CompaRNA - on-line benchmarks of RNA structure prediction methods
Home

Methods
Datasets
Rankings
RNA 2D Atlas

Help
FAQ

Contact us
RSS feeds
Twitter

RNA Secondary Structure Atlas - RNASTRAND - CRW_00685



RNA: CRW_00685
Rfam family: -

CCAUUGGAGGGCAAGUCUGGUGAACGUAUGCAUCAAAGCCCUCCGUAAUAAAAAAAAACAGCGCCAGAUGUCUCUCUCUGGAAGCACACCACGCACGGGGUUCGUUCCUCUCUGCAUGGCCGUGUGAAAAAGGCGAGUAGGCAAACGAUGGGAAACCCGGCUUGGAAUAGUAACCAGCCACAGAGGCCCCAUCAUACACUUCUAAAUUGCCGGGGAGUGCCCGCGAGGCCUUGACUACCGCGGUCCGCCGAGAGGUGAGAGCGAGCAAUCGCUCAGGACGCAGCAGUGUACGUAGUGGUACAUGGAUGGUAAAAACGUCAAGGAUAGGGUUGAUCCGCAGGGAAGCGCGAGGGCCAACCUGCCUUUGGGCAACAGUUGGCAAAGGCGAACCUUCAGAGACUCUAAUGGAGUGGGCGCAAGCUUAAGGGAGAGUCCAAUCCACUGGGAAACCAGGUCCACAGCAGUAACGGGGUGAUGCUCGCCCCAGAGGACUGUGGAAGGCAACCACCAAAGCGGUGUGUGUUGUCGGGUAGCAAUGGCCAGCAGCCGCGGUAAUUCCAG
Reference structure (ext) [ sec struct ] ...............(((((((.......................................)))))))................................................................................................................................(((((((....((.((((....(((.......((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))....).)))))))....)))...))))))(((...(((....((((((.((((....))))...))))))....)))..)))...[.[[[[[...)))))))(((....))).......]]]]]].((...((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((................))))))........))........................
Afold [ FASTA input ] [ sec struct ] (....(((((((.....(((((........)))))..)))))))..............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).))).)))..(((((((((..(((.((((((..((((((....))))))..((((((...((((((......))))))...)).......)))).......((((((..((...((....).)..))..)))))))))))).)))....((((((....((..(((....(.((((((.......(((((....)))))....)))))))......((((....)))).((((((((......((((((.....))))))....).))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).)))))))))......)
CRWrnafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((.....(((((........)))))..))))))))...............((.(((((........)))))..(((..(((.(((..(((......)))...))).)))...))).......)).....)).......((((..(((((((((((........)))((((.....((((((.((((((((......(((((..(((((((((((....((((((((((((((.((((((....)))..((((((....)))))).))))))....((((((......))))))....)))).....))))))).(((((((..((...((((...(((....((((((.((((....))))...))))))....)))..))))..))))))))).....))))))))..((((......))))....))).((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).)))))..........)))))))).))..)))).....))))....))))).)))...)))).
CentroidFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.....(((((........)))))..))))))))........................(.((((((((..((((...((((.....(((((((..((((((.((..(((((((.....(((((..((.(((....((((((......((((.((........))))))........))))))....((((((.........))))))))).))...)))))......))))))).)).))))))...((((((....))))))...........((((((......))))))..(((.......)))........((((((.(((..............))).)))))).((((((............))))))))))))).................))))......)))).)))))))).).......((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).(((.((........)).))).............
ContextFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ((...(((((((.....(((((........)))))..)))))))...................(((((........)))))..((((.(((.(((.((((......))))..))).)))..))))......)).............((((((......((((.((........))))))........))))))...((((((........((((....(((.......(((((((((((......((((....)))).((((((....))))))...........((((((......))))))....)))....).)))))))....)))...))))..(((...(((....((((((.((((....))))...))))))....)))..)))..............))))))(((....)))...((((.........((.((((....)))).(((((((.......(((((.......)))))......))))))).))...........(((((....(((((......)))))........))))).....))))..
Contrafold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.....(((((........)))))..)))))))).....................((((.((((((((..((((...((((....(((((((((.((((((.((..(((((((((...(((((..((.(((....((((((...(((((((.((........))))))...).)).))))))....((((((.........))))))))).))...)))))...)).))))))).)).))))))...((((((....))))))...........((((((......)))))).((((.......))))...(...((((((.(((((.(.....)))..))).)))))).)((((((((....)))..)))))))))))))).......((.....))))))......)))).)))))))).)..)))..((((....)))).(((((((......((((((((...))))))).)....))))))).((((((((((.....))))...))))))((((.((...(()).)).))).)...........
DotKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((..[[[[[[[[...............))))))).................]]]]]]]]..............((((.(((.(((.((((.[[[[[))))..))).)))..))))......]]]]]..........((((((...[[[[[[.(((........)))(((.....)))))))))...............]]]]]]....((((......(((((((((((...(((((((....)))..((((((....)))))).))))......((((((......))))))....)))).....)))))))...))))...(((....)))..(((....((((((.((((....))))...)))))).[[[)))...]]]....((((((..[[[[.(((((....)))))....))))))...]]]]((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).(((.......[[[....)))..]]]........
Fold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.....(((((........)))))..)))))))..............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).))).)))..(((((((((.((((....)))).((((((....))))))......((((.((((((......)))))).((((.......)))).........)))).(((....))).((.(((((((......))))))).))....((((((....((..(((.......(((((...))))).(((....)))...(((....)))......((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).))))))))).......
IPknot [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.....(((((........)))))..)))))))...................(((((...[[[[[))))).......(((.(((.............<<<<))).)))((((......(((((............((((((...((.((((.((........)))))).....)).))))))..................................))))){{{....))))((((((>>>>)))..((((((....)))))).))).......((((((......)))))).............}}}..........................(((....((((((.((((....))))...))))))....)))........................((((....))))....]]]]].........((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...))))))..................................
MaxExpect [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.....(((((........)))))..)))))))).............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))...((((((...((.(((..((........)).))).....)).))))))..............((.((((.....)))))).))).)))..(((((((((.((((....)))).((((((....)))))).........(.((((((......)))))).((((.......)))).........)....(((....))).((.(((((((......))))))).))....((((((....((..(((.......(((((...))))).(((....)))...(((....)))......((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).))))))))).......
McQFold [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((.....(((((........)))))..)))))))).................((((.....((((((((..((((......(((((((.....................))))))).............(((((..((((((......((((.............))))........)))))).............))))).....((((((((....((((((([[[[[[[[..((((....)))).((((((....))))))...........((((((......)))))).............))))))).(((((((....(((......))).(((((......((((((((............))))))))..)))))...))))))).....))))))))..)))).))))))))....((((.((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))))))).....))))......]]]]]]]].......
NanoFolder [ FASTA input ] [ sec struct ] ((..((((((((..qqqqqqq(.jjjjjjjj.jjj..)))))))).(((.........((.)JJJJJJJ[[[[[[[[[[[(..ggggggg.gg(..kkkkkkkk((dddddddd(.<<<<<<<.JJJ....<<<<<<<<<((......hhhh...hhhhh(rrrrrrr.rr..)).bbbbb.bbbbb(mmmm(.eeeeeeeee..))))HHHHH..oooooo((..)EEEEE...ooooooooo[())>.EEEEMMM.(((((({{..))))))..[[((..}}.JQQQQQQQ.MBBBBRR.)B)BBBBB)....]]])..)].ffffff(.ii(()DDDDDD.tt)GG.))((((((ss(llllll(aa....))))))...))KKKKKKKK....))IIFFF.(((()FFF)OOO..pppp.]]]]]]]])))).HHHH((((....)))).((((((()AA..]]DDcccc.>>>>>>>>)LLLLLL.))))))).((((((CCCC.PPPPGGGGGGG)))))))OOO.TT.>>>>>>>SS.OOOOOOOOORRRRRRR
PknotsRG [ FASTA input ] [ sec struct ] ....((((((((..[[[[[[[[......((...))..))))))))................]]]]]]]]((((((((((....((((.(((.(((.((((......))))..))).)))..)))).....))).))).))))....((((((......(((.(((........))))))..{{{{{.)))))).....}}}}}.((((((((.((..((((((.((((((((((((((((((...((((....)))).((((((....))))))....)))....((((((......))))))....)))).....)))))))...((((((..((((........))..))..)))))).))))))))))...((((((....((..(((......((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).(((((((.......((((((.....))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....))))))..)).))))))))....
ProbKnot [ FASTA input ] [ sec struct ] ..(.((((((((.....(((((........)))))..)))))))))............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))...((((((......(((........{{{....)))........)))))).}}}.........(((..(((.....))).)))))).)))..(((((((((.((((....)))).((((((....))))))......((((.((((((......)))))).((((.......))))..[[[[...)))).(((....)))....(((((((......))))))).......((((((........((((......(((((...)))))((((....))))..(((....))).]]]].((((....)))).(((((((.......(((((((...)))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))))))).......)))))).))))))))).......
RNAfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.....(((((........)))))..)))))))..............(((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((......))))..))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).))).)))..(((((((((..(((.((((((..((((((....))))))..((((((...((((((......))))))...)).......)))).......((((((..((...((....).)..))..)))))))))))).)))....((((((....((..(((....(.((((((..(....(((((....))))).)..)))))))......((((....)))).((((((((......((((((.....))))))....).))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).))))))))).......
RNAwolf (ext) [ FASTA input ] [ sec struct ] .....((((((((...(((((.((....(......)...)).((.(..((..))..)))...))))).)))).))))((((((((((((((.(((.(((((....)))))..))).)))).))))((((.............))))(((((((.(.(.(((.((((......)))))))).)...).))))))...(((((((........)).))))).(((((.(((((((.(((((.((...(((((..))))).((((((....)))))).....((((((.((((........))))...((((((((.....(((((((.((((((..((((..........))))..)))))).((((((.((((...))))))))))..)))))))...(((((((..((...(......)....))..)))))))))))))))((((..))))(((((((((.....((.((((...)))))).((...)).)))))))))...(.((((.....)))).))))))))))))))))).))))......)))))...))))))
Sfold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.....(((((........)))))..)))))))........................(((((((((((....((((.(((.(((.................))).)))..)))).....))).))).)))))....................((........))......................................................((((((.(((....((..((....))...((((((....))))))..)).......((((((......))))))....)))......))))))....((((((..((..............))..))))))..............((((((....((..(((......((((((.......(((((....)))))....)))))).......((((....)))).((((((((......(((((((...)))))))....).))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).................
UNAFold [ FASTA input ] [ sec struct ] .....(((((((.....(((((........)))))..)))))))...............((.(((...(((((((((((....((((.(((.(((.((((.....))))...))).)))..)))).....))).))).)))))..((.((((...((((((((((((..(((....(((.....))).......)))..))))))...)))))).....)))))).)))))....(((((((((.((((....)))).((((((....)))))).(((..((((.((((((......)))))).((((.......)))).........)))).)))........((.(((((((......))))))).))....((((((....((..(((......((((((.......(..((....))..)....)))))).......((((....)))).(((((((.......((((((.....))))))......))))))).((((((((((.....))))...)))))).))).))....)))))).))))))))).......