CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00684



RNA: CRW_00684
Rfam family: -

AAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGAAAGGGGCAAAGAGGACUAGUGACUCAUCCAAAGACUUACGAGAUGCUUUAUUAGACGCACUGCGUGUAUGAAGACACUUGGAACUCCGGGUGGUUACGCAUGAGACGGCAGUAGAUGCGACUUUUGUUCAGGUCGCCGGACUCCAACGUUAAAUGCGCCUUGUUGACACACUUAGCGUUGUGGCACGUGUGGGACGCCUCUUCACCAGGGAGAGGGAGACGCUCAGUCGCUGCCACCGCGACAAUGAUGUGGCAAUAGUACUUCGUGCCUUGAUAGCGCAGUUGGACGUAACCGCCAGAGACCUUAGCAGGGGCGUAGUCCGUCACAAUGCAGCCGUUCUCCAUGGAGUGCGAAUGCUUCUCUAACUGCUCCAGUACAGCUUGCUGGACGUGAUGGAGCAAGAACUUCUCGUAAGCGUGGGUGGGCGCGACGUCCAUGGUAAUGAGACCUUCUCUGCAGGACAUACCCUACUGAAGCCUUUGCGGCCCGAAAGGGUGCGCGGUCACGACAUUAAAUAAAGAGCCGUGUUCAACGCAAGUGACGGGGAGAGAGGACUGAAAGUGACGGGGAAAAGUCGCUUUUGUUGGCGACUUUCCCGAGUGGGGGAUGCCAAGGUAUUAUAUCGCGGUAUAUAUAUAUCCUACAAUAGACGACGCAGUCAGUCCGAAAACCCAGUUGCUACCUUUUCAAAUUGCGGGAAUCCCCUAAGAGCCCAUCACUACCGCGGCCGUUGUGGAAAACACUCGGUGCAGCAGGCGAGGUAGUUCCCCGCUGGAUGGUAAUAAGGUGAUGGGAUUGUCUCUAGAGACUUGCAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGUCCCUGUCAAAUGGGAAAGGUUCACAGACUGUAAGGAAAGGGGUGCCGCUUCCUAUUACGCGGCGCUUAAGAGACAGUCGGUCCCCUGCGAAAGCAGAGUCCCGAAUUGGAGGAAAAGGCCCAUUAAAAGUGGGCUUUGGAGAGCCUCGGGAGGCCAGAGAGGAAAGGCUCCGCGCCCUCCUCACUCGGCUGGGUUCAAGUCCUUUGACUUUAUGUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC
Reference structure (ext) [ sec struct ] ................(((((((.....((((............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))....)))))))((((((((....))))(((((((..................)))))))....)))).(((((....................................................................................................................................)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((((((.(((..(((.....))).))))))....(((((((.....)))))))....)))....).))))))))..(((............)))..)))...))))))(((...((((........))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((..........)))))))).......]]]]]]((.((((((....))))))((((((..........((((((((((...))))))))))........))))))((((((.(((...(((...........)))..)))..)))).))................))................................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....((((((........(((.((....)))))..((((((((.....(((.(((...((..((((.(...(((((((...((.(((((((((((((((.(((((((....)))))))....(((((..((((..(((....(((((((......)))))))...)))....))))..)))))..((((((.(((((....(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).....).)))).))))))..)))))))).......)))))))))..(((.(((((...........((((((((....((((((((...(((..(((.(((....))).)))..)))............(((((((.....))))))).))))))))...((((..((((((.(.(((((..(.......)..))))).).))))))..))))....(((......)))......)))))))).((((....))))..))))).)))......)))))))..))))).)).((....)).....))))))..((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.((((....))))(((((....)))))......))))))......)).)))..))))))....((((((((((..((((((((...(((((((......(((.((((((((((((((((..((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))..)))).....))))))))).....)))))).(((((((..((((...))))..).)))))))))).)))...)))))))).....((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))((((..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))))))...(((((..(((.....))).)))))...))))))))))..)))))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))..)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((....((((.((((((..(((((.....((((..((((((((((((....(((((((((((((((((((...(((.((((((........(((((((....)))))))..)))))).((((.((((......(((((((......)))))))((.((((((.......((((((.(((.((((..(((..(((((((((((((.(((.....(((((((.....)))))))....)))..(((...((((((............)))))).....))).))))))...)))))))))).((((.....((((.....(((....)))))))..))))))))))).)).)).))......)))))).))..))))))))....)))((((((.......))))))..))))))))))......)))))))))..))))))((((((..(((((((((......))).(((((...(((((...((((.....(((((....(((.(((((((((((((((..................)))))))........(((((((((......(((((((..(((.(((((((.(((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).)))))))))))))).....(((((..((......)).......((((((...((((((((..............))))).)))..))))))..))))).....)))...)))))..))))..)))))..)))))......))))))....))).)))...((((........))))..)).)))).((((((.........((((((((..........))))))))......)))))).)))).((((....)))).)))))...))))))...((((((((((...))))))))))...((((((.....((((((.((((...(((.....)))..)))).)).))))))))))....))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))...
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ..........(.......)....................((((..(((.((((((((..(.(((((((((.(........((((.(((((((.........(((((((....)))))))((((((..................(((((((......))))))).....((((((......(((((...((((.((((.....(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).......)))).))))...................)))))))))))))))))....................))))))).)))).....(((..(((.(((....))).)))..))).........(((((((((.......)))))).........)))....).)))))))))).)))))))))))...))))............(((..((((((((......(((((.((..............(((((((((((....((((................)))).....))).((((((.(((.....(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..(((..((((..........(((((....))))).....)))))))......)).)))..))))))).....))).)))))))))))))).....((((..............((((((((((((...((((..(((.....))).))))......((((.((.....)).))))....))).....)))))))))...((((....))))..............))))........(((........)))...........((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))....(.((((....)))).)((((((..........(((((((((.....)))))))))........))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))......(((((....))))).....)).)))))....))))))))))).......
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .................((((((((....((((((..(((((((...((((((.((.....(((((((((.(..........((((.(.(((((.......(((((........))))).....))))).)(((((.(((...(((((((......)))))))(((((((((((......(((((........((((........))))(((((.(.......(((((((.....)))))))...............((((((..((....))..))))))........)))))).......))))))))))................(((....))).....))))))......))).))))).(((....)))))))..((((((.........(((((((.....)))))))......))))))....).))))))))).(((((.(((((((..(.((.............((((((((.(((......)))......(((..(((..(((....))).(((((((......(.....).....))))))).....)))(((((((((......(((((((........((((((.(((((........)))))))))))..((((((...(((..((((...))))..))).........))))))..............))))))).....))).)))))).(((((((....((((((....(((...((.((((((((((((.((.(((..(((.....))).))))).....((((.((.....)).))))....)))....).)))))))).))((((....)))).......)))...))))))(((...((((........))))..)))..............)))))))(((((((..........)))))))...................((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))))...)))..)))))))..)))))..)).))))))..)))))))........))))))...)).))))))...............
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((.......)))))((....))........((((..(((.((((((((..(.(((((((((.(.....(..((((.(((((((.........(((((((....)))))))((((((.......((.........(((((((......)))))))))...((((((......(((((..(((((.((((....((((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).).....)))).)))))((.......)).......)))))))))))))))))...(.....(((....))))))))))).))))...).(((..(((.((((())))).)))..)))..(((((...((((((((.......)))))).))..)))))......).)))))))))).)))))))))))...))))............(((..((((((((......(((((.((((((.....)))..(((((((((((.((.((((.(............).)))).))..))).((((((.(((.....(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..(((..((((((....)((.((((((()))))))..))))))))))......)).)))..))))))).....))).))))))))))))))....((((((...(((....((.((((((((((((.(.((((..(((.....))).)))))(....((((.((.....)).)))))...))).....))))))))).))(((((()))))).......)))...)))))).((...((((........))))..))....(.((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)..(.((((....)))).)((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))......(((((....)))))....))).)))))....))))))))))).......
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(((((.[[[.........)))))......]]].....((((..(((.((((((((....(((((((((............((((((.((((.(((....(((((((....)))))))......)))((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((.(((.(((.(((((((.....)))))))(((...))).)))..((((((............))))))....)))..))))))...)))))))..((((.........)))).....)))))))))))))))))))......))).)))).)))))))).))))))..((((((.........(((((((.....)))))))......))))))......)))))))))..)))))))))))...))))..(((...[[[)))..]]]..(((.....[[[...)))........(((((((....)))).)))]]]................(((..[[[)))..]]].((((((.(((.....(((((((..(((.((((((..(((((((......))))))))))))).((((((.(((((..((((...))))..))))).......)))))).........)))..))))))).....))).))))))...............(((....))).....(((....[[[[[[...((((..(((.....))).))))......)))..]]]]]](((.[[[[))).........]]]]...(((((((((.....[[[[[[....))))))))).....]]]]]].......((((((((.........[[[[[[........[[[[[[[[[))))))))..]]]]]]]]].....]]]]]]..(((.((((....))))..[[[[[[......))).(((((((((.....)))))))))........]]]]]]((((...(((((..(((.....))).)))))....))))(((.....[[[[[[[..........)))(((((....))))).]]]]]]].....
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((........(((.((....)))))...(((((((..(((((((.((.....(((((((((..((((((.(.((((...)))).))))))).(((((((....)))))))......(((((((((((.(((..((((.((((((((.(((((((.((((((((((......(((((...((((.((((.((..(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).)))..))...)))).)))).((((...)))).......))))))))))).))..))))....))))).))))))))))))...........))).)))).))).))))(((.((....))..)))....(((((((.(((..((....))..))).)))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((((....))).)))(((((((((.((((.((((((......(((.....))).....)))))).(((..((((................)))).....)))..(((((.(((.....(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).))))).((((((((...(((((((......(((.(((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))))).(((((((..((((...))))..).)))))))))).)))...)))))))).....((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))).((((....))))..((((((...((.....((((((((((...))))))))))......)))))))).).))))))))........))))))).)).)))..)).)))).)))))))))).)))))).((.((((((((....)))))....))).))...
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....................((((....))))......((((..(((.((((((((....(((((((((............((((((.............(((((((....)))))))..................((....(((([[[[[[[..[[[))))...))((((((......(((((........((((.....(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).......))))........................)))))))))))...............]]]..]]]]]]].................................)))))).................((((((.......))))))..................)))))))))..)))))))))))...))))............(((...(((((((......(((((.............(((({{{{))))...((((<<................))))>>.........((((((.(((.....(((((((..(((...((((.((((((((......))))))))))))..(((((...................................))))).........)))..))))))).....))).))))))....}}}}.......................((((((((((((...((((..(((.....))).))))......((((.((.....)).))))....))).....)))))))))........................................((((........))))..........((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))......((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).)))).......((((....)))).........)))))....))))))).))).......
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ......(((((...........(((....)))......(((((..(((.((((((((....(((((((((..(((((..(.((((...)))).).))))).(((((((....)))))))......(((((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((.........(((((((.....)))))))..(((.....)))..((((((..(......)..)))))).........))))))...)))))))...(((.((....)))))......)))))))))))))))))))......))).))))).))).))).((.((....))..))......(((((((((.....)))))).........))).......)))))))))..)))))))))))...((((........).)))..........((.(...((........(((.....))).(....)))..(((((....................))))).........((((((.(((.....(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).)))))).(((((((....((.(((......(...(((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))..).(((((((..((((...))))..).)))))))))..))....)))))))......((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).).)).((((....))))..((((((...((.....((((((((((...))))))))))......)))))))).(((((.(((((..(((.....))).))))).)).))).........)))))..))))).....((((((((....)))))....)))......
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((........((.(((....)))))..((((((((...((((((.((.....(((((((((((((((((((..((((((.((((...(((..(((((((....))))))).....((((..(((((.......((((.((((((((.(((((..(((((((((((......(((((..(((((.((((.(((.(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).)))....))))))).)))))((((...)))).......))))))))))).))..))).....))))).))))))))))))..)))))...)))).....)))..)))).)))))).................(((((((.....)))))))..))))))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((...(((..(((.....)))))).))))............((((((((((((((....)))).)))((((..(((..........(((((...(((....((..(((((((((....(((((((..(((.(((((.(((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....((((.((((.....((((.......(((....)))..((((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))).))))...))))))))...............)))))))))..)).))).)))))...((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).......))))))).))))))).)).)))..)).))))))..)))))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))...
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((..........................((((((..(((.((((((((....(((((((((..(((((.((.((((...)))).)))))))((((((((....))))))).)....(((((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((..((((...(((((((.....)))))))..[[[.))))]]]..((((((............)))))).........))))))...)))))))..((((.((....)))))).....)))))))))))))))))))......))).))))).))).)))(((...........)))....((((((((((.....))))))).........)))......)))))))))..)))))))))))...)))(((....)))..............((((.......................(((....))).((((((((...............).)))))))........((((((.(((.....(((((((..(((...((((.((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......)))))).........)))..))))))).....))).))))))((((((((...(((((((..........(((((((((((((((((.((((..(((.....))).)))))((((.((.(((....))))).))))..)))).....))))))))).....)))....(((((((..((((...))))..).)))))))))).)))...)))))))).....((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))).((((....))))..((((((..........((((((((((...))))))))))........)))))).(((((.(((((..(((.....))).))))).)).)))............))).))))))....((((((((....)))))....)))......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((........(((.((....)))))..((((((((.(.((((((.((.....(((((((((((((((((((..((((((.((((...(((..(((((((....))))))).....((((..(((((.......((((.((((((((.(((((.(.((......(((((...(((((..(((((.((((.(((.(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).)))....))))))).)))))((((...)))).......)))))....))))).....)).).))))).))))))))))))..)))))...)))).....)))..)))).)))))).................(((((((.....)))))))..))))))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((...(((..(((.....)))))).))))............(((((((.(.((((....))))....((((..(((..........(((((...(((....((..(((((((((....(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....((((.((((.....((((.......(((....)))..(((((((((((((((((..((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))..)))).....))))))))).....)))).))))...))))))))...............)))))))))..)).))).)))))...((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).....).))))))).))))))).)).)))..)).))))))).)))))))))))))).(.(((.(((((....))))).))).).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...........)).((((((((((...((((((((.((((((.(.(((((((((.(...((((((((((((...((((((.((((((((((..((...(((.(...).((((.(((((((((((((((.........)))))((((((......)))))).(..)((((((((((((((((.........)..)))))))))))))))..((((((((.((.((((((........)).)))).)))))))))).(((((((.........).))))))......((((........))))(........))))))))))))))).(((......)))..).))....))))).)))..((((((((..))))))))).)))...))))))(((((((.((((((..))))))(...))))))))..).)))))))))))((((((((((((((..(((((......))....((((((((....(((.(((((((((((((((((.(......))))))))....(((((((...............(((..)).)...)))))))(((((((..((((.((((((((((((..))))))))))))))))..).)))))))))))))))).))...((((((((((........)))).))).))).((((.((((........))))((((((...(......)..)))))).)))).(((...))))..((((((((((((((((((.((((((((..............))))).))))))))))..(((((((....))).).).)))))))))))))(((((((((((((.(((((((((((..(.((((.(..(((........)))..)))))).((..((........).)..))..(((.........((((((((......)))))).))...(((((..)))))))).(((......))).)))).)))))).)))))...)))))))))(((((..)))))))))))))..).))..)))))))))).))))))))))))))).))))))(..)...))))))))..))).)))))))(.(((..))))...
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((........(..(((....))).)...(((((((...((((((.((.....(((((((((............((((((.((((........(((((((....))))))).....(((...(((((.......((((.((..((((.(((((...................(((((...((((.((((.....((..((((((....((((.(((((((((.....)))))))....)))))).....))))))..)).......)))).))))...................)))))...................))))).))))..))))))..)))))....)))..........)))).))))))...(((((.........(((((((.....)))))))......))))).......))))))))).(((((.(((((((..((((((....))).)))(((((((.(.((((..........(...(((....(((..((((((((.......((((................))))..........(..((.(((.....(((((((..(((.(.((((..(((((((......))))))).))))..((((((..((((..(((.....)))..))))........)))))).......).)))..))))))).....))).))..).)))))))).....((((..............((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.((......)))).))))...))).....)))))))))...((((....))))..............)))).)))...((((........)))).)))..)...((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))).((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))).)..)))))))........))))))).)).)))..)).))))))..))))))).))))))...(((.(((((....))))).))).........
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((...........(((....)))....((((((((...((((((.((.....(((((((((............((((((.((((........(((..((....))..))).........((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((.((((....(((((((.....)))))))..(((.....)))....)))).((.(((....))).))..........))))))...)))))))..((((.((....)))))).....)))))))))))))))))))......))).)))).)))))))).))))))..((((((....((.(.(((((((.....))))))))))...))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((((....))).)))(((((((((.((((.............(((...(((((((....)))).))))))..((((........(((.(((((((........((..((.(((.....(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..(((((..(((((..((((...))))..)))))........)))))......)).)))..))))))).....))).))..)).............((((....(((((.((((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))).....((((((..(((...)))..((((...((((........))))..)))).......))))))...)))))..))))........))))))).)))........)))))))).((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))).)).)))))))........))))))).)).)))..)).))))))..)))))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))...