CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00683



RNA: CRW_00683
Rfam family: -

AAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGAAAGGGGCAAAGAGGACUAGUGACUCAUCCAAAGACUUACGAGAUGCUUUAUUAGACGCACUGCGUGUAUGAAGACACUUGAACUCCGGGUGGUUACGCAUGAGACGGCAGUAGAUGCGACUUUUGUUCAGGUCGCCGGACUCCAACGUUAAAUGCGCCUUGUUGACACACUUAGCGUUGUGGCACGUGUGGCCCAUGGAGUGCGAAUGCUUCUCUAACUGCUCCAGUACAGCUUGCUGGACGUGAUGGAGCAAGAACUUCUCGUAAGCGUGGGUGGGCGCGACGUCCAUGGUAAUGAGACCUUCUCUGCAUGACAUACCCUACUGAAGCCUUUGCGGCCCGAAAGGGUGCGCGGUCACGACAUUAAAUAAAGAGCCGUGUUCAACGCAAGUGACGGGGGAGAGAGGACUGAAAGUGACGGGGAAAAGUCGCUUUUGUUGGCGACUUUCCCGAGUGGGGGAUGCCAAGGUAUUAUAUCGCGGUAUAUAUAUAUCCUACAAUAGACGACGCAGUCAGUCCGAAAACCCAGUUGCUACCUUUUCAAAUUGCGGGAAUCCCCUAAGAGCCCAUCACUACCGCGGCCGUUGUGGAAAACACUCGGUGCAGCAGGCGAGGUAGUUCCCCGCUGGAUGGUAAUAAGGUGAUGGGAUUGUCUCUAGAGACUUGCAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGUCCCUGUCAAAUGGGAAAGGUUCACAGACUGUAAGGAAAGGGGUGCCGCUUCCUAUUACGCGGCGCUUAAGAGACAGUCGGUCCCCUGCGAAAGCAGAGUCCCGAAUUGGAGGAAAAGGCCCAUUAAAAGUGGGCUUUGGAGAGCCUCGGGAGGCCAGAGAGGAAAGGCUCCGCGCCCUCCUCACUCGGCUGGGUUCAAGUCCUUUGACUUUAUGUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ................(((((((.....((((........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))....)))))))((((((((....))))(((((((..................)))))))....)))).(((((.....................................................................................................................................)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((((((.(((..(((.....))).))))))....(((((((.....)))))))....)))....).))))))))..(((............)))..)))...))))))(((...((((........))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((..........)))))))).......]]]]]]((.((((((....))))))((((((..........((((((((((...))))))))))........))))))((((((.(((...(((...........)))..)))..)))).))................))................................
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((....((((.((((((..(((((.....((((..((((((((((((....(((((((((((((((((((...(((.((((((........((((((.....))))))..)))))).((((.((((......(((((((......)))))))((.((((((..((((..(((((..((((((.....))))))..)).)))....))))...)))))).))..))))))))....)))((((((.......))))))..))))))))))......)))))))))..))))))((((((..(((((((((......))).((((((...((((...((((.....(((((....(((.(((((((((((..((((((((((.............)))))........)))))..(((.....(((((((..(((.(((((((.(((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....)))...))).)))))))).....(((((..((......)).......((((((...((((((((..............))))).)))..))))))..))))).....)))...)))))..))))..))))..))))))......))))))....))).)))...((((........))))..)).)))).((((((.........((((((((..........))))))))......)))))).)))).((((....)))).)))))...))))))...((((((((((...))))))))))...((((((.....((((((.((((...(((.....)))..)))).)).))))))))))....))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((...((((((((.(..(((((((.(((((((..(((.((((((((..(.(((((((((.(.......((.(((.......................((((((...((((((((.................(((((((......))))))).......(((((((((.((.(.........).)).)))))))))......))))))))..))))))))).........))...(((((((((.......)))))).........)))....).)))))))))).)))))))))))...))))...(........)..))).)))........)))).).)))))))).)))))..(((((((((((....((((................)))).....))).((((((.(((......(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..(((..((((..........(((((....))))).....)))))))......)).)))..))))))).....))).)))))))))))))).....((((..............((((((((((((...((((..(((.....))).))))......((((.((.....)).))))....))).....)))))))))...((((....))))..............))))........(((........)))...........((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))....(.((((....)))).)((((((..........(((((((((.....)))))))))........))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))......(((((....)))))........(((((....))))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((....((((((..(((((((...((((((.((.....(((((((((.(..........((((((.((((........((((.........))))(((((((.((..............(((((((......))))))).......(((((((((.((.............)).)))))))))...)).))))))).)))).))))))..((((((.........(((((((.....)))))))......))))))....).))))))))).(((((.(((((((..(.((.............((((((((........................(((..(((....))).(((((((......(.....).....))))))).....)))((((((.(((......(((((((........((((((.(((((........)))))))))))..((((((...(((..((((...))))..))).........))))))..............))))))).....))).)))))).(((((((....((((((....(((...((.((((((((((((.((.(((..(((.....))).))))).....((((.((.....)).))))....)))....).)))))))).))((((....)))).......)))...))))))(((...((((........))))..)))..............)))))))(((((((..........)))))))...................((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))...))))))))...)))..)))))))..)))))..)).))))))..)))))))........))))))...)).))))))...............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........((((((..((((((((.(..(((((((.(((((((..(((.((((((((..(.(((((((((.(.....((((((((...))).....((((.((.(((.((((((.(.((((((((.......(.........(((((((......))))))))(..((.(((((((((.((.(.........).)).))))))))).))..)))))))))).)))))).))).))))))))))).(((((((((.......))))).........))))....).)))))))))).)))))))))))...))))..(((......))).))).)))........)))).).))))))))))))))..(((((((((((.((.((((.(............).)))).))..))).((((((.(((......(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..(((..((((((....)((.((((((()))))))..))))))))))......)).)))..))))))).....))).))))))))))))))....((((((...(((....((.((((((((((((.(.((((..(((.....))).)))))(....((((.((.....)).)))))...))).....))))))))).))(((((()))))).......)))...)))))).((...((((........))))..))....(.((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)..(.((((....)))).)((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))......(((((....))))).....((.(((((....))))).))..........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.[[[.........)))))......]]].....((((..(((.((((((((....(((((((((..((((((...((((...))))..))))))...((((..(((((.(((....))).....(((((((((((.(((((((......)))))))...((((((..((((.(((.(((.((((((.....))))))....))).))).))))...))))))..(((...)))))).)))))(((((((.....))))))))))..)))))))))....)))))))))..)))))))))))...))))..((((..((((...))))....[[[[.)))).............((((((((....)))).))))]]]]..............(((..[[[)))..]]].((((((.(((......(((((((..(((.((((((..(((((((......))))))))))))).((((((.(((((..((((...))))..))))).......)))))).........)))..))))))).....))).))))))...............(((....))).....(((....[[[[[[...((((..(((.....))).))))......)))..]]]]]](((.[[[[))).........]]]]...(((((((((.....[[[[[[....))))))))).....]]]]]].......((((((((.........[[[[[[........[[[[[[[[[))))))))..]]]]]]]]].....]]]]]]..(((.((((....))))..[[[[[[......))).(((((((((.....)))))))))........]]]]]]((((...(((((..(((.....))).)))))....))))(((.....[[[[[[[..........)))(((((....))))).]]]]]]].....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((....((((.((((((..(((((.....(((((.(((((.(((((...((.((.((((.((((((((.(.((((...)))).))))))).)))))))).)).))))))))))((((((((.((.(((((..(((((((......))))))).((.((((..(((((..(((.....(((((.((((((((.((((((((.((((((.(((.(((..((((((.(((((.........(((((((.....))))))).((.(((.((..((((..((((((...((((((((.......))))))))...))))))..)))))).))).))..........))))).))))))..)))...))))))))))))))))).))))..........))))))))))))..)))))..))))...(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..)))))))......))..))))).)).)))))...)))(((....)))......((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....)))))))))(((((((((...(((((((..((((...))))..).))))))(((..((..((((......)).))...))..)))....(((((((((..........))))))))).))))))))).))))).((((....)))).)))))...))))))...((((((((((...))))))))))...((((((.....((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))))))))....))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] ...(((((.........ddddddd....dddd.......((((..(((.((((((((....(((((((((.(((((......(((...........ffff.(((((..ccccc))))).....((((..((((..(((....(((((((......)))))))...))).bbb))))<<))))...............>>....BBB.................CCCCC)))....FFFF.........((((((.......))))))......))))).......)))))))))..)))))))))))...))))..............)))))...........DDDD...DDDDDDD.....(((({{{{)))).....((eeee..............))EEEE.........((((((..(((.....(((((((..(((...((((.((((((((......))))))))))))..(((((...................................))))).........)))..))))))).....))).))))))....}}}}...(([[[[..............((((((((((((...((((..(((.....))).))))......((((.((.....)).))))....))).....)))))))))...................))........]]]].......((((........))))...((((((.((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))......((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).)))).............................aaa))))))AAA..............
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((........(..(((....((((......((((..(((.(.(((((.........((((.(((((((.((.((((...)))).))))))).))))))......)))))).)))....((((.((..(.....(((((((......)))))))....)......((((.....................))))((((((((.(((((.((((.(((..((((((.(((((.........(((((((.....))))))).((..((.((..(((...((((((...(.(((((.........))))).)...))))))...))))).))..))..........))))).))))))..)))...)))))))))))))))))...............((.....))...((((((.(((......(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).)))))).)).)))).......(((....)))......((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....)))))))))(((((((((...(((((((..((((...))))..).))))))(((..((..((((......)).))...))..)))....(((((((((..........))))))))).)))))))))..)))).((((....))))..)))).....)))....((((((((((...))))))))))...((((((.....((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))))))))....)....))))))..(.((((((((....)))))....))).)....
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((...((((((((....((((.......((((..(((.((((((((....(((((((((((((((((((......((.((((..(((...((((((.....)))))).)))..))))))..(((((((((.(((((((......)))))))((.((((((..((((.(((.(((.((((((.....))))))....))).))).))))...)))))).))........)))).)))))((((((.....))))))...))))))))))......)))))))))..)))))))))))...))))...((.((((((.....))).))).))...))))...)))))))).((.((((....))))))[[[[[[)))))..........(((((.((..((..((((((...((((((....(((((((..(((.(((((.(((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....(((((((............))))).))...)))))).((((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....))))....))))))..))..)).............((((........))))..)))))...]]]]]].(((((..{{{{{{{{{))))).....}}}}}}}}}..(((.(((((((((..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))))))...(((((..(((.....))).)))))....)))))..)))..((((((((((.....)))..(((((....))))).))))))).....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((......((((((.....((((.............(((.((((((((....((((((((((((((((.((.((((...)))).))))))).)).......................{{{{{...........(((((((......)))))))....{{{..........{{{.....{{{{{.{{{{.{{{.{{{{{{{{.{{{{{......{{{..{{{{{................(((((((.....)))))))....{{{.....{{{{..)))))))))..))))))))))).....................}}}}...}}}......))))....))))))}}}}}..}}}.......}}}}}}}}}}}}}.}}}...........}}}}}}}}}}}}((((((.(((}}}...(((((((..(((...((((.((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......)))))).........)))..))))))).....))).))))))....}}}}}......(((....)))......((((((((((((((.((((..(((.....))).)))))((((.((.(((....))))).))))..)))).....)))))))))(((((((((...(((((((..((((...))))..).))))))(((......((((......)).)).......)))....(((((((((..........))))))))).))))))))).......((((....))))..((((((..........((((((((((...))))))))))...[[[..))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))...]]].........))))))....((((((((....)))))....)))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] (((((...(((((.((.(((((((....((((.......((((..(((.((((((((....(((((((((((((((((((..((((((.((((..((((..((((((.....))))))....(((((...((....))..))))).......))))((((((((..(..(((((((((.((.(.(.....).).)).)))))))))..)..)).)))))))))).)))))).................(((((((.....)))))))..))))))))))......)))))))))..)))))))))))...))))...((.((((((.....))).))).))...))))...)))))))..(((((((....)))).))).)).)))))..........(((((..((((..((((((..((.(((......(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).))..))............)))).)))).(((......(((((((((((((..((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))..)))).....)))))))))....(((((((((.((..((((((((..(((....((((.((((........))))..((..(...((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))......((((....)))).)..))...)))).)))....)))))))....)..))))))))))).....))).((((((.(((((..(((.....))).))))).)).)))).)))))...)))))........(.(((.(((((....))))).))).).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........)).((((((((((...((((((((.((((((.(.(((((((((.(...((((((((((((...(((((((.(((.((((((((..)))((((..)(((((((((..........))).))).)))..)))((((((......)))))).(..)((((((((((((((((.........)..)))))))))))))))))))))))).((..))(((......)))..))))))(((((((.((((((..))))))(...))))))))..).)))))))))))((((((((((((((..(((((......))....((((((((....(((.(((((((((.(((((((.(......))))))))....(((((((...............(((..)).)...)))))))((((((((..((((.((((((((((((..))))))))))))))))..).)))))))))))))))).))...((((((((((........)))).))).))).((((.((((........))))((((((...(......)..)))))).)))).(((...))))..((((((((((((((((((.((((((((..............))))).))))))))))..(((((((....))).).).)))))))))))))(((((((((((((.(((((((((((..(.((((.(..(((........)))..)))))).((..((........).)..))..(((.........((((((((......)))))).))...(((((..)))))))).(((......))).)))).)))))).)))))...)))))))))(((((..)))))))))))))..).))..)))))))))).))))))))))))))).))))))(..)...))))))))..))).)))))))(.(((..))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] ........(((((....(((((((....((((.......((((..(((.((((((((....(((((((((............((((((.((((...(((..((((((.....))))))....(((((...((....))..))))).......))).((((((((..(..(((((((((.((.(.(.....).).)).)))))))))..)..)).)))))))))).))))))...(((...........(((((((.....)))))))........))).......)))))))))..)))))))))))...))))..............................))))...)))))))..(((((((....)))).)))....)))))...........................((..((..........(((((((..(((.(.((((..(((((((......))))))).))))..((((((..((((..(((.....)))..))))........)))))).......).)))..))))))).........))..))...............................((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((....(........)...))))...))).....)))))))))........................................((((........))))............((((........(((((((((..........))))))))).....))))..((..(.((((....)))).)..))............(((((((((.....)))))))))..............((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))..........................(.(((((....))))).)...........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .(((((..(((((.((.(((((((....(((((((.(((((((..(((.((((((((....(((((((((............((((((.((((..((((..(((..(.....)..)))....(((((...((....))..))))).......))))((((((((..(..(((((((((.((.............)).)))))))))..)..)).)))))))))).))))))..((((((....((.(.(((((((.....))))))))))...))))))......)))))))))..)))))))))))...))))..(((......))).))).)))........))))...)))))))..(((((((....)))).))).)).)))))..........(((((............((..((.(((......(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..(((((..(((((..((((...))))..)))))........)))))......)).)))..))))))).....))).))..))..((((((.......(((....)))......((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).((((((((.....((((((..(((...)))..((((...((((........))))..)))).......))))))......((((((((..........))))))))..))))))))..((((..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).))))))...)))))......)))))......(((.(((((.((((....)))).....(((.(((((....))))).)))))))).)))