|
|
|
UGGCGAAAUCCAACCAAGCUCGGGUAAACGGCGGGAGUAACUAUGACUCUCUCACCCCCUUAAAUAUGGCGCUCACCAAUGCUCAAAUCUUGGCUGUGAUUGACAGCUGGGAAGAAACAGUCGGUCAGUUUCCAGUGAUAACGCACCAUGUACCAUUAGGUGGCGGUCUGCAAGGAACGCUCCAUUGUUACGAGAUCCCCCUAGCAGCUCCUUAUGGGGUUGGCUUUGCUAAGAAUGGGCCUACCCGCUGGCAAUACAAACGGACAAUCAAUCAAGUCGUCCACAGAUGGGGAUCCCACACAGUCCCUUUUCUAUUAGAACCGGAUAACAUCAACGGCAAAACCUGCACAGCAUCGCACCUAUGUCAUAAUACUCGAUGCCACAAUCCCUUGCACUUGUGCUGGGAGUCACUAGACGACAACAAAGGCAGAAACUGGUGCCCGGGUCCAACGGGGGAUGUGUCCAUGCGGUGGUUUGUUUAAGGCAGGGUCCGUUGUACGCCCGGGGGCGACUGUGGCAGGUCCUCAACAAAGGGGCAGUCACUUUGUGGUAUAAGGUCUGAGGUUACUAGAUCGGGUGGGUCAGCCCACGGGCAAAACGCUGACCGUACCAAGUAGGAGAGAAAAGUCACAGGUAGGCACCUGGUGGCUAGUGGCAUGCACAAUAGCUUGCAUCGUGCAUGUUGCGAGACCGUCAAAUUGCGGGAAAGGGGUCACACAGCUGUCUAGUACUAACCCACCGGCGAAAGCGGGGUGGGGGCCUUGCACAGGAUAUAGUAAUAAGCUAGCAGACACGGUCCUAACCACGCAGCCAAGCCCUAACCAAACACACACUGUGUGUUUGUAUGGGUGCAGUUCACAGACUAAAUGUCGGUCGGGGGCUUCGGCCUCAUAAGAUAUAGUCGGCCCUUCCCUUAAUGGGGACCUGGAGAAGAGGUGAUGCAACACCAGAGCUCCGGAGACUCGGGGGUAGCACCCGAGUUUGGAAUCAGCGUAAGGUAGCCAAAUGCCUCGUCAU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
..............................................((((((.((..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................)).))))))...((((((((((....))))).))))).(((((((((((.((.......)).)))))))))))..(((((.(....((((((....(((........(((.((((((((((((((((.((....))..))))))))(((.....)))....)))....).)))))))......)))...)).))))((...((((...(((((((((.....)))))))))..))))...))...[.[[[[[...).)))))((((((....)))))).......]]]]]]((...(((((....))))).((((((....((((......))))....)))))).((((((((.......))))))))........)).........................
|
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((........((((........))))....((((((((((.....))))))))))......((((((((........((((..(((((((.(((((..(((((((((.((((((..(((....))).(((((((...((((.....(((.(((((..((((((((((((((((.....(((((..(((((((.....((((((..(((......(((((((((((..(((..(((((........)))))...))).......((((........(((((.....((((((((((((((((.....(((.........)))..((((.(((((((........(((((...((((((...................)))))))))))......)))))))))))....)))))))..)))).....)))))..)))))......)))))))))))).)))...(((((.......))))).)))..))))))......((((((.......)))))).)))))))..)))))..))))))..)))))))...)))...)))))...........(((((((((.(((((((((.(((((((((((.............)))))))))))....((((......))))......)))))).))).)))))........((((((...........)))))).)))))))...))))...)))))))....))))))..(((....))).....))))...)))))..((((((((...)))))))))))))))))).)))))).(((((..((((.....(((((....)))))....)))))))))))))..(((((....))))).((((((....((((......))))....)))))).)))).))))))...)))))))))))).....((((...........)))).)))))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((..............................(((((((((...((((((((............(((((((.....((((((.....(((.((((((((.(((((((.........(((....)))......................((((((....))))))....(((((......(((....)))...))))).......((((.((.......)).)))).....((((((((...((((((((((.(((.....)))((((.......((((((.....(((((...((((((..................))))))(((.((((((((..........(((.(((....))).......................)))........)))))))))))......................)))))..)))))).....))))))).)))))))...))))))))...........))))))).)))))))).))).....)))))).......(((((....)))))..........)))))))..................((((((((((....))))).))))).(((((((((((.((.......)).)))))))))))...............................)))))))).........((((((.((....))..))))))((((............((((.....))))........)))).......)))))))))((((....(((((((((...)))))))))...))))..........((((.....((......((((....)))).....))...))))......(((((....))))).((((((....((((......))))....))))))......))))))...)))))))))))).....(((..(((((......))))))))... |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((.....(((......((.((......)))).)))....)))...((((((.((.((.........))..((((((...........((((((((.......))))))))..........((((((((..((.(.........(((.((((((((.(((((((.((((....))).)(((((.(((((..........(..(((((((((....))))))).))..)........(((((.....(((((((........((((.............))))..(((.((((((........))))))..))).......(((...........))).......))).)))).........................(((((((.((((..(((....))).))))..............................((.(((((((.....((.((((....((.(((...............))))))))).))....))))))).))...))))))))))))..))))).))))).))))))).)))))))).))))...))..))).)))))))))))...(((....)))...................)).))))))...((((((((((....))))).))))).(((((((((((.............)))))))))))..(((((.(....((((((...((((((......(((.(((((.....((((((.((....))..))))))..(((.....)))............))))))))....))))))..)).))))((...((((....(((((((((...)))))))))...))))...)).............).))))).(((((....))))).............(((....((((....))))..((((((....((((......))))....))))))..(((((((.......)))))))((((......(....)....))))..)))....... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.............((((((((((((.....(.((((((.......)))))).)((((((.............................((((((((((...((((((((..........(.((((((((.((.((((((..(..(((.((((((((.(((((((.(((((((((((....))).))))....)))..((((..((((((((....))))))).).(((((.((..((((....))))))))))).......((((.((.......)).))))...(.((((((((...((((((((((.((((...))))((((.(.....((((((.....(((((.(.((((((.....(........)...))))))(((.((((((((((....))(((((...((((((...................)))))))))))......))))))))))).(((.....)))...)......)))))..))))))...).))))))).)))))))...)))))))).)...))))).))))))).)))))))).)))..)..)))))).))....(((((....))))).........))))))))..)...............((((((((((....))))).))))).(((((((((((.((.(....))).)))))))))))....((((......)))).............)))))))).........((((((.((....))..))))))((((.(((........((((.....)))))....)).)))).......))))))))))(((.(..(((((((((...)))))))))..))))...........(((((..((((.....(((((....)))))....)))))))))......(((((....))))).((((((....((((..()..))))....))))))......))))))...)))))))))))).....(((..(((((......))))))))... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((.......(((.............)))..(((..(((((.....)))))..)))......((((((((........((((....((((((((.....(((((((((.((((((..(((....))).(((((((...(((((((((((((((((....)))))......)))))....(((((((....(((((((........((((.............))))...(((((((((........)))))..((((...))))........))))............))).))))...((((((((......))).....((((....((((..(((....))).))))(((....))).........))))......)))))..)))))))..)))))))........((((....)))).....(((((((((...(((((((....)))..(((((((..(((((.......))))).....((((.((((((..((((((.......))))))..(((((....))))).(((.....)))....))))))....))))......))))))).((((((.(((((((((.(((((((((((.............)))))))))))....((((......))))......)))))).))).))))))))))....(((((...........))))))))))))))..........)))))))....))))))..(((....))).....))))...))))).(((((((((...)))))))))))).)))))...)))).(((((..((((.....(((((....)))))....)))))))))))))..(((((....))))).((((((....((((......))))....)))))).)))).))))))...))))))))))))...........((((......)))))))))). |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((......))).((((((((((((...(((.(((((((.(((.(((.((.....((((((..((((((.((((((...........((((((((((.....)))))))))).(((((.........)))))..))))....)).))))))....(((((.((.((((((((((((....))).))))....))))))))))))...(((((..((((((((((((((((.....(((((..(((((((............((((.............))))......(((((((...((((((((((............((((.......((((((.....(((((..((((...((((((((.(((........))).((((.(((((((...(((.(((.((.(.((((((...................))))))))).))).))))))))))))))..)))).))))...))))....)))))..)))))).....))))))).)))))))...))))))).((((((((....)).)))))).......(((((.((....))))))).)))))))..)))))..))))))..)))))))...)))...))))).....((((((((((....)))).)))))).(((((((((((.............)))))))))))....((((......))))..))))))......))..))))))))))..))).)))......(((.(((.((((((((((..((..(((....)))..)).))))....)))))).))).))).((...((((..((.((((((((...))))))))))..))))...)).....(((((..((((.....(((((....)))))....))))))))).((((((((((....))))).((((((....((((......))))....)))))).......)))))...)))))))))))).....(((..(((((......))))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((........((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((............................((({{{((((.....)))){{{)))...((((((.((...((............((..((...[[[[....))dd.))....aa.aaa.)).ee))))))))...EE.....AAA.AA..(((((..((((((((((((((((......(((((((((((((((.........(((((......................((((((((...((((((((((..((.....)).((((.......((((((.....(((((...(((..((bbb....................(((.((((((((...(((....(((...((((((...................))))))))).....)))))))))))))).....))BBB....))).....)))))..)))))).....))))))).)))))))...)))))))).............DD......]]]]....)))))......))))..)))))))))....))...))))))..)))))))...)))...))))).....((((((((((....))))).))))).(((((((((((.((.......)).)))))))))))....((.......((((((....((......}}}(((.((((......((((((.((....))..))))))<<((.......)).............)))))))......>>))..)).)))).}}}.((((....(((((((((...)))))))))...))))..........cccc...cccc))...(((((....)))))....CCCC.CCCC......(((((....))))).((((((....((((......))))....))))))......))))))...))))))))))))..........(((((......)))))))))). |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((........(..((........)).)....((((((((((.(((((.((((........))))..))))).................((.((((((((.(((((((((((((((((((....))).))))....)))))(((((.((((((((....))))))).).((((((.(..((((....))))))))))).......((((.............)))).....((((((((...((((((((((..(((...))).((((.......((((((.....(((((...(((...(((.((((.(............).(((.((((((((...(((.(((.((.(.((((((...................))))))))).))).))))))))))))))..))))..)))...))).....)))))..)))))).....))))))).)))))))...))))))))....)))))..))))))).)))))))).))((...(....)..))...(((((((((((.............))))))).))))..............((((((((((....))))).))))).(((((((((((.............)))))))))))....((((......))))................(((.(((((((((.((((((.((....))..))))))..(((.....)))...)))).....))))))))....(((....))).))))))))))(((((..(((((((((...)))))))))..)))).).........((((...((((.....(((((....)))))....)))).))))......(((((....))))).((((((....((((......))))....))))))......))))))...))))))))))))...........((((......)))))))))). |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((.........((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((.......(((.((((.......(((...(((..(((((.....)))))..)))....((((((.....((..((.(((((((((.(((...((((....)))).....((((...(((((..(((((((.(((..(((((((...(((((((....))))))).............(((((((....(((((((........((((.............))))..(((.((((((........))))))..))).......(((...........))).......))).))))...(((((....((...........((((....((((..(((....))).))))(((....))).........))))))....)))))..)))))))..))))))).)))....)))))))..)))))...))))))).)))))).)))..))..))))))))..((((((((((...((((((..........(((((((...(((((..(((((((.(((.(((((((((((.............))))))).))))..(((((.......(((.((...((((((.(((((((((.(((((((((((.............)))))))))))....((((......))))......)))))).))).)))))))))))..((((((.((....))..))))))...)))))....))).))))))).......)))))...))....)))))...(((..((((((..(((((((((...)))))))))..)))).))........(((((..((((.....(((((....)))))....))))))))))))...))))))..)))))))))))))....((((......)))).)))).))).......))))))...))))))))))))..........[[[[[))))..]]]]]...... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((((((((((....((.(((((((....).))))))))((((((.......(((.((........)))))...((((((((((((((((.((((........))))..))))))......((((.....(((.((((((((.(((((((((((((((((((....))).))))....)))))((((((((((((((....))))))).))((((((.(..((((....))))))))))).......((((.............)))).....((((((((...((((((((((.((((...))))((((.....(.(((((({...((((((...(((((([[[[[[[[..........))))))(((.((((((((...(((.(((.((.(.((((((...................))))))))).))).))))))))))))))..]]]].]]]]...........)))))}))))))))....))))))).)))))))...))))))))....)))))..))))))).)))))))).))).....))))........(((((((((((.............))))))).))))..............((((((((((....))))).))))).(((((((((((.............)))))))))))....((((......))))...(((..........(((.(((((((((.((((((...........))))))..(((.....)))...)))).....))))))))....<<<))).>>>.)))))))))).(((((.(((((((((...)))))))))).))))...........(((((..((((.....(((((....)))))....)))))))))......(((((....))))).((((((....((((......))))....))))))......))))))...))))))))))))...........((((......)))))))))). |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((........(((.(((.((..((((....(((..(((((.....)))))..))).......((((((((((.((.((((((..((.(((.((((((((.(((((((...((((...(((((..(((((((.(((..(((((((...(((((((....))))))).............(((((((....(((((((........((((.............))))..(((.((((((........))))))..))).......(((...........))).......))).))))...(((((....((...........((((....((((..(((....))).))))(((....))).........))))))....)))))..)))))))..))))))).)))....)))))))..)))))...)))).(.(((..((.((((....))))))..))))..(((((.......))))).))))))).)))))))).))).))..)))))).))....(((((....))))).........)))))))).))..)))))).)))...((((((((((....)))).)))))).(..((((((((.((.(....))).))))))))..)..(((((.((..(((((((...(((..(......(((.(((((((((.((((((.((....))..))))))..(((.....)))...)))).....))))))))....)..)))..)).)))))....((((((..(((((((((...)))))))))..)))).))...............)).))))).(((((....)))))..............)))..(((((....))))).((((((....((((......))))....))))))......))))))...)))))))))))).....((((..((...))..)))).)))))). |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(((((((...((((((((((((((..(((((.(((((..((((((((((.((((...(((((.(......(((..(((((........)))))(((((..((..(((((((((...((....))....)))))))))...(((((((...........)))).)))(((((((...........)))).).))((((((((..((((((((....))))))).)((((.((....((..((........)))).)))))).((((.............))))....).))))))).))))))).(((((((...(...).((((........).)))...((((((((((((((((.(.(.((......))).)))))).....(((((.(((((..)))))))))).((((((((..............)).)))))).((((((((((((((..((((...(((........)))....)..)))..))))))).).))))))......))))).))))))....).))))))..)))(((...))).).)))))..))))..(((((....(((((((((((((..........).))))))))))))...)))))...)..)))))))))((((((.(((((((((((((((((((((....((..))...)))))))))))((..(((.((...)))))..))).)))))).))).)))))).....))))).))))((..)).((((((((((((..(..(.(....(((((...)))))...)))..)))))...)))).)..)).(((((.(..(((((((((...)))))))))..))))))..((((((((((((....((((((.((((((..))))))))))))..)))))....((((((.............)).)))).))))).)).(((((.(((.(((..))))))))))).)...))))))))))))).................)....))))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((............(((.((..........(((..(((((.....)))))..))).......((((((((((....((((((..((.(((.((((((((.(((((((........................................(((((((....)))))))...(((((.....((((....))))..))))).......((((.............))))................(((((((((...((.....)).((((.......((((((.....(((((..((((...((((((((.((((........((((....((((..(((....))).))))(((....))).........))))............................))))..)))).))))...))))....)))))..)))))).....)))).)).)))))))......................))))))).)))))))).))).))..)))))).......(((((....))))).........)))))))).))......)).)))....((((.(((......)))..))))..(..((((((((.((.(....))).))))))))..)..............(((((...(((..(......(((.((((((((..((((((.((....)).).)))))..(((.....)))....))).....))))))))....)..)))..)).)))......((((((..(((((((((...)))))))))..)))).))........((((...((((.....(((((....)))))....)))).))))......(((((....))))).((((((....((((......))))....))))))......))))))...)))))))))))).....(((.............))).)))))). |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((((((.......((((((((((((.......((((((.......))))))..((((((.......(((.((((.......(((...(((..(((((.....)))))..))).....(((..((((........((((....(((((........(((((((((.((((((..(((....))).(((((((...((((.........(((((..((((((..((((((((.....(((((..(((((((....((((....((((.........((((((((..(((.((((((........))))))..))).......((((.......((((((.....(((((..((((...((((((((.((((...((((.((((....((((..(((....))).))))(((....))).........)))).....(((.((....))))).))))...))))..)))).))))...))))....)))))..)))))).....)))))))))))).......))))...((((((((....)).)))))).))))..(((((.((....))))))).)))))))..)))))..))))))..))..)))...)))...)))))......((((.(((((((((.(((((((((.(..((((((((.............))))))))..)....((((......))))......)))))).))).)))))........((((((.((....))..)))))).)))))).)).))))...)))))))....))))))..(((....))).....))))...))))).(((((((((...)))))))))....)))))...)))).(((((..((((.....(((((....)))))....)))))))))))))..(((((....))))).))))))....((((......)))).)))).))).......))))))...)))))))))))).....((((..((...))..)))).)))))). |
