...))..)..))..))).))))))..........................................(((..((((....)))).)))............................................................................................................................................................................................................................(.(((((((((....))))))))).)...
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ...................((..((((((.....))))))..))....((((((((((((((..(((........((.((..((.((((....)..((..((((.(((.(((......(((......))).((((((...))))))...))).)))...((((((...((((......(((((((((((((.(((((((((....)))).)))))..((((((.......))))))...))))....)))))))))...))))..))))))))))..))..)))))..)).)).(((((((((..(((((((((((..((((((((.((..(((..(((....)))..)))..))...(((((((((((((((((.(((....)))))))).....)))).....)))..))))).............))))))))..((((..((((((...(((((((((...)))))..))))....))))))..))))......))))))(((((.(((((((.(((((((((((.((((..((((((.......((((....))))..((((.......)))).........))))))..))))......((.(((((((((.(((......))).....(((..(((.(((((((.(((((..........(((((((......(((....))).....(((((((.....(((((......((((......(((((((....))))))))))))))))......)))))))........)))))))..((((((.(((.((..(..((.(((((...)))))...))..)..))..))).))))))......(((...(((((((.(((((((...(((((((((((.((((.((((....)))))))).................(((..((((.((..(((((((..((((((.....))))))...)))))))..((....))....)).))))..)))...)))))))).)))...))))))).....)))))))...)))))))).)))))))))).))).....)))))))))))..........)))))))).))).)))....))))))))).....))))))))))))))))).))).)))))))))))