|
|
|
AAGGAGAAGUCGUAACAAGGUUUCCGAAAGGGGCAAAGAGGACUAGUGACUCAUCCAAAGACUUACGAGAUGCUUUAUUAGACGCACUGCGUGUAUGAAGACACUUGGAACUCCGGGUGGUUACGCAUGAGACGGCAGUAGAUGCGACUUUUGUUCAGGUCGCCGGACUCCAACGUUAAAUGCGCCUUGUUGACACACUUAGCGUUGUGGCACGUGUGGGACGCCUCUUCACCAGGGAGAGGGAGACGCUCAGUCGCUGCCACCGCGACAAUGAUGUGGCAAUAGUACUUCGUGCCUUGAUAGCGCAGUUGGACGUAACCGCCAGAGACCUUAGCAGGGGCGUAGUCCGUCACAAUGCAGCCGUUCUCCAUGGAGUGCGAAUGCUUCUCUAACUGCUCCAGUACAGCUUGCUGGACGUGAUGGAGCAAGAACUUCUCGUAAGCGUGGGUGGGCGCGACGUCCAUGGUAAUGAGACCUUCUCUGCAGGACAUACCCUACUGAAGCCUUUGCGGCCCGAAAGGGUGCGCGGUCACGACAUUAAAUAAAGAGCCGUGUUCAACGCAAGUGACGGGGAGAGAGGACUGAAAGUGACGGGGAAAAGUCGCUUUUGUUGGCGACUUUCCCGAGUGGGGGAUGCCAAGGUAUUAUAUCGCGGUAUAUAUAUAUCCUACAAUAGACGACGCAGUCAGUCCGAAAACCCAGUUGCUACCUUUUCAAAUUGCGGGAAUCCCCUAAGAGCCCAUCACUACCGCGGCCGUUGUGGAAAACACUCGGUGCAGCAGGCGAGGUAGUUCCCCGCUGGAUGGUAAUAAGGUGAUGGGAUUGUCUCUAGAGACUUGCAAUGGGCAAUCCGCAGCCAAGUCCCUGUCAAAUGGGAAAGGUUCACAGACUGUAAGGAAAGGGGUGCCGCUUCCUAUUACGCGGCGCUUAAGAGACAGUCGGUCCCCUGCGAAAGCAGAGUCCCGAAUUGGAGGAAAAGGCCCAUUAAAAGUGGGCUUUGGAGAGCCUCGGGAGGCCAGAGAGGAAAGGCUCCGCGCCCUCCUCACUCGGCUGGGUUCAAGUCCUUUGACUUUAUGUUCCGUAGGUGAACCUGCAGAAGGAUCAAGC |
Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
................(((((((.....((((............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................))))....)))))))((((((((....))))(((((((..................)))))))....)))).(((((....................................................................................................................................)))))..(((((((....((((((....(((......(((((((((((((((.(((..(((.....))).))))))....(((((((.....)))))))....)))....).))))))))..(((............)))..)))...))))))(((...((((........))))..)))...[.[[[[[...)))))))((((((((..........)))))))).......]]]]]]((.((((((....))))))((((((..........((((((((((...))))))))))........))))))((((((.(((...(((...........)))..)))..)))).))................))................................
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....((((((........(((.((....)))))..((((((((.....(((.(((...((..((((.(...(((((((...((.(((((((((((((((.(((((((....)))))))....(((((..((((..(((....(((((((......)))))))...)))....))))..)))))..((((((.(((((....(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).....).)))).))))))..)))))))).......)))))))))..(((.(((((...........((((((((....((((((((...(((..(((.(((....))).)))..)))............(((((((.....))))))).))))))))...((((..((((((.(.(((((..(.......)..))))).).))))))..))))....(((......)))......)))))))).((((....))))..))))).)))......)))))))..))))).)).((....)).....))))))..((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.((((....))))(((((....)))))......))))))......)).)))..))))))....((((((((((..((((((((...(((((((......(((.((((((((((((((((..((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))..)))).....))))))))).....)))))).(((((((..((((...))))..).)))))))))).)))...)))))))).....((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))((((..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))))))...(((((..(((.....))).)))))...))))))))))..)))))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))..) |
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((....((((.((((((..(((((.....((((..((((((((((((....(((((((((((((((((((...(((.((((((........(((((((....)))))))..)))))).((((.((((......(((((((......)))))))((.((((((.......((((((.(((.((((..(((..(((((((((((((.(((.....(((((((.....)))))))....)))..(((...((((((............)))))).....))).))))))...)))))))))).((((.....((((.....(((....)))))))..))))))))))).)).)).))......)))))).))..))))))))....)))((((((.......))))))..))))))))))......)))))))))..))))))((((((..(((((((((......))).(((((...(((((...((((.....(((((....(((.(((((((((((((((..................)))))))........(((((((((......(((((((..(((.(((((((.(((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).)))))))))))))).....(((((..((......)).......((((((...((((((((..............))))).)))..))))))..))))).....)))...)))))..))))..)))))..)))))......))))))....))).)))...((((........))))..)).)))).((((((.........((((((((..........))))))))......)))))).)))).((((....)))).)))))...))))))...((((((((((...))))))))))...((((((.....((((((.((((...(((.....)))..)))).)).))))))))))....))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))... |
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..........(.......)....................((((..(((.((((((((..(.(((((((((.(........((((.(((((((.........(((((((....)))))))((((((..................(((((((......))))))).....((((((......(((((...((((.((((.....(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).......)))).))))...................)))))))))))))))))....................))))))).)))).....(((..(((.(((....))).)))..))).........(((((((((.......)))))).........)))....).)))))))))).)))))))))))...))))............(((..((((((((......(((((.((..............(((((((((((....((((................)))).....))).((((((.(((.....(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..(((..((((..........(((((....))))).....)))))))......)).)))..))))))).....))).)))))))))))))).....((((..............((((((((((((...((((..(((.....))).))))......((((.((.....)).))))....))).....)))))))))...((((....))))..............))))........(((........)))...........((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))....(.((((....)))).)((((((..........(((((((((.....)))))))))........))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))......(((((....))))).....)).)))))....)))))))))))....... |
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.................((((((((....((((((..(((((((...((((((.((.....(((((((((.(..........((((.(.(((((.......(((((........))))).....))))).)(((((.(((...(((((((......)))))))(((((((((((......(((((........((((........))))(((((.(.......(((((((.....)))))))...............((((((..((....))..))))))........)))))).......))))))))))................(((....))).....))))))......))).))))).(((....)))))))..((((((.........(((((((.....)))))))......))))))....).))))))))).(((((.(((((((..(.((.............((((((((.(((......)))......(((..(((..(((....))).(((((((......(.....).....))))))).....)))(((((((((......(((((((........((((((.(((((........)))))))))))..((((((...(((..((((...))))..))).........))))))..............))))))).....))).)))))).(((((((....((((((....(((...((.((((((((((((.((.(((..(((.....))).))))).....((((.((.....)).))))....)))....).)))))))).))((((....)))).......)))...))))))(((...((((........))))..)))..............)))))))(((((((..........)))))))...................((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))))))))))))))...)))..)))))))..)))))..)).))))))..)))))))........))))))...)).))))))............... |
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((.......)))))((....))........((((..(((.((((((((..(.(((((((((.(.....(..((((.(((((((.........(((((((....)))))))((((((.......((.........(((((((......)))))))))...((((((......(((((..(((((.((((....((((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).).....)))).)))))((.......)).......)))))))))))))))))...(.....(((....))))))))))).))))...).(((..(((.((((())))).)))..)))..(((((...((((((((.......)))))).))..)))))......).)))))))))).)))))))))))...))))............(((..((((((((......(((((.((((((.....)))..(((((((((((.((.((((.(............).)))).))..))).((((((.(((.....(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..(((..((((((....)((.((((((()))))))..))))))))))......)).)))..))))))).....))).))))))))))))))....((((((...(((....((.((((((((((((.(.((((..(((.....))).)))))(....((((.((.....)).)))))...))).....))))))))).))(((((()))))).......)))...)))))).((...((((........))))..))....(.((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)..(.((((....)))).)((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).))))......(((((....)))))....))).)))))....)))))))))))....... |
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((.[[[.........)))))......]]].....((((..(((.((((((((....(((((((((............((((((.((((.(((....(((((((....)))))))......)))((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((.(((.(((.(((((((.....)))))))(((...))).)))..((((((............))))))....)))..))))))...)))))))..((((.........)))).....)))))))))))))))))))......))).)))).)))))))).))))))..((((((.........(((((((.....)))))))......))))))......)))))))))..)))))))))))...))))..(((...[[[)))..]]]..(((.....[[[...)))........(((((((....)))).)))]]]................(((..[[[)))..]]].((((((.(((.....(((((((..(((.((((((..(((((((......))))))))))))).((((((.(((((..((((...))))..))))).......)))))).........)))..))))))).....))).))))))...............(((....))).....(((....[[[[[[...((((..(((.....))).))))......)))..]]]]]](((.[[[[))).........]]]]...(((((((((.....[[[[[[....))))))))).....]]]]]].......((((((((.........[[[[[[........[[[[[[[[[))))))))..]]]]]]]]].....]]]]]]..(((.((((....))))..[[[[[[......))).(((((((((.....)))))))))........]]]]]]((((...(((((..(((.....))).)))))....))))(((.....[[[[[[[..........)))(((((....))))).]]]]]]]..... |
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((........(((.((....)))))...(((((((..(((((((.((.....(((((((((..((((((.(.((((...)))).))))))).(((((((....)))))))......(((((((((((.(((..((((.((((((((.(((((((.((((((((((......(((((...((((.((((.((..(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).)))..))...)))).)))).((((...)))).......))))))))))).))..))))....))))).))))))))))))...........))).)))).))).))))(((.((....))..)))....(((((((.(((..((....))..))).)))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((((....))).)))(((((((((.((((.((((((......(((.....))).....)))))).(((..((((................)))).....)))..(((((.(((.....(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).))))).((((((((...(((((((......(((.(((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))))).(((((((..((((...))))..).)))))))))).)))...)))))))).....((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))).((((....))))..((((((...((.....((((((((((...))))))))))......)))))))).).))))))))........))))))).)).)))..)).)))).)))))))))).)))))).((.((((((((....)))))....))).))... |
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....................((((....))))......((((..(((.((((((((....(((((((((............((((((.............(((((((....)))))))..................((....(((([[[[[[[..[[[))))...))((((((......(((((........((((.....(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).))).......))))........................)))))))))))...............]]]..]]]]]]].................................)))))).................((((((.......))))))..................)))))))))..)))))))))))...))))............(((...(((((((......(((((.............(((({{{{))))...((((<<................))))>>.........((((((.(((.....(((((((..(((...((((.((((((((......))))))))))))..(((((...................................))))).........)))..))))))).....))).))))))....}}}}.......................((((((((((((...((((..(((.....))).))))......((((.((.....)).))))....))).....)))))))))........................................((((........))))..........((((((........(((((((((..........))))))))).....))))))......((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......))))))))((((((.(((((..(((.....))).))))).)).)))).......((((....)))).........)))))....))))))).)))....... |
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
......(((((...........(((....)))......(((((..(((.((((((((....(((((((((..(((((..(.((((...)))).).))))).(((((((....)))))))......(((((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((.........(((((((.....)))))))..(((.....)))..((((((..(......)..)))))).........))))))...)))))))...(((.((....)))))......)))))))))))))))))))......))).))))).))).))).((.((....))..))......(((((((((.....)))))).........))).......)))))))))..)))))))))))...((((........).)))..........((.(...((........(((.....))).(....)))..(((((....................))))).........((((((.(((.....(((((((..(((.((((((.((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....))).)))))).(((((((....((.(((......(...(((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))..).(((((((..((((...))))..).)))))))))..))....)))))))......((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).).)).((((....))))..((((((...((.....((((((((((...))))))))))......)))))))).(((((.(((((..(((.....))).))))).)).))).........)))))..))))).....((((((((....)))))....)))...... |
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((........((.(((....)))))..((((((((...((((((.((.....(((((((((((((((((((..((((((.((((...(((..(((((((....))))))).....((((..(((((.......((((.((((((((.(((((..(((((((((((......(((((..(((((.((((.(((.(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).)))....))))))).)))))((((...)))).......))))))))))).))..))).....))))).))))))))))))..)))))...)))).....)))..)))).)))))).................(((((((.....)))))))..))))))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((...(((..(((.....)))))).))))............((((((((((((((....)))).)))((((..(((..........(((((...(((....((..(((((((((....(((((((..(((.(((((.(((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....((((.((((.....((((.......(((....)))..((((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))).))))...))))))))...............)))))))))..)).))).)))))...((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).......))))))).))))))).)).)))..)).))))))..)))))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))... |
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((..........................((((((..(((.((((((((....(((((((((..(((((.((.((((...)))).)))))))((((((((....))))))).)....(((((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((..((((...(((((((.....)))))))..[[[.))))]]]..((((((............)))))).........))))))...)))))))..((((.((....)))))).....)))))))))))))))))))......))).))))).))).)))(((...........)))....((((((((((.....))))))).........)))......)))))))))..)))))))))))...)))(((....)))..............((((.......................(((....))).((((((((...............).)))))))........((((((.(((.....(((((((..(((...((((.((((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......)))))).........)))..))))))).....))).))))))((((((((...(((((((..........(((((((((((((((((.((((..(((.....))).)))))((((.((.(((....))))).))))..)))).....))))))))).....)))....(((((((..((((...))))..).)))))))))).)))...)))))))).....((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))).((((....))))..((((((..........((((((((((...))))))))))........)))))).(((((.(((((..(((.....))).))))).)).)))............))).))))))....((((((((....)))))....)))...... |
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((........(((.((....)))))..((((((((.(.((((((.((.....(((((((((((((((((((..((((((.((((...(((..(((((((....))))))).....((((..(((((.......((((.((((((((.(((((.(.((......(((((...(((((..(((((.((((.(((.(((.((((((((..((((.(((((((((.....)))))))....))))))..)).)))))).)))....))))))).)))))((((...)))).......)))))....))))).....)).).))))).))))))))))))..)))))...)))).....)))..)))).)))))).................(((((((.....)))))))..))))))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((...(((..(((.....)))))).))))............(((((((.(.((((....))))....((((..(((..........(((((...(((....((..(((((((((....(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..((((((.(((((..((((...))))..))))).......))))))......)).)))..))))))).....((((.((((.....((((.......(((....)))..(((((((((((((((((..((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))..)))).....))))))))).....)))).))))...))))))))...............)))))))))..)).))).)))))...((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))..((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))))))).....).))))))).))))))).)).)))..)).))))))).)))))))))))))).(.(((.(((((....))))).))).)....... |
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...........)).((((((((((...((((((((.((((((.(.(((((((((.(...((((((((((((...((((((.((((((((((..((...(((.(...).((((.(((((((((((((((.........)))))((((((......)))))).(..)((((((((((((((((.........)..)))))))))))))))..((((((((.((.((((((........)).)))).)))))))))).(((((((.........).))))))......((((........))))(........))))))))))))))).(((......)))..).))....))))).)))..((((((((..))))))))).)))...))))))(((((((.((((((..))))))(...))))))))..).)))))))))))((((((((((((((..(((((......))....((((((((....(((.(((((((((((((((((.(......))))))))....(((((((...............(((..)).)...)))))))(((((((..((((.((((((((((((..))))))))))))))))..).)))))))))))))))).))...((((((((((........)))).))).))).((((.((((........))))((((((...(......)..)))))).)))).(((...))))..((((((((((((((((((.((((((((..............))))).))))))))))..(((((((....))).).).)))))))))))))(((((((((((((.(((((((((((..(.((((.(..(((........)))..)))))).((..((........).)..))..(((.........((((((((......)))))).))...(((((..)))))))).(((......))).)))).)))))).)))))...)))))))))(((((..)))))))))))))..).))..)))))))))).))))))))))))))).))))))(..)...))))))))..))).)))))))(.(((..))))... |
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((........(..(((....))).)...(((((((...((((((.((.....(((((((((............((((((.((((........(((((((....))))))).....(((...(((((.......((((.((..((((.(((((...................(((((...((((.((((.....((..((((((....((((.(((((((((.....)))))))....)))))).....))))))..)).......)))).))))...................)))))...................))))).))))..))))))..)))))....)))..........)))).))))))...(((((.........(((((((.....)))))))......))))).......))))))))).(((((.(((((((..((((((....))).)))(((((((.(.((((..........(...(((....(((..((((((((.......((((................))))..........(..((.(((.....(((((((..(((.(.((((..(((((((......))))))).))))..((((((..((((..(((.....)))..))))........)))))).......).)))..))))))).....))).))..).)))))))).....((((..............((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.((......)))).))))...))).....)))))))))...((((....))))..............)))).)))...((((........)))).)))..)...((((((........(((((((((..........))))))))).....)))))).)))).((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))).)..)))))))........))))))).)).)))..)).))))))..))))))).))))))...(((.(((((....))))).)))......... |
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((...........(((....)))....((((((((...((((((.((.....(((((((((............((((((.((((........(((..((....))..))).........((((((((.(((...(((((((......)))))))((((((..........((((.(((((((((........(((((((((((((.((((....(((((((.....)))))))..(((.....)))....)))).((.(((....))).))..........))))))...)))))))..((((.((....)))))).....)))))))))))))))))))......))).)))).)))))))).))))))..((((((....((.(.(((((((.....))))))))))...))))))......))))))))).(((((.(((((((..((((((....))).)))(((((((((.((((.............(((...(((((((....)))).))))))..((((........(((.(((((((........((..((.(((.....(((((((..(((.((((((((.((((((......))))))))))))..(((((..(((((..((((...))))..)))))........)))))......)).)))..))))))).....))).))..)).............((((....(((((.((((((((((((((((...((((..(((.....))).)))).((((.((.(((....))))).))))...))).....))))))))).....)))).....((((((..(((...)))..((((...((((........))))..)))).......))))))...)))))..))))........))))))).)))........)))))))).((((....))))..((((((...((.....(((((((((.....)))))))))......)))))))).)).)))))))........))))))).)).)))..)).))))))..)))))))))))))).((.((((((((....)))))....))).))... |