|
|
|
UUAUGUGGGUGGUGGUAGAACUACAUGUGCCACCUACAGCUUAUAUUGCUAGUCUAUCGUAACUGAUGGGCAACAUCCUCAAGGUGCUGGAAGUUACCUGCAAAGGUAAUAUCAGCAGCCACAUCUCCAUGUGGUUCACAGACUAAAUGAGGGUGGACCAAAUCCGCCAGGGUAUAGGUUUCAGAUAUAGUCGGCCUGAUGCGAACAACGUGUACAGACUGCAGCGGCAUGGCCGUUCUU |
| Reference structure (ext) |
|
[ sec struct ] |
.........((((((((..........................))))))))((((((((....))))))))...((((((....((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))...[.[[[[[...))))))(((((..((((....))))...)))))......]]]]]]((((((((((.....))))).)))......))...............
|
|
Afold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(..((((((((((((((....)))...)))))))))))..(((((((....((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))((((..((((....))))...))))...))))))).(((.((((((((.....))))).))).))).((((((...))))))..) |
|
CRWrnafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..(((((((((((((((..........)))))))....)))))))).((((((((((((....))))))))..((((((((...((((((...((((((....))))))..))))))(((((((....)))))))............))))))))((((..((((....))))...)))).......))))(((((..((((......(((((....))....))))))))))))..... |
|
CentroidFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((.............))))))))))).............((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))((((..((((....))))...)))).........(.(((((...(((.....................))...).)))))..).. |
|
CentroidHomfold‑LAST
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((...............)))))))))..............(((((((......)))))))..(((((((.....((((....((((((....))))))...)))).(((((((....))))))).............)))))))((((.................))))............................................................ |
|
ContextFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((.............))))))))))).............((((((........)))))).............(((((...(((((((....)))))))..)))))(((((((....)))))))...(.(((((.........(((((....((....)).....)))))......))))))(.((.(((((.....)))))..)).)....(((((...))))).... |
|
Contrafold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((....)))...))))))))))).............((((((((....))))))))..((((((((.((((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....))))))).......))...))))))))((((..((((....))))...))))........((.(((((((.((((.....)..((.......)).))).)).)))))..)). |
|
DotKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(((....)))....)))))))))).......((((..[[[[[[[))))..]]]]]]]..((((((((.(((.(((...(((((((....)))))))......((((((((....))))))))..))))))...)))))))).(((......[[[..)))...]]].((((...[[[[[...))))((((.......))))..]]]]].((((((...))))))... |
|
Fold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....(((((((((((((....)))...)))))))))).(((.(((((....((((((((....))))))))..((((((((....(((((..(((((((....))))))).))))).(((((((....)))))))............)))))))).(((..((((....))))...)))....))))))))(((.((((((((.....))))).))).))).((((((...))))))... |
|
IPknot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((.............)))))))))))...((((......((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............)))))))).<<<...(((....)))))))>>>.............(({{((.[[.............))..))...((((]].}})))).... |
|
MaxExpect
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((((......))...)))))))))))....((((.....(((((((......)))))))..((((((((....(((((..(((((((....))))))).))))).(((((((....)))))))............)))))))).(((..((((....))))...))).....))))...(((.((((((((.....))))).))).))).((((((...))))))... |
|
McQFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
....((((((((((((((..))))...))))))))))((((((((((....((((((((....))))))))..((((((((....(((((..(((((((....))))))).)))))((((((((....))))))))...........))))))))........[[[[...))))))))))...........(((((..(((((.....)))))..........]]]]...)))))..... |
|
PknotsRG
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((....[[[[[[[[[[.)))))))))).............((((((((....))))))))...........((((((((..(((((((....))))))).)))))).)).......]]]]]]]]]]...........(((..(((.(((...(((((((.(((((.(((((((...........)))).......))).)))))...)))..))))..))))))..))) |
|
ProbKnot
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((((((....)))...)))))))))))..(((((((....((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))((((..((((....))))...))))...))))))).(((.((((((((.....))))).))).))).((((((...))))))... |
|
RNASLOpt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...(((((((((((.............))))))))))).............((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))..............(((((....)))))..))))))))......((((....))))..............(((((......(((((.....)))))...))))).((((((...))))))... |
|
RNAfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(((....)))....))))))))))..(((((((....((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............)))))))).(((..((((....))))...)))....))))))).(((.((((((((.....))))).))).))).((((((...))))))... |
|
RNAshapes
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
.((.(((((((((.(((....)))....))))))))).(((((((((....((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............)))))))).(((..((((....))))...)))....))))))...)))((((((((.....))))).)))..)).((((((...))))))... |
|
RNAsubopt
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(((....)))....))))))))))...((((((....((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............))))))))((((..((((....))))...))))...))))))(.(((.((((((((.....))))).))).))))((((((...))))))... |
|
RNAwolf
(ext)
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
(.............).(((((..(((((((((((..(.((.(((((((.(.((((((((...).))))))).))).(((((..((((((.(..(((((((..)))))))..))))))((((((......))))))......).....))))).(((((((((.((....)).))).)))).)).))))))).)..((((..(((...)))..).))))))).).).)))))...))))). |
|
Sfold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(((....)))....)))))))))).............((((((((....))))))))..((((((((....((((...(((((((....)))))))..)))).(((((((....)))))))............))))))))((((..((((....))))...))))...........(((.((((..((.....))..).))).)))..(((((...))))).... |
|
UNAFold
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((.(((....)))....))))))))))..(((((((....((((((((....))))))))..((((((((...((((((..(((((((....))))))).))))))(((((((....)))))))............)))))))).(((..((((....))))...)))....))))))).(((.((((..((.....))..).))).))).((((((...))))))... |
|
Vsfold4
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
...((((((((((...............))))))))))........((((.((((((((....))))))))..((((.....))))......(((((((....)))))))...)))).((((((....)))))).(((.........))).((((((.....))))))...((((((((..............)))).)))).........(((.....))).((((.....)))).... |
|
Vsfold5
|
[ FASTA input ] |
[ sec struct ] |
..((((((..<<<<<<<...)))))).>>>>>>>..((((.....((((..{{{....))))..((((}}}..))))........))))...(((((((....)))))))....((((((((((....)))))).(((.aaaaa...))).((((((.....))))))...((((.AAAAA...))))...[[[[[[[(((((.....))))).....)))).....]].]]]]]..... |