CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00679



RNA: CRW_00679
Rfam family: -

UUGACGGAAGGGCACCACCAGGAGUAAACGUUUAUGUCGCAGUUAACUCUGCUCCGAAAAGCCACUCGAAAGAGUGUGGUGUCCUUAGAGGCUAGUCAGUCCGCUGGCAACACAAUCAAAUUGCGGGAAACUCCUUAGAGCUCAAGCUACCGCUGCUGCCCAGAGAUGGGCUGUGGCACCAGGUUAACGACCUCGGGUAUGGUAACAACGCCUGAGAUUGGACAAUCCGCAGCCAAGCUCCCUCAUGGGAAGAAGGUUCAGAGACUAGAUGGUUGUGGGUUGAACACGUUUAUCUGAAGUAUUUGAACGGUUCGGCUUAAGAUAUAGUCCAAUCCAAUGUGGAAACGCACUGGUCUGAAAGAUAGAAAAUGGGAGCCUGCGCUUAAUUUGAC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ....................((((((.......................))))))....((((((((....)))))(((.....)))...))).(((((....)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((.((((((((((....))))))))))..((((((.....)))).))....)))....).)))))))...)))...))))))(((...((((((...))))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((.((((((...........)))))))))))))).......]]]]]].((((((((((....)))))))).(((.....)))...))......................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (......(((((((((((..((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....)))))))))))))))....((((((......)))))).......((((((((((((...(((((.....((.((((((((((..(.(((((....))))).)..))..(((((.((((..(((((((.((....))..)))))))..((..(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))..)))))).)))))............)))..))))).))........((..(((.((((....)))).)))..)).............))))))))))....))))))))
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .((....(((((((((((..((((((...(((............)))..))))))........((((....)))))))))))))))....((((((......))))))..))...((((((((((((...((((((((.((.....((((.(((((.(((((....))))).))))).(((((((...))))).))....(((......)))...((((((((...(((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))(((((((.((((((...........)))))))))))))..........))))))))....))))....)).))).(((.......)))....)))))))))))....)))))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..(((((.(((((.......)).))).).....))))........((((....)))))))))))))))........(((((....))))).......(((((((...((...(((((................(((((.(((((....))))).))))).....(.......)(((((((.((....))..)))))))(((((((..((((((((((...((((....))))...................))))))))))((((((.((((((...........))))))))))))...........)))))))(((.((((....)))).))).................))))))).......))))))).
CentroidHomfold‑LAST [ FASTA input ] [ sec struct ] ..............................................................................................................(((((((....((((((....(((......((((.((((((.(.(.(..(((....)))).)...)..(((((.(....)))).))....)))).....)).))))...)))...))))))(((...((.(.......).))..))).............)))))))(((((..............................))))).....................(((....)))............................................
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((((((..((((((.......................))))))........((((....)))))))))))))).........(((((....)))))..(((((((....((((((....(((......((((.(((((((((((.(((((....))))).))))).(((((.......))).))....)))....).)).))))...)))...))))))(((....((((....))))....))).............)))))))((((((((.((((((...........))))))))))))))..............(.(((.((((....)))).)))....................(((....))).......).
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..(((((((((((.......)).))).....))))))........((((....)))))))))))))))........(((((....))))).......((((((((((((...(((((...(((....)))...(((((.(((((....))))).))))).(..(((.....)))((((((.((....))..))))))((((((((.(((((((((((...((((....)))).....(((....)))....)))))))))(((((((.((((((...........))))))))))))).....))...))))))))((.((((....)))).))).................))))))))))....))))))).
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..((((((...(((............)))..))))))........((((....)))))))))))))))........((((.[[[[[))))..............]]]]]...(((....)))....(((..[[[[.)))(((((....))))).]]]].((((......[[[.[[[[[[[.))))......]]]]]]].]]]..(((((((((((((...((((....))))...[[[[[[..........)))))))))))))....((((((...........)))))).....(((........)))(((..(((.((((....)))).)))((((.....))))...)))]]]]]]..............
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((....((((((...(((.((......)).)))..)))))).......(((((....))))).)))))))))....((((((......)))))).......((((((((((((...(((((...(((....)))...(((((.(((((....))))).)))))..(((((.....(((........)))......))))).((((((((...(((((((((......(((.((((.......)))))))......)))))))))(((((((.((((((...........)))))))))))))..........))))))))((.((((....)))).)).((((.....))))....))))))))))....))))))).
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((...((((..............<<<<....))>>>>.)).......(((((....)))))))))))))))....((..(({{....))}})).......((((((((((((...(((((................(((((.(((((....))))).)))))...((.........(((((((...........)))))))(((((((...(((((((((....(([[[.[[)).........]]]]]......)))))))))(((((((.((((((...........)))))))))))))..........)))))))aa..((((....))))))AA.................))))))))))....))))))).
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((....((((..((............))..)))).(((......)))(((((....)))))))))))))))....((((((......)))))).......((((((((((((...(((((...(((....)))...(((((.(((((....))))).)))))....(((.....)))((((((.((....))..))))))((((((((...(((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))(((((((.((((((...........)))))))))))))..........))))))))((.((((....)))).))..((.......)).....))))))))))....))))))).
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((...((((((.......................)))))).......(((((....)))))))))))))))........((((((..)))))).......((((((((((((...(((((...((((..))))...(((((.(((((....))))).)))))(((((..........((((((...........))))))((((((((...(((((((((...((((....))))......[[[[[[.......)))))))))(((((((.((((((]]]]]].....)))))))))))))..........))))))))...((((....)))))))))................))))))))))....))))))).
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..((((((...(((.((......)).)))..))))))....[[[[.(((....))).)))))))))))...]]]].(((((....))))).......((((((((((((...(((((.....((.(((((((((((((.(((((....))))).)))))..(((((.((((..(((((((.((....))..)))))))..((..(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))..)))))).)))))............)))..))))).))........((..(((.((((....)))).)))..)).............)))))))))))....)))))).
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] (((....((((((((((....((((.(((............))).)))).............(((((....)))))))))))))))....((((((......))))))....)))((((((((((((...(((((...(((....)))...(((((.(((((....))))).)))))....((((...))))((((((...........))))))((((((((...(((((((((..(((((....)))).)..((((....))))...)))))))))(((((((.((((((...........)))))))))))))..........))))))))...((((....))))....((((.....))))....))))))))))....))))))).
RNASLOpt [ FASTA input ] [ sec struct ] ((((...((((((((((...((((((.......................)))))).......(((((....)))))))))))))))....((((((......)))))).......))))..((((((...(((((..(((((.........(((((.(((((....))))).)))))....((((......(((((((...........)))))))..((((...)))).))))....((((....))))....)))))..(((((((..(((((((((((((((.((((((...........))))))))))))))))..........)))))...((((....)))))))))))..............)))))))))))...........
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....)))))))))))))))....((((((......)))))).......((((((((((((...(((((.....((.((((((((((..(.(((((....))))).)..))..(((((.((((..(((((((.((....))..)))))))..((..(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))..)))))).)))))............)))..))))).))........((..(((.((((....)))).)))..)).............))))))))))....))))))).
RNAshapes [ FASTA input ] [ sec struct ] .((....(((((((((((..((((((...(((.((......)).)))..)))))).........(((....))).)))))))))))..(((((.(((((....)))))......(((.....((.((.....))...(((((((((.(((.(((((.(((((....))))).)))))..(((((.((((..(((((((.((....))..)))))))..((..(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))..)))))).)))))..))))))))...)))).)).............((..(((.((((....)))).)))..))...)))..........))))).)).((.....)).
RNAsubopt [ FASTA input ] [ sec struct ] (((.(..(((((((((((..((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....)))))))))))))))...)((((((......))))))....)))((((((((((((.....)).(((.((((((((((((((..(.(((((....))))).)..))..(((((.((((..(((((((.((....))..)))))))..((..(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))..)))))).)))))............)))..)))))..........(((..(((.((((....)))).)))((((.....))))...)))))))))))))..))))))).
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((((((((((((((.(((.(((.((((..........)))).))))))(((..)..)).((((((..))))))))))))))))))..))..((((((..))))))....)))(((((((..((.((.(((((...(((...))).(((.(.((((..)))).(((((((..))).)))).....(((.(((((((((.......))))))))).)))..((((((((((((((((((.(((.((.(........)))))))).))))))))))))))))(((..)))(((((((((..((..))..))))((((........))))((..(((((((((..)))))))))..))..))))).)).))))))).)).).)..))))))).
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((...((((((...(((............)))..)))))).......(((((....)))))))))))))))....((((((......)))))).......((((((.(((((...(((((................((..(.(((((....))))).)..))..(((((.((((..(((((((.((....))..)))))))...(..(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))..).)))).))))).................................((..(((.((((....)))).)))..)).............)))))))))).....)))))).
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .......(((((((((((..((((((...(((.((......)).)))..))))))........((((....)))))))))))))))....((((((......)))))).......((((((((((((...(((((.....((.((((((((((..(.(((((....))))).)..))..(((((.((((..(((((((.((....))..)))))))..((..(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))..)))))).)))))............)))..))))).))........((..(((.((((....)))).)))..)).............)))))))))))....)))))).
Vsfold4 [ FASTA input ] [ sec struct ] .......((((((((((......((((....))))...((((......))))..........(((((....)))))))))))))))....(((.(((((....)))))..............((((.......................))))....(((((....)))))...))).((((((.....))).(((((...........)))))....))).(((((((((((((...((((....))))....((((....))))...)))))))))))))....((((((...........))))))....((((........))))....(((.((((....))))....((((.....))))...))).(((....))).........
Vsfold5 [ FASTA input ] [ sec struct ] ....(((([[[[[[[[[[.....((((....))))...((((......)))))))).......((((....))))]]]]]]]]]]....((((.(((((....)))))....(((.....))).(((.....)))...)))).....(((((((((.(((((....))))).)))))....(((.....)))<<<<<<..)))).....>>>>>>...((((....(((((((((...((((....))))....((((....)))){{{)))))))))...((((.((((((}}}........))))))))))((((........))))...)))).((((....))))...(((.....)))...((((..((((....)))).))))...