|
|
|
CCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGAACGUAUGCAUCAAAGCCCUCCGUAAUAAAAAAAAACAGCGCCAGAUGUCUCUCUCUGGAAGCACACCACGCACGGGGUUCGUUCCUCUCUGCAUGGCCGUGUGAAAAAGGCGAGUAGGCAAACGAUGGGAAACCCGGCUUGGAAUAGUAACCAGCCACAGAGGCCCCAUCAUACACUUCUAAAUUGCCGGGGAGUGCCCGCGAGGCCUUGACUACCGCGGUCCGCCGAGAGGUGAGAGCGAGCAAUCGCUCAGGACGCAGCAGUGUACGUAGUGGUACAUGGAUGGUAAAAACGUCAAGGAUAGGGUUGAUCCGCAGGGAAGCGCGAGGGCCAACCUGCCUUUGGGCAACAGUUGGCAAAGGCGAACCUUCAGAGACUCUAAUGGAGUGGGCGCAAGCUUAAGGGAGAGUCCAAUCCACUGGGAAACCAGGUCCACAGCAGUAACGGGGUGAUGCUCGCCCCAGAGGACUGUGGAAGGCAACCACCAAAGCGGUGUGUGUUGUCGGGUAGCAAUGGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAG |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
...............(((((((.......................................)))))))................................................................................................................................(((((((....((.((((....(((.......((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))....).)))))))....)))...))))))(((...(((....((((((.((((....))))...))))))....)))..)))...[.[[[[[...)))))))(((....))).......]]]]]].((...((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((................))))))........))........................
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(....(((((((.....(((((........)))))..)))))))..............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).))).)))..(((((((((..(((.((((((..((((((....))))))..((((((...((((((......))))))...)).......)))).......((((((..((...((....).)..))..)))))))))))).)))....((((((....((..(((....(.((((((.......(((((....)))))....)))))))......((((....)))).((((((((......((((((.....))))))....).))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).)))))))))......) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((.....(((((........)))))..))))))))...............((.(((((........)))))..(((..(((.(((..(((......)))...))).)))...))).......)).....)).......((((..(((((((((((........)))((((.....((((((.((((((((......(((((..(((((((((((....((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))).....))))))).(((((((..((...((((...(((....((((((.((((....))))...))))))....)))..))))..))))))))).....))))))))..((((......))))....))).((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).)))))..........)))))))).))..)))).....))))....))))).)))...)))). |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.....(((((........)))))..))))))))........................(.((((((((..((((...((((.....(((((((..((((((.((..(((((((.....(((((..((.(((....((((((......((((.((........))))))........))))))....((((((.........))))))))).))...)))))......))))))).)).))))))...((((((....))))))...........((((((......))))))..(((.......)))........((((((.(((..............))).)))))).((((((............))))))))))))).................))))......)))).)))))))).).......((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).(((.((........)).)))............. |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((...(((((((.....(((((........)))))..)))))))...................(((((........)))))..((((.(((.(((.((((......))))..))).)))..))))......)).............((((((......((((.((........))))))........))))))...((((((........((((....(((.......(((((((((((......((((....)))).((((((....))))))...........((((((......))))))....)))....).)))))))....)))...))))..(((...(((....((((((.((((....))))...))))))....)))..)))..............))))))(((....)))...((((.........((.((((....)))).(((((((.......(((((.......)))))......))))))).))...........(((((....(((((......)))))........))))).....)))).. |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.....(((((........)))))..)))))))).....................((((.((((((((..((((...((((....(((((((((.((((((.((..(((((((((...(((((..((.(((....((((((...(((((((.((........))))))...).)).))))))....((((((.........))))))))).))...)))))...)).))))))).)).))))))...((((((....))))))...........((((((......)))))).((((.......))))...(...((((((.(((((.(.....)))..))).)))))).)((((((((....)))..)))))))))))))).......((.....))))))......)))).)))))))).)..)))..((((....)))).(((((((......((((((((...))))))).)....))))))).((((((((((.....))))...))))))((((.((...(()).)).))).)........... |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((..[[[[[[[[...............))))))).................]]]]]]]]..............((((.(((.(((.((((.[[[[[))))..))).)))..))))......]]]]]..........((((((...[[[[[[.(((........)))(((.....)))))))))...............]]]]]]....((((......(((((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))......((((((......))))))....)))).....)))))))...))))...(((....)))..(((....((((((.((((....))))...)))))).[[[)))...]]]....((((((..[[[[.(((((....)))))....))))))...]]]]((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).(((.......[[[....)))..]]]........ |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.....(((((........)))))..)))))))..............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).))).)))..(((((((((.((((....)))).((((((....))))))......((((.((((((......)))))).((((.......)))).........)))).(((....))).((.(((((((......))))))).))....((((((....((..(((.......(((((...))))).(((....)))...(((....)))......((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).)))))))))....... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.....(((((........)))))..)))))))...................(((((...[[[[[))))).......(((.(((.............<<<<))).)))((((......(((((............((((((...((.((((.((........)))))).....)).))))))..................................))))){{{....))))((((((>>>>)))..((((((....)))))).))).......((((((......)))))).............}}}..........................(((....((((((.((((....))))...))))))....)))........................((((....))))....]]]]].........((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).................................. |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.....(((((........)))))..)))))))).............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))...((((((...((.(((..((........)).))).....)).))))))..............((.((((.....)))))).))).)))..(((((((((.((((....)))).((((((....)))))).........(.((((((......)))))).((((.......)))).........)....(((....))).((.(((((((......))))))).))....((((((....((..(((.......(((((...))))).(((....)))...(((....)))......((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).)))))))))....... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((.....(((((........)))))..)))))))).................((((.....((((((((..((((......(((((((.....................))))))).............(((((..((((((......((((.............))))........)))))).............))))).....((((((((....((((((([[[[[[[[..((((....)))).((((((....))))))...........((((((......)))))).............))))))).(((((((....(((......))).(((((......((((((((............))))))))..)))))...))))))).....))))))))..)))).))))))))....((((.((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))))))).....))))......]]]]]]]]....... |
|
NanoFolder
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
((..((((((((..qqqqqqq(.jjjjjjjj.jjj..)))))))).(((.........((.)JJJJJJJ[[[[[[[[[[[(..ggggggg.gg(..kkkkkkkk((dddddddd(.<<<<<<<.JJJ....<<<<<<<<<((......hhhh...hhhhh(rrrrrrr.rr..)).bbbbb.bbbbb(mmmm(.eeeeeeeee..))))HHHHH..oooooo((..)EEEEE...ooooooooo[())>.EEEEMMM.(((((({{..))))))..[[((..}}.JQQQQQQQ.MBBBBRR.)B)BBBBB)....]]])..)].ffffff(.ii(()DDDDDD.tt)GG.))((((((ss(llllll(aa....))))))...))KKKKKKKK....))IIFFF.(((()FFF)OOO..pppp.]]]]]]]])))).HHHH((((....)))).((((((()AA..]]DDcccc.>>>>>>>>)LLLLLL.))))))).((((((CCCC.PPPPGGGGGGG)))))))OOO.TT.>>>>>>>SS.OOOOOOOOORRRRRRR |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((..[[[[[[[[......((...))..))))))))................]]]]]]]]((((((((((....((((.(((.(((.((((......))))..))).)))..)))).....))).))).))))....((((((......(((.(((........))))))..{{{{{.)))))).....}}}}}.((((((((.((..((((((.((((((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....((((((......))))))....)))).....)))))))...((((((..((((........))..))..)))))).))))))))))...((((((....((..(((......((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).(((((((.......((((((.....))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....))))))..)).)))))))).... |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(.((((((((.....(((((........)))))..)))))))))............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))...((((((......(((........{{{....)))........)))))).}}}.........(((..(((.....))).)))))).)))..(((((((((.((((....)))).((((((....))))))......((((.((((((......)))))).((((.......))))..[[[[...)))).(((....)))....(((((((......))))))).......((((((........((((......(((((...)))))((((....))))..(((....))).]]]].((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))))))).......)))))).)))))))))....... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.....(((((........)))))..)))))))..............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((......))))..))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).))).)))..(((((((((..(((.((((((..((((((....))))))..((((((...((((((......))))))...)).......)))).......((((((..((...((....).)..))..)))))))))))).)))....((((((....((..(((....(.((((((..(....(((((....))))).)..)))))))......((((....)))).((((((((......((((((.....))))))....).))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).)))))))))....... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....((((((((...(((((.((....(......)...)).((.(..((..))..)))...))))).)))).))))((((((((((((((.(((.(((((....)))))..))).)))).))))((((.............))))(((((((.(.(.(((.((((......)))))))).)...).))))))...(((((((........)).))))).(((((.(((((((.(((((.((...(((((..))))).((((((....)))))).....((((((.((((........))))...((((((((.....(((((((.((((((..((((..........))))..)))))).((((((.((((...))))))))))..)))))))...(((((((..((...(......)....))..)))))))))))))))((((..))))(((((((((.....((.((((...)))))).((...)).)))))))))...(.((((.....)))).))))))))))))))))).))))......)))))...)))))) |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.....(((((........)))))..)))))))........................(((((((((((....((((.(((.(((.................))).)))..)))).....))).))).)))))....................((........))......................................................((((((.(((....((..((....))...((((((....))))))..)).......((((((......))))))....)))......))))))....((((((..((..............))..))))))..............((((((....((..(((......((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).((((((((......(((((((...)))))))....).))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....))))))................. |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.....(((((((.....(((((........)))))..)))))))...............((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).)))))....(((((((((.((((....)))).((((((....)))))).(((..((((.((((((......)))))).((((.......)))).........)))).)))........((.(((((((......))))))).))....((((((....((..(((......((((((.......(..((....))..)....)))))).......((((....)))).(((((((.......((((((.....))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).)))))))))....... |